genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  42  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11267700--11268048	191	1.8	191	87	0	518	20	24	13	41	1.88
11269559--11269608	17	3.2	17	78	21	72	36	6	6	52	1.51
11269577--11269604	13	2.2	13	100	0	56	39	7	7	46	1.59
11269600--11269638	16	2.5	15	88	8	60	41	0	5	53	1.23
11269697--11270078	9	41.9	9	73	7	279	48	14	3	33	1.61
11269697--11270078	27	13.6	27	76	10	347	48	14	3	33	1.61
11269728--11270051	92	3.6	92	81	9	427	48	15	3	33	1.62
11269697--11270078	174	2.2	174	94	0	658	48	14	3	33	1.61
11278151--11278200	21	2.4	21	86	0	73	36	18	44	2	1.61
11278522--11278723	42	4.8	42	77	2	156	27	20	20	32	1.97
11278606--11278724	42	2.8	42	88	0	175	25	21	21	32	1.97
11279240--11279440	43	4.7	43	85	3	262	21	15	30	32	1.94
11279240--11279460	86	2.6	85	88	3	316	23	16	29	31	1.96
11283520--11283545	13	2.0	13	100	0	52	30	0	0	69	0.89
11284010--11284034	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
11284732--11284798	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
11289341--11289387	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
11295605--11295665	32	1.9	32	83	6	79	37	9	1	50	1.45
11306446--11306500	27	2.0	27	100	0	110	34	14	21	29	1.93
11319631--11319661	10	3.0	10	95	4	53	77	0	0	22	0.77
11320480--11320541	3	20.3	3	74	9	54	67	3	3	25	1.20
11320497--11320542	22	2.1	22	87	0	65	71	0	4	23	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11320512--11320563	16	3.3	16	81	5	61	71	1	1	25	1.07
11325600--11325648	21	2.4	20	82	3	53	26	12	18	42	1.85
11325629--11325743	42	2.7	42	79	4	142	20	20	17	42	1.89
11346361--11346477	41	2.9	41	88	0	171	29	20	28	22	1.98
11358675--11358707	9	3.6	9	92	8	57	69	0	0	30	0.88
11358676--11358707	10	3.3	10	91	8	57	71	0	0	28	0.86
11358688--11358721	16	2.1	16	88	5	50	58	0	0	41	0.98
11358672--11358721	26	1.9	26	83	0	64	64	0	0	36	0.94
11361524--11361812	126	2.3	126	90	1	454	28	19	17	33	1.95
11361850--11362223	96	3.9	96	92	1	592	38	19	1	40	1.60
11361896--11362151	52	5.2	52	64	20	174	38	19	1	40	1.61
11361850--11362245	191	2.1	191	89	1	598	39	19	1	39	1.61
11367966--11368022	29	2.0	28	82	3	69	21	33	1	43	1.63
11368006--11368048	2	21.5	2	95	0	77	0	48	2	48	1.14
11368395--11368427	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
11374403--11374451	21	2.3	21	90	10	82	30	16	22	30	1.96
11374825--11374869	16	2.7	17	82	6	56	40	0	0	60	0.97
11374864--11374962	31	3.3	30	82	13	116	35	3	0	61	1.11
11374878--11374962	27	3.0	26	86	11	98	35	2	0	62	1.08
11374931--11374969	20	2.0	20	89	0	60	38	2	0	58	1.12
11374930--11374987	20	2.8	20	80	17	57	41	1	3	53	1.28
11376837--11376880	18	2.5	17	85	10	61	38	0	9	52	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11380726--11380776	22	2.4	21	77	6	59	45	7	3	43	1.51
11388008--11388141	47	2.9	47	82	10	147	12	10	2	73	1.19
11388039--11388136	24	4.1	23	75	19	78	12	10	2	75	1.13
11388046--11388097	19	2.8	18	82	5	59	15	9	1	73	1.18
11388019--11388131	25	4.6	25	73	13	83	11	10	2	75	1.15
11387974--11388136	36	4.5	35	73	9	116	11	10	2	75	1.14
11388628--11388667	7	5.7	7	90	0	53	22	0	7	70	1.12
11390508--11390555	3	16.0	3	82	0	60	31	2	4	62	1.26
11394866--11394913	12	3.8	12	74	15	51	64	10	0	25	1.25
11394939--11394975	17	2.2	17	90	0	56	75	0	24	0	0.80
11394907--11394960	9	5.7	10	85	10	53	75	0	16	7	1.01
11394939--11394973	11	3.2	11	91	0	52	77	0	22	0	0.78
11396369--11397055	132	5.2	132	72	11	547	29	19	24	26	1.98
11397035--11397181	44	3.3	44	86	1	179	28	19	25	27	1.98
11397108--11397206	44	2.2	44	82	7	112	30	19	22	28	1.98
11398393--11398460	3	22.0	3	82	5	64	25	1	7	66	1.26
11401707--11402004	22	13.5	22	70	16	165	55	1	0	42	1.14
11401845--11402010	43	3.8	40	80	12	118	57	0	0	42	1.03
11401877--11402007	21	6.1	21	75	15	126	58	0	0	40	1.03
11401865--11401949	41	2.1	41	76	12	61	58	0	0	41	0.98
11401877--11401998	41	2.8	43	83	13	151	56	0	0	42	1.05
11402008--11402104	25	3.6	26	74	18	83	72	5	10	12	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11402025--11402076	15	3.5	14	77	12	50	71	1	9	17	1.22
11403415--11403477	11	5.8	11	71	17	60	65	1	0	33	1.03
11403416--11403477	22	2.9	21	79	11	72	66	1	0	32	1.02
11403438--11403463	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
11404843--11404902	22	2.7	23	74	10	70	40	13	18	28	1.88
11407656--11407686	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
11407739--11407775	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
11407989--11408048	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
11409455--11409512	26	2.2	26	87	0	80	53	0	1	44	1.10
11411749--11411984	113	2.1	114	83	5	291	32	19	22	25	1.97
11412774--11412858	37	2.3	37	85	4	109	25	1	22	50	1.56
11412771--11412861	44	2.1	44	82	12	107	26	1	25	47	1.59
11413133--11413195	14	4.5	14	79	0	72	28	1	33	36	1.67
11413134--11413195	21	3.0	21	83	2	72	29	1	33	35	1.67
11416148--11416275	9	14.2	9	89	0	193	49	17	0	32	1.52
11416155--11416282	27	4.8	27	97	1	224	50	16	0	32	1.45
11419437--11419595	41	3.9	41	83	6	205	27	20	30	22	1.98
11419450--11419636	41	4.6	41	83	4	200	28	19	29	21	1.98
11420975--11421040	21	3.2	20	86	4	87	33	19	43	3	1.66
11421025--11421052	12	2.3	12	100	0	56	39	17	42	0	1.50
11421488--11421801	43	7.4	42	81	5	276	27	21	20	30	1.98
11423847--11424137	22	13.2	22	82	0	348	43	17	9	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11423847--11424140	44	6.7	44	87	0	426	43	17	9	29	1.81
11423870--11423997	11	11.6	11	63	15	50	42	18	10	28	1.83
11424919--11425033	42	2.7	43	82	1	133	30	28	16	24	1.96
11427806--11427873	28	2.5	28	83	4	95	47	1	4	47	1.31
11432423--11432497	20	3.8	20	72	10	55	40	20	8	32	1.81
11432669--11432750	23	3.6	23	89	0	128	34	18	25	21	1.96
11432660--11432760	46	2.2	46	85	8	141	32	18	26	21	1.97
11441021--11441090	16	4.1	17	76	10	63	84	0	12	2	0.73
11441024--11441089	8	7.9	8	83	6	51	83	0	13	3	0.76
11441027--11441093	9	7.8	9	90	5	86	83	0	13	2	0.76
11442915--11443070	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
11442914--11443067	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
11442915--11443070	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
11442907--11443091	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
11442907--11443091	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
11445236--11446296	100	10.7	100	80	5	1021	32	20	19	27	1.97
11445248--11446296	50	21.2	50	68	4	381	32	20	19	27	1.97
11445946--11446124	91	2.0	91	87	2	261	31	25	19	24	1.98
11446309--11446415	44	2.5	43	86	4	137	30	18	17	32	1.95
11446345--11446505	44	3.6	44	85	5	173	30	20	19	29	1.97
11454988--11455033	9	5.3	9	74	10	51	39	13	8	39	1.75
11454992--11455042	25	2.0	26	84	3	68	41	11	5	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11455097--11455146	20	2.5	19	80	6	55	34	24	8	34	1.84
11455295--11455376	23	3.4	23	81	8	85	32	23	24	19	1.97
11457671--11457699	15	1.9	15	100	0	58	41	37	0	20	1.53
11462668--11462717	21	2.3	22	82	3	66	36	6	16	42	1.72
11463493--11463535	10	4.1	10	79	8	50	58	2	0	39	1.11
11463493--11463535	21	2.0	21	86	0	59	58	2	0	39	1.11
11464437--11464485	24	2.0	24	88	7	73	38	2	2	57	1.22
11469104--11469153	6	8.2	6	81	16	50	76	0	2	22	0.89
11469104--11469153	13	4.1	11	82	17	55	76	0	2	22	0.89
11479874--11479905	9	3.6	9	91	0	55	46	15	12	25	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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