genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  5  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1451832--1452090	73	3.5	73	99	0	500	27	6	25	41	1.79
1462681--1462716	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1463312--1463512	106	1.9	106	95	0	366	29	19	19	30	1.97
1475939--1475990	21	2.5	22	75	15	56	19	5	17	57	1.59
1488030--1488055	6	4.3	6	100	0	52	19	34	0	46	1.50
1488746--1488771	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1492983--1493173	73	2.6	73	98	0	364	42	24	6	27	1.78
1493174--1493202	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
1495076--1495268	98	2.0	98	93	0	332	36	23	10	28	1.89
1496186--1496225	19	2.0	20	90	4	64	52	20	0	27	1.46
1497253--1497409	37	4.0	37	80	14	190	25	22	15	36	1.93
1497326--1497692	46	7.6	46	86	7	428	28	22	14	34	1.93
1497369--1497686	52	6.3	52	86	7	417	28	22	13	34	1.93
1497326--1497678	196	1.8	196	91	0	589	28	22	14	34	1.93
1497326--1497692	98	3.7	97	84	9	492	28	22	14	34	1.93
1500815--1501009	49	4.0	49	93	0	309	30	29	15	24	1.96
1502264--1502420	37	4.0	37	80	14	190	25	22	15	36	1.93
1502337--1502703	46	7.6	46	86	7	428	28	22	14	34	1.93
1502380--1502697	52	6.3	52	86	7	417	28	22	13	34	1.93
1502337--1502689	196	1.8	196	91	0	589	28	22	14	34	1.93
1502337--1502703	98	3.7	97	84	9	492	28	22	14	34	1.93
1507360--1507519	33	4.7	34	67	23	104	20	20	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1507282--1507454	75	2.3	75	89	1	258	22	17	27	32	1.97
1512753--1512807	6	8.8	6	84	6	65	45	14	20	20	1.85
1512787--1512887	45	2.2	45	83	0	130	42	18	16	21	1.89
1527741--1527775	17	2.1	17	94	0	61	40	5	11	42	1.65
1528702--1528745	21	2.1	21	83	8	54	52	9	4	34	1.54
1528991--1529052	26	2.4	26	86	5	81	64	4	1	29	1.23
1532007--1532047	21	2.0	21	90	9	66	26	17	26	29	1.97
1535413--1535625	106	2.0	106	96	0	390	46	9	15	29	1.77
1537380--1537891	254	2.0	254	100	0	1024	34	14	16	34	1.89
1537860--1537922	31	2.0	32	96	3	119	30	12	22	34	1.91
1538498--1538554	20	3.0	20	80	10	75	35	1	19	43	1.61
1538500--1538554	17	3.1	17	81	7	65	36	1	18	43	1.61
1538736--1538771	6	6.0	6	100	0	72	33	0	16	50	1.46
1549164--1549209	24	1.9	24	86	8	67	21	4	28	45	1.71
1554736--1554763	12	2.3	12	100	0	56	32	0	0	67	0.91
1554740--1554782	7	6.7	7	80	20	58	39	0	0	60	0.97
1554740--1554782	19	2.3	19	91	0	68	39	0	0	60	0.97
1554740--1554782	12	3.4	14	87	12	58	39	0	0	60	0.97
1557746--1557785	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
1557769--1557808	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1557754--1557820	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
1558925--1558976	17	3.1	16	80	8	50	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1568722--1568787	31	2.1	31	86	5	89	39	13	12	34	1.82
1573785--1573828	14	3.2	14	90	9	65	50	0	2	47	1.13
1583623--1583684	25	2.5	25	92	2	108	40	20	24	14	1.90
1583745--1583794	27	1.9	25	88	8	73	34	20	26	20	1.96
1583713--1583804	25	3.6	26	73	15	77	33	18	28	19	1.95
1584214--1584264	21	2.4	21	83	6	59	43	19	0	37	1.51
1584762--1584794	17	1.9	17	88	11	50	24	9	0	66	1.20
1587677--1587769	43	2.1	43	90	5	143	37	15	30	17	1.90
1588453--1588488	19	1.9	19	88	5	56	38	0	5	55	1.23
1588429--1588479	24	2.0	26	85	7	70	45	3	1	49	1.32
1588494--1588540	20	2.3	20	85	3	58	40	0	4	55	1.19
1592935--1592993	31	1.9	31	93	6	102	40	8	10	40	1.69
1596409--1596468	26	2.3	27	88	2	86	15	6	11	66	1.42
1598528--1598561	15	2.3	15	100	0	68	61	8	29	0	1.26
1608647--1608698	23	2.4	22	78	12	63	67	0	1	30	1.02
1609948--1610016	24	2.8	24	72	16	61	59	7	0	33	1.25
1610485--1610630	72	2.0	72	100	0	292	42	20	16	20	1.89
1624153--1624177	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
1624112--1624254	56	2.6	55	83	6	182	15	8	9	66	1.44
1624532--1624572	17	2.3	19	80	16	52	63	12	2	21	1.40
1625058--1625095	20	1.9	20	94	0	67	23	13	7	55	1.64
1631274--1631382	30	3.5	31	79	7	98	34	3	0	61	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1631340--1631390	20	2.4	22	83	9	79	33	1	0	64	1.05
1631344--1631390	21	2.3	21	92	3	78	31	2	0	65	1.04
1632552--1632596	19	2.5	17	82	10	54	71	2	0	26	0.98
1634810--1634984	94	1.9	94	95	0	314	35	25	9	29	1.88
1640257--1640318	31	2.0	31	90	0	97	35	16	8	40	1.78
1640922--1640959	19	2.0	20	94	5	69	36	18	7	36	1.80
1644386--1644431	23	1.9	24	86	8	67	58	10	10	19	1.61
1646656--1646958	150	2.0	150	99	0	597	25	13	15	44	1.84
1655785--1655834	23	2.2	22	82	7	55	12	12	10	66	1.46
1657725--1658167	159	2.8	160	80	5	475	42	20	13	23	1.87
1657719--1658163	80	5.5	79	79	7	452	41	20	13	24	1.88
1666102--1666837	159	4.9	155	82	7	684	51	16	14	17	1.76
1667756--1667816	31	2.0	31	83	0	77	32	8	13	45	1.72
1673671--1673786	60	1.9	60	92	0	196	34	9	18	37	1.83
1677488--1677546	30	2.0	28	87	6	82	55	3	15	25	1.55
1682139--1682164	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
1682377--1682435	29	2.0	29	100	0	118	28	37	6	27	1.82
1686077--1686605	241	2.2	235	86	6	726	30	14	15	39	1.88
1709174--1709218	22	2.0	24	86	8	67	26	6	0	66	1.16
1714599--1714656	18	3.2	18	73	22	50	31	0	3	65	1.09
1716739--1716796	10	5.6	10	72	8	53	20	1	18	58	1.48
1716727--1716775	22	2.2	22	92	0	80	16	2	14	67	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721548--1721582	12	2.9	12	88	12	54	37	2	0	60	1.12
1721979--1722026	5	10.0	5	91	6	73	83	0	16	0	0.65
1721979--1722026	19	2.5	19	93	0	78	83	0	16	0	0.65
1727169--1727223	18	3.1	18	72	12	60	61	12	1	23	1.40
1727253--1727295	21	2.0	22	82	13	54	62	13	18	4	1.48
1730457--1730516	27	2.2	27	80	13	70	63	1	0	35	1.05
1730456--1730544	28	3.1	28	74	19	76	61	1	0	37	1.03
1734683--1734761	38	2.0	40	85	9	110	32	1	0	65	1.00
1736283--1736323	18	2.2	19	83	12	50	24	0	7	68	1.15
1750194--1750227	9	3.7	9	88	7	50	23	0	2	73	0.97
1753553--1753585	6	5.5	6	96	0	57	0	0	45	54	0.99
1758478--1758550	31	2.4	31	80	0	83	27	9	13	49	1.73
1761430--1761466	6	6.2	6	96	0	65	62	0	0	37	0.96
1769588--1769656	32	2.2	32	89	5	104	24	8	5	60	1.48
1770812--1770852	10	4.1	10	83	0	55	48	29	2	19	1.61
1780835--1780886	25	2.0	26	82	10	63	75	5	7	11	1.19
1784679--1784753	32	2.4	30	76	10	78	41	9	21	28	1.84
1785140--1785897	314	2.4	312	82	7	896	36	21	13	28	1.91
1786586--1786768	86	2.0	93	92	7	317	26	16	15	41	1.88
1796840--1796868	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
1802241--1802495	139	1.8	139	91	1	422	45	15	5	33	1.68
1803023--1803065	20	2.1	21	82	4	52	55	2	16	25	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1807720--1808802	546	2.0	544	87	3	1586	34	17	14	33	1.90
1810006--1810066	31	2.0	31	86	0	86	29	11	6	52	1.62
1810543--1810582	9	4.3	9	83	3	53	20	0	2	77	0.88
1810632--1810678	23	2.0	24	84	8	62	31	0	0	68	0.90
1810990--1811058	31	2.2	31	89	0	102	44	15	17	21	1.86
1812580--1812619	18	2.2	19	90	4	64	60	10	2	27	1.42
1815809--1815844	5	6.8	5	93	6	54	38	0	0	61	0.96
1816294--1816340	22	2.0	22	84	15	60	65	2	0	31	1.04
1816307--1816344	16	2.3	17	81	9	51	68	2	0	28	1.03
1817115--1817166	18	2.8	18	72	13	52	53	7	0	38	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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