genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  61  of  213  ( 25468 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16571287--16571311	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
16571998--16572093	17	5.5	17	74	14	70	42	9	13	34	1.76
16572127--16572158	16	2.0	16	93	0	55	43	9	9	37	1.69
16572238--16572294	17	3.4	17	73	9	53	56	8	5	29	1.52
16572206--16572299	34	2.8	34	76	0	98	51	8	10	29	1.66
16572399--16572654	18	14.5	18	72	11	156	44	10	15	29	1.80
16572400--16572652	35	7.2	34	72	15	124	44	10	15	29	1.80
16572466--16572652	53	3.6	52	75	4	142	44	11	16	28	1.81
16572519--16572653	35	3.9	35	80	7	157	42	10	18	28	1.83
16572924--16572980	25	2.3	25	82	8	64	56	0	5	38	1.22
16573129--16573200	4	18.2	4	74	18	62	0	20	0	79	0.74
16573128--16573200	9	8.1	9	78	17	71	0	20	0	79	0.73
16573126--16573208	19	4.5	18	79	13	89	0	20	0	79	0.73
16573137--16573207	37	1.9	37	86	11	101	0	19	0	80	0.72
16573477--16573602	13	9.4	13	69	21	82	2	20	0	76	0.89
16573477--16573611	19	7.1	18	73	15	96	2	20	0	77	0.88
16573477--16573611	6	21.3	6	77	16	96	2	20	0	77	0.88
16573554--16573613	3	18.3	3	86	10	57	0	28	0	71	0.86
16574149--16574278	30	4.4	30	76	7	97	40	3	22	33	1.72
16574088--16574261	30	5.9	30	72	11	110	40	4	21	33	1.74
16574476--16575663	77	15.5	74	83	7	417	36	19	16	27	1.93
16574550--16575690	76	14.8	76	88	4	1421	36	18	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16575662--16575720	30	2.0	30	82	0	73	49	6	11	32	1.66
16576558--16576601	16	2.8	16	100	0	88	0	18	6	75	1.02
16582322--16582363	17	2.5	17	84	7	50	45	9	9	35	1.69
16582376--16582624	17	14.5	17	67	15	84	48	10	13	27	1.74
16582452--16582483	16	2.0	16	93	0	55	43	9	9	37	1.69
16582675--16582740	17	3.9	17	80	7	71	54	9	12	24	1.66
16582726--16582978	18	14.5	17	73	13	144	41	10	17	30	1.83
16582727--16582975	35	7.1	34	72	13	123	41	10	17	30	1.83
16582726--16582977	53	4.8	53	74	8	194	41	10	17	30	1.83
16582842--16582977	35	3.9	35	85	0	173	38	11	19	30	1.87
16583248--16583297	26	1.9	26	88	8	75	60	0	4	36	1.16
16583455--16583527	4	19.2	4	76	18	68	0	19	0	80	0.71
16583453--16583535	9	9.6	8	80	17	87	0	18	0	81	0.68
16583452--16583538	10	8.8	10	80	13	92	0	19	0	80	0.71
16583452--16583538	19	4.4	19	77	16	88	0	19	0	80	0.71
16583806--16583939	6	21.2	6	79	17	112	0	23	0	76	0.84
16583807--16583937	16	7.8	16	72	14	86	0	22	0	76	0.84
16583881--16583939	3	18.3	3	85	13	57	0	28	0	71	0.87
16584463--16584555	30	3.1	30	80	10	102	41	4	22	31	1.73
16585410--16585475	31	2.2	30	88	2	96	62	0	0	37	0.96
16585419--16585457	20	2.0	20	85	10	53	61	0	0	38	0.96
16585410--16585475	30	2.2	31	86	8	91	62	0	0	37	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16585499--16585582	29	3.1	29	62	22	74	41	0	28	29	1.56
16585476--16585590	51	2.3	51	93	0	194	43	0	28	27	1.55
16585874--16585941	29	2.3	29	82	0	82	42	19	16	22	1.89
16586130--16586167	19	1.9	19	89	5	58	44	2	5	47	1.39
16587204--16587585	191	2.0	191	92	2	633	31	19	18	30	1.96
16588864--16589005	71	2.0	71	95	0	257	38	17	16	26	1.91
16589245--16589363	57	2.1	57	84	4	150	47	7	17	26	1.74
16592196--16592241	12	4.0	12	77	11	51	34	0	2	63	1.07
16594282--16594322	16	2.5	17	84	4	57	60	4	0	34	1.18
16596089--16596151	30	2.1	30	93	0	108	57	11	3	28	1.49
16600621--16600656	2	18.5	2	91	5	56	52	2	0	44	1.15
16606264--16606354	44	2.1	44	91	4	148	49	10	10	28	1.72
16615696--16615979	154	1.8	154	85	1	399	29	16	26	27	1.97
16620504--16620586	38	2.2	37	79	8	96	37	15	18	28	1.91
16622042--16622070	15	1.9	15	100	0	58	34	27	0	37	1.57
16624931--16624985	26	2.1	26	89	0	83	25	30	9	34	1.87
16633229--16633277	24	2.0	24	100	0	98	30	16	8	44	1.76
16634173--16634232	21	2.8	22	80	7	61	35	20	20	25	1.96
16635624--16635684	28	2.1	31	84	9	83	52	4	3	39	1.39
16637990--16638022	15	2.2	15	94	0	57	57	6	0	36	1.23
16642638--16642681	15	2.9	15	77	12	54	22	13	38	25	1.91
16643809--16643839	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16644337--16644435	40	2.6	39	79	4	112	26	26	19	28	1.99
16645390--16645459	22	3.0	22	80	14	70	30	5	0	64	1.17
16645410--16645455	14	3.4	14	76	8	51	32	2	0	65	1.05
16645404--16645458	26	2.1	27	86	10	78	29	5	0	65	1.15
16645413--16645466	26	2.1	25	86	3	72	35	3	0	61	1.14
16645423--16645480	26	2.2	26	81	6	64	39	5	1	53	1.33
16650345--16650607	131	2.0	131	95	1	474	30	9	30	30	1.89
16654215--16654256	16	2.6	16	84	0	57	42	2	21	33	1.66
16676582--16676624	18	2.4	18	88	11	63	41	0	2	55	1.12
16676583--16676628	19	2.4	19	82	14	58	41	0	2	56	1.11
16678910--16678942	14	2.4	14	94	0	57	15	45	0	39	1.46
16679882--16679908	13	2.1	13	100	0	54	62	14	0	22	1.31
16679842--16679928	43	2.1	40	87	10	122	62	9	1	27	1.33
16679860--16679937	21	3.7	22	65	13	56	56	7	1	34	1.36
16680288--16680347	31	1.9	31	82	0	75	35	28	16	20	1.94
16680393--16680475	27	3.1	27	76	0	94	25	25	26	22	2.00
16680537--16680586	14	3.4	14	86	13	66	70	2	28	0	0.99
16683718--16683797	27	3.2	26	66	20	71	33	7	8	50	1.62
16683651--16683775	62	2.0	62	93	0	214	38	6	7	48	1.57
16683737--16683813	21	3.2	24	64	20	61	33	3	9	53	1.51
16683713--16683821	48	2.3	48	98	0	209	34	6	8	50	1.58
16683808--16683835	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16683650--16683874	110	2.1	109	90	0	351	34	6	9	49	1.61
16685812--16685884	16	4.5	16	67	21	53	64	13	0	21	1.28
16686399--16686482	31	2.7	31	83	1	98	16	32	29	21	1.95
16689184--16689260	9	8.4	9	83	8	84	22	9	25	42	1.82
16689912--16689963	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
16695799--16695829	11	2.8	11	95	0	53	25	19	19	35	1.95
16696917--16696971	26	2.1	27	75	21	64	32	7	18	41	1.78
16701704--16701965	102	2.5	102	89	3	389	20	18	28	32	1.96
16701834--16702046	75	2.8	76	90	4	331	22	18	27	31	1.97
16701838--16702046	77	2.8	75	91	1	328	22	18	26	32	1.97
16713451--16713518	29	2.3	31	87	10	97	39	0	2	57	1.14
16713967--16714002	18	2.0	18	88	0	54	16	0	27	55	1.42
16722340--16722619	41	6.8	41	90	5	381	28	24	19	27	1.99
16730005--16730243	41	5.8	41	88	6	292	28	24	20	26	1.99
16732229--16732271	21	2.0	21	82	8	52	25	16	32	25	1.96
16732932--16732987	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
16732938--16733001	17	3.6	17	87	8	92	39	12	12	35	1.81
16732930--16733008	35	2.2	37	86	13	121	39	10	15	35	1.81
16733485--16733543	16	3.5	16	74	23	50	35	1	0	62	1.05
16733478--16733552	30	2.6	29	76	17	75	36	1	0	62	1.04
16733520--16733569	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
16747557--16747615	31	1.9	30	83	10	75	37	15	6	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16747772--16747839	25	2.7	25	81	4	75	29	19	23	27	1.98
16751260--16751514	82	3.2	81	85	6	349	50	12	10	27	1.72
16751216--16751514	158	1.9	159	85	2	413	49	12	11	27	1.74
16751216--16751514	82	3.8	77	82	8	323	49	12	11	27	1.74
16758746--16758806	22	2.8	22	79	0	68	18	24	22	34	1.96
16767027--16767109	43	1.9	43	90	4	132	22	14	27	34	1.93
16767027--16767120	43	2.2	43	86	3	127	25	14	26	32	1.95
16767027--16767132	43	2.5	43	77	11	119	24	15	27	33	1.95
16775903--16775955	3	17.3	3	96	3	97	32	0	1	66	1.03
16780220--16780249	15	1.9	16	93	6	53	23	26	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213