genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59259015--59259057	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
59259011--59259059	10	5.2	10	80	9	59	0	30	0	69	0.89
59259324--59259408	30	2.8	30	83	3	100	43	4	22	29	1.73
59260118--59260171	26	2.0	27	82	10	67	38	3	0	57	1.17
59263656--59263729	30	2.5	30	81	0	76	41	4	4	50	1.40
59263594--59263755	82	2.0	81	80	9	186	43	4	4	48	1.42
59263895--59263929	17	2.1	17	100	0	70	40	20	17	22	1.92
59268909--59269011	47	2.2	45	79	6	109	54	4	6	33	1.48
59274307--59274345	20	2.0	20	85	10	53	0	23	5	71	1.05
59278952--59278999	24	2.0	24	84	8	62	50	8	0	41	1.33
59293720--59294077	44	8.0	45	73	6	244	26	24	17	30	1.97
59293722--59294032	89	3.5	90	85	5	432	26	25	18	30	1.97
59293723--59294079	181	2.0	181	83	3	459	26	24	17	30	1.97
59302160--59302199	20	2.0	20	100	0	80	30	15	25	30	1.95
59305895--59305920	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
59305996--59306032	18	2.1	18	90	10	58	54	0	16	29	1.43
59309197--59309261	30	2.2	30	97	0	121	23	3	15	58	1.51
59309372--59309408	11	3.2	12	85	11	51	67	0	0	32	0.91
59313873--59314050	38	4.8	36	76	8	142	32	6	3	57	1.43
59315014--59315058	22	2.0	22	86	0	63	26	8	4	60	1.46
59315882--59315962	35	2.3	35	95	0	144	35	2	13	48	1.56
59315908--59315964	16	3.4	16	69	21	53	31	1	12	54	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59318712--59318904	54	3.6	53	79	4	192	32	12	20	34	1.90
59330238--59330276	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
59338000--59338037	18	2.1	19	90	5	60	23	5	5	65	1.34
59339956--59340034	27	2.9	27	100	0	158	22	26	22	27	1.99
59340840--59340881	9	4.7	9	84	0	57	16	45	16	21	1.86
59345246--59345305	28	2.2	28	82	5	70	51	1	3	43	1.28
59346356--59346415	6	10.5	6	85	10	54	68	20	0	11	1.20
59346359--59346393	3	11.7	3	93	0	61	68	28	0	2	1.04
59348179--59348464	88	3.2	88	73	8	290	29	16	22	31	1.95
59348024--59348557	179	3.0	178	86	2	705	29	18	20	31	1.96
59348164--59348548	45	8.6	44	71	10	203	29	18	20	31	1.97
59352544--59352611	12	5.4	13	75	18	63	67	7	2	22	1.29
59352586--59352653	6	12.4	5	83	10	57	70	2	4	22	1.18
59352623--59352652	9	3.2	9	90	9	51	80	0	0	20	0.72
59354022--59354106	33	2.7	30	80	12	84	52	2	4	40	1.35
59354707--59354758	26	2.0	27	88	11	81	36	1	7	53	1.41
59361538--59361592	19	3.1	17	78	14	58	54	1	0	43	1.10
59382829--59382880	24	2.3	21	79	17	68	36	7	3	51	1.49
59382837--59382885	24	2.0	24	100	0	98	38	8	4	48	1.52
59384591--59384655	32	2.0	32	96	0	121	30	29	12	27	1.93
59386892--59386927	17	2.1	17	90	10	56	50	0	11	38	1.38
59390004--59390061	25	2.3	26	82	8	75	10	13	27	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59392432--59392514	25	3.3	25	68	0	76	34	19	25	20	1.96
59392547--59392685	25	5.6	26	72	10	94	35	21	23	19	1.96
59392536--59392690	25	6.2	26	68	15	85	37	20	22	19	1.94
59399535--59399574	16	2.3	18	80	20	50	55	2	2	40	1.27
59403535--59403565	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
59407082--59407133	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
59420964--59421024	3	21.0	3	89	3	81	63	0	4	31	1.15
59422769--59422839	36	2.0	36	97	0	133	9	7	30	52	1.61
59432252--59432281	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
59434489--59434544	23	2.5	23	81	18	73	25	30	1	42	1.65
59434489--59434545	22	2.6	21	84	15	71	24	31	1	42	1.65
59434489--59434544	11	5.0	11	77	16	62	25	30	1	42	1.65
59434503--59434602	51	2.0	51	86	4	139	26	26	3	45	1.68
59435744--59435769	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
59436419--59436458	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
59437014--59437135	21	5.8	21	77	9	122	44	24	3	27	1.69
59437009--59437135	43	3.0	41	81	11	148	44	25	3	27	1.69
59437009--59437132	64	2.0	63	82	7	153	42	25	3	28	1.70
59440320--59440760	125	3.5	124	89	3	636	30	22	17	29	1.97
59441440--59441591	73	2.1	72	86	4	209	30	20	21	27	1.98
59441501--59441815	113	2.8	114	89	1	490	26	20	26	27	1.99
59441728--59441888	73	2.2	73	91	2	252	24	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59441615--59442027	187	2.2	186	89	1	639	26	19	27	26	1.99
59442316--59442363	22	2.2	21	77	3	51	22	0	29	47	1.51
59442411--59442458	21	2.3	21	82	10	62	31	2	37	29	1.69
59442422--59442483	21	2.8	22	77	18	67	32	1	33	32	1.68
59444523--59444548	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
59446825--59447097	43	6.3	43	85	0	330	22	16	29	31	1.96
59449988--59450029	21	2.0	22	90	4	68	59	7	2	30	1.37
59450936--59450972	20	1.9	20	88	5	58	48	2	0	48	1.15
59473779--59473843	30	2.2	30	86	10	89	55	3	4	36	1.36
59479384--59479590	106	2.0	106	86	3	292	24	15	15	43	1.87
59494579--59494607	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
59501484--59501523	13	3.1	13	92	0	62	30	7	32	30	1.85
59505321--59505364	8	5.6	8	91	5	72	72	0	2	25	0.96
59513747--59513833	3	28.0	3	74	15	70	60	2	4	32	1.29
59514596--59514622	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
59515421--59516214	44	18.2	44	76	6	643	23	23	22	31	1.98
59515421--59516186	175	4.4	173	82	5	753	23	22	22	31	1.98
59515422--59516214	131	6.1	131	82	4	719	23	23	22	31	1.99
59516197--59516986	44	17.8	43	70	9	355	27	23	19	29	1.98
59516597--59516903	134	2.3	134	91	1	481	26	24	20	28	1.99
59516182--59516885	358	2.0	353	85	5	963	27	23	19	29	1.98
59516380--59516856	224	2.1	222	86	3	670	28	24	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59518265--59518321	27	2.1	28	84	15	75	19	15	0	64	1.28
59518268--59518318	7	7.6	7	78	8	52	15	13	0	70	1.17
59518268--59518317	20	2.5	20	87	9	68	16	14	0	70	1.18
59519259--59519379	40	3.0	40	75	12	115	11	10	5	71	1.29
59524115--59524207	3	30.0	3	76	14	82	61	2	4	32	1.27
59524969--59524995	14	1.9	14	100	0	54	74	0	3	22	0.98
59526271--59526311	19	2.2	19	86	8	57	60	7	7	24	1.48
59526271--59526312	20	2.2	19	86	4	57	61	7	7	23	1.47
59527842--59527906	16	4.1	16	89	0	103	40	4	33	21	1.74
59528156--59528344	61	3.1	60	72	11	206	49	5	1	43	1.34
59528121--59528344	120	1.9	120	99	0	439	49	4	1	44	1.32
59528827--59528976	59	2.6	58	85	3	212	37	22	18	21	1.94
59532103--59532140	13	2.8	13	82	17	51	68	0	0	31	0.90
59532103--59532139	18	2.1	18	90	10	58	67	0	0	32	0.91
59532103--59532149	16	2.9	17	81	15	64	65	0	0	34	0.93
59559279--59559313	17	2.1	17	100	0	70	40	11	17	31	1.85
59561193--59561230	12	3.2	12	81	11	51	0	2	18	78	0.86
59564051--59564172	2	64.0	2	75	9	112	42	0	55	1	1.09
59566459--59566529	27	2.6	27	81	0	88	25	19	22	32	1.98
59567288--59567359	35	2.1	35	100	0	144	38	16	16	27	1.90
59568710--59568771	29	2.2	28	82	2	70	24	14	16	45	1.84
59569101--59569301	105	1.9	106	90	1	323	32	13	17	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59572427--59572451	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
59572500--59572690	29	6.3	29	86	10	274	29	0	26	43	1.59
59572503--59572590	38	2.4	37	87	9	128	25	0	28	46	1.53
59572518--59572590	38	1.9	38	94	2	130	26	0	26	47	1.52
59572694--59572878	25	7.7	25	66	22	83	44	13	2	38	1.58
59572696--59572880	71	2.6	71	95	2	327	45	13	2	38	1.58
59573966--59573990	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
59574945--59575000	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
59574976--59575015	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
59575032--59575195	59	2.8	59	97	0	310	40	6	9	43	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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