genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  81  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22307437--22307545	44	2.6	39	80	16	128	36	30	3	29	1.75
22307457--22307547	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
22307527--22307563	16	2.3	16	100	0	74	21	35	5	37	1.77
22309416--22309548	32	4.2	31	74	12	117	36	23	18	21	1.95
22309410--22309614	64	3.2	62	77	16	206	38	22	19	20	1.94
22309385--22309614	96	2.4	96	81	5	259	36	21	20	21	1.95
22309431--22309614	32	5.8	32	75	10	153	38	22	19	20	1.94
22309619--22309698	26	3.1	26	81	0	97	37	21	21	20	1.94
22309825--22309871	24	1.9	25	86	4	69	48	25	10	14	1.76
22309943--22310155	27	8.0	27	85	4	236	23	19	20	36	1.95
22309936--22310159	54	4.2	54	83	1	281	24	18	20	36	1.95
22311538--22311582	21	2.1	21	84	8	56	20	17	37	24	1.93
22314337--22314383	10	4.6	10	85	12	60	61	2	0	36	1.08
22314346--22314378	12	2.9	12	91	8	52	60	0	0	39	0.97
22316965--22316996	15	2.1	16	94	5	57	62	0	0	37	0.95
22323927--22323976	25	2.0	25	84	0	64	56	0	34	10	1.33
22334268--22334320	24	2.2	24	93	0	88	50	3	1	43	1.30
22335607--22335653	17	2.6	17	84	15	60	72	0	19	8	1.10
22335893--22335923	6	5.2	6	100	0	62	83	0	0	16	0.64
22337084--22337124	17	2.5	17	88	4	57	51	12	9	26	1.70
22340324--22340651	27	12.2	26	82	5	352	43	21	16	18	1.87
22340324--22340651	81	4.1	80	85	3	419	43	21	16	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22340814--22340894	26	3.1	26	85	0	108	23	22	17	37	1.94
22341008--22341197	28	6.8	28	92	0	292	21	23	24	30	1.99
22353174--22353240	27	2.5	28	85	7	102	44	19	16	19	1.87
22355821--22355968	40	3.7	39	78	8	154	37	24	20	18	1.94
22356241--22356333	41	2.3	42	81	10	113	20	23	26	29	1.99
22356257--22356343	41	2.1	41	80	0	93	25	19	25	29	1.98
22358770--22358800	16	1.9	16	93	0	53	35	25	6	32	1.82
22362466--22362505	21	1.9	21	89	0	62	37	17	42	2	1.63
22362389--22362586	87	2.3	86	85	5	247	38	17	31	12	1.87
22362542--22362611	21	3.3	21	80	4	70	35	15	41	7	1.75
22362915--22363208	43	6.8	43	85	5	364	24	21	27	25	1.99
22372871--22372908	19	2.0	19	90	10	60	44	0	10	44	1.38
22377559--22377602	23	1.9	23	81	9	54	50	6	2	40	1.42
22381291--22381396	43	2.4	43	85	1	140	27	25	15	32	1.95
22381697--22381787	43	2.1	43	83	2	112	43	10	12	32	1.77
22385904--22385934	7	4.4	7	91	0	53	32	48	0	19	1.49
22387718--22387941	123	1.8	123	83	3	299	33	27	17	21	1.96
22387718--22387950	41	5.7	40	85	4	261	32	27	18	21	1.96
22387707--22387970	82	3.2	79	79	9	262	35	27	16	20	1.94
22387751--22387975	123	1.8	123	80	3	274	34	29	16	19	1.94
22391263--22391485	45	5.0	45	81	3	227	34	21	16	27	1.95
22399811--22399911	33	3.1	33	94	0	175	29	15	15	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22402987--22403033	23	2.0	23	87	4	67	38	0	0	61	0.96
22402998--22403027	13	2.4	13	94	5	53	33	0	0	66	0.92
22402982--22403035	24	2.2	24	80	9	65	37	0	0	62	0.95
22411471--22411510	3	13.3	3	89	0	62	32	5	0	62	1.17
22416262--22416327	27	2.4	27	97	0	123	22	18	6	53	1.66
22416887--22416944	24	2.4	24	94	0	98	32	8	25	32	1.86
22417236--22417703	50	9.4	50	71	1	355	32	22	20	24	1.98
22417227--22417746	100	5.2	100	88	1	711	32	21	20	25	1.98
22417758--22418143	44	8.8	44	71	9	160	31	19	20	28	1.97
22417804--22418167	129	2.8	131	80	7	425	31	18	20	29	1.96
22419656--22419904	129	1.9	128	86	2	347	31	22	20	24	1.98
22419826--22419916	44	2.1	44	81	8	105	29	21	23	25	1.99
22421690--22421723	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
22428985--22429081	47	2.1	47	90	3	151	23	2	22	51	1.59
22430478--22430502	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
22431733--22431839	20	5.8	18	70	22	62	52	2	3	41	1.34
22442124--22442176	27	2.0	27	88	0	79	24	18	28	28	1.98
22442458--22442508	12	4.1	12	72	18	50	47	1	0	50	1.12
22442462--22442503	21	2.0	21	85	0	57	47	2	0	50	1.14
22446776--22446801	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
22452367--22452562	29	6.9	29	79	7	195	34	21	17	27	1.95
22456332--22457465	284	4.0	284	99	0	2223	30	16	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22457916--22457941	9	2.9	9	100	0	52	23	11	30	34	1.90
22461037--22461073	19	1.9	19	88	0	56	29	10	27	32	1.90
22470216--22470268	25	2.1	25	83	13	65	24	18	16	39	1.91
22479330--22479380	6	8.5	6	95	0	75	56	29	0	13	1.38
22479346--22479389	18	2.4	18	88	0	61	45	40	0	13	1.44
22483337--22483423	30	2.9	30	98	0	165	40	3	36	19	1.69
22488135--22488193	30	2.0	30	100	0	118	22	16	27	33	1.95
22488168--22488325	42	3.8	42	85	3	203	26	22	20	31	1.98
22488168--22488325	84	1.9	84	88	2	237	26	22	20	31	1.98
22498964--22499002	21	1.9	20	84	5	51	33	7	12	46	1.71
22499217--22499250	8	4.1	8	96	3	59	41	0	58	0	0.98
22501457--22501510	24	2.2	25	93	6	101	38	3	0	57	1.17
22501466--22501517	24	2.2	24	89	0	77	46	1	0	51	1.12
22504069--22504154	41	2.1	41	82	4	102	36	16	22	25	1.94
22513259--22513350	43	2.1	43	81	0	103	33	11	18	35	1.88
22513750--22513791	21	2.0	21	82	17	52	40	11	7	40	1.69
22513713--22513880	75	2.2	75	90	0	264	45	9	13	32	1.75
22519569--22519658	25	3.6	25	79	4	94	32	18	25	23	1.97
22527954--22528187	48	4.9	48	80	2	229	25	27	18	28	1.98
22561680--22561815	68	2.0	68	83	1	173	38	5	7	48	1.53
22568107--22568155	10	4.8	10	85	11	55	32	0	4	63	1.13
22575526--22575825	113	2.6	114	87	4	444	24	20	23	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22579462--22579492	12	2.5	13	89	10	55	38	0	0	61	0.96
22579458--22579503	9	4.6	10	82	17	51	34	0	2	63	1.07
22581143--22581391	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
22581142--22581391	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
22581486--22581517	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
22581729--22581786	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
22592409--22592559	72	2.1	72	94	0	266	36	20	8	34	1.83
22597018--22597108	45	2.0	45	95	0	164	27	15	6	50	1.68
22598896--22598941	24	1.9	24	90	0	74	28	17	23	30	1.97
22600145--22600210	25	2.6	25	81	15	82	59	3	1	36	1.22
22600184--22600228	15	2.8	17	80	12	51	55	2	4	37	1.32
22601969--22602880	89	10.4	89	78	8	575	30	24	15	29	1.96
22602014--22602657	133	4.9	133	82	5	342	30	24	15	29	1.95
22602364--22602435	37	1.9	38	85	2	101	31	26	15	26	1.95
22602053--22602879	126	6.3	126	83	6	893	30	25	15	29	1.96
22602143--22602879	259	2.8	259	89	1	1077	30	25	15	28	1.96
22601955--22602880	44	21.2	44	73	6	650	30	24	15	29	1.96
22603096--22603306	88	2.4	88	80	1	235	23	26	24	26	2.00
22615178--22615215	13	2.8	14	80	19	53	65	7	5	21	1.38
22615639--22615708	25	2.8	25	81	12	81	58	4	1	35	1.26
22615642--22615708	26	2.6	25	81	13	82	59	2	1	35	1.22
22617791--22618110	173	1.8	173	97	0	604	37	15	14	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22618553--22618597	19	2.3	19	96	3	81	55	0	33	11	1.35
22621236--22621262	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
22624918--22624954	5	7.4	5	100	0	74	18	0	0	81	0.70
22627113--22627152	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
22627098--22627164	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
22627296--22627346	26	2.2	24	78	21	56	60	5	0	33	1.21
22630337--22630366	6	5.0	6	95	0	51	36	0	63	0	0.95
22634124--22634148	10	2.5	10	100	0	50	52	32	8	8	1.60
22643009--22643090	21	4.0	20	77	13	60	56	1	3	39	1.25
22646117--22646196	6	13.2	6	85	7	108	33	1	46	18	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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