genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  96  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26759077--26759135	12	4.6	13	87	10	86	15	20	0	64	1.29
26759077--26759122	7	7.2	6	95	4	65	15	21	0	63	1.31
26759085--26759141	12	4.6	11	86	8	51	17	17	0	64	1.29
26770067--26770164	23	4.3	23	82	2	117	21	16	20	41	1.90
26780831--26782366	128	12.0	128	94	0	2660	30	19	24	25	1.98
26782351--26782896	217	2.5	216	91	0	867	31	19	23	26	1.98
26782353--26782880	44	12.2	44	69	12	236	31	18	23	26	1.98
26784695--26784739	14	3.0	15	87	9	65	68	2	15	13	1.30
26791667--26791828	61	2.7	61	80	3	182	26	27	14	31	1.95
26791972--26792158	53	3.5	52	77	7	189	25	22	14	37	1.92
26797833--26797860	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
26797921--26797960	17	2.4	17	91	0	62	40	12	0	47	1.41
26815393--26815663	136	2.0	136	92	0	452	30	21	22	25	1.99
26819559--26819631	21	3.2	21	67	17	56	50	15	10	23	1.75
26819804--26819843	21	1.9	21	94	0	71	65	0	2	32	1.06
26820317--26820355	4	9.8	4	100	0	78	51	0	23	25	1.49
26822385--26822570	105	1.8	101	86	6	266	27	24	15	31	1.96
26822388--26822570	33	5.3	33	67	12	91	27	25	15	31	1.95
26825376--26825531	70	2.2	70	86	2	206	33	25	16	25	1.95
26827902--26827983	25	3.3	25	79	5	87	31	21	25	20	1.98
26827953--26828166	25	8.6	25	71	8	134	35	19	25	19	1.95
26827939--26828140	50	4.1	50	76	9	171	35	19	26	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26828005--26828170	75	2.2	75	84	4	210	36	18	25	19	1.95
26830956--26831418	131	3.6	127	77	6	437	37	10	9	42	1.73
26832608--26832727	25	4.8	24	74	11	98	4	20	19	55	1.59
26832621--26832669	20	2.5	20	86	0	71	4	16	20	59	1.53
26832624--26832677	20	2.7	20	82	0	54	5	18	18	57	1.59
26832608--26832727	50	2.4	50	83	5	154	4	20	19	55	1.59
26834264--26834645	124	3.0	128	79	6	425	38	10	10	41	1.73
26834534--26834766	117	2.0	117	86	2	326	36	9	12	41	1.75
26838946--26838973	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
26838916--26839057	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
26839046--26839087	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
26839061--26839116	23	2.5	23	82	2	69	44	1	1	51	1.22
26838916--26839079	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
26841158--26841218	21	2.8	23	69	14	58	47	4	0	47	1.23
26841170--26841217	23	2.0	24	84	4	62	52	4	0	43	1.20
26853548--26853594	20	2.3	20	85	7	60	19	27	29	23	1.98
26857175--26857235	23	2.7	24	76	23	60	42	11	6	39	1.67
26862635--26862670	18	2.0	18	94	0	63	75	13	0	11	1.06
26873279--26873373	29	3.2	28	68	12	73	32	20	6	41	1.77
26874542--26874586	16	2.7	16	79	6	54	40	2	2	55	1.24
26877863--26877900	17	2.3	17	86	4	51	60	5	2	31	1.33
26880789--26880816	13	2.2	13	100	0	56	28	7	14	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26881955--26881993	20	2.0	20	89	0	60	10	5	43	41	1.61
26889928--26889995	30	2.2	31	84	2	84	27	19	4	48	1.68
26890144--26890194	23	2.2	23	89	0	75	29	7	17	45	1.77
26910911--26910949	18	2.2	18	85	0	51	51	2	41	5	1.38
26924052--26924297	50	4.8	50	82	7	232	22	28	21	27	1.99
26937848--26937911	20	3.3	20	82	12	98	42	1	12	43	1.52
26937999--26938036	20	1.9	20	89	10	60	36	2	0	60	1.11
26944292--26944339	20	2.6	17	78	15	51	33	6	4	56	1.44
26944296--26944336	19	2.1	20	86	4	57	31	4	4	58	1.40
26950291--26950432	71	2.0	70	98	1	275	45	5	14	33	1.69
26950570--26950616	24	2.0	24	95	4	87	48	0	8	42	1.33
26950931--26950973	20	2.2	19	83	4	50	62	2	4	30	1.28
26950912--26951026	29	4.0	29	75	10	85	60	1	6	32	1.32
26951276--26951334	18	3.3	18	71	15	50	35	3	0	61	1.13
26951361--26951558	89	2.2	88	83	4	254	35	8	18	37	1.81
26952806--26952922	46	2.6	46	83	4	148	18	13	23	44	1.85
26952806--26952936	46	2.9	46	82	3	131	20	12	22	44	1.85
26954240--26954265	5	5.2	5	100	0	52	0	0	57	42	0.98
26971822--26971869	18	2.7	18	87	9	64	62	4	8	25	1.41
26972011--26972213	24	8.6	23	73	14	137	56	4	7	31	1.48
26974546--26974585	20	1.9	22	90	10	66	72	7	2	17	1.19
26979487--26979567	39	2.1	39	100	0	162	37	14	16	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26981054--26981170	37	3.3	36	70	23	97	40	2	5	51	1.40
26982689--26982722	12	2.8	12	90	0	50	47	5	0	47	1.26
27005485--27005563	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27005682--27005935	47	5.4	47	92	0	391	28	29	9	32	1.88
27016846--27016887	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
27017134--27017193	27	2.1	27	81	12	66	41	0	1	56	1.09
27019241--27019267	13	2.1	13	100	0	54	37	18	14	29	1.91
27020104--27020128	13	1.9	13	100	0	50	52	8	32	8	1.60
27024561--27024609	16	3.1	15	78	18	55	28	0	2	69	1.00
27043617--27043644	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
27053401--27053437	12	3.2	12	92	3	58	81	0	18	0	0.70
27053352--27053437	11	7.7	11	78	10	77	74	3	18	3	1.11
27061024--27061070	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
27061231--27061370	40	3.5	40	76	6	151	27	17	25	30	1.97
27064548--27064647	49	2.0	49	100	0	200	40	15	8	37	1.76
27067153--27067178	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
27072251--27072324	36	2.0	37	97	2	141	32	10	13	43	1.79
27089480--27090011	249	2.1	249	91	0	877	28	17	22	31	1.97
27089480--27090011	125	4.3	125	90	0	825	28	17	22	31	1.97
27093178--27095478	21	109.2	21	84	3	2663	25	0	27	46	1.56
27096903--27096940	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
27113810--27114022	45	4.7	45	81	0	237	36	19	21	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27113992--27114159	46	3.7	45	80	7	171	45	14	22	18	1.85
27122220--27122397	27	6.6	27	81	3	178	26	15	29	28	1.96
27122220--27122397	54	3.3	55	81	5	200	26	15	29	28	1.96
27122221--27122376	82	1.9	81	84	3	206	26	16	29	28	1.96
27122217--27122397	82	2.2	81	80	2	202	26	16	28	28	1.97
27125807--27126106	27	11.1	27	81	9	301	45	20	15	19	1.86
27126291--27126367	26	3.0	26	88	0	100	15	16	23	44	1.86
27128334--27128456	41	3.0	40	80	8	129	31	26	19	22	1.98
27136089--27136550	27	17.1	27	76	10	376	41	18	15	24	1.89
27136110--27136578	54	8.7	54	81	6	441	41	18	16	23	1.89
27136089--27136578	81	6.0	81	82	4	522	41	18	15	23	1.89
27136734--27136833	26	3.8	26	80	2	94	19	19	20	42	1.90
27136760--27136835	26	2.9	26	82	0	98	17	19	21	42	1.90
27139724--27139850	45	2.8	45	81	2	130	44	18	18	18	1.87
27139818--27139977	45	3.5	46	80	1	171	41	16	18	23	1.90
27139770--27140081	46	6.9	45	75	6	182	45	16	16	21	1.85
27153341--27153400	15	4.1	14	79	12	50	73	1	20	5	1.11
27153370--27153412	16	2.6	17	85	7	54	72	4	20	2	1.14
27159215--27159318	42	2.5	42	83	0	118	21	34	21	23	1.97
27165404--27165535	45	3.0	45	80	2	124	24	16	25	34	1.96
27170213--27170317	45	2.3	45	90	0	165	21	17	27	33	1.96
27174827--27174933	53	2.0	53	94	0	187	25	14	14	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27185808--27185840	17	2.0	17	94	5	59	78	3	0	18	0.87
27186926--27186957	12	2.7	12	95	0	55	6	18	43	31	1.75
27191985--27192013	3	9.7	3	100	0	58	34	0	34	31	1.58
27195812--27195848	13	2.8	14	80	12	51	40	5	5	48	1.49
27196125--27196178	13	4.1	13	78	4	54	68	3	7	20	1.30
27198854--27198898	19	2.4	18	85	14	56	51	0	4	44	1.21
27202795--27203203	27	15.2	26	78	7	388	42	22	15	19	1.88
27202795--27203203	54	7.6	53	83	3	433	42	22	15	19	1.88
27202795--27203203	81	5.1	81	83	1	444	42	22	15	19	1.88
27208205--27208278	21	3.8	20	68	22	50	33	4	6	55	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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