genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  65  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17499485--17499579	49	1.9	49	85	4	129	32	9	5	52	1.56
17502801--17502845	21	2.1	22	83	4	56	31	24	0	44	1.54
17509187--17509263	12	6.1	12	80	8	82	59	2	7	29	1.39
17509234--17509279	19	2.4	19	85	7	58	69	2	2	26	1.11
17509191--17509263	3	24.0	3	78	8	67	60	2	6	30	1.37
17510869--17511315	44	10.4	44	74	9	160	28	21	19	30	1.97
17510852--17511360	174	3.0	174	82	7	655	28	21	18	31	1.97
17510986--17511227	41	5.8	41	78	6	164	30	22	18	28	1.97
17511114--17511229	41	2.8	41	93	2	189	31	21	18	27	1.97
17510852--17511319	169	2.7	170	86	5	624	28	22	18	30	1.97
17523478--17523507	13	2.3	13	94	0	51	83	0	0	16	0.65
17523813--17523892	12	6.3	12	80	8	79	58	2	8	30	1.41
17523851--17523896	16	2.9	16	90	3	67	65	0	6	28	1.17
17523813--17523892	3	26.3	3	75	7	63	58	2	8	30	1.41
17528629--17528819	50	3.8	50	87	0	283	25	23	30	20	1.99
17530395--17530441	24	2.0	24	100	0	94	63	12	4	19	1.44
17534664--17534705	18	2.3	18	80	8	50	47	4	0	47	1.23
17540678--17540796	19	6.2	18	72	19	73	33	2	2	61	1.23
17540686--17540804	9	12.4	9	71	20	66	31	3	2	62	1.25
17540732--17540804	17	4.0	18	75	16	62	30	2	2	64	1.21
17540792--17540852	23	2.5	25	84	7	72	26	6	6	60	1.46
17541995--17542270	111	2.4	112	82	7	299	16	19	15	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17546234--17546334	40	2.4	42	85	9	136	36	7	14	40	1.76
17546234--17546311	21	3.8	21	89	6	124	37	8	14	39	1.77
17546237--17546334	21	4.7	21	85	10	121	35	8	15	40	1.77
17546610--17546701	3	30.0	3	71	16	55	29	3	3	64	1.25
17546606--17546642	7	5.4	7	87	6	58	27	2	0	70	1.01
17546803--17546856	27	2.1	27	86	6	76	37	11	1	50	1.49
17546819--17546862	17	2.6	17	82	3	54	38	11	0	50	1.39
17546939--17546987	23	2.1	24	85	11	66	28	8	0	63	1.23
17547045--17547106	28	2.2	28	79	0	70	32	3	4	59	1.34
17547229--17547272	18	2.5	18	85	10	56	22	0	6	70	1.11
17551676--17551718	22	2.0	22	95	0	77	46	18	6	27	1.75
17552029--17552054	7	3.7	7	100	0	52	38	15	0	46	1.46
17552814--17552844	16	1.9	16	100	0	62	41	32	0	25	1.56
17558342--17558381	20	2.0	20	95	0	71	32	50	7	10	1.64
17564062--17564223	79	2.1	79	97	0	306	39	13	12	34	1.82
17572543--17572600	24	2.4	24	94	0	107	50	29	6	13	1.68
17573674--17573721	25	1.9	25	82	0	60	27	16	31	25	1.97
17574825--17574851	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
17575675--17575713	6	6.5	6	100	0	78	15	0	0	84	0.62
17579293--17579448	85	1.9	83	84	2	213	33	19	17	28	1.95
17590102--17590294	50	3.7	50	83	4	215	26	22	27	23	2.00
17594074--17594114	17	2.4	17	91	4	64	31	4	24	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17597629--17597667	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
17597966--17598112	54	2.8	52	85	4	190	23	27	20	27	1.99
17599454--17599488	5	7.0	5	93	0	52	42	0	22	34	1.54
17600104--17600140	16	2.4	16	86	8	51	10	18	5	64	1.43
17600413--17600483	36	2.0	36	85	0	97	28	21	30	19	1.97
17601782--17601836	22	2.5	20	83	13	65	67	3	0	29	1.08
17601780--17601836	21	2.7	22	79	15	66	64	3	0	31	1.10
17606293--17606546	123	2.1	124	87	3	361	29	15	23	31	1.95
17607203--17607284	41	2.0	41	100	0	164	29	26	17	26	1.97
17609759--17610365	90	6.9	81	79	12	296	28	0	24	46	1.56
17609808--17610370	151	3.8	150	91	4	874	27	0	24	46	1.56
17609770--17610370	179	3.4	177	87	6	828	27	0	24	46	1.56
17609752--17610370	28	21.2	28	81	12	689	27	0	24	46	1.56
17612816--17612883	22	3.1	21	85	8	91	39	0	29	30	1.57
17625746--17625796	24	2.1	24	92	0	84	23	19	3	52	1.62
17626342--17626401	14	4.5	13	78	14	52	66	1	5	26	1.21
17626340--17626401	19	3.4	18	80	6	72	66	1	4	27	1.21
17626340--17626401	22	2.8	22	80	9	65	66	1	4	27	1.21
17627135--17627189	24	2.2	26	78	18	64	40	0	16	43	1.48
17627622--17627670	22	2.3	20	80	16	55	46	2	22	28	1.63
17632400--17632444	24	1.9	24	86	4	65	4	22	15	57	1.56
17640087--17640130	15	2.8	16	89	6	63	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17644208--17644241	18	1.9	17	88	5	50	76	0	11	11	1.02
17644253--17644281	14	2.1	14	93	6	51	75	0	24	0	0.80
17644719--17644758	7	5.7	7	93	0	62	45	12	5	37	1.64
17657888--17657941	24	2.2	24	93	0	90	22	27	31	18	1.97
17688136--17688161	11	2.4	11	100	0	52	23	0	0	76	0.78
17689000--17689064	32	2.0	33	91	8	107	61	0	1	36	1.05
17688988--17689061	11	6.6	11	75	12	71	58	0	2	39	1.13
17690165--17690226	32	2.0	32	87	9	92	41	16	12	29	1.85
17690165--17690234	32	2.2	31	85	7	88	40	15	14	30	1.87
17703727--17705810	555	3.8	554	90	2	3108	26	19	10	42	1.85
17707905--17708505	305	2.0	304	88	2	902	31	15	11	42	1.82
17708227--17710610	551	4.4	541	84	4	2953	27	20	10	42	1.84
17710389--17710827	228	1.9	230	89	3	690	31	15	12	40	1.84
17710617--17712766	537	4.0	536	85	4	2831	26	20	10	42	1.84
17726960--17726996	18	2.1	18	94	0	65	54	13	5	27	1.61
17727051--17727090	19	2.2	19	86	4	55	30	32	2	35	1.71
17727190--17727248	17	3.4	17	66	25	50	35	5	3	55	1.38
17732040--17732216	39	4.5	39	74	6	121	19	19	21	40	1.92
17747740--17747773	12	2.8	12	90	0	50	35	5	14	44	1.70
17748424--17748449	9	2.9	9	100	0	52	19	23	0	57	1.40
17755160--17755204	19	2.4	19	85	7	56	44	0	13	42	1.43
17755285--17755486	46	4.5	46	94	1	347	33	14	22	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17757430--17757455	6	4.3	6	100	0	52	15	50	0	34	1.45
17772059--17772146	26	3.4	26	88	0	122	32	13	9	44	1.75
17775403--17775428	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
17785991--17786146	42	3.7	41	75	17	158	24	18	26	30	1.98
17791612--17791638	11	2.5	11	100	0	54	33	33	7	25	1.84
17796263--17796306	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
17796353--17796439	45	1.9	45	92	0	147	36	21	16	25	1.94
17796439--17796634	50	3.9	50	77	4	207	30	27	16	26	1.97
17796448--17796631	101	1.8	100	88	4	280	30	26	16	25	1.97
17804819--17805008	39	4.9	39	88	2	265	32	27	18	20	1.96
17810036--17810084	25	2.0	25	84	8	64	48	0	26	24	1.51
17810590--17810662	26	2.7	27	72	12	69	32	8	20	38	1.82
17815271--17815329	29	2.1	29	93	3	102	33	18	13	33	1.90
17824712--17824847	25	5.4	25	72	10	98	20	26	17	35	1.95
17824712--17824844	50	2.7	50	82	4	144	20	27	18	34	1.95
17826216--17826249	17	2.1	17	94	5	61	26	0	23	50	1.50
17831803--17831869	25	2.7	25	78	0	80	20	29	22	26	1.99
17836617--17836667	22	2.3	22	86	6	68	50	15	15	17	1.78
17837285--17837365	26	3.2	26	65	10	76	30	41	13	13	1.83
17837284--17837380	51	1.9	51	100	0	194	30	41	15	12	1.84
17837959--17837998	17	2.4	17	82	0	53	77	0	20	2	0.88
17850792--17850837	17	2.5	19	76	20	53	43	17	6	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17854460--17854498	21	1.9	20	89	5	60	38	2	5	53	1.37
17856159--17856185	9	3.0	9	100	0	54	55	0	0	44	0.99
17856165--17856241	28	2.8	27	78	11	68	55	3	1	38	1.26
17856201--17856265	28	2.4	27	79	16	73	52	4	3	40	1.38
17856247--17856295	18	2.7	18	78	6	55	46	0	0	53	1.00
17857693--17857719	14	1.9	14	100	0	54	7	29	33	29	1.85
17857707--17857832	42	3.0	42	91	1	198	37	23	19	20	1.94
17858210--17858259	21	2.4	21	86	0	73	2	44	18	36	1.61
17863776--17863812	7	5.0	7	87	12	56	29	0	16	54	1.43
17863783--17864546	9	86.2	9	77	6	704	32	1	17	48	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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