genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  60  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16244372--16245210	75	11.2	75	93	2	1366	25	18	22	33	1.96
16245495--16245593	29	3.4	29	83	5	110	32	23	2	42	1.65
16246098--16246163	20	3.2	21	77	12	57	69	0	30	0	0.88
16246104--16246158	24	2.2	24	84	9	67	70	0	29	0	0.87
16246272--16246326	6	8.8	6	79	16	51	81	0	18	0	0.68
16246278--16246328	10	5.5	10	76	23	58	82	0	17	0	0.67
16246274--16246318	11	4.3	11	88	11	67	80	0	20	0	0.72
16246272--16246328	17	3.2	18	81	16	73	82	0	17	0	0.67
16246272--16246340	7	10.6	7	75	20	51	82	1	14	1	0.81
16246273--16246327	20	2.5	24	80	17	73	81	0	18	0	0.68
16246285--16246340	27	2.1	27	86	6	78	83	1	12	1	0.79
16246468--16246520	26	2.0	26	85	0	70	33	28	28	9	1.88
16251878--16251995	61	1.9	61	84	3	157	44	12	8	34	1.73
16254789--16254894	45	2.4	45	88	4	162	50	11	21	16	1.77
16259883--16259915	13	2.5	13	95	0	57	36	0	0	63	0.95
16265054--16265258	45	4.6	44	79	7	200	43	14	20	22	1.87
16265054--16265258	90	2.3	89	83	5	243	43	14	20	22	1.87
16266247--16266314	34	2.0	34	94	0	118	42	19	10	27	1.83
16267507--16267727	45	4.9	44	76	6	156	43	14	18	23	1.86
16267538--16267727	90	2.1	90	82	1	220	42	15	18	24	1.88
16267800--16267831	16	2.0	16	100	0	64	43	12	18	25	1.85
16281128--16281186	22	2.7	21	77	12	57	30	0	5	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16285922--16285958	19	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
16285976--16286062	31	2.8	31	74	8	88	51	11	1	35	1.46
16287156--16287205	21	2.4	21	83	6	57	64	12	4	20	1.43
16296703--16296745	18	2.4	18	88	0	59	69	6	13	9	1.35
16308890--16308919	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
16309367--16309408	20	2.2	19	87	12	59	16	21	4	57	1.58
16315975--16316060	24	3.6	24	82	6	102	43	24	15	17	1.87
16315992--16316062	24	3.0	24	89	0	106	42	28	15	14	1.86
16327038--16327112	40	1.9	40	88	2	116	33	1	0	65	1.01
16327074--16327119	9	5.1	9	81	7	58	28	0	0	71	0.86
16327095--16327144	11	4.3	11	80	14	64	32	2	0	66	1.03
16327075--16327163	25	3.4	25	74	18	92	34	1	0	64	1.01
16327055--16327194	52	2.7	52	80	12	173	35	2	0	62	1.10
16327106--16327200	41	2.2	40	85	9	118	36	3	0	60	1.13
16327095--16327173	11	7.4	11	71	24	53	35	2	0	62	1.09
16327540--16327578	18	2.1	18	85	4	51	66	2	17	12	1.35
16330623--16330730	41	2.6	41	89	0	171	31	23	17	27	1.97
16342891--16342974	37	2.3	37	87	0	123	40	14	8	36	1.76
16346345--16346378	2	17.0	2	93	0	59	50	2	47	0	1.16
16349646--16349706	22	2.8	21	73	11	59	49	14	1	34	1.54
16352982--16353049	30	2.3	30	82	12	86	38	5	27	27	1.80
16357933--16357978	24	1.9	24	86	0	65	13	26	10	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16358844--16358875	13	2.5	13	89	0	55	50	0	3	46	1.17
16363353--16363428	36	2.1	36	95	0	134	25	19	15	39	1.91
16367649--16367674	13	2.0	13	100	0	52	61	0	15	23	1.33
16368728--16368783	24	2.3	24	81	0	67	17	21	23	37	1.94
16379777--16379827	24	2.1	24	100	0	102	45	9	15	29	1.79
16379144--16380639	392	4.0	367	84	7	1588	40	13	9	35	1.78
16386777--16386834	30	1.9	31	85	3	82	39	8	5	46	1.57
16392733--16392770	18	2.1	18	90	0	58	65	5	13	15	1.43
16400079--16400201	42	2.9	42	74	2	113	19	24	17	39	1.92
16400062--16400218	84	1.9	84	82	2	199	20	24	15	38	1.92
16403337--16403376	17	2.4	17	88	12	57	45	7	5	42	1.54
16417418--16417476	14	4.5	13	74	14	50	79	8	0	11	0.93
16417408--16417476	26	2.7	25	77	14	70	76	10	0	13	1.01
16446428--16446468	17	2.4	17	87	0	55	41	4	7	46	1.53
16449635--16449783	42	3.5	42	74	5	131	38	16	24	20	1.92
16457155--16457193	18	2.1	19	90	4	62	15	12	5	66	1.41
16463122--16463180	31	1.9	31	85	0	82	45	5	8	40	1.56
16469396--16469446	26	2.1	23	82	10	57	41	0	17	41	1.50
16479852--16479911	17	3.5	17	70	20	61	50	20	6	23	1.71
16479844--16479914	35	2.0	35	97	0	133	50	19	5	23	1.69
16490603--16490671	30	2.3	30	90	2	104	60	0	1	37	1.06
16494567--16494658	22	4.2	22	88	0	112	30	27	0	42	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16494608--16494710	52	2.0	51	83	9	129	33	32	0	34	1.58
16494660--16494701	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
16494745--16494805	27	2.2	28	88	2	88	37	0	1	60	1.07
16494889--16494951	24	2.7	23	75	18	58	28	0	4	66	1.12
16497081--16497115	18	2.0	18	88	5	54	48	20	0	31	1.50
16497069--16497141	23	3.1	23	76	9	85	45	23	0	31	1.53
16497097--16497175	34	2.5	30	84	15	122	48	20	0	31	1.50
16497103--16497168	34	1.9	34	100	0	132	48	19	0	31	1.49
16498591--16498872	125	2.3	125	85	4	381	34	24	13	28	1.93
16503703--16503728	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
16508729--16508840	45	2.5	45	91	2	174	14	22	16	46	1.83
16509737--16509854	45	2.7	45	94	2	204	11	22	23	43	1.85
16510999--16511056	23	2.4	23	77	13	64	63	1	0	34	1.04
16520686--16520721	18	1.9	18	88	5	54	33	2	0	63	1.08
16521595--16521619	13	1.9	13	100	0	50	32	16	4	48	1.64
16523576--16523672	51	1.9	51	82	4	124	37	16	26	19	1.93
16526241--16526344	25	4.5	24	68	23	78	44	0	1	52	1.18
16526317--16526434	62	1.9	59	88	8	175	40	4	3	51	1.38
16528430--16528557	35	3.6	35	91	1	202	42	28	10	18	1.83
16531729--16531789	27	2.3	27	91	0	95	27	22	32	16	1.96
16532114--16532400	125	2.3	125	90	1	452	33	18	20	28	1.96
16535596--16535851	49	5.2	49	95	0	442	47	7	3	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16535596--16535849	97	2.6	98	93	0	438	47	7	3	40	1.51
16538114--16538159	11	4.2	11	78	18	51	43	0	32	23	1.54
16538120--16538162	10	4.0	10	82	14	50	46	0	30	23	1.52
16541538--16541644	11	10.4	11	72	18	63	35	2	0	61	1.10
16541586--16541659	30	2.4	32	86	11	109	37	2	0	59	1.12
16541521--16541653	39	3.3	41	86	11	195	33	2	0	63	1.12
16541627--16541666	21	1.9	21	89	0	62	37	2	0	60	1.11
16541626--16541679	21	2.5	20	80	14	54	37	1	3	57	1.27
16542584--16542621	20	1.9	20	84	10	51	57	2	0	39	1.12
16548374--16548414	21	2.0	21	90	0	64	14	26	19	39	1.90
16550708--16550738	13	2.3	14	94	5	55	67	3	0	29	1.06
16554157--16554238	25	3.2	25	71	19	71	57	6	3	32	1.41
16556841--16556937	31	3.1	32	70	16	94	29	16	13	40	1.87
16557004--16557175	60	2.8	62	79	3	179	24	13	18	43	1.86
16557006--16557175	62	2.8	59	75	5	151	24	13	18	43	1.86
16558641--16558700	16	3.8	16	79	0	75	25	30	5	40	1.77
16562139--16562188	24	2.1	23	82	10	57	36	2	2	60	1.20
16562487--16562537	16	3.2	16	85	0	75	27	21	3	47	1.68
16562954--16562981	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
16567432--16567493	29	2.2	29	88	2	90	22	0	17	59	1.37
16569421--16569447	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
16569366--16569607	122	2.0	121	85	4	326	44	5	9	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16569591--16569716	55	2.3	55	97	0	234	44	5	12	37	1.66
16569724--16569765	18	2.3	18	95	0	75	28	0	23	47	1.52
16569742--16570064	29	10.8	29	79	12	323	27	0	28	44	1.57
16569771--16570035	47	5.1	47	74	19	224	27	0	28	44	1.58
16569858--16569950	18	5.6	18	68	17	83	24	1	27	46	1.60
16570041--16570136	18	5.7	18	75	16	98	28	0	23	47	1.52
16570015--16570129	47	2.4	47	94	0	203	29	0	25	45	1.54
16569714--16570132	182	2.3	183	91	0	698	27	0	27	44	1.56
16570132--16570195	25	2.5	26	84	2	94	35	12	1	50	1.50
16570601--16570635	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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