genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  73  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19807229--19807277	22	2.4	20	76	10	55	42	14	10	32	1.79
19810011--19810041	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
19810156--19810207	22	2.4	22	80	6	61	48	1	3	46	1.31
19812881--19812942	14	4.0	15	73	12	54	72	0	1	25	0.94
19815422--19815528	55	1.9	56	83	9	137	59	3	0	35	1.21
19815440--19815529	28	3.3	26	70	21	67	60	4	1	34	1.24
19817881--19817910	13	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
19820698--19820746	20	2.5	20	80	6	55	44	14	10	30	1.78
19823700--19823753	20	2.7	19	81	13	56	27	7	14	50	1.70
19829815--19829866	20	2.6	20	81	6	61	46	13	11	28	1.78
19830700--19830774	31	2.5	31	88	2	107	50	1	5	42	1.33
19833079--19833134	7	8.0	7	100	0	112	85	0	0	14	0.59
19839609--19839634	7	3.7	7	100	0	52	61	11	26	0	1.30
19839874--19839927	21	2.6	21	100	0	108	20	9	0	70	1.14
19840408--19840520	32	3.5	32	80	9	131	44	10	11	33	1.75
19843294--19843323	12	2.5	12	94	0	51	43	0	3	53	1.17
19844244--19844363	43	2.8	42	82	12	154	21	20	26	31	1.98
19845016--19845064	15	3.2	15	85	8	55	30	0	20	48	1.50
19845339--19845459	23	5.2	23	68	21	81	32	9	17	40	1.82
19845300--19845556	47	5.5	47	88	1	356	32	10	15	40	1.82
19845303--19845610	47	6.6	46	82	8	199	32	10	16	40	1.82
19845306--19845610	94	3.3	94	86	5	316	32	10	16	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19853957--19854009	19	2.8	19	85	5	63	41	3	0	54	1.18
19854042--19854094	24	2.2	25	78	18	60	50	0	1	47	1.12
19854103--19854156	23	2.4	22	78	9	63	48	0	7	44	1.31
19854867--19854910	18	2.5	18	92	3	72	47	2	0	50	1.13
19863358--19863439	43	1.9	43	85	9	114	30	25	20	23	1.99
19865962--19866040	40	2.0	40	84	0	104	18	27	29	24	1.98
19866076--19866121	22	2.1	21	88	4	65	13	0	36	50	1.41
19866324--19866412	27	3.5	27	88	8	127	30	2	25	41	1.68
19866371--19866615	21	11.5	21	87	3	337	25	1	30	42	1.63
19866372--19866610	64	3.7	64	88	2	354	25	1	30	42	1.63
19866371--19866615	43	5.7	42	85	3	337	25	1	30	42	1.63
19868944--19869041	51	1.9	51	89	4	153	46	2	25	25	1.63
19892651--19892822	79	2.2	79	84	3	220	25	22	27	25	2.00
19892598--19892820	40	5.6	39	80	8	200	25	21	27	25	2.00
19892678--19892855	79	2.2	80	80	3	191	25	22	28	24	2.00
19898466--19898615	45	3.3	46	68	6	135	32	20	22	25	1.98
19898468--19898641	92	1.9	91	92	3	298	32	19	22	25	1.98
19904230--19904287	19	3.0	19	75	5	62	27	25	25	20	1.99
19904218--19904693	243	2.0	243	88	0	702	34	23	14	27	1.94
19905627--19905666	20	2.0	20	90	0	62	37	12	0	50	1.41
19906165--19906210	23	2.0	23	100	0	92	39	4	21	34	1.73
19912090--19912317	118	1.9	118	89	1	350	30	21	16	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19912086--19912314	79	2.9	78	86	5	318	30	21	16	31	1.95
19912086--19912321	39	6.0	40	83	5	288	30	22	16	31	1.96
19914232--19914287	24	2.3	24	87	0	76	32	14	5	48	1.66
19918952--19918995	19	2.4	18	81	7	54	52	0	0	47	1.00
19919850--19919897	24	2.0	24	100	0	96	12	33	0	54	1.38
19925575--19925709	67	2.0	67	100	0	270	37	22	16	23	1.93
19930343--19930376	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
19930547--19930606	21	2.9	20	78	7	66	30	1	26	41	1.65
19933375--19933419	3	15.0	3	95	0	81	35	0	0	64	0.94
19936016--19936067	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
19943215--19943248	16	2.1	16	88	0	50	67	8	11	11	1.42
19949133--19949181	25	2.0	25	87	0	71	34	14	18	32	1.91
19956782--19956811	14	2.1	15	93	6	53	33	13	0	53	1.40
19960744--19960768	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
19961478--19961510	6	5.7	6	92	7	50	75	15	0	9	1.03
19961470--19961511	12	3.6	12	80	3	50	76	14	0	9	1.02
19961535--19961580	21	2.2	21	84	0	56	67	2	23	6	1.25
19962553--19962648	42	2.3	42	85	0	129	31	11	28	29	1.92
19963723--19964345	88	7.2	88	87	3	734	27	23	26	22	2.00
19963991--19964217	44	5.2	43	63	10	118	24	27	26	21	1.99
19966715--19966744	14	2.1	15	93	6	53	33	13	0	53	1.40
19970670--19970694	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19971398--19971439	6	7.0	6	84	10	50	78	14	0	7	0.95
19971474--19971513	15	2.7	15	84	3	55	72	0	25	2	0.97
19972483--19972578	42	2.3	42	85	0	129	31	11	28	29	1.92
19973671--19974298	88	7.2	88	88	2	736	27	23	26	22	2.00
19973943--19974169	44	5.2	43	63	10	118	24	27	26	21	1.99
19981558--19981663	52	2.0	53	98	1	205	24	7	16	50	1.71
19986113--19986213	51	1.9	52	96	4	186	24	7	16	50	1.72
19987154--19987308	70	2.2	70	82	8	174	27	21	19	30	1.98
19987192--19987308	35	3.3	35	71	13	89	29	22	17	31	1.96
19987698--19987735	12	3.2	12	92	0	58	39	5	10	44	1.61
19994369--19994417	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
20004334--20004408	34	2.2	34	79	13	84	49	5	0	45	1.25
20006230--20006259	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
20007574--20007601	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
20008778--20009011	62	3.7	62	91	2	342	48	8	7	35	1.62
20021219--20021273	21	2.6	21	79	0	65	27	36	10	25	1.89
20021373--20021461	45	2.0	45	91	4	144	32	22	17	26	1.97
20021468--20021658	51	3.8	51	83	3	242	32	28	15	23	1.95
20021468--20021657	101	1.9	101	87	3	283	32	28	15	22	1.95
20023238--20023530	62	4.7	62	91	2	421	35	5	9	49	1.60
20024090--20024143	18	3.0	18	78	5	56	1	27	35	35	1.68
20024102--20024143	6	7.0	6	84	10	59	0	28	35	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20024784--20024818	14	2.5	14	95	0	61	40	5	20	34	1.76
20027220--20027316	50	1.9	50	93	4	167	41	10	13	35	1.78
20028839--20028891	24	2.2	24	82	3	61	52	7	3	35	1.48
20028854--20028906	24	2.2	24	86	6	72	47	7	5	39	1.56
20029551--20029587	12	3.0	12	88	4	56	21	27	0	51	1.48
20039558--20039617	28	2.1	29	90	3	95	45	20	0	35	1.51
20039472--20039617	79	1.9	78	88	1	220	43	21	0	34	1.53
20039793--20039849	29	2.1	27	81	15	64	33	14	8	43	1.76
20039983--20040012	14	2.1	14	100	0	60	40	13	6	40	1.71
20040105--20040137	16	2.1	16	94	0	57	12	33	0	54	1.37
20045239--20045308	19	3.6	19	73	3	50	45	11	5	37	1.64
20054334--20054373	16	2.4	17	87	8	55	80	2	15	2	0.93
20055766--20055829	17	3.8	16	83	8	74	71	7	3	17	1.22
20059924--20059997	35	2.1	35	94	0	130	40	27	13	18	1.88
20068315--20068354	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
20068303--20068369	34	1.9	35	87	3	100	47	10	7	34	1.66
20068338--20068377	14	2.9	14	88	0	62	45	17	5	32	1.70
20075843--20075968	43	2.9	41	80	14	130	23	17	28	30	1.97
20085345--20085369	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
20085420--20085486	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
20085528--20085657	4	32.0	4	74	18	85	70	0	30	0	0.88
20085530--20085687	18	8.2	19	72	20	116	70	0	29	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20085544--20085687	39	3.7	39	85	8	190	69	0	30	0	0.89
20086711--20087218	162	3.2	162	72	15	537	49	8	12	29	1.69
20086530--20087305	320	2.4	320	94	1	1331	49	7	12	30	1.68
20086530--20087269	160	4.6	159	71	13	527	50	7	12	29	1.68
20092563--20092600	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
20092822--20092922	27	3.7	27	82	5	116	17	27	27	26	1.98
20092971--20093042	26	2.6	28	82	8	96	47	0	9	43	1.36
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20093759--20093811	26	2.2	26	86	10	76	0	24	1	73	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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