genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.102.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  102  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28782309--28782846	268	2.0	267	90	1	835	35	12	19	32	1.89
28783411--28783462	19	2.7	19	79	8	61	59	3	0	36	1.16
28783390--28783462	20	3.7	20	80	9	69	61	5	0	32	1.19
28783474--28783516	19	2.3	19	88	8	61	74	2	2	20	1.04
28784357--28784416	11	5.5	11	78	7	59	33	0	5	61	1.17
28784394--28784419	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
28790648--28790685	19	1.9	19	89	5	58	31	0	5	63	1.17
28791033--28791063	13	2.4	13	88	0	53	90	0	9	0	0.46
28791677--28791728	22	2.4	22	90	0	86	40	9	21	28	1.84
28794989--28795075	43	2.0	43	97	0	165	56	8	14	20	1.64
28795206--28795251	24	2.0	24	82	4	58	36	0	4	58	1.18
28795827--28795897	34	2.1	34	94	0	124	46	9	9	33	1.70
28800279--28800310	15	2.0	17	88	11	50	43	3	6	46	1.44
28813276--28813330	17	3.2	17	78	14	60	72	1	5	20	1.13
28813274--28813330	30	1.9	30	85	7	80	73	1	5	19	1.11
28813435--28813468	16	2.1	16	100	0	68	35	17	11	35	1.87
28814406--28814436	8	3.9	8	100	0	62	51	25	0	22	1.48
28816644--28816701	13	4.7	13	72	12	59	77	5	0	17	0.94
28816642--28816702	19	3.3	19	86	9	99	77	4	0	18	0.95
28816646--28816701	17	3.2	17	90	9	94	76	5	0	17	0.96
28818728--28818817	31	3.0	30	81	1	99	24	33	22	20	1.97
28820027--28820703	46	14.8	46	77	4	462	33	4	22	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28819963--28820432	252	1.9	252	89	0	742	34	4	22	38	1.75
28819994--28820685	23	30.1	23	72	7	406	33	4	22	39	1.75
28821252--28821284	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
28824817--28824849	17	1.9	17	93	0	57	24	24	6	45	1.75
28827441--28827784	45	7.6	45	77	9	272	43	15	19	21	1.88
28827441--28827808	91	4.1	90	73	9	311	44	15	19	21	1.87
28829451--28830108	23	28.7	23	72	12	381	32	3	23	40	1.73
28829524--28829996	184	2.6	183	87	2	673	33	4	22	39	1.74
28834833--28834875	20	2.2	20	83	8	52	23	4	20	51	1.66
28842716--28842746	16	2.0	15	93	6	53	35	0	25	38	1.56
28845968--28846003	16	2.2	16	90	0	54	22	13	13	50	1.77
28846113--28846178	29	2.3	29	79	7	71	34	16	6	42	1.73
28846408--28846451	20	2.3	19	88	11	63	54	0	40	4	1.21
28846534--28846558	13	1.9	13	100	0	50	64	0	36	0	0.94
28846876--28846907	11	2.9	11	90	0	55	87	0	12	0	0.54
28846874--28846910	15	2.5	14	91	8	56	89	0	10	0	0.49
28846876--28846910	7	4.9	7	86	6	52	88	0	11	0	0.51
28846874--28846910	18	2.1	17	90	5	56	89	0	10	0	0.49
28846872--28846909	12	3.1	12	85	14	51	86	0	13	0	0.56
28859146--28860089	78	12.1	76	85	7	1175	27	16	20	35	1.94
28859146--28860089	154	6.1	153	85	6	1172	27	16	20	35	1.94
28859146--28860089	233	4.0	231	86	6	1185	27	16	20	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28860482--28860668	93	2.0	93	98	0	365	24	24	19	32	1.97
28866238--28866282	13	3.6	12	79	8	54	60	2	0	37	1.09
28866835--28866873	20	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
28867811--28867884	28	2.6	28	86	2	94	29	14	10	44	1.80
28869729--28869800	33	2.2	33	85	7	94	25	0	13	61	1.33
28869995--28870075	30	2.8	29	79	7	94	62	2	0	34	1.08
28870006--28870063	20	2.8	19	84	10	62	60	3	0	36	1.14
28869993--28870077	10	8.8	10	69	14	54	62	2	0	35	1.08
28870033--28870070	20	2.0	20	89	5	60	65	2	0	31	1.06
28872179--28872222	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
28872178--28872233	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
28872191--28872256	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
28872222--28872266	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
28872666--28872721	3	19.0	3	76	23	57	33	0	0	66	0.92
28872666--28872720	15	3.7	15	83	16	71	34	0	0	65	0.93
28872679--28872721	18	2.4	19	84	11	63	34	0	0	65	0.93
28875655--28875692	19	2.0	20	85	15	53	71	2	5	21	1.19
28882942--28882983	20	2.1	20	95	0	75	23	14	28	33	1.94
28894495--28894543	26	1.9	26	83	4	64	48	14	6	30	1.67
28895384--28895409	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28896133--28896183	19	2.7	19	90	0	84	39	17	9	33	1.83
28899002--28899052	6	9.2	6	83	12	56	31	3	13	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28899002--28899052	11	4.6	12	72	18	56	31	3	13	50	1.60
28898998--28899049	27	1.9	27	100	0	104	30	5	11	51	1.61
28901330--28901423	31	3.0	31	93	3	161	32	8	14	43	1.76
28902337--28902387	6	9.2	6	83	12	56	31	3	13	50	1.60
28902337--28902387	11	4.6	12	72	18	56	31	3	13	50	1.60
28902333--28902384	27	1.9	27	100	0	104	30	5	11	51	1.61
28904666--28904759	31	3.0	31	93	3	161	32	8	14	43	1.76
28905298--28905348	10	5.4	9	81	13	59	74	13	9	1	1.15
28905306--28905346	9	4.6	9	90	6	57	73	14	9	2	1.19
28905298--28905350	19	2.8	18	83	16	72	73	13	11	1	1.18
28905298--28905348	18	2.8	17	85	14	66	74	13	9	1	1.15
28905343--28905427	25	3.3	23	81	15	80	70	10	17	1	1.21
28910965--28911058	31	3.0	31	92	3	152	32	8	15	42	1.78
28921538--28921572	10	3.6	10	92	3	54	62	5	0	31	1.18
28933993--28934058	32	2.0	33	85	2	89	33	7	24	34	1.84
28939049--28939270	101	2.2	100	79	10	236	25	16	28	29	1.97
28939085--28939265	51	3.6	51	78	6	163	23	19	27	29	1.98
28939278--28939365	45	2.0	45	93	0	149	26	17	22	34	1.96
28954517--28954711	69	2.8	69	83	3	259	35	17	23	23	1.95
28957275--28957307	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
28959546--28959639	25	3.8	25	78	13	97	28	23	22	25	1.99
28964647--28964683	18	2.1	18	100	0	74	43	10	10	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28964874--28964922	19	2.6	18	75	12	53	46	8	2	42	1.45
28972085--28972206	63	2.0	61	96	3	226	29	9	5	55	1.54
28973190--28973228	20	1.9	20	89	5	60	23	20	17	38	1.93
28974120--28974147	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
28977536--28977657	63	1.9	63	91	3	201	38	9	6	45	1.62
28978433--28978483	27	1.9	27	92	4	86	29	1	0	68	1.00
28989131--28989185	23	2.4	23	73	11	58	27	20	21	30	1.98
29000008--29000037	12	2.5	12	100	0	60	6	26	40	26	1.81
29001184--29001270	25	3.5	24	76	6	84	25	21	22	29	1.99
29006679--29006724	24	1.9	24	86	0	65	50	17	8	23	1.74
29008819--29008933	49	2.3	49	80	5	117	23	23	33	20	1.97
29032513--29032620	53	2.0	53	92	0	180	24	27	32	15	1.95
29036021--29036265	27	9.1	26	81	2	238	21	18	19	40	1.92
29036024--29036266	81	3.0	81	83	1	281	21	18	19	39	1.92
29044736--29044813	36	2.2	36	92	0	129	52	8	3	34	1.51
29058253--29058389	51	2.7	50	82	7	170	29	17	22	30	1.97
29058245--29058389	25	5.8	25	78	4	148	29	18	22	29	1.97
29082261--29082354	29	3.4	28	78	11	86	30	2	1	65	1.11
29082271--29082372	27	3.8	26	71	11	73	33	1	1	62	1.17
29082269--29082354	27	3.1	27	74	14	77	31	2	1	65	1.13
29082290--29082328	19	2.2	17	86	9	51	25	2	0	71	0.98
29082430--29082752	89	3.5	90	80	9	334	32	10	21	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29085890--29085972	38	2.2	38	91	0	130	16	18	28	36	1.93
29099578--29100474	449	2.0	448	93	1	1546	32	15	17	34	1.91
29101801--29102014	108	2.0	108	87	3	306	24	18	12	45	1.83
29102514--29102727	107	2.0	108	88	4	326	23	18	13	45	1.84
29101365--29104214	712	4.0	713	98	0	5474	36	12	11	39	1.79
29103226--29103439	107	2.0	108	88	4	326	23	18	13	45	1.84
29103938--29104152	108	2.0	108	90	1	342	22	17	13	45	1.84
29106221--29106269	24	2.0	24	100	0	98	30	12	4	53	1.57
29110886--29111004	42	2.7	44	80	8	118	31	24	15	29	1.95
29110926--29111028	47	2.2	47	85	3	136	31	26	15	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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