genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  86  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23603892--23603947	28	2.0	28	82	3	67	26	3	7	62	1.38
23604510--23604584	35	2.2	32	83	6	87	33	1	1	64	1.11
23612024--23612185	87	1.9	86	84	1	216	27	12	21	38	1.89
23615480--23615513	16	2.1	16	88	0	50	20	14	20	44	1.87
23626126--23626593	132	3.5	132	90	0	722	29	18	23	27	1.98
23630073--23630134	20	3.3	19	70	25	60	41	4	4	48	1.46
23637992--23638023	8	4.2	8	84	15	50	78	0	0	21	0.76
23637991--23638031	17	2.5	17	80	11	50	80	0	0	19	0.71
23637991--23638033	11	3.9	11	84	9	61	79	0	0	20	0.74
23637992--23638060	11	6.1	11	75	12	59	69	2	0	27	1.02
23640212--23640309	51	1.9	51	87	4	144	30	31	19	18	1.96
23650061--23650136	23	3.3	23	92	0	134	30	26	21	22	1.99
23650360--23650396	17	2.1	18	85	14	51	45	13	0	40	1.43
23650747--23650789	18	2.4	17	81	11	50	27	25	0	46	1.53
23662646--23662714	35	2.0	35	100	0	138	63	0	34	1	1.03
23662646--23662714	29	2.4	28	80	4	75	63	0	34	1	1.03
23674825--23674867	9	4.4	9	85	8	50	76	2	2	18	1.00
23674825--23674866	14	2.9	15	82	7	50	78	2	2	16	0.96
23677678--23677847	85	2.0	83	86	2	232	27	34	19	18	1.95
23678474--23678515	5	8.4	5	79	10	50	76	2	2	19	1.01
23678569--23678672	51	2.0	51	100	0	208	58	17	8	15	1.61
23679855--23679892	15	2.5	16	83	12	53	18	5	2	73	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23679866--23679901	5	7.2	5	96	0	54	19	5	0	75	1.00
23693284--23693320	11	3.1	12	88	11	58	64	2	8	24	1.34
23696643--23696683	17	2.2	19	83	12	50	19	7	2	70	1.22
23697056--23697157	48	2.1	48	96	1	188	29	4	9	55	1.53
23703707--23703750	7	6.3	7	100	0	88	29	29	40	0	1.57
23711088--23711249	57	2.8	57	85	1	191	32	11	6	49	1.66
23716564--23716647	26	3.2	26	88	6	116	26	13	9	51	1.71
23717754--23718373	208	3.0	208	90	1	983	35	17	7	39	1.77
23718556--23718717	84	1.9	84	96	0	297	45	14	4	36	1.64
23719126--23719182	28	2.0	28	100	0	114	54	3	14	28	1.56
23723217--23723328	35	3.2	35	79	0	134	18	15	30	35	1.92
23724184--23724213	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
23725101--23725160	19	3.0	19	79	13	59	30	3	8	58	1.44
23729083--23729119	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
23729332--23729390	29	2.0	31	86	6	86	20	40	0	38	1.53
23730033--23730063	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
23740011--23740176	45	3.7	45	93	0	289	19	18	16	44	1.87
23740023--23740137	21	5.2	21	61	19	54	20	18	14	46	1.83
23745367--23745517	35	4.3	35	80	0	185	21	14	27	37	1.92
23752804--23752999	35	5.6	35	79	2	196	19	14	28	36	1.92
23752810--23752999	70	2.7	69	79	4	220	20	14	27	36	1.92
23755608--23755639	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23755665--23755698	17	2.1	17	88	5	52	52	2	0	44	1.16
23756452--23756815	183	2.0	183	93	1	622	45	9	15	30	1.77
23788388--23788440	28	1.9	28	85	11	74	39	0	5	54	1.24
23798707--23798758	26	2.0	26	100	0	104	34	19	11	34	1.88
23803383--23803415	15	2.1	16	88	5	50	63	15	3	18	1.43
23807544--23807669	66	1.9	66	85	0	171	23	27	20	27	1.99
23808445--23808954	255	2.0	255	96	0	939	27	22	13	36	1.92
23810770--23810835	25	2.7	24	81	9	80	22	21	22	33	1.97
23810778--23810835	25	2.3	25	90	0	98	22	20	24	32	1.98
23810778--23810844	25	2.7	25	85	0	71	25	20	22	31	1.98
23813593--23813661	3	23.3	3	74	2	59	31	2	1	63	1.18
23813589--23813638	12	4.2	12	82	5	66	36	2	2	60	1.20
23813588--23813664	18	4.2	18	76	5	73	31	2	1	64	1.15
23815623--23815714	47	2.0	47	91	0	148	48	13	7	30	1.69
23828216--23828256	21	2.0	21	85	9	57	31	9	9	48	1.69
23829488--23829557	9	7.1	9	74	15	50	34	4	1	60	1.25
23831796--23831930	70	1.9	69	96	1	252	51	9	15	23	1.73
23833207--23833369	43	3.8	42	81	7	177	33	23	16	26	1.96
23833194--23833349	43	3.7	43	86	3	183	30	25	17	26	1.98
23835508--23835548	20	2.1	20	86	4	57	63	7	14	14	1.50
23836471--23836513	22	1.9	23	85	4	61	32	23	2	41	1.67
23837164--23837381	7	31.1	7	72	3	89	47	28	1	22	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23837168--23837357	28	6.8	28	70	18	108	48	26	2	22	1.62
23837554--23837585	7	4.6	7	96	0	55	59	18	0	21	1.38
23837554--23837593	14	2.9	14	88	0	62	55	22	0	22	1.44
23837935--23838043	41	2.7	41	81	1	121	24	22	19	33	1.97
23837714--23838156	157	2.8	154	85	5	570	27	22	16	32	1.96
23837995--23838213	115	1.9	115	88	0	332	26	21	16	35	1.95
23838205--23838350	40	3.7	40	83	0	148	28	20	19	32	1.97
23837979--23838272	114	2.6	115	82	1	365	26	21	17	34	1.96
23838665--23838889	110	2.1	109	95	1	414	30	17	28	23	1.97
23838868--23838927	28	2.1	28	100	0	120	20	28	25	26	1.99
23839907--23839949	15	2.8	15	77	16	52	37	0	0	62	0.95
23839907--23839949	22	2.0	22	86	9	61	37	0	0	62	0.95
23840245--23840352	24	3.9	28	70	18	82	21	25	9	44	1.81
23840299--23840352	29	1.9	28	85	7	74	24	24	9	42	1.83
23863291--23863338	24	2.0	24	84	8	62	35	22	22	18	1.96
23864799--23865396	268	2.2	267	81	5	697	37	11	17	33	1.85
23864799--23865396	134	4.5	134	80	5	620	37	11	17	33	1.85
23867721--23867793	27	2.7	27	89	0	101	30	10	27	31	1.91
23867721--23867804	27	3.1	26	81	6	87	33	10	26	29	1.90
23867901--23867996	27	3.6	27	83	8	115	41	14	23	19	1.89
23869202--23869246	24	1.9	23	81	4	54	35	15	15	33	1.89
23879366--23879404	19	2.1	19	85	9	53	43	2	25	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23879832--23879871	20	2.0	21	90	5	64	60	2	0	37	1.11
23883339--23883438	34	2.9	34	89	0	146	63	10	8	19	1.50
23883488--23883574	40	2.2	40	82	2	102	58	10	2	28	1.43
23890438--23890497	27	2.2	27	87	0	93	20	23	26	30	1.98
23893421--23893769	40	8.7	40	95	0	608	22	26	20	31	1.98
23895964--23896031	4	16.0	4	82	14	50	0	19	7	73	1.06
23895968--23896032	10	6.9	9	80	13	60	0	18	7	73	1.06
23895968--23896028	15	4.3	14	78	13	54	0	19	8	72	1.10
23901706--23902034	124	2.7	124	81	1	365	31	23	16	28	1.96
23902207--23902288	17	4.8	17	71	14	69	40	14	10	34	1.81
23906984--23907013	15	2.0	15	100	0	60	46	0	26	26	1.53
23911169--23911274	47	2.3	47	83	1	124	33	6	14	45	1.70
23911192--23911283	47	2.0	47	91	0	148	30	7	13	48	1.69
23913033--23913080	20	2.3	20	85	7	60	60	0	2	37	1.09
23913245--23913313	3	23.3	3	76	2	68	65	1	2	30	1.16
23913242--23913318	18	4.2	18	80	5	82	66	1	2	29	1.13
23914286--23914319	17	1.9	17	88	5	50	44	2	5	47	1.42
23914381--23914413	11	3.1	11	86	4	50	69	18	0	12	1.18
23914978--23915010	16	2.1	16	100	0	66	36	6	36	21	1.78
23914990--23915086	44	2.2	44	88	5	142	32	5	29	31	1.80
23915217--23915265	16	3.1	16	88	11	82	42	6	30	20	1.76
23914978--23915449	255	1.9	255	96	0	874	37	6	23	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23915498--23915532	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23915618--23915652	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23915736--23915772	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23915856--23915892	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23915976--23916012	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
23915476--23916013	120	4.5	121	97	0	949	47	5	2	44	1.40
23915950--23916089	25	5.6	25	67	15	83	47	0	3	47	1.24
23916033--23916189	78	2.0	78	93	1	271	47	2	2	47	1.29
23916098--23916238	44	3.1	43	67	22	119	46	3	2	46	1.34
23916146--23916297	47	3.3	47	72	15	172	48	3	2	45	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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