genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12708777--12708836	26	2.3	26	86	11	79	6	10	11	71	1.30
12708788--12708848	32	1.9	31	90	3	95	6	6	13	73	1.22
12708788--12708848	26	2.4	26	81	8	63	6	6	13	73	1.22
12719736--12719773	20	2.0	20	84	5	51	2	21	0	76	0.91
12730446--12730497	23	2.2	25	86	6	72	51	5	1	40	1.37
12732983--12733025	22	2.0	22	90	0	68	34	6	25	32	1.83
12735492--12735706	113	1.9	113	88	1	324	28	18	8	44	1.79
12735492--12735719	56	4.0	56	86	1	303	28	18	7	45	1.78
12737082--12737287	103	2.0	103	91	0	333	34	16	18	30	1.93
12743201--12743271	25	2.8	25	78	2	70	23	21	18	36	1.95
12743412--12743479	30	2.4	28	83	9	91	39	2	20	36	1.68
12743414--12743471	30	1.9	30	92	0	98	39	3	18	37	1.68
12759554--12759604	24	2.1	25	82	10	61	7	31	1	58	1.37
12759823--12759859	20	1.9	18	89	10	56	37	2	5	54	1.38
12763690--12763727	11	3.2	12	82	17	53	60	0	2	36	1.11
12763672--12763753	39	2.0	41	81	11	98	64	0	1	34	1.01
12763772--12763797	6	4.3	6	100	0	52	0	30	69	0	0.89
12764255--12764295	17	2.5	17	84	11	50	41	0	0	58	0.98
12769009--12769041	13	2.6	13	90	4	50	54	9	6	30	1.56
12770508--12770543	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
12771007--12771367	44	8.2	44	67	8	187	28	23	18	29	1.98
12770979--12772144	132	8.8	132	90	0	1712	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12778138--12778170	13	2.6	13	90	4	50	54	9	6	30	1.56
12779645--12779680	17	2.2	17	90	5	56	8	5	36	50	1.56
12780290--12780368	41	1.9	40	85	10	106	29	15	22	32	1.95
12780386--12780642	43	6.0	42	82	4	266	22	19	30	27	1.98
12780382--12780639	87	3.0	86	81	5	281	22	18	31	27	1.97
12780400--12780642	85	2.8	86	82	3	285	22	20	30	26	1.98
12781796--12781851	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
12789598--12789629	3	10.7	3	93	0	55	37	0	0	62	0.95
12793535--12793583	23	2.1	23	85	7	64	61	2	0	36	1.08
12794505--12794757	43	5.9	43	84	1	247	28	31	16	23	1.96
12799271--12799328	19	3.1	17	79	18	62	56	0	6	36	1.26
12799581--12799640	10	5.8	10	75	11	50	45	5	0	50	1.23
12799609--12799641	12	2.9	12	86	13	52	42	6	0	51	1.26
12799574--12799646	30	2.4	30	82	8	87	47	4	1	46	1.30
12799575--12799646	20	3.6	19	73	15	65	47	4	1	47	1.30
12800395--12800456	21	2.9	21	75	15	65	38	37	0	24	1.56
12800565--12800659	7	13.3	7	75	8	50	33	44	3	18	1.66
12801258--12801368	41	2.7	41	87	2	143	25	27	25	22	2.00
12801427--12801502	40	1.9	40	88	0	116	18	21	26	34	1.96
12801671--12801717	9	5.2	9	87	7	69	63	2	0	34	1.06
12801688--12801742	9	5.2	11	83	12	55	67	1	0	30	1.01
12806869--12806949	26	3.1	25	85	8	108	55	0	7	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12806869--12806949	27	3.1	25	85	8	99	55	0	7	37	1.28
12811184--12811376	26	7.6	25	71	11	117	39	19	21	19	1.92
12811451--12811629	65	2.7	65	84	4	243	38	19	17	24	1.93
12830824--12831031	27	7.8	27	77	2	186	20	15	20	44	1.87
12830824--12831041	54	4.1	54	76	3	210	20	14	20	44	1.86
12837879--12837909	16	1.9	16	100	0	62	25	16	19	38	1.92
12839368--12839459	28	3.3	27	75	6	94	26	21	23	28	1.99
12848248--12848277	12	2.5	12	94	0	51	30	6	16	46	1.73
12863776--12863821	24	1.9	25	86	8	69	32	8	15	43	1.77
12865763--12865974	44	4.8	44	84	1	226	30	19	17	32	1.95
12872866--12872928	25	2.5	25	82	5	74	31	20	28	19	1.97
12872896--12872972	24	3.2	23	77	14	66	38	20	23	16	1.92
12873003--12873058	27	2.1	27	83	9	71	39	12	25	23	1.89
12875081--12875187	40	2.7	39	89	7	153	29	20	26	23	1.99
12875192--12875337	42	3.5	42	81	6	170	22	17	24	35	1.95
12884091--12884144	22	2.4	23	75	3	56	74	3	7	14	1.18
12889397--12889440	21	2.2	20	91	4	70	31	22	15	29	1.95
12889401--12889446	21	2.2	21	84	7	58	36	21	13	28	1.91
12915380--12915419	21	1.9	21	89	0	62	45	35	10	10	1.71
12916994--12917028	17	2.1	17	100	0	70	51	5	25	17	1.67
12924054--12924132	7	11.3	7	79	15	56	35	0	49	15	1.45
12937752--12938096	102	3.4	102	89	2	532	32	27	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12938001--12938082	27	2.7	30	85	12	107	30	31	21	15	1.95
12942400--12942434	16	2.1	17	89	5	54	37	0	48	14	1.44
12942984--12943042	30	1.9	29	83	10	73	52	6	5	35	1.50
12946543--12946575	17	1.9	17	88	11	50	42	0	0	57	0.98
12959661--12959925	68	3.9	67	90	3	406	27	5	4	62	1.36
12959702--12959785	16	5.1	16	66	11	53	30	3	3	61	1.30
12959661--12959922	135	1.9	137	91	3	431	27	5	4	62	1.36
12962115--12962212	44	2.2	44	96	0	178	31	25	14	28	1.95
12962180--12962270	47	1.9	47	88	4	139	26	23	17	32	1.96
12966281--12966617	68	4.8	68	90	7	516	27	7	4	61	1.40
12974923--12974984	21	2.9	21	82	2	70	27	22	9	40	1.85
12978062--12978329	43	6.2	43	87	4	330	29	26	18	25	1.98
12978494--12978523	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
12983086--12983136	21	2.4	22	86	6	77	31	43	0	25	1.55
12983153--12983190	14	2.7	15	84	12	53	44	26	0	28	1.54
12983355--12983439	29	2.9	29	78	16	79	42	37	0	20	1.52
12983372--12983425	15	3.7	15	72	20	51	44	40	0	14	1.46
12983841--12984073	41	5.7	40	82	4	252	34	26	21	17	1.96
12984305--12984447	69	2.0	70	82	5	173	30	10	11	46	1.74
12984806--12984899	40	2.4	39	82	8	111	37	25	21	15	1.93
12985083--12986047	114	8.4	114	82	8	1179	35	18	21	25	1.96
12985256--12985946	348	2.0	350	87	3	1008	35	18	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12988592--12988649	16	3.4	16	82	13	80	36	5	15	43	1.69
12988601--12988655	16	3.1	18	80	15	78	34	5	16	43	1.71
12988712--12988785	29	2.5	30	72	10	71	60	10	8	20	1.54
12989042--12989114	21	3.3	21	67	23	60	30	5	4	60	1.38
12989063--12989100	14	2.8	13	88	11	58	34	0	0	65	0.93
12989804--12990361	9	64.4	9	64	21	135	44	18	2	35	1.62
12989806--12990071	25	10.6	25	77	7	209	45	19	0	34	1.56
12989993--12990154	41	3.9	41	88	1	198	43	17	3	35	1.65
12990081--12990114	16	2.1	16	88	0	50	41	14	5	38	1.70
12990110--12990165	25	2.2	24	75	9	58	42	10	3	42	1.56
12990126--12990255	25	5.2	25	75	8	84	43	16	3	36	1.63
12990264--12990343	28	3.0	27	82	7	92	47	15	1	36	1.53
12990234--12990348	16	7.3	16	71	20	82	47	19	0	32	1.55
12990245--12990356	25	4.4	25	79	10	118	46	18	0	33	1.56
12995249--12995301	21	2.5	21	84	6	63	30	11	45	13	1.78
12995721--12995852	45	3.0	43	80	8	140	31	19	28	21	1.97
12995683--12995855	44	3.9	42	77	10	150	31	19	26	23	1.98
12999638--12999671	17	2.1	16	88	5	50	23	32	17	26	1.97
13002073--13002133	29	2.1	29	81	0	68	18	32	36	13	1.89
13015518--13016059	44	12.4	44	69	7	293	28	21	23	26	1.99
13015513--13015719	85	2.4	87	78	6	206	28	21	25	25	1.99
13015603--13015946	133	2.6	132	86	2	422	28	21	24	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13015821--13016031	88	2.4	88	91	0	332	28	20	23	27	1.99
13019737--13019773	18	2.0	19	94	5	67	5	10	13	70	1.32
13022054--13022079	7	3.7	7	100	0	52	88	0	11	0	0.52
13022048--13022084	14	2.6	14	82	0	56	81	5	8	5	0.99
13023003--13023037	14	2.5	14	85	0	52	71	0	14	14	1.15
13024233--13024551	131	2.4	131	93	0	539	30	21	24	23	1.99
13024648--13024760	44	2.7	42	85	9	124	22	21	26	30	1.99
13025894--13025952	20	2.9	21	85	9	79	30	3	3	62	1.28
13025899--13026046	21	6.5	21	70	20	84	33	4	3	58	1.33
13025991--13026044	22	2.4	22	81	9	56	38	5	1	53	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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