genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18371082--18371120	15	2.6	15	83	0	51	15	0	30	53	1.42
18371277--18371317	7	6.0	7	91	2	66	17	0	39	43	1.49
18371349--18371741	125	3.1	124	87	4	531	36	16	17	29	1.92
18374056--18374112	25	2.3	23	81	18	71	54	1	0	43	1.10
18374503--18374545	18	2.4	18	84	0	59	44	9	25	20	1.81
18375131--18375155	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
18376302--18376371	30	2.3	30	90	0	113	37	2	25	34	1.71
18381316--18381356	21	2.0	21	90	0	64	36	19	21	21	1.95
18383791--18383822	15	2.1	15	100	0	64	43	6	6	43	1.54
18389446--18389503	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
18390384--18390439	28	2.0	27	82	3	67	26	28	23	21	1.99
18394324--18394413	19	4.6	19	71	17	67	38	4	1	55	1.27
18394987--18395030	19	2.2	20	88	4	63	36	2	2	59	1.23
18394976--18395033	9	6.2	9	76	11	55	32	3	1	62	1.22
18394976--18395030	20	2.9	19	82	12	62	34	3	1	60	1.25
18397128--18397153	4	6.5	4	100	0	52	46	0	0	53	1.00
18400687--18400719	13	2.5	13	95	0	57	33	0	18	48	1.48
18410074--18410421	125	2.8	125	94	1	601	31	16	20	31	1.95
18411122--18411186	35	1.9	33	100	0	112	29	29	24	16	1.97
18413595--18413629	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
18413557--18413751	56	3.3	56	83	13	273	49	5	7	37	1.52
18413603--18413940	66	5.3	63	77	19	326	50	5	7	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18413651--18413695	10	4.7	10	83	10	58	51	2	8	37	1.46
18413651--18413685	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
18413717--18413771	10	5.7	10	82	8	69	49	3	9	38	1.52
18413669--18413827	76	2.1	76	95	0	291	50	4	6	37	1.49
18413848--18413884	10	3.7	10	96	0	65	51	0	10	37	1.37
18413755--18414004	56	4.5	56	89	6	348	49	6	8	36	1.57
18413735--18413944	113	1.9	113	94	2	377	51	4	7	35	1.51
18413906--18413940	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
18413735--18414004	113	2.4	112	87	6	370	49	5	8	36	1.57
18413796--18414031	55	4.2	55	82	11	225	47	5	9	37	1.61
18414027--18414103	18	4.7	18	68	21	69	28	0	24	46	1.53
18414033--18414254	29	7.8	29	75	15	207	26	0	27	46	1.53
18414027--18414500	47	9.3	47	82	13	471	27	0	25	46	1.55
18414033--18414792	76	10.3	76	76	13	707	27	0	25	46	1.56
18414092--18414239	64	2.3	63	93	3	251	28	0	27	44	1.55
18414231--18414547	18	20.3	18	60	29	104	27	0	25	46	1.55
18414080--18414254	29	5.8	29	85	7	242	26	0	26	46	1.53
18414296--18414406	29	3.8	29	95	0	195	28	0	26	45	1.54
18414080--18414745	123	5.4	122	81	8	587	27	0	25	45	1.57
18414447--18414745	29	9.9	29	73	13	210	28	1	25	44	1.61
18414477--18414623	47	3.1	47	87	1	206	29	1	22	46	1.60
18414560--18414594	18	1.9	18	88	0	52	37	0	14	48	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18414687--18414771	23	3.6	23	77	16	93	23	0	29	47	1.52
18414726--18414853	18	7.5	18	76	11	144	29	0	21	48	1.51
18414693--18414809	47	2.5	47	94	0	198	28	0	24	47	1.53
18414849--18414912	25	2.5	26	84	2	94	37	14	1	46	1.53
18417122--18417175	19	2.8	19	88	2	81	66	0	1	31	1.02
18417203--18417246	21	2.0	22	86	4	63	45	0	29	25	1.54
18433050--18433093	21	2.1	21	82	0	52	18	36	25	20	1.95
18446472--18446519	17	3.1	14	78	21	51	68	6	2	22	1.23
18459225--18459948	369	2.0	369	94	0	1286	27	20	16	35	1.94
18464508--18464747	36	7.5	37	64	31	137	41	2	6	49	1.42
18464545--18464747	6	33.5	6	63	24	54	41	2	6	49	1.43
18464494--18464806	61	5.1	61	97	0	572	41	2	7	48	1.44
18465821--18465907	28	3.0	29	81	8	97	58	0	2	39	1.11
18465823--18465924	29	3.5	29	84	6	109	57	0	1	40	1.10
18465892--18465954	20	3.2	19	80	6	54	55	1	3	39	1.25
18465911--18465982	10	7.4	10	73	4	58	61	1	4	33	1.24
18465911--18465982	29	2.5	31	84	8	89	61	1	4	33	1.24
18465985--18466041	18	3.0	20	75	19	59	59	3	10	26	1.46
18466226--18466305	10	8.4	10	72	12	62	26	1	2	70	1.08
18466215--18466295	18	4.2	21	74	14	61	25	1	4	67	1.18
18466226--18466304	18	4.2	19	73	11	65	26	1	2	69	1.09
18466696--18466743	16	2.9	17	81	12	73	41	4	29	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18466699--18466751	16	3.3	15	82	10	61	41	3	28	26	1.73
18466730--18466825	45	2.2	44	86	5	131	32	4	26	37	1.75
18466982--18467016	17	2.0	18	94	5	63	60	0	0	40	0.97
18467072--18467111	13	3.2	12	80	13	53	60	0	0	40	0.97
18467073--18467172	26	3.7	26	74	19	82	55	1	1	43	1.13
18466963--18468515	120	13.0	120	92	3	2611	52	4	1	42	1.28
18467286--18467327	21	2.0	21	85	0	57	59	4	0	35	1.19
18467311--18467469	26	6.5	26	68	17	83	54	2	0	42	1.18
18467532--18467613	15	5.5	14	77	18	53	58	1	1	39	1.14
18466963--18468515	357	4.3	360	92	3	2593	52	4	1	42	1.28
18467799--18467843	16	2.8	16	80	16	56	60	0	2	37	1.09
18467814--18467851	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
18466963--18468515	476	3.3	476	93	2	2676	52	4	1	42	1.28
18467934--18467967	17	2.0	17	100	0	68	58	0	0	41	0.98
18468051--18468088	18	2.2	17	90	4	58	63	0	2	34	1.09
18468059--18468483	56	7.2	54	66	22	207	51	4	1	42	1.32
18469901--18470004	49	2.1	49	92	0	172	50	10	8	30	1.67
18472313--18472352	16	2.6	16	96	4	73	72	0	0	27	0.85
18472285--18472709	116	3.5	117	85	9	529	46	2	4	45	1.38
18472560--18472590	16	1.9	16	100	0	62	74	0	0	25	0.82
18472444--18472713	132	2.0	132	95	1	488	47	2	4	45	1.38
18473591--18473617	12	2.2	12	100	0	54	59	25	7	7	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18473597--18473708	23	4.9	22	74	12	102	56	20	8	15	1.64
18473596--18473708	45	2.5	46	83	8	133	56	20	7	15	1.63
18475787--18475837	21	2.4	22	77	9	61	49	1	5	43	1.38
18475787--18475832	22	2.1	23	84	8	60	50	2	6	41	1.40
18476262--18476354	32	2.8	32	78	15	84	53	1	1	44	1.14
18476287--18476354	5	14.2	5	77	20	74	58	0	0	41	0.98
18476654--18476714	31	2.0	31	86	0	86	29	6	6	57	1.49
18478281--18478321	20	2.2	19	86	8	57	17	19	7	56	1.64
18478620--18478655	2	18.0	2	94	0	63	47	0	52	0	1.00
18480148--18480180	16	2.0	17	88	5	50	66	12	3	18	1.36
18487872--18487924	26	2.0	26	85	7	72	22	5	9	62	1.47
18493556--18493600	22	2.0	22	95	0	81	24	15	8	51	1.72
18497849--18497895	18	2.6	18	90	6	69	57	0	0	42	0.98
18497827--18498060	121	1.9	122	97	0	443	50	4	0	44	1.27
18498156--18498188	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
18499854--18499957	49	2.1	49	89	0	154	50	10	8	29	1.66
18502631--18502675	9	4.8	9	91	5	63	37	0	0	62	0.96
18503403--18503440	13	3.0	13	81	18	53	44	15	0	39	1.47
18504063--18504105	20	2.0	20	86	8	59	62	4	13	18	1.48
18506215--18506266	20	2.6	20	75	6	52	25	3	1	69	1.16
18509209--18509254	21	2.2	21	92	0	74	15	32	26	26	1.95
18512675--18512844	21	8.1	21	69	8	78	45	17	19	17	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18512675--18512824	42	3.6	42	80	3	167	46	17	19	17	1.85
18512904--18512968	24	2.7	24	90	0	94	24	29	4	41	1.75
18518577--18518601	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
18530784--18530864	29	2.9	29	81	5	103	55	13	6	24	1.61
18536074--18536131	16	3.7	15	77	11	53	43	1	0	55	1.10
18536107--18536157	21	2.5	20	75	9	59	33	0	0	66	0.92
18537832--18537865	16	2.1	17	88	5	52	50	2	11	35	1.54
18540277--18540317	19	2.2	19	86	0	55	43	14	0	41	1.45
18541686--18541799	57	2.0	58	84	8	153	48	7	20	24	1.74
18544005--18544054	18	2.7	19	81	9	59	64	2	2	32	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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