genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  37  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9742374--9742587	53	4.0	53	73	13	161	45	13	1	39	1.52
9742476--9742531	16	3.4	16	90	5	85	44	21	0	33	1.52
9742512--9742601	31	2.8	31	86	5	108	44	11	1	43	1.47
9742646--9742772	16	7.7	16	73	13	98	42	18	0	38	1.56
9748284--9748454	66	2.6	65	85	4	209	39	19	28	13	1.89
9748426--9748469	21	2.1	21	91	0	70	36	18	43	2	1.63
9748436--9748534	21	4.7	21	83	0	99	37	17	40	5	1.71
9748445--9748537	42	2.2	42	84	0	123	36	16	41	5	1.71
9748701--9748730	9	3.2	9	90	9	51	30	0	3	66	1.07
9748885--9749012	43	3.0	43	75	10	118	23	19	28	28	1.98
9748982--9749266	43	6.6	43	80	7	337	31	27	20	20	1.97
9748994--9749266	86	3.2	86	96	0	492	32	28	19	19	1.96
9748994--9749266	129	2.1	128	86	6	383	32	28	19	19	1.96
9749434--9749477	22	2.0	22	90	0	70	43	25	22	9	1.82
9755091--9755118	7	4.0	7	100	0	56	14	0	42	42	1.45
9755231--9755405	43	4.1	42	89	2	242	30	33	16	20	1.94
9755501--9755544	22	1.9	24	86	9	65	38	0	4	56	1.20
9756523--9756551	14	2.1	14	100	0	58	51	0	13	34	1.42
9759842--9759876	18	1.9	18	88	0	52	42	2	2	51	1.31
9759929--9760040	55	2.0	55	100	0	224	41	14	7	37	1.73
9760669--9760753	28	3.1	27	75	11	77	40	35	0	24	1.56
9761564--9761785	41	5.4	41	86	3	295	29	25	23	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9761564--9761785	123	1.8	123	87	7	335	29	25	23	21	1.99
9772800--9772824	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
9772901--9772929	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
9773524--9773572	6	7.8	6	88	6	71	46	16	18	18	1.84
9773552--9773701	45	3.3	44	83	3	192	42	18	18	21	1.90
9775077--9775135	9	6.6	9	78	18	61	54	3	0	42	1.17
9777118--9777146	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
9778938--9779201	46	5.5	46	72	19	216	28	23	14	33	1.94
9778979--9779106	62	2.0	64	91	5	208	29	25	11	33	1.91
9778938--9779152	108	2.0	107	94	0	376	28	24	14	33	1.94
9792797--9792857	22	2.8	22	76	0	59	8	11	11	68	1.38
9792785--9792846	33	1.9	32	86	3	88	6	8	14	70	1.30
9792789--9792858	33	2.2	33	81	2	79	7	10	12	70	1.34
9793958--9794051	19	4.8	19	79	5	116	38	10	17	34	1.84
9793958--9794058	40	2.6	37	80	8	114	38	9	16	34	1.82
9795359--9795553	98	2.0	98	93	0	336	29	9	23	37	1.87
9799631--9799681	13	3.8	14	78	21	56	80	0	19	0	0.71
9799631--9799680	7	7.6	7	80	10	52	82	0	18	0	0.68
9799631--9799686	20	2.8	20	86	5	78	80	0	17	1	0.80
9799631--9799692	6	9.8	6	78	14	54	79	0	19	1	0.82
9800987--9801194	44	4.7	44	65	11	111	30	18	25	25	1.98
9800883--9801503	132	4.7	132	91	0	940	32	18	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9801425--9801520	44	2.2	42	76	9	95	35	22	17	23	1.95
9801490--9802365	44	20.2	44	67	16	336	30	20	22	27	1.98
9801490--9802370	217	4.1	217	95	0	1494	30	20	22	27	1.98
9802573--9802645	19	3.8	19	85	0	110	36	9	17	35	1.83
9803950--9804144	98	2.0	98	96	0	363	28	10	24	36	1.88
9807033--9807149	61	2.0	61	93	5	204	26	10	16	47	1.78
9808522--9808576	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
9808714--9808808	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
9808789--9808856	16	4.2	16	96	0	118	35	36	0	27	1.58
9813109--9813170	31	2.0	31	90	0	97	38	11	6	43	1.66
9818009--9818183	96	1.8	96	82	0	224	31	32	15	21	1.94
9818094--9819044	120	7.9	120	84	1	1035	28	29	14	27	1.96
9823103--9823145	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
9826949--9827012	21	3.2	20	78	17	69	1	18	1	78	0.92
9826952--9827012	6	10.3	6	79	13	56	1	18	1	78	0.91
9826952--9827012	27	2.3	27	83	10	81	1	18	1	78	0.91
9827337--9828317	490	2.0	489	92	0	1640	27	15	24	33	1.95
9832206--9832284	30	2.7	29	80	3	86	51	0	3	44	1.19
9832295--9832337	22	1.9	23	90	4	70	46	2	0	51	1.13
9844975--9845021	24	2.0	24	86	0	67	17	10	6	65	1.43
9845251--9845841	196	3.0	196	94	0	1049	34	21	18	26	1.96
9845767--9845809	21	2.0	21	86	0	59	27	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9845876--9845991	14	8.1	14	70	16	53	6	30	1	62	1.29
9846873--9846969	3	33.7	3	77	10	87	4	27	1	67	1.16
9846868--9846969	46	2.2	46	82	5	118	3	27	0	67	1.14
9847338--9847386	24	2.2	21	89	10	71	28	2	0	69	1.00
9849212--9849256	17	2.8	16	83	12	56	37	2	6	53	1.40
9849245--9849309	25	2.5	26	80	12	64	44	3	3	49	1.33
9850939--9850974	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
9854095--9854155	31	2.0	31	93	0	104	27	6	14	50	1.68
9854097--9854163	31	2.2	31	88	0	98	28	7	11	52	1.65
9855266--9855313	21	2.3	20	82	13	53	66	14	0	18	1.25
9855860--9855885	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
9863924--9863963	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
9863909--9863975	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
9863903--9863979	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
9863954--9864040	33	2.7	32	74	15	88	27	9	18	44	1.80
9871477--9871700	115	1.9	117	84	8	307	37	7	10	44	1.67
9886013--9886055	3	14.3	3	100	0	86	65	0	0	34	0.93
9888102--9888141	21	1.9	21	89	0	62	47	25	0	27	1.52
9889382--9889426	20	2.2	20	84	7	56	24	22	8	44	1.81
9900148--9900178	3	10.0	3	93	6	53	64	3	32	0	1.09
9900986--9901013	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
9901201--9901227	5	5.4	5	100	0	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9905623--9905698	32	2.5	31	75	14	77	38	17	1	43	1.57
9905683--9905786	51	2.0	51	100	0	208	50	9	5	33	1.59
9905694--9905773	25	3.2	25	64	22	67	51	11	7	30	1.65
9909481--9909510	7	4.3	7	91	0	51	40	0	30	30	1.57
9914073--9914514	44	9.4	44	71	14	265	32	16	19	30	1.94
9914048--9914509	95	4.9	95	86	0	602	32	17	18	31	1.94
9914093--9914477	51	8.0	51	72	12	310	33	17	17	31	1.93
9914428--9914545	44	2.7	44	86	0	128	31	16	22	28	1.96
9916057--9916146	4	22.8	4	69	15	53	22	8	1	67	1.25
9916154--9916192	16	2.4	16	91	4	60	15	12	0	71	1.14
9923405--9923467	31	2.0	31	90	0	99	31	22	1	44	1.62
9923474--9923517	16	2.6	17	82	7	54	31	0	0	68	0.90
9923475--9923514	18	2.2	20	86	13	59	30	0	0	70	0.88
9923473--9923517	17	2.6	17	79	10	56	33	0	0	66	0.92
9952447--9952725	115	2.5	109	90	4	427	35	18	15	29	1.92
9952616--9952640	8	3.1	8	100	0	50	52	0	0	48	1.00
9954551--9954584	17	2.0	17	88	0	50	50	11	20	17	1.77
9955972--9956043	20	3.3	20	71	17	72	33	5	15	45	1.69
9955969--9956056	45	2.0	43	95	4	158	32	6	15	44	1.73
9956475--9956508	17	1.9	18	88	5	52	38	2	0	58	1.13
9964549--9965255	100	7.1	100	87	2	949	31	22	21	23	1.98
9964557--9965240	50	13.7	50	69	5	353	32	22	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9965259--9965495	89	2.7	89	89	1	368	29	24	23	22	1.99
9965271--9965493	44	5.0	44	71	11	168	29	24	23	22	1.99
9965259--9965483	45	5.0	45	70	13	196	28	23	24	23	1.99
9965534--9965846	132	2.4	132	91	0	491	30	17	23	27	1.97
9965534--9965893	132	2.7	132	87	2	366	31	18	22	26	1.97
9966986--9967016	12	2.6	12	100	0	62	29	48	22	0	1.51
9967678--9967723	15	2.9	15	87	12	58	15	4	2	78	1.01
9967726--9967764	17	2.2	18	90	4	62	25	0	0	74	0.82
9967674--9967760	14	6.3	14	74	18	58	20	3	1	74	1.03
9967676--9967767	17	5.4	17	72	20	59	20	3	1	75	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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