genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  97  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27209503--27209533	15	2.1	15	93	0	53	25	3	0	70	1.02
27229287--27229334	25	1.9	25	83	8	62	37	0	2	60	1.09
27230959--27231090	50	2.6	50	81	0	147	27	23	26	22	2.00
27230965--27231141	50	3.6	50	80	3	144	28	20	26	24	1.99
27235341--27235382	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
27237224--27237286	31	2.0	32	96	3	119	25	9	30	34	1.88
27238523--27238693	27	6.3	27	75	11	127	35	11	25	28	1.90
27238532--27238684	81	1.9	81	88	0	234	35	9	24	30	1.87
27240529--27240579	18	2.8	18	72	0	57	17	29	3	49	1.65
27247694--27247739	23	2.0	23	87	8	67	39	4	17	39	1.69
27251180--27251218	17	2.3	17	90	0	60	69	2	2	25	1.14
27252107--27252161	27	2.0	27	96	0	101	30	16	27	25	1.96
27254096--27254167	33	2.2	33	82	2	81	31	2	6	58	1.39
27255471--27255544	27	2.8	27	77	8	71	28	32	13	25	1.94
27261337--27261388	26	2.0	26	85	7	70	13	5	26	53	1.62
27267359--27267456	43	2.3	43	80	7	119	29	17	24	28	1.97
27270040--27270091	16	3.2	16	73	13	52	25	1	25	48	1.62
27270067--27270106	16	2.5	16	87	0	62	30	0	20	50	1.49
27270608--27270649	21	2.0	21	86	9	59	30	2	2	64	1.19
27270703--27270747	19	2.2	20	84	11	56	33	0	4	62	1.15
27272637--27272746	54	2.0	54	87	0	157	54	8	10	26	1.63
27273721--27273785	27	2.4	27	92	2	105	46	12	12	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27273848--27273883	14	2.6	14	95	0	63	61	11	5	22	1.50
27275101--27275167	31	2.1	32	86	8	93	11	7	7	73	1.26
27279023--27279063	3	13.7	3	100	0	82	34	0	34	31	1.58
27279593--27279637	21	2.1	21	95	0	81	40	2	13	44	1.56
27285263--27285300	20	1.9	20	89	10	60	47	10	21	21	1.80
27288648--27288683	18	1.9	19	88	5	56	25	5	19	50	1.69
27297273--27297329	30	1.9	29	85	3	78	43	1	21	33	1.63
27297668--27297909	50	4.7	50	78	6	195	28	20	26	24	1.99
27299506--27299531	12	2.2	12	100	0	52	34	15	15	34	1.89
27302565--27302597	16	2.0	17	94	5	59	54	0	15	30	1.41
27307485--27307542	30	1.9	30	85	0	80	46	1	8	43	1.44
27324913--27324946	4	8.5	4	93	0	59	73	0	0	26	0.83
27350706--27350892	50	3.8	51	81	3	204	28	23	27	20	1.99
27351766--27351817	15	3.4	16	75	25	58	59	0	0	40	0.97
27351758--27351810	24	2.1	26	86	10	74	56	0	0	43	0.99
27351758--27351822	30	2.3	27	86	7	85	58	0	0	41	0.98
27352330--27352529	108	1.9	106	91	2	328	33	20	19	28	1.96
27353204--27353233	12	2.6	12	94	5	53	56	0	6	36	1.26
27354798--27354992	41	4.6	42	73	13	168	25	21	25	28	1.99
27354745--27355035	44	6.8	43	72	9	175	25	21	22	30	1.99
27354745--27355055	128	2.4	129	90	2	473	23	20	23	32	1.98
27355072--27356154	50	21.7	49	70	5	621	23	21	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27355056--27356163	100	11.1	100	88	1	1467	23	21	22	31	1.98
27356460--27356521	24	2.6	25	77	12	76	29	22	8	40	1.82
27360432--27360630	108	1.9	105	87	3	290	33	19	18	28	1.95
27361307--27361336	12	2.6	12	94	5	53	56	0	6	36	1.26
27361323--27361357	7	4.7	7	89	10	52	68	0	0	31	0.90
27362129--27362166	19	2.0	20	89	5	60	76	2	5	15	1.08
27363198--27363281	21	4.0	21	81	4	89	16	20	23	39	1.92
27369699--27369748	20	2.5	20	86	3	64	52	0	4	44	1.20
27370125--27370167	20	2.2	20	86	0	59	53	2	6	37	1.41
27376964--27377012	19	2.6	19	83	0	62	14	14	34	36	1.86
27377995--27378098	53	2.0	53	94	0	181	38	22	23	16	1.93
27378759--27378788	15	2.1	14	93	6	51	50	16	0	33	1.46
27378758--27378795	11	3.6	11	82	13	53	47	15	0	36	1.46
27379488--27379523	18	2.0	18	94	0	63	30	25	5	38	1.78
27379489--27379530	18	2.3	18	87	0	57	30	23	2	42	1.67
27379886--27380010	62	2.0	60	84	6	162	37	5	9	47	1.60
27383023--27383543	126	4.1	126	88	2	681	29	15	15	39	1.89
27383628--27383753	34	3.7	33	82	7	128	44	14	0	40	1.50
27393153--27393392	51	4.7	51	79	4	236	26	17	26	29	1.97
27393153--27393395	101	2.4	101	86	1	335	26	17	26	30	1.97
27393153--27393431	101	2.8	100	79	8	296	27	16	25	30	1.97
27395885--27396004	64	1.9	64	91	0	195	18	20	25	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27401305--27401422	21	5.6	21	71	12	71	22	0	34	43	1.53
27401305--27401402	28	3.5	28	70	13	85	20	0	34	44	1.52
27401305--27401421	7	16.6	7	72	11	60	21	0	35	43	1.53
27401547--27401588	14	2.9	14	77	19	50	28	0	28	42	1.56
27401580--27401656	14	5.4	14	73	3	64	19	0	40	40	1.52
27401580--27401652	28	2.6	28	82	6	76	19	0	42	38	1.51
27401518--27401656	22	6.5	21	70	10	75	23	0	33	41	1.60
27402048--27402096	19	2.5	19	90	3	71	73	6	4	16	1.19
27404703--27404779	19	4.0	19	86	1	100	42	9	10	37	1.71
27404702--27404781	38	2.2	37	90	4	126	42	8	11	37	1.72
27406106--27406302	98	2.0	98	93	0	340	28	10	23	37	1.88
27407644--27407867	86	2.6	86	83	4	256	25	11	25	37	1.90
27407644--27407819	43	4.1	43	84	0	226	26	10	24	38	1.88
27408069--27408131	32	2.0	32	84	6	83	42	6	7	42	1.59
27410427--27410456	14	2.2	13	94	5	51	43	10	6	40	1.64
27415446--27415518	29	2.5	29	84	4	94	38	9	24	27	1.86
27415551--27415640	29	3.1	28	83	3	108	38	15	24	21	1.92
27418533--27418759	87	2.6	87	87	4	314	37	11	26	23	1.90
27418533--27418777	29	8.4	29	80	4	242	36	12	27	23	1.91
27419786--27419816	13	2.4	13	94	0	53	0	16	48	35	1.46
27423809--27423842	17	1.9	18	88	5	52	38	5	2	52	1.41
27426951--27426985	18	1.9	18	88	0	52	17	37	11	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27427830--27427870	18	2.3	18	86	0	55	46	17	0	36	1.48
27431435--27431467	14	2.4	14	100	0	66	45	21	15	18	1.85
27436245--27436274	15	2.0	15	93	0	51	6	16	0	76	0.99
27445739--27447413	836	2.0	836	99	0	3323	30	19	15	34	1.93
27456410--27456673	130	2.0	130	94	0	465	35	10	26	28	1.89
27460301--27460361	28	2.2	28	93	0	104	9	31	4	54	1.55
27469456--27469519	26	2.4	27	86	2	94	26	15	31	26	1.96
27475882--27475929	20	2.4	20	100	0	96	35	4	25	35	1.75
27476308--27476406	43	2.3	42	84	6	126	19	26	28	26	1.99
27479596--27479659	30	2.2	29	86	8	85	48	7	9	34	1.64
27479605--27479663	29	2.0	29	87	9	84	50	10	6	32	1.62
27484010--27484038	14	2.1	14	100	0	58	20	20	6	51	1.70
27484218--27484286	36	1.9	36	93	0	120	46	11	13	28	1.78
27484233--27484286	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
27484215--27484278	17	3.6	17	72	15	58	46	10	12	29	1.76
27489321--27489384	17	3.6	17	74	15	67	46	12	12	28	1.78
27489339--27489392	17	3.1	17	70	19	56	46	14	12	25	1.81
27489324--27489392	36	1.9	36	96	0	129	46	13	13	27	1.79
27491177--27491215	18	2.1	18	85	9	51	25	0	10	64	1.25
27497077--27497141	17	4.0	16	72	11	53	61	0	1	36	1.05
27497745--27497837	20	4.8	19	71	18	68	60	4	1	34	1.24
27497744--27497861	37	3.1	37	74	19	91	59	4	0	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27499270--27499370	36	2.7	37	76	7	105	33	22	13	29	1.93
27502735--27502768	13	2.4	15	90	9	54	17	5	2	73	1.16
27507681--27507904	40	5.7	40	85	6	271	25	22	26	25	2.00
27507681--27507904	79	2.8	80	81	7	269	25	22	26	25	2.00
27507688--27507937	80	3.2	79	80	10	219	27	21	26	25	1.99
27515809--27515980	40	4.3	40	93	2	267	25	21	27	26	1.99
27534691--27534729	6	6.5	6	93	0	69	51	35	0	12	1.40
27534691--27534742	18	2.8	18	91	5	77	48	36	1	13	1.54
27534697--27534765	20	3.5	20	80	3	70	44	37	7	10	1.66
27539480--27539534	26	2.3	23	74	17	56	27	14	29	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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