genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19252081--19252313	116	2.0	116	93	0	394	39	12	27	19	1.88
19252795--19252905	9	12.2	9	69	9	64	68	6	3	21	1.28
19252839--19252898	23	2.6	24	81	5	79	71	5	0	23	1.05
19252839--19252904	26	2.5	28	85	9	86	71	6	0	22	1.08
19253295--19253337	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
19256099--19256233	40	3.3	40	84	1	162	24	16	27	31	1.96
19256099--19256273	40	4.3	41	76	7	142	23	15	29	32	1.95
19258792--19258829	20	1.9	20	88	0	58	71	5	0	23	1.07
19261953--19261992	17	2.4	16	91	4	62	45	10	2	42	1.51
19265140--19265246	40	2.7	39	89	4	162	35	23	22	18	1.96
19265311--19265506	41	4.8	41	83	6	213	22	20	25	31	1.98
19265764--19265800	14	2.6	14	91	0	56	24	0	27	48	1.51
19265900--19265931	7	4.6	7	100	0	64	15	0	53	31	1.43
19265900--19265945	21	2.2	21	84	0	56	23	0	45	30	1.53
19265974--19266116	74	1.9	76	92	2	245	27	0	25	46	1.53
19266106--19266151	14	3.3	14	84	0	56	23	0	43	32	1.54
19266106--19266151	21	2.2	21	84	7	58	23	0	43	32	1.54
19271212--19271242	15	2.1	15	93	0	53	48	0	32	19	1.49
19271485--19271803	43	7.3	43	81	2	325	21	17	31	29	1.96
19271504--19271803	129	2.3	129	86	4	395	22	17	31	29	1.96
19273423--19273495	30	2.5	29	78	10	78	32	4	6	56	1.45
19279700--19279917	107	2.0	107	94	0	382	36	18	19	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19283766--19283801	9	4.0	9	88	0	54	38	0	0	61	0.96
19288884--19288919	15	2.4	15	90	0	54	75	5	2	16	1.12
19288924--19288968	17	2.6	17	89	6	65	75	0	17	6	1.01
19291232--19291506	45	6.1	45	86	0	361	30	17	23	29	1.97
19291487--19291630	44	3.2	44	69	9	130	28	26	25	20	1.99
19291456--19291705	89	2.8	89	87	0	338	30	24	21	24	1.99
19291694--19292122	132	3.2	132	88	2	612	30	20	23	25	1.98
19292275--19292465	89	2.1	89	78	7	201	27	19	25	28	1.99
19293635--19293712	3	25.3	3	70	14	52	29	7	2	60	1.38
19295474--19295514	21	1.9	22	90	5	66	51	4	21	21	1.67
19297016--19297052	18	2.1	18	100	0	74	21	24	27	27	1.99
19298881--19298927	15	3.2	15	75	3	51	29	0	2	68	1.02
19300124--19300190	31	2.1	31	83	8	82	61	4	1	32	1.25
19304209--19304249	21	2.0	21	85	0	55	41	2	17	39	1.62
19304592--19304639	25	2.0	25	83	4	62	16	27	18	37	1.92
19307297--19307324	9	3.1	9	100	0	56	64	10	10	14	1.50
19325385--19325441	18	3.2	18	70	9	53	40	24	7	28	1.81
19325669--19325814	65	2.3	63	81	11	156	47	15	3	33	1.63
19325700--19325814	34	3.7	30	77	7	113	46	16	3	33	1.64
19332385--19332419	16	2.2	16	100	0	70	11	37	0	51	1.38
19348691--19348743	26	2.0	26	92	0	88	62	1	0	35	1.06
19349478--19349524	20	2.2	21	85	7	60	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19350142--19350199	30	2.0	29	86	10	82	36	0	25	37	1.57
19350475--19350603	49	2.6	49	92	1	213	23	3	11	62	1.43
19350524--19350596	16	4.5	16	67	16	51	26	1	8	64	1.30
19350658--19350729	27	2.7	27	95	0	126	31	8	26	33	1.86
19352191--19352218	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
19352839--19352882	18	2.4	18	80	0	52	25	36	31	6	1.82
19359940--19359968	14	2.0	15	93	6	51	55	0	44	0	0.99
19369012--19369350	169	2.0	169	92	0	570	28	21	28	20	1.98
19375161--19375202	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
19375170--19375211	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
19375276--19375330	15	3.8	15	81	11	62	52	1	0	45	1.11
19375399--19375463	15	4.3	15	77	15	64	53	1	0	44	1.09
19375164--19375575	120	3.4	120	94	1	684	50	5	2	42	1.38
19375616--19375677	27	2.2	28	85	2	81	51	3	0	45	1.17
19375591--19375799	91	2.3	92	89	3	314	46	4	2	46	1.37
19379119--19379144	6	4.3	6	100	0	52	50	0	0	50	1.00
19379566--19379664	47	2.1	49	84	3	130	30	13	5	51	1.62
19380075--19380103	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
19388959--19389108	49	3.0	49	96	1	273	46	18	7	28	1.75
19389059--19389165	33	3.3	33	82	11	132	42	15	8	32	1.77
19392358--19392399	18	2.6	16	82	17	52	45	0	0	54	0.99
19392358--19392392	18	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19392478--19392512	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19392478--19392532	16	3.4	16	80	16	53	49	0	1	49	1.11
19392305--19392529	120	1.9	119	93	0	387	44	1	6	47	1.36
19392466--19392937	156	3.0	156	98	0	890	49	5	3	42	1.41
19392634--19392668	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19392634--19392688	15	3.4	16	80	16	53	47	0	1	50	1.11
19392790--19392824	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
19392989--19393079	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
19393060--19393095	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
19399029--19399060	17	1.9	17	93	6	57	43	3	0	53	1.16
19405313--19405388	38	2.1	37	85	5	100	46	1	1	51	1.17
19405374--19405482	34	3.3	31	80	14	112	41	1	1	55	1.21
19408200--19408233	16	2.1	16	88	0	50	47	0	17	35	1.48
19412629--19412936	43	7.2	43	81	1	323	28	29	16	25	1.97
19412634--19412936	128	2.4	128	81	1	347	29	29	16	25	1.97
19412629--19412936	85	3.6	85	82	2	348	28	29	16	25	1.97
19414900--19415015	51	2.3	51	95	0	214	43	25	2	27	1.67
19415338--19415439	40	2.5	40	85	0	123	24	22	25	27	2.00
19415455--19415539	40	2.1	40	86	0	116	27	20	17	35	1.95
19419565--19419621	21	2.7	21	71	10	53	21	19	33	26	1.97
19422428--19422571	59	2.4	59	91	0	225	24	26	13	36	1.92
19422445--19422543	29	3.4	29	74	13	103	26	26	12	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19422470--19422611	29	4.8	29	74	9	126	22	24	13	39	1.90
19429240--19429286	10	4.6	10	85	12	60	65	0	0	34	0.93
19429247--19429284	12	3.5	11	89	10	60	65	0	0	34	0.93
19429678--19429720	9	4.8	9	76	0	50	58	0	2	39	1.11
19429678--19429734	18	3.2	19	80	9	57	63	0	3	33	1.12
19429752--19429789	19	2.0	19	85	10	51	63	7	0	28	1.23
19430034--19430160	10	12.6	10	66	17	50	26	6	1	65	1.26
19430237--19430489	90	2.8	88	81	6	287	34	12	18	34	1.88
19430716--19431218	36	13.5	36	70	11	273	45	14	19	21	1.85
19430767--19430913	75	2.0	75	80	2	170	45	16	19	18	1.85
19430923--19431258	147	2.3	146	89	1	485	45	13	19	20	1.84
19432590--19432654	25	2.6	25	97	0	121	24	27	15	32	1.95
19435735--19435888	50	3.0	49	81	7	155	25	21	29	23	1.99
19436133--19436194	24	2.6	24	80	16	76	38	0	0	61	0.96
19436133--19436198	5	13.6	5	80	17	77	39	0	0	60	0.97
19436132--19436199	29	2.4	28	81	16	77	39	0	0	60	0.97
19436352--19436399	22	2.2	22	82	14	55	70	8	20	0	1.12
19436753--19436797	22	2.0	24	91	8	76	57	0	17	24	1.40
19444301--19444755	231	2.0	230	84	3	601	33	12	22	31	1.91
19447780--19447847	25	2.7	25	81	0	82	19	33	22	25	1.97
19447819--19447929	50	2.2	50	78	9	111	27	26	18	28	1.98
19448760--19448865	56	1.9	56	86	0	149	20	28	29	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19449258--19449464	36	5.6	36	74	10	168	43	10	20	25	1.83
19449258--19449464	75	2.8	75	79	3	206	43	10	20	25	1.83
19449427--19449794	75	4.9	75	79	8	333	44	14	19	22	1.87
19449486--19449794	147	2.1	148	84	3	399	44	16	17	21	1.87
19449507--19449803	36	8.1	35	72	12	211	44	15	18	22	1.87
19453401--19453679	51	5.5	50	74	6	231	24	17	27	30	1.97
19453396--19453681	101	2.8	101	90	1	448	24	18	27	30	1.98
19453451--19453681	51	4.6	50	79	11	247	23	18	26	31	1.97
19453603--19453683	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
19453691--19453817	43	3.0	42	79	14	161	23	18	24	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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