genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.103.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  103  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29114061--29114346	44	6.6	44	75	7	223	30	29	17	22	1.97
29115538--29115564	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
29116131--29116157	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
29118689--29118744	27	2.1	27	83	6	69	41	19	1	37	1.62
29119004--29119038	7	5.0	7	85	0	52	28	51	0	20	1.47
29119152--29119189	14	2.7	14	88	8	51	34	42	0	23	1.55
29119248--29119304	15	3.9	14	75	13	53	38	35	0	26	1.57
29119321--29119353	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
29120147--29120178	16	2.0	16	93	0	55	37	15	6	40	1.73
29123026--29123058	15	2.2	15	94	0	57	30	21	6	42	1.77
29125210--29125241	17	1.9	17	93	6	57	0	12	6	81	0.87
29125528--29125974	148	3.1	148	86	5	658	42	4	10	42	1.58
29142036--29142083	23	2.1	23	96	0	87	37	8	20	33	1.83
29143290--29143341	20	2.6	20	93	0	86	50	0	28	21	1.49
29147485--29147549	33	2.0	33	84	6	87	9	26	0	64	1.23
29148629--29148689	20	3.0	20	79	9	70	21	21	19	37	1.94
29160077--29160167	43	2.1	44	95	2	166	51	2	20	25	1.59
29164065--29164111	22	2.1	22	84	7	60	4	21	0	74	0.99
29168660--29168807	27	5.6	26	78	5	127	44	16	16	22	1.86
29173057--29173246	50	3.8	50	77	6	172	22	26	21	30	1.99
29180579--29180863	27	10.6	27	82	3	297	39	12	21	25	1.89
29189134--29189171	20	1.9	19	89	5	58	39	5	7	47	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29203641--29203694	23	2.5	20	78	21	56	44	0	20	35	1.52
29215084--29215640	46	12.6	47	80	14	607	31	7	30	30	1.86
29215096--29215589	178	2.9	170	86	9	607	31	7	29	30	1.85
29215249--29215640	215	1.8	210	85	8	542	31	8	30	29	1.86
29235028--29235071	23	1.9	22	82	17	54	40	0	22	36	1.54
29246475--29247070	47	12.6	47	92	1	931	31	8	30	30	1.86
29246475--29247070	190	3.1	191	91	2	954	31	8	30	30	1.86
29246475--29247070	237	2.5	237	95	0	1039	31	8	30	30	1.86
29246873--29246995	22	5.3	22	62	18	61	28	9	31	30	1.89
29259309--29259367	30	2.0	30	86	6	84	49	11	6	32	1.66
29265367--29265442	23	3.3	23	88	0	125	30	25	21	23	1.99
29265668--29265706	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
29270928--29271119	50	3.7	51	83	5	208	26	19	29	25	1.98
29280702--29280765	19	3.4	19	80	4	58	43	3	0	53	1.16
29280847--29280884	12	2.8	13	85	14	51	47	0	0	52	1.00
29280984--29281044	24	2.5	23	80	15	61	49	4	0	45	1.23
29280992--29281071	35	2.3	35	85	8	103	50	5	0	45	1.23
29281489--29281519	16	1.9	16	93	0	53	58	3	25	12	1.50
29284653--29284679	12	2.2	12	100	0	54	51	14	7	25	1.68
29299621--29299650	12	2.4	13	94	5	53	20	0	10	70	1.16
29302989--29303294	45	6.8	45	82	5	228	47	16	16	19	1.83
29302988--29303294	90	3.4	90	82	5	309	47	16	16	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29303084--29303298	45	4.8	45	83	5	247	47	17	14	19	1.82
29303682--29303823	73	1.9	74	84	1	187	36	4	16	42	1.68
29305867--29305982	62	1.9	62	87	5	175	47	4	5	43	1.45
29307624--29307651	11	2.5	11	100	0	56	25	7	39	28	1.82
29310317--29310516	25	8.1	25	67	14	85	39	23	22	15	1.92
29322606--29322668	5	12.4	5	76	15	58	23	20	14	41	1.89
29329587--29329807	40	5.5	40	81	0	208	28	13	24	33	1.93
29332301--29332347	19	2.5	19	75	6	51	48	0	4	46	1.21
29332446--29332509	33	1.9	33	84	6	85	28	3	1	67	1.15
29332458--29332506	25	2.0	25	87	0	71	26	0	2	71	0.97
29332457--29332490	16	2.0	16	88	11	50	29	0	0	70	0.87
29332457--29332509	9	6.2	9	85	12	60	32	0	1	66	1.03
29333827--29333887	31	2.0	31	86	0	86	50	9	6	32	1.61
29334243--29334315	9	7.5	10	76	14	64	69	2	1	26	1.09
29334264--29334322	9	6.4	9	82	3	64	69	1	0	28	0.98
29334244--29334289	21	2.2	21	88	7	67	76	2	2	19	1.00
29334264--29334322	27	2.1	27	84	3	73	69	1	0	28	0.98
29339149--29339256	17	6.4	17	70	0	81	45	18	9	26	1.80
29339138--29339214	34	2.3	34	77	8	84	46	19	6	27	1.74
29339149--29339256	51	2.1	51	84	0	135	45	18	9	26	1.80
29339191--29339256	34	1.9	34	87	0	96	43	16	10	28	1.81
29340448--29340536	34	2.8	34	80	12	100	50	17	1	30	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29349108--29349151	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
29351047--29351298	45	5.8	45	78	7	250	30	18	16	34	1.93
29351107--29351180	38	2.0	37	83	2	94	36	17	13	32	1.89
29351062--29351228	82	2.0	83	84	1	219	34	18	13	33	1.89
29359671--29359719	18	2.7	18	77	3	53	4	22	6	67	1.30
29359748--29359784	18	2.1	18	90	5	58	5	13	2	78	1.03
29363102--29363206	51	2.1	51	85	3	140	42	17	12	27	1.85
29368235--29368264	14	2.1	14	93	0	51	56	0	3	40	1.16
29368854--29368916	21	3.0	21	86	6	85	50	0	9	39	1.35
29368855--29368916	20	3.0	20	86	9	81	51	0	9	38	1.35
29368860--29368924	27	2.4	26	82	10	78	56	0	12	30	1.36
29368860--29368936	26	3.2	26	80	12	67	54	2	11	31	1.50
29369180--29369237	16	4.1	14	79	16	66	44	1	0	53	1.10
29373089--29373122	8	4.2	8	92	0	59	76	14	0	8	1.01
29373059--29373123	12	5.2	12	70	7	58	67	9	6	16	1.38
29373314--29373344	13	2.4	13	94	0	53	74	0	3	22	0.96
29374533--29374587	21	2.7	19	81	10	56	0	18	10	70	1.15
29375875--29375904	11	2.7	11	100	0	60	70	0	10	20	1.16
29387608--29387677	27	2.6	27	79	0	68	24	20	12	42	1.86
29399137--29399191	17	3.2	17	86	0	83	18	16	40	25	1.91
29399127--29399191	34	1.9	34	90	0	103	20	21	35	23	1.96
29399918--29399956	11	3.5	11	86	13	62	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29407268--29407310	18	2.3	18	88	4	59	53	0	2	44	1.13
29407325--29407372	22	2.3	21	89	7	71	29	4	6	60	1.40
29407927--29407969	19	2.3	18	84	4	50	9	39	0	51	1.34
29408111--29408232	57	2.1	58	87	4	176	29	18	7	45	1.76
29412320--29412357	15	2.5	15	87	12	51	65	10	2	21	1.35
29413907--29414120	29	7.4	29	79	7	177	35	10	27	26	1.89
29413907--29414120	58	3.7	58	71	9	204	35	10	27	26	1.89
29413958--29414191	87	2.7	85	79	7	263	35	12	26	25	1.91
29414049--29414120	28	2.5	28	93	2	117	36	6	27	29	1.83
29413934--29414150	115	1.9	117	90	3	350	36	10	27	25	1.89
29413987--29414192	29	7.1	29	77	5	132	35	12	26	25	1.92
29413906--29414192	58	4.9	59	72	7	167	35	11	26	25	1.91
29414961--29415204	29	8.4	29	80	6	181	35	12	27	23	1.92
29414983--29415204	58	3.8	58	79	4	223	36	13	27	23	1.92
29414990--29415204	87	2.5	88	86	2	281	35	13	27	23	1.92
29418477--29418667	51	3.8	52	75	7	178	23	16	28	31	1.96
29418489--29418677	102	1.9	101	84	3	254	22	16	29	31	1.96
29418673--29418771	46	2.2	43	81	12	110	24	17	25	33	1.96
29430565--29430702	42	3.2	43	81	9	131	29	26	18	25	1.98
29436049--29436384	124	2.7	124	91	2	541	32	16	20	30	1.95
29439479--29439503	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
29439542--29439568	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29439590--29439624	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
29439487--29439800	121	2.6	120	90	4	524	47	5	9	37	1.59
29439664--29439690	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
29439701--29439745	18	2.4	18	88	3	63	55	4	6	33	1.46
29439674--29439854	55	3.3	55	88	4	251	48	5	10	35	1.61
29439862--29439903	18	2.3	18	100	0	84	26	0	26	47	1.52
29439880--29440009	29	4.3	29	88	7	181	25	0	30	43	1.55
29439880--29440009	57	2.2	60	90	9	203	25	0	30	43	1.55
29440069--29440103	18	1.9	18	100	0	70	51	2	11	34	1.53
29440032--29440212	55	3.3	54	89	6	206	46	4	12	35	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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