genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  53  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14274292--14274360	25	2.8	25	85	8	81	59	1	0	39	1.06
14279369--14279403	16	2.2	16	90	10	54	25	28	5	40	1.78
14284032--14284063	7	4.6	7	96	0	55	15	9	59	15	1.60
14286975--14287066	34	2.7	34	83	3	105	40	10	10	38	1.75
14291173--14291210	15	2.6	15	84	16	53	68	0	26	5	1.11
14298085--14298112	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
14298067--14298113	12	3.4	14	82	14	62	27	0	4	68	1.08
14302265--14302417	43	3.6	43	83	0	171	29	22	17	30	1.97
14302301--14302554	43	5.9	42	78	7	210	29	19	20	30	1.97
14306166--14306212	24	1.9	24	86	4	67	36	0	38	25	1.56
14306821--14307041	27	8.2	26	82	6	226	41	21	18	18	1.90
14306821--14307043	54	4.1	54	86	3	279	41	21	18	18	1.91
14306821--14307043	81	2.8	80	84	2	304	41	21	18	18	1.91
14315860--14316014	42	3.7	42	75	5	127	20	35	20	23	1.96
14316042--14316174	61	2.2	61	94	0	230	23	32	19	24	1.98
14316042--14316197	61	2.6	61	88	0	177	19	32	21	26	1.97
14321208--14321331	61	2.0	61	90	0	194	25	35	18	20	1.95
14334475--14334500	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
14341158--14341186	5	5.8	5	100	0	58	0	37	0	62	0.96
14350838--14350981	72	2.0	72	97	0	270	40	13	22	22	1.89
14351080--14351152	31	2.4	31	86	2	94	39	13	9	36	1.78
14351149--14351188	21	1.9	21	85	10	55	32	5	7	55	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14353604--14353644	20	2.0	20	100	0	82	31	24	9	34	1.88
14360145--14360226	24	3.5	23	83	5	92	21	4	23	50	1.68
14360352--14360407	26	2.2	26	83	0	67	16	21	26	35	1.94
14360398--14360621	32	7.0	32	81	4	254	21	20	20	37	1.94
14360682--14360734	26	2.0	26	85	0	70	20	28	18	32	1.97
14366200--14366314	43	2.7	43	76	12	128	22	19	29	28	1.98
14369667--14369700	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
14370178--14370236	3	20.7	3	77	16	54	57	1	0	40	1.09
14370178--14370237	8	7.1	8	74	22	52	56	1	0	41	1.09
14370168--14370237	13	5.3	13	77	19	65	54	1	1	42	1.18
14370208--14370233	5	5.2	5	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14371593--14371734	70	2.0	70	100	0	284	44	15	4	35	1.66
14385666--14385697	12	2.6	13	85	14	50	50	0	15	34	1.45
14394986--14395189	41	5.0	40	79	12	209	28	20	26	24	1.99
14395001--14395189	82	2.3	82	93	0	324	28	20	27	23	1.99
14395373--14395453	38	2.1	38	86	9	110	33	8	19	38	1.83
14396569--14396624	13	4.3	13	82	10	62	51	0	5	42	1.24
14396569--14396624	26	2.2	26	84	12	71	51	0	5	42	1.24
14399262--14399292	7	4.4	7	100	0	62	41	0	12	45	1.42
14402405--14402440	11	3.3	11	92	7	56	77	0	19	2	0.88
14402506--14402545	6	6.7	6	85	0	53	30	15	30	25	1.95
14402506--14402545	18	2.2	18	95	0	71	30	15	30	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14414801--14414831	16	1.9	16	100	0	62	32	51	9	6	1.60
14416266--14416556	50	5.8	50	87	0	411	20	30	23	25	1.99
14416895--14416952	30	1.9	31	82	6	75	27	22	6	43	1.79
14434611--14434786	37	4.8	37	96	0	298	39	13	21	26	1.90
14434749--14434872	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
14439038--14439111	36	2.0	38	86	7	107	52	10	2	33	1.50
14442099--14442132	8	4.0	8	85	14	50	38	0	0	61	0.96
14449015--14449056	21	2.0	21	81	9	50	40	28	0	30	1.57
14449667--14449770	45	2.3	45	86	0	145	41	19	18	21	1.91
14450801--14450850	10	4.5	11	83	14	59	0	18	8	74	1.06
14450801--14450849	22	2.2	23	79	17	59	0	18	8	73	1.07
14450987--14451022	18	1.9	19	94	5	65	55	5	0	38	1.23
14450991--14451032	18	2.3	18	84	12	50	57	7	0	35	1.26
14454788--14455071	97	2.9	99	89	2	428	21	31	22	24	1.98
14454788--14455069	49	5.7	50	87	3	410	20	31	23	24	1.98
14455409--14455466	30	1.9	31	82	6	75	27	22	6	43	1.79
14462380--14462670	50	5.8	50	88	0	420	20	30	23	24	1.99
14463009--14463064	29	1.9	29	85	7	78	26	23	8	41	1.84
14471623--14471783	50	3.2	50	77	0	169	25	18	21	34	1.96
14471702--14471868	85	2.0	85	93	0	289	23	19	25	31	1.98
14472112--14472212	45	2.3	45	83	8	118	28	21	20	28	1.98
14472662--14472910	44	5.7	44	86	1	356	21	27	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14472662--14472910	88	2.8	88	92	1	392	21	27	20	30	1.98
14480614--14480638	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
14480897--14480938	21	2.0	22	86	13	61	14	21	47	16	1.82
14487104--14487178	27	2.8	27	73	4	71	29	22	29	18	1.98
14487690--14487769	27	3.0	27	83	7	108	37	18	20	23	1.94
14488656--14488712	17	3.1	17	70	29	53	35	19	12	33	1.89
14497009--14497050	21	2.0	20	86	4	57	26	0	2	71	0.98
14497033--14497077	23	2.0	23	86	0	63	42	0	2	55	1.12
14497045--14497098	26	2.2	23	83	9	63	46	1	0	51	1.11
14497082--14497143	20	3.3	19	80	8	65	38	3	4	53	1.39
14497080--14497133	20	2.8	20	80	8	67	44	3	3	48	1.38
14497309--14497338	9	3.3	9	90	0	51	43	20	10	26	1.83
14498439--14498611	43	4.1	42	80	5	179	29	15	23	31	1.95
14498439--14498611	85	2.0	84	85	1	229	29	15	23	31	1.95
14501575--14501770	99	2.0	98	94	0	329	58	3	9	28	1.45
14508130--14508163	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
14510563--14510600	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
14510951--14511059	41	2.7	41	91	0	173	18	22	28	31	1.97
14511402--14511479	22	3.6	21	77	8	68	25	1	25	47	1.60
14511426--14511514	7	12.6	7	73	2	61	21	1	30	47	1.58
14511529--14511592	21	3.0	21	76	19	69	21	0	42	35	1.54
14511447--14511592	7	20.9	7	70	13	50	21	0	35	41	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14511700--14511738	17	2.4	17	95	4	71	53	0	0	46	1.00
14511925--14511965	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
14511946--14511974	8	3.8	8	90	9	51	13	0	48	37	1.43
14512374--14512458	39	2.2	39	86	0	116	38	18	21	21	1.93
14513184--14513265	38	2.2	38	86	4	112	20	15	8	54	1.67
14517428--14517725	43	6.9	43	87	0	407	22	17	31	28	1.97
14517752--14517794	22	2.0	21	86	4	59	44	25	18	11	1.84
14521797--14521989	51	3.8	51	78	7	214	30	26	18	24	1.98
14521804--14521988	101	1.8	101	90	3	300	30	26	18	24	1.98
14525176--14525204	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
14528014--14528118	39	2.7	39	88	2	149	18	23	29	28	1.98
14529427--14529666	71	3.3	72	75	10	191	31	23	17	28	1.97
14531166--14531227	21	3.0	21	63	23	51	9	32	9	48	1.69
14534136--14534202	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
14534175--14534219	14	3.1	15	81	9	58	37	15	11	35	1.83
14542699--14542744	16	2.9	16	80	6	58	52	0	0	47	1.00
14547213--14547361	42	3.5	42	79	3	156	43	16	22	16	1.87
14547213--14547361	21	7.1	21	68	3	102	43	16	22	16	1.87
14553042--14553082	21	2.0	21	85	9	57	41	0	7	51	1.30
14553084--14553148	29	2.2	29	84	10	80	53	0	3	43	1.16
14554451--14554484	7	4.9	7	100	0	68	55	0	29	14	1.40
14559762--14559799	8	4.8	8	83	9	51	57	2	0	39	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14560077--14560115	3	12.7	3	83	5	51	71	0	0	28	0.86
14560077--14560114	16	2.4	16	91	4	60	73	0	0	26	0.83
14560555--14560612	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
14561134--14561607	45	10.8	45	72	14	294	25	23	21	29	1.99
14561311--14561603	44	6.8	44	72	11	221	26	22	20	30	1.99
14561271--14561555	84	3.3	84	73	14	285	27	23	20	29	1.98
14561185--14561607	173	2.4	174	82	6	500	25	23	21	29	1.99
14561968--14562089	44	2.8	44	81	9	151	27	26	18	27	1.98
14562089--14562666	88	6.6	88	88	0	823	21	23	27	27	1.99
14562131--14562353	44	5.1	43	65	8	117	24	24	23	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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