genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.196.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  196  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58842779--58842812	15	2.3	15	89	0	50	50	29	0	20	1.49
58842777--58842827	22	2.3	22	79	0	57	49	29	0	21	1.50
58844740--58844881	74	2.0	71	83	4	176	26	23	23	26	2.00
58844805--58845009	113	1.8	113	92	1	349	26	20	21	30	1.98
58845225--58845269	21	2.1	21	87	0	63	20	0	37	42	1.52
58845329--58845375	14	3.4	14	81	0	58	23	2	27	46	1.63
58848558--58848762	52	4.1	52	71	21	177	46	14	4	34	1.66
58848692--58848728	15	2.7	14	84	15	51	56	13	0	29	1.37
58848692--58848729	7	5.6	7	82	17	53	57	13	0	28	1.36
58848692--58848771	22	3.7	21	75	15	67	48	15	1	35	1.52
58851653--58851721	21	3.3	21	91	0	111	39	20	39	1	1.61
58851927--58851965	19	2.0	20	85	5	53	38	5	2	53	1.37
58852163--58852359	42	4.6	42	85	5	136	24	19	21	34	1.96
58854598--58854688	43	2.1	43	83	0	110	38	18	20	21	1.93
58854656--58854755	42	2.3	41	80	8	110	25	15	25	35	1.94
58854673--58854914	43	5.7	42	76	7	206	23	15	30	30	1.95
58854708--58854821	39	2.8	39	79	13	117	23	10	34	31	1.89
58854699--58854912	82	2.6	81	80	5	214	22	14	31	32	1.93
58854955--58855013	30	2.0	30	100	0	118	13	22	27	37	1.91
58855798--58855830	13	2.5	13	86	13	50	21	24	0	54	1.45
58859356--58859391	19	1.9	19	94	5	65	30	0	0	69	0.89
58859657--58859708	27	2.0	25	81	11	59	11	15	0	73	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58866422--58866466	3	15.0	3	81	9	56	31	4	2	62	1.27
58866422--58866477	15	3.5	15	77	13	58	32	5	3	58	1.37
58868965--58869013	16	2.8	17	82	11	55	26	6	4	63	1.36
58878596--58878654	31	1.9	31	93	3	102	49	11	6	32	1.66
58883029--58883220	90	2.2	87	84	4	242	35	20	10	32	1.88
58883246--58883298	19	2.8	19	78	16	65	64	0	0	35	0.94
58883226--58883309	32	2.8	30	78	15	84	65	0	0	34	0.93
58883267--58883320	27	1.9	29	85	7	76	62	0	0	37	0.95
58883463--58883504	10	4.2	10	82	8	50	71	0	2	26	0.98
58883527--58883583	20	2.9	20	74	12	55	28	8	5	57	1.50
58883591--58883672	29	2.9	28	74	15	78	36	2	1	59	1.18
58883625--58883665	19	2.1	20	86	4	57	36	2	2	58	1.24
58883793--58884010	91	2.4	91	83	8	252	33	8	18	39	1.81
58886706--58886759	26	2.1	26	89	0	81	68	0	0	31	0.90
58886705--58886785	37	2.2	37	86	0	108	65	0	1	33	1.01
58886719--58886796	36	2.1	37	80	4	86	67	0	1	30	0.98
58893888--58894200	9	34.8	9	65	20	70	63	2	3	30	1.23
58893945--58894132	16	11.4	16	69	17	64	64	2	3	30	1.21
58893912--58893967	29	1.9	29	82	7	69	60	1	1	35	1.17
58893886--58894170	72	3.9	70	72	19	215	63	2	3	30	1.23
58893889--58894199	150	2.0	156	89	4	481	63	2	3	30	1.23
58894096--58894132	16	2.4	16	95	4	67	72	0	2	24	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58894162--58894199	20	1.9	20	89	10	60	65	2	2	28	1.19
58894014--58894245	30	8.4	27	70	22	119	64	3	3	29	1.24
58894481--58894526	10	4.8	10	73	10	51	36	0	0	63	0.95
58894427--58894526	38	2.6	37	79	13	96	34	2	1	63	1.13
58894418--58894553	9	14.6	9	65	13	51	32	2	1	63	1.15
58894418--58894526	40	2.9	37	77	10	105	33	1	0	64	1.11
58894420--58894537	18	6.3	19	69	11	64	34	2	0	61	1.15
58900220--58900262	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
58902683--58902730	3	16.0	3	86	0	69	62	2	4	31	1.26
58902753--58902793	18	2.3	18	87	8	57	65	0	9	24	1.22
58907074--58907221	57	2.5	59	84	9	185	31	21	25	22	1.98
58917364--58917482	49	2.6	47	85	6	154	26	22	22	27	1.99
58917451--58917894	87	4.9	87	71	13	306	28	17	18	35	1.94
58917402--58917936	136	3.9	135	76	5	499	27	19	18	34	1.95
58917364--58917698	44	7.4	44	71	11	163	26	19	20	33	1.97
58917373--58917979	273	2.2	274	84	2	815	28	19	18	33	1.96
58917857--58917972	44	2.6	44	81	5	119	29	25	14	30	1.95
58918927--58918959	14	2.3	15	89	5	50	30	33	6	30	1.82
58929896--58929928	17	2.0	17	88	5	50	66	0	0	33	0.92
58929923--58929947	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
58937692--58937744	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
58951655--58951688	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58954489--58954529	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
58956435--58956468	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
58958856--58958924	29	2.3	30	90	5	104	36	10	11	42	1.75
58958856--58958935	29	2.7	29	86	3	79	35	8	11	45	1.71
58959396--58959425	13	2.4	13	94	5	53	16	0	0	83	0.65
58959396--58959425	6	4.8	6	92	8	51	16	0	0	83	0.65
58960181--58960222	3	14.0	3	100	0	84	33	33	0	33	1.58
58961572--58961667	36	2.7	37	81	9	94	43	14	15	26	1.85
58961654--58961696	21	2.0	21	81	0	50	37	6	13	41	1.72
58961848--58961923	18	4.2	17	69	15	55	43	10	14	31	1.79
58961572--58961915	17	19.5	18	69	17	165	45	10	14	29	1.79
58961855--58961923	35	1.9	35	88	2	102	44	11	14	28	1.80
58962029--58962070	21	2.0	20	90	4	66	40	9	14	35	1.78
58962234--58962266	11	3.0	11	95	0	57	66	0	0	33	0.92
58962225--58962265	16	2.6	16	88	3	57	63	0	0	36	0.95
58962434--58962519	8	11.0	8	82	5	113	0	18	0	81	0.69
58962435--58962517	15	5.4	15	85	5	112	0	18	0	81	0.68
58962612--58962665	15	3.6	14	79	18	56	0	11	22	66	1.22
58962640--58962714	31	2.3	33	84	9	91	1	6	20	72	1.15
58962690--58962730	14	3.0	14	82	13	50	4	0	14	80	0.87
58962831--58962865	3	11.3	3	93	6	61	0	31	0	68	0.90
58962818--58962865	19	2.6	19	87	9	64	0	27	0	72	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58962931--58962980	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
58962935--58962977	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
58963229--58963345	30	3.9	30	80	7	105	45	2	21	30	1.65
58963244--58963345	30	3.4	30	86	2	134	45	2	21	30	1.67
58963216--58963345	60	2.2	59	79	4	145	44	2	20	33	1.64
58963341--58963375	14	2.4	15	90	4	54	28	0	2	68	1.04
58963566--58963601	13	2.8	13	91	0	54	61	5	8	25	1.46
58963617--58963887	54	5.1	54	90	6	410	37	16	16	29	1.91
58963866--58963900	14	2.5	14	95	0	61	60	0	17	22	1.37
58963992--58964239	85	2.8	87	81	10	308	36	18	18	26	1.94
58964152--58964185	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
58963992--58964246	91	2.9	88	83	9	324	37	18	18	26	1.93
58964204--58965010	192	4.2	192	96	0	1488	34	20	13	30	1.92
58975390--58975442	15	3.3	15	73	14	52	41	9	7	41	1.66
58975448--58975798	17	19.9	17	70	13	203	45	10	14	30	1.78
58975447--58975542	36	2.7	37	81	9	94	43	14	15	26	1.85
58975529--58975571	21	2.0	21	81	0	50	37	6	13	41	1.72
58975667--58975790	55	2.3	54	80	14	141	44	9	14	31	1.78
58975904--58975945	21	2.0	20	90	4	66	40	9	14	35	1.78
58976307--58976376	8	9.0	8	81	6	90	0	18	0	81	0.69
58976309--58976376	21	3.0	22	77	18	61	0	19	0	80	0.70
58976308--58976374	15	4.4	15	84	3	89	0	17	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58976468--58976522	15	3.6	15	72	20	51	0	14	20	65	1.27
58976469--58976558	16	5.5	16	75	7	83	1	10	21	67	1.26
58976503--58976573	33	2.2	32	85	10	90	1	5	21	71	1.14
58976515--58976574	17	3.4	17	72	17	50	1	3	18	76	1.00
58976676--58976725	7	7.6	7	82	14	54	0	26	0	74	0.83
58976690--58976725	3	11.3	3	88	11	54	0	30	0	69	0.89
58976676--58976723	17	2.9	17	90	3	71	0	25	0	75	0.81
58976676--58976725	10	5.1	10	83	11	59	0	26	0	74	0.83
58976791--58976840	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
58976795--58976837	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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