genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.83.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  83  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22820443--22820737	148	2.0	148	92	1	493	29	13	21	35	1.91
22826066--22826117	22	2.4	21	75	15	52	46	7	0	46	1.31
22827055--22827222	92	1.8	92	97	0	318	34	14	19	31	1.92
22830427--22830478	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22830375--22830562	61	3.1	61	70	14	199	42	1	6	48	1.39
22830556--22830597	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
22830547--22830588	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
22830373--22830594	120	1.9	120	99	0	435	42	1	6	49	1.38
22830812--22830865	16	3.4	16	92	0	81	33	33	0	33	1.58
22832582--22832647	13	5.5	13	76	20	72	48	13	0	37	1.43
22832580--22832635	10	4.9	11	76	22	53	46	16	0	37	1.47
22832582--22832656	23	3.3	23	94	0	123	49	13	0	37	1.42
22835135--22835394	59	4.5	58	72	9	208	22	26	13	36	1.92
22835135--22835397	29	9.0	28	77	8	181	22	26	13	36	1.92
22848023--22848065	13	3.5	13	81	18	65	48	16	0	34	1.46
22848023--22848067	23	2.0	23	100	0	90	48	15	0	35	1.45
22848025--22848074	23	2.2	23	92	0	82	52	14	0	34	1.42
22849153--22849196	23	1.9	23	90	0	70	18	20	22	38	1.93
22852097--22852676	44	13.4	44	69	15	171	27	21	21	30	1.98
22852307--22852676	44	8.5	44	74	12	183	28	21	19	30	1.97
22852097--22852413	129	2.5	128	87	4	370	27	21	22	29	1.99
22853025--22853315	44	6.8	43	84	7	335	28	24	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22853028--22853315	125	2.2	126	84	6	366	28	23	18	28	1.98
22853035--22853282	81	3.0	81	82	7	259	28	23	18	29	1.98
22853315--22853720	88	4.6	87	88	0	497	19	23	28	28	1.98
22853329--22853720	176	2.2	176	88	0	588	19	23	28	28	1.99
22859704--22859737	16	2.1	16	89	10	52	73	2	0	23	0.97
22865413--22865541	51	2.6	50	77	10	131	46	2	7	43	1.45
22866274--22866360	43	2.0	43	90	0	138	25	13	26	34	1.93
22869472--22869514	20	2.2	20	83	8	52	37	13	11	37	1.82
22871690--22871780	25	3.6	25	79	5	96	29	24	21	24	1.99
22872971--22873035	23	2.8	22	77	9	67	55	3	7	33	1.44
22880639--22880669	12	2.6	12	94	0	53	58	0	16	25	1.38
22881338--22881630	42	6.9	42	82	4	293	30	20	22	26	1.98
22882065--22882092	12	2.3	12	100	0	56	0	42	17	39	1.50
22882077--22882142	21	3.1	21	88	0	96	3	45	19	31	1.66
22887586--22887730	9	17.2	9	71	13	94	36	1	17	44	1.57
22887595--22887625	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
22887605--22887696	25	3.7	25	88	0	121	35	1	17	45	1.56
22887656--22887730	34	2.2	34	85	0	96	34	1	18	45	1.58
22887740--22887786	18	2.5	18	89	6	67	53	0	4	42	1.20
22887873--22887902	13	2.4	13	94	5	53	60	0	0	40	0.97
22887887--22887931	21	2.1	21	92	8	74	60	0	0	40	0.97
22887885--22888021	24	5.9	22	74	18	93	51	2	2	42	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22887891--22888016	23	5.2	25	77	20	101	50	3	3	42	1.34
22887863--22887994	52	2.5	51	80	12	146	53	3	1	41	1.25
22887895--22888015	47	2.5	49	82	12	135	51	3	3	42	1.34
22888000--22888032	15	2.1	16	94	5	59	48	0	3	48	1.17
22888082--22888339	9	29.3	9	70	20	131	37	1	16	44	1.55
22888165--22888277	16	7.0	16	70	23	69	36	0	17	46	1.49
22888188--22888307	25	4.5	26	74	21	115	39	0	14	46	1.44
22888182--22888326	34	3.9	34	73	20	137	39	0	13	47	1.42
22888165--22888339	81	2.2	81	100	0	350	38	0	15	46	1.46
22889005--22889044	12	3.3	12	89	0	62	57	12	5	25	1.55
22888994--22889055	24	2.7	24	78	14	76	53	14	6	25	1.65
22889515--22889576	24	2.6	23	78	12	63	25	3	41	29	1.71
22889911--22889942	16	2.0	16	100	0	64	25	6	6	62	1.42
22891129--22891189	21	2.9	21	74	13	54	47	31	0	21	1.51
22891365--22891405	13	3.1	14	86	6	50	48	21	7	21	1.74
22891813--22892151	114	3.0	113	69	16	275	27	20	23	28	1.99
22891740--22892170	228	1.9	228	84	3	573	28	20	22	28	1.99
22893069--22893125	23	2.5	23	85	5	80	47	3	0	49	1.18
22894945--22894978	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87
22899983--22900024	21	2.0	21	90	0	66	52	0	38	9	1.34
22900316--22900364	22	2.2	22	100	0	98	44	4	22	28	1.71
22913173--22913212	19	2.2	19	86	4	55	70	7	20	2	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22919965--22919996	16	1.9	17	93	6	57	15	46	25	12	1.81
22923549--22923583	18	1.9	18	88	0	52	37	5	22	34	1.78
22926800--22926923	62	2.0	62	100	0	248	40	9	20	29	1.84
22927554--22927589	18	2.0	18	88	0	54	30	5	11	52	1.59
22930941--22931001	27	2.3	27	79	0	77	18	37	16	27	1.92
22931014--22931107	49	1.9	49	88	0	143	30	20	12	36	1.90
22931073--22931429	67	5.3	67	81	3	355	25	25	14	34	1.94
22931073--22931429	134	2.7	134	82	1	403	25	25	14	34	1.94
22932179--22932204	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
22934345--22934370	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
22935440--22935492	21	2.5	21	81	0	61	28	9	32	30	1.88
22935899--22936169	31	9.1	31	84	11	354	36	9	0	53	1.38
22935899--22936169	59	4.6	60	84	10	335	36	9	0	53	1.38
22936045--22936151	56	1.9	56	90	3	173	40	11	0	47	1.46
22936276--22936339	23	3.0	22	68	21	62	9	56	4	29	1.51
22936333--22936370	6	6.2	6	93	6	67	15	47	0	36	1.46
22936333--22936370	19	2.0	19	100	0	76	15	47	0	36	1.46
22940276--22940314	20	1.9	19	85	10	51	56	17	7	17	1.64
22943140--22943200	25	2.4	25	97	0	113	62	14	6	16	1.52
22943240--22943285	11	4.4	11	81	10	51	80	10	0	8	0.91
22943239--22943285	15	3.1	15	80	19	62	80	10	0	8	0.89
22945444--22945500	27	2.1	27	83	0	69	21	29	14	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22945678--22945738	27	2.3	27	85	0	77	27	29	6	36	1.82
22945699--22945766	27	2.5	27	82	0	73	32	22	5	39	1.78
22952288--22952314	5	5.4	5	100	0	54	37	0	0	62	0.95
22955039--22955073	15	2.2	17	90	10	56	68	5	11	14	1.37
22958592--22958631	18	2.2	19	86	4	55	55	5	0	40	1.22
22958601--22958654	27	2.0	28	81	3	65	50	3	0	46	1.19
22958638--22958704	17	3.8	17	68	16	55	64	2	2	29	1.23
22960566--22960622	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
22960868--22960902	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
22961002--22961043	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22960755--22961052	154	1.9	156	95	2	537	44	3	5	47	1.40
22961011--22961145	15	8.9	15	67	24	70	51	3	2	42	1.32
22960794--22961109	154	2.0	155	83	7	401	46	4	3	45	1.39
22961071--22961161	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
22961051--22961269	120	1.8	119	89	6	345	50	5	3	40	1.44
22961230--22961268	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
22961235--22961268	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
22961301--22961495	93	2.1	92	88	4	286	47	4	4	44	1.41
22962335--22962365	15	2.1	15	100	0	62	45	0	19	35	1.51
22968357--22968415	28	2.1	27	79	11	66	54	13	15	16	1.72
22968373--22968415	14	3.1	14	72	0	50	58	11	16	13	1.64
22970046--22970093	24	1.9	24	83	8	60	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22970074--22970174	35	2.9	32	80	11	103	42	21	12	22	1.87
22970651--22970723	31	2.3	31	95	2	128	56	13	2	27	1.51
22970884--22970989	41	2.6	41	81	11	112	33	25	15	25	1.95
22975322--22975351	13	2.2	14	94	5	53	46	6	0	46	1.29
22977403--22977447	21	2.2	21	84	7	58	46	6	2	44	1.42
22986755--22986830	38	2.0	38	97	0	143	39	10	11	38	1.77
22989287--22989431	74	2.0	74	81	2	175	45	6	2	44	1.44
22989857--22989925	26	2.8	24	83	14	86	56	7	4	31	1.46
22991264--22991331	31	2.2	31	81	2	84	38	10	11	39	1.76
22991280--22991344	31	2.1	31	97	0	121	33	10	10	44	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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