genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  89  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24515675--24515751	22	3.4	22	78	12	84	41	15	24	18	1.89
24515675--24515846	25	7.4	24	77	14	121	40	17	22	20	1.92
24515750--24515845	50	1.9	50	91	0	156	39	18	19	21	1.92
24524901--24524946	19	2.3	20	81	3	58	47	0	10	41	1.38
24525426--24525476	24	2.1	24	85	0	66	21	23	19	35	1.96
24525526--24525597	25	2.8	25	80	14	76	20	27	22	29	1.99
24536720--24536784	16	4.1	16	93	0	94	36	3	35	24	1.71
24536763--24536857	45	2.1	44	86	5	129	31	2	27	38	1.68
24536998--24537039	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
24537007--24537048	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
24537117--24537168	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
24537233--24537279	16	3.0	16	78	12	53	51	2	0	46	1.13
24536996--24537343	120	2.9	120	97	0	662	49	6	1	42	1.37
24537056--24537364	59	5.2	59	63	24	155	49	6	1	42	1.39
24546602--24546629	14	2.0	14	100	0	56	21	28	28	21	1.99
24548348--24548501	76	2.0	77	92	1	256	24	24	12	38	1.91
24552585--24552627	19	2.3	18	84	4	50	9	39	0	51	1.34
24564306--24564340	16	2.2	16	90	10	54	68	5	5	20	1.31
24573175--24573246	33	2.1	34	92	2	119	41	6	11	40	1.67
24576673--24576714	22	1.9	23	85	9	61	21	19	4	54	1.62
24576904--24577062	34	4.6	34	88	1	201	41	29	10	18	1.84
24576902--24577059	69	2.3	71	84	6	207	41	29	10	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24580349--24580392	19	2.3	19	84	7	54	25	18	6	50	1.71
24581635--24581713	33	2.3	34	82	4	97	34	25	20	20	1.96
24581673--24581763	28	3.2	28	87	3	130	35	24	18	21	1.96
24581656--24581766	33	3.7	33	67	24	82	32	24	19	23	1.98
24581874--24581976	26	4.0	26	84	0	143	39	25	17	17	1.91
24582144--24582654	27	19.0	26	86	3	538	22	18	20	38	1.93
24583357--24583413	28	2.0	28	86	0	78	33	22	19	24	1.97
24583640--24583794	32	4.8	32	75	0	139	35	21	21	21	1.96
24583656--24583794	64	2.2	64	90	0	215	35	23	20	20	1.96
24583798--24583849	26	2.0	26	88	0	77	40	26	19	13	1.88
24583999--24584057	24	2.5	24	77	0	73	42	22	5	30	1.75
24584088--24584145	27	2.2	26	81	3	62	20	13	29	36	1.91
24584098--24584156	27	2.2	27	78	6	66	16	16	27	38	1.91
24584238--24584380	27	5.4	27	80	3	146	25	13	18	42	1.87
24587843--24588342	256	1.9	259	94	2	891	40	10	20	29	1.85
24592473--24592651	92	1.9	93	94	1	315	32	13	21	32	1.92
24593935--24593994	32	1.9	32	83	10	79	43	6	6	43	1.57
24595784--24595820	13	2.8	13	83	0	56	35	0	24	40	1.55
24597068--24597102	12	3.0	12	91	4	54	34	0	8	57	1.29
24600737--24600777	21	2.0	21	95	0	73	36	7	12	43	1.70
24608804--24609055	27	9.3	27	82	0	299	42	21	19	17	1.90
24609236--24609303	26	2.6	26	79	4	75	17	17	23	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24609416--24609473	28	2.1	28	87	6	82	25	22	18	32	1.97
24610831--24610867	15	2.5	15	100	0	74	18	10	40	29	1.85
24617660--24617883	27	8.3	27	78	6	213	42	19	19	18	1.90
24618126--24618206	28	2.9	28	83	0	99	19	22	25	32	1.98
24626550--24626793	40	6.1	39	86	3	301	33	19	29	18	1.95
24626553--24626792	120	2.0	120	87	3	349	34	19	29	17	1.94
24632833--24632893	26	2.3	26	88	0	86	36	14	14	34	1.87
24641225--24641287	31	2.0	31	90	0	99	31	19	23	25	1.98
24643833--24643865	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
24647838--24647925	40	2.2	40	97	0	167	38	13	29	18	1.89
24648017--24648114	48	2.0	48	88	3	144	18	26	7	47	1.74
24648025--24648127	48	2.1	48	82	3	118	24	25	6	43	1.78
24659932--24659996	28	2.2	30	89	8	98	56	3	7	32	1.43
24662845--24662876	6	5.3	6	100	0	64	31	53	0	15	1.43
24670578--24670667	40	2.3	40	84	1	110	13	15	27	43	1.84
24690045--24690115	30	2.3	31	88	7	101	40	2	4	52	1.36
24690053--24690098	13	3.0	16	70	23	53	45	2	4	47	1.34
24690808--24690846	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
24692540--24692700	41	3.9	41	87	0	214	20	18	29	31	1.96
24692547--24692700	82	1.9	82	91	0	254	21	17	28	32	1.96
24693354--24693388	15	2.4	14	86	9	52	22	0	37	40	1.55
24693413--24693462	7	7.0	7	77	4	55	20	2	48	30	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24693410--24693462	14	3.8	13	79	16	61	22	1	47	28	1.62
24693577--24693634	27	2.1	28	84	9	75	39	1	10	48	1.48
24693880--24694007	40	3.2	40	86	2	177	29	18	22	28	1.98
24693880--24694027	40	3.7	39	84	3	161	30	18	21	29	1.97
24698299--24698520	43	5.2	43	79	1	230	25	18	26	29	1.98
24699028--24699069	22	2.0	21	85	4	57	28	2	4	64	1.26
24699065--24699097	6	5.7	6	85	7	50	27	0	3	69	1.03
24700417--24700441	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
24700716--24700745	14	2.1	14	93	0	51	46	3	13	36	1.60
24706341--24706588	50	4.9	50	79	6	225	23	27	19	29	1.98
24710780--24710826	23	2.0	23	95	0	85	36	17	21	25	1.94
24711249--24711439	29	6.8	29	73	11	121	37	20	18	22	1.94
24711362--24711410	25	2.0	25	91	0	80	40	18	20	20	1.91
24711306--24711439	54	2.4	54	79	7	135	39	20	18	21	1.92
24711496--24711561	29	2.3	29	80	15	82	30	18	15	36	1.91
24719791--24719844	19	2.8	18	78	10	54	66	1	3	27	1.19
24719797--24719851	20	2.8	20	84	10	62	70	1	1	25	1.06
24723134--24723187	24	2.3	24	75	15	58	61	16	0	22	1.35
24723569--24723595	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
24726895--24726938	6	7.0	6	80	10	52	75	0	0	25	0.81
24726896--24726939	20	2.3	19	88	7	70	77	0	0	22	0.77
24726908--24726941	14	2.4	14	85	0	50	79	0	0	20	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24728687--24728761	19	3.9	19	73	3	60	29	6	16	48	1.71
24748079--24748111	7	4.7	7	100	0	66	57	0	0	42	0.98
24749963--24749999	17	2.1	19	90	10	60	51	5	0	43	1.24
24749940--24749999	19	3.3	18	77	11	59	51	3	0	45	1.17
24750214--24750277	26	2.5	26	76	0	65	37	21	6	34	1.79
24750250--24750274	13	1.9	13	100	0	50	44	16	0	40	1.47
24750315--24750347	16	2.1	16	100	0	66	24	18	21	36	1.95
24752170--24752218	25	1.9	26	87	4	73	30	2	6	61	1.32
24755865--24755894	14	2.1	15	93	6	53	30	0	20	50	1.49
24756086--24756142	28	2.0	28	90	6	89	56	0	5	38	1.22
24757041--24757147	43	2.5	43	86	8	155	25	21	28	25	1.99
24759508--24759576	32	2.2	32	91	0	120	21	23	17	37	1.94
24761347--24761779	112	4.0	107	83	9	504	57	14	0	27	1.43
24761454--24761832	101	3.6	103	82	11	480	57	14	1	27	1.44
24761347--24761832	218	2.3	215	86	5	675	57	14	0	27	1.43
24761565--24761832	117	2.4	112	81	12	333	57	14	0	27	1.43
24761913--24761950	17	2.2	17	95	0	67	44	18	0	36	1.50
24762361--24762399	16	2.4	17	91	4	62	64	0	0	35	0.94
24766844--24766938	24	3.9	25	75	4	86	33	22	27	16	1.95
24766919--24767012	25	3.8	24	69	9	64	31	19	29	19	1.96
24767104--24767166	25	2.6	25	84	2	83	34	19	26	19	1.95
24769241--24769343	53	1.9	53	86	0	143	31	23	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24779495--24779785	141	2.0	143	95	1	523	35	13	23	27	1.93
24783562--24783604	19	2.3	19	100	0	86	30	18	23	27	1.98
24785196--24785247	18	2.9	17	73	18	52	36	5	1	55	1.35
24785175--24785234	18	3.1	19	79	18	61	43	1	3	51	1.28
24790490--24790536	24	2.0	24	86	0	67	31	29	14	23	1.95
24791177--24791239	31	2.0	31	96	0	117	31	19	6	42	1.76
24792445--24792491	24	1.9	24	83	12	60	55	2	0	42	1.12
24794334--24794368	2	17.5	2	100	0	70	0	51	0	48	1.00
24799728--24799779	20	2.6	20	84	0	77	36	5	0	57	1.23
24800023--24800064	12	3.4	12	75	18	50	28	0	0	71	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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