genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  51  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13767009--13767177	22	8.5	21	68	20	94	23	0	28	47	1.52
13767023--13767118	29	3.3	29	66	9	70	23	0	28	47	1.52
13767023--13767098	37	2.1	37	87	0	107	23	0	26	50	1.50
13766934--13767130	109	1.8	108	86	7	292	23	0	26	50	1.50
13767084--13767184	29	3.5	29	71	10	98	21	0	32	45	1.52
13767139--13767188	21	2.3	22	89	6	84	22	0	36	42	1.54
13766997--13767184	59	3.2	58	84	8	231	23	0	29	47	1.52
13767143--13767185	7	6.1	7	81	10	52	20	0	37	41	1.53
13767139--13767188	14	3.5	14	77	2	55	22	0	36	42	1.54
13768083--13768385	21	14.5	21	76	7	267	28	1	25	44	1.62
13768083--13768377	43	7.1	42	77	12	207	27	1	25	45	1.62
13768086--13768385	64	4.8	63	74	14	199	28	1	25	44	1.62
13768244--13768285	15	2.9	15	82	3	50	26	0	21	52	1.47
13769736--13769978	50	4.8	50	90	0	360	21	30	21	26	1.98
13770316--13770371	30	1.9	29	82	7	69	30	23	5	41	1.76
13771141--13771263	22	5.4	22	82	11	149	22	0	30	47	1.52
13772135--13772495	180	2.0	180	95	0	650	23	26	20	29	1.99
13772812--13772849	20	2.0	20	89	5	60	55	7	2	34	1.43
13773741--13773786	10	4.8	10	81	7	60	67	0	0	32	0.91
13773781--13773880	51	2.0	51	90	4	157	44	3	26	27	1.69
13773840--13773916	11	6.9	11	80	14	54	45	1	29	23	1.61
13773840--13773916	22	3.5	21	77	13	75	45	1	29	23	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13777825--13777893	3	23.0	3	100	0	138	66	0	33	0	0.92
13778894--13778942	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
13787424--13787473	22	2.3	22	92	0	82	28	32	0	40	1.57
13787426--13787526	52	1.9	52	93	0	175	30	30	0	37	1.64
13787478--13787525	22	2.2	22	88	7	71	31	31	0	37	1.58
13787561--13787627	31	2.1	32	97	2	127	35	0	0	64	0.94
13789963--13790343	30	12.2	30	82	13	400	45	24	0	29	1.57
13789941--13790345	130	3.2	124	84	11	534	45	24	0	29	1.57
13790126--13790170	24	1.9	23	90	4	72	44	26	0	28	1.55
13790271--13790327	26	2.2	26	90	3	89	47	22	0	29	1.52
13790340--13790497	56	2.8	56	99	0	307	35	10	10	43	1.75
13793524--13793803	124	2.3	124	92	1	463	33	20	15	30	1.93
13801317--13801343	3	9.0	3	100	0	54	33	0	66	0	0.92
13809427--13809484	27	2.1	27	83	3	71	29	18	5	46	1.71
13810582--13810613	15	2.0	17	88	11	50	18	0	6	75	1.01
13811554--13811595	22	1.9	22	85	0	57	30	28	0	40	1.57
13817547--13817695	73	2.0	73	90	0	235	35	15	14	34	1.87
13818442--13818506	29	2.1	32	91	8	109	53	1	3	41	1.25
13824340--13824452	60	1.9	60	85	3	156	22	23	23	30	1.99
13825716--13825749	3	11.7	3	93	6	61	32	0	0	67	0.91
13826631--13826669	15	2.7	15	92	4	62	61	30	7	0	1.24
13826631--13826676	15	3.1	15	87	6	58	60	30	6	2	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13827457--13827504	6	8.0	6	90	0	78	47	33	0	18	1.49
13828888--13828956	16	4.3	16	92	0	120	40	5	33	20	1.76
13829110--13829142	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
13829087--13829198	18	5.1	21	68	23	70	55	0	0	42	1.12
13829105--13829221	55	2.1	55	83	10	141	54	2	0	42	1.14
13829477--13829638	77	2.1	77	96	0	297	42	10	6	40	1.64
13831507--13831568	31	2.0	31	93	6	108	51	17	4	25	1.65
13852932--13853053	42	2.9	42	86	4	149	15	22	18	42	1.88
13852980--13853048	21	3.3	21	77	0	66	15	21	20	42	1.89
13853022--13853062	21	2.0	21	85	0	55	14	17	21	46	1.84
13857289--13857338	25	2.0	25	84	0	64	30	18	26	26	1.98
13857323--13857457	24	5.5	24	68	11	67	34	17	28	20	1.95
13857564--13857611	24	2.0	24	83	4	60	33	18	25	22	1.97
13867057--13867089	4	8.2	4	87	12	50	75	0	0	24	0.80
13869627--13869888	100	2.6	101	85	1	323	30	15	25	28	1.96
13877479--13877547	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
13877479--13877547	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
13877528--13877618	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
13877763--13877817	15	3.4	16	80	16	53	54	1	0	43	1.10
13877769--13877817	16	2.9	18	80	20	61	55	0	0	44	0.99
13877776--13878055	117	2.4	118	92	3	465	50	5	1	42	1.34
13878014--13878054	16	2.5	17	85	14	52	53	0	2	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13881537--13881605	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
13881537--13881605	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
13881586--13881676	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
13881841--13881877	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
13881871--13882058	61	3.1	59	68	21	147	48	6	2	42	1.42
13881919--13882104	59	3.1	58	68	19	148	51	3	2	41	1.34
13881821--13882110	120	2.4	120	89	4	449	49	4	2	43	1.35
13895526--13895575	15	2.9	17	77	17	50	74	2	14	10	1.16
13899621--13899687	21	3.1	21	82	4	71	34	32	2	29	1.73
13901167--13901199	10	3.2	11	91	8	52	9	6	6	78	1.08
13904408--13904451	22	2.0	22	95	0	79	25	36	4	34	1.76
13907490--13907536	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
13909212--13909246	18	1.9	18	88	11	54	22	20	0	57	1.41
13910141--13910189	15	3.6	14	82	17	59	6	16	6	71	1.27
13910118--13910203	29	3.0	29	75	14	97	11	12	5	69	1.34
13910156--13910241	12	6.5	13	74	21	65	13	8	5	72	1.27
13911726--13911772	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
13912780--13912822	20	2.2	20	86	0	59	53	2	30	13	1.53
13914781--13914824	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
13917441--13917513	29	2.5	29	95	0	128	31	9	13	45	1.76
13921530--13921607	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
13921560--13921887	174	1.9	174	95	0	593	30	14	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13932110--13932151	11	3.7	11	93	6	75	78	7	0	14	0.95
13932110--13932151	12	3.6	12	96	3	77	78	7	0	14	0.95
13932197--13932256	25	2.3	26	85	5	77	75	1	11	11	1.13
13933159--13933197	15	2.4	15	87	12	51	66	2	20	10	1.33
13938771--13938809	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
13939999--13940023	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
13940518--13940566	20	2.4	20	82	3	53	24	18	28	28	1.98
13940530--13940567	20	1.9	20	88	0	58	18	21	34	26	1.96
13943365--13943411	12	3.8	12	94	5	76	12	8	2	76	1.09
13944370--13944394	13	1.9	13	100	0	50	36	16	32	16	1.90
13944889--13944937	20	2.4	20	82	3	53	24	18	28	28	1.98
13944901--13944938	20	1.9	20	88	0	58	18	21	34	26	1.96
13947604--13947637	10	3.3	10	91	4	50	76	8	0	14	1.01
13947604--13947638	11	3.3	11	96	4	63	77	8	0	14	0.99
13947588--13947647	21	2.8	21	74	2	57	78	5	8	8	1.09
13948603--13948641	15	2.6	14	88	8	51	76	0	17	5	0.96
13953246--13953290	21	2.1	21	84	15	58	71	0	20	8	1.12
13965386--13965448	21	3.0	21	88	2	81	33	31	4	30	1.78
13967417--13967460	22	2.0	22	90	0	70	36	4	34	25	1.76
13971761--13971794	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
13971744--13971803	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
13971872--13971896	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13974130--13974168	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
13975565--13975598	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
13975548--13975607	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
13980049--13980114	21	3.0	22	86	4	80	30	4	30	34	1.78
13986436--13986465	12	2.6	12	94	5	53	23	16	13	46	1.82
13986513--13986571	27	2.5	23	75	21	59	5	16	1	76	1.05
13986515--13986585	37	1.9	37	86	11	101	4	16	2	76	1.07
13986511--13986586	16	4.4	16	73	20	57	3	18	2	75	1.08
13989280--13989376	30	3.2	30	73	2	97	28	14	26	29	1.95
13989894--13989918	12	2.1	12	100	0	50	16	12	0	72	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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