genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  30  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8153639--8153672	17	2.0	17	88	0	50	64	0	0	35	0.94
8157271--8157405	17	7.5	17	65	21	53	34	2	2	60	1.24
8161796--8161859	29	2.2	29	78	10	69	40	26	9	23	1.85
8168627--8168652	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8183973--8184281	44	6.7	46	70	16	154	30	19	22	27	1.98
8184016--8184414	44	8.8	43	74	12	266	31	17	22	28	1.97
8183973--8184183	88	2.4	90	80	6	225	29	18	22	29	1.97
8184046--8184326	144	2.0	142	81	4	332	32	18	22	27	1.97
8183973--8184473	232	2.2	232	97	0	932	31	18	22	27	1.97
8189825--8189883	5	11.8	5	76	16	52	45	0	1	52	1.10
8189925--8189969	20	2.3	19	88	11	65	71	2	26	0	0.98
8203501--8203847	123	2.8	122	92	0	604	29	15	21	32	1.95
8206957--8206981	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
8206963--8207086	55	2.3	55	97	0	239	45	4	12	37	1.60
8207083--8207297	29	7.3	29	87	7	326	29	0	26	42	1.62
8207083--8207297	59	3.7	58	88	6	326	29	0	26	42	1.62
8207083--8207297	89	2.4	88	96	1	394	29	0	26	42	1.62
8207300--8207485	25	7.7	25	65	22	94	44	14	2	38	1.60
8207303--8207487	71	2.6	71	94	0	325	44	14	2	37	1.60
8208575--8208599	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
8209714--8209872	51	3.1	50	94	3	273	42	0	27	30	1.56
8209788--8209875	29	3.3	29	59	22	66	38	0	29	31	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8210115--8210181	29	2.3	28	80	7	71	44	16	16	22	1.86
8210603--8210638	19	1.9	19	88	5	56	63	2	0	33	1.08
8213488--8213580	37	2.5	37	89	0	132	36	29	15	19	1.92
8219519--8219553	18	1.9	18	88	0	52	37	17	14	31	1.89
8232499--8232556	30	1.9	30	89	0	89	24	18	18	37	1.94
8238668--8238863	24	8.0	24	70	15	73	38	19	23	17	1.93
8238791--8238856	26	2.5	26	85	7	89	39	24	21	15	1.91
8239469--8239512	20	2.1	21	83	4	54	34	13	6	45	1.70
8240711--8240889	91	2.0	91	92	0	295	47	16	7	28	1.73
8243491--8243516	3	8.7	3	100	0	52	65	34	0	0	0.93
8258954--8259025	37	2.0	37	89	5	112	25	22	16	36	1.94
8259006--8259399	52	7.8	52	87	6	578	27	23	14	34	1.94
8258989--8259413	98	4.3	98	85	8	540	27	23	14	35	1.93
8259006--8259413	150	2.7	150	96	0	735	27	23	14	34	1.94
8263961--8264003	20	2.1	21	86	4	61	20	4	0	74	1.00
8270751--8270834	17	4.8	17	78	12	89	66	4	2	26	1.23
8270754--8270835	18	4.6	18	73	21	73	65	4	2	26	1.25
8270769--8270838	35	2.0	36	85	2	97	67	4	2	25	1.23
8271074--8271153	30	2.8	29	78	17	71	53	8	0	37	1.32
8271084--8271144	30	2.0	31	84	9	81	52	8	0	39	1.31
8271909--8271963	28	2.0	28	81	0	65	40	3	5	50	1.43
8271963--8271988	4	6.5	4	100	0	52	50	0	23	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8274738--8274810	37	2.0	37	97	0	137	24	17	19	38	1.93
8280931--8281186	133	1.9	133	87	4	374	38	14	17	28	1.90
8280911--8281198	160	1.8	160	89	1	452	38	15	16	28	1.90
8280911--8281198	27	10.7	27	82	7	347	38	15	16	28	1.90
8281328--8281430	27	3.8	27	83	6	102	18	26	22	33	1.97
8289037--8289082	16	2.9	16	75	15	51	47	0	6	45	1.28
8289032--8289083	15	3.4	15	75	15	52	46	0	5	48	1.26
8289791--8289824	14	2.4	14	85	0	50	38	8	2	50	1.49
8290290--8290314	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
8290617--8290682	29	2.3	28	82	10	80	34	4	1	59	1.27
8290972--8290998	4	6.8	4	100	0	54	0	22	0	77	0.76
8291994--8292039	22	2.0	24	83	8	60	21	2	19	56	1.52
8294728--8294878	45	3.4	44	76	8	144	39	17	17	25	1.92
8294985--8295083	34	2.9	33	82	11	119	44	12	13	30	1.80
8299600--8299645	23	2.1	22	88	8	67	41	0	2	56	1.11
8299927--8299959	16	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
8301301--8301359	17	3.4	18	74	21	54	35	0	3	61	1.13
8301327--8301395	26	2.7	25	80	6	75	33	0	4	62	1.15
8301350--8301382	17	2.0	17	94	5	59	30	0	3	66	1.06
8301378--8301426	21	2.3	21	86	10	64	26	0	8	65	1.20
8301438--8301567	19	6.9	18	69	22	65	35	0	3	60	1.18
8301485--8301546	20	3.2	20	71	15	58	35	1	1	61	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8306192--8306232	21	2.0	21	90	0	64	29	19	29	21	1.98
8311451--8311497	23	2.0	23	84	8	60	31	0	40	27	1.57
8313705--8313739	14	2.5	14	90	0	52	31	2	14	51	1.57
8313840--8313891	25	2.1	25	85	7	70	34	11	19	34	1.88
8328823--8328870	23	2.1	23	84	7	62	70	6	8	14	1.31
8339183--8339251	25	2.8	25	84	4	77	34	15	14	34	1.89
8340522--8340556	17	2.0	18	88	5	54	14	45	28	11	1.79
8342113--8342162	22	2.3	22	89	6	75	24	28	2	46	1.64
8343909--8343949	18	2.3	18	86	0	55	19	29	7	43	1.78
8344190--8344237	21	2.3	22	79	17	57	35	41	14	8	1.76
8344370--8344466	49	2.0	49	97	0	185	42	1	9	47	1.42
8344437--8344498	31	2.0	31	100	0	124	25	3	9	61	1.42
8344388--8344547	80	2.0	80	96	0	293	35	2	8	53	1.46
8347782--8348064	124	2.3	125	92	0	478	28	19	19	32	1.96
8350361--8350438	38	2.1	38	100	0	156	38	5	23	33	1.77
8351312--8351627	160	2.0	160	97	0	596	44	14	11	29	1.81
8357607--8357654	24	2.0	24	84	8	62	43	37	4	14	1.65
8358864--8358934	3	24.0	3	80	8	65	33	5	1	59	1.30
8358894--8358939	23	2.0	24	83	12	60	32	6	0	60	1.22
8359344--8359382	12	3.2	12	81	0	51	43	12	2	41	1.56
8359315--8359419	55	1.9	55	82	7	133	33	10	3	52	1.54
8361602--8361645	21	2.2	20	83	4	52	54	11	22	11	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8364138--8364221	36	2.3	35	82	6	96	72	10	5	10	1.27
8364188--8364218	6	5.3	6	96	3	55	70	12	0	16	1.16
8364176--8364219	18	2.6	16	82	7	52	72	11	2	13	1.21
8364588--8364628	7	6.0	7	88	5	66	68	0	17	14	1.22
8364591--8364633	14	3.2	13	83	9	59	65	0	20	13	1.27
8365849--8366330	87	5.5	87	90	0	730	29	22	23	24	1.99
8365849--8366333	261	1.9	261	92	0	817	29	22	23	24	1.99
8366379--8366466	44	2.0	44	90	0	140	30	21	22	25	1.99
8366394--8366515	44	2.8	44	80	5	131	31	18	20	29	1.96
8366571--8366771	44	4.7	43	70	10	142	31	21	21	25	1.98
8366438--8366850	128	3.2	127	90	2	612	32	21	21	24	1.98
8368858--8368909	19	2.7	19	81	0	77	40	9	11	38	1.74
8369428--8369496	34	2.0	34	83	5	86	21	5	2	69	1.23
8369508--8369548	21	2.0	21	90	0	64	31	9	4	53	1.55
8369558--8369637	27	3.1	25	77	8	70	31	2	5	61	1.31
8370954--8370991	20	1.9	20	88	0	58	31	13	7	47	1.71
8371003--8371039	16	2.3	16	95	0	65	43	13	2	40	1.58
8378758--8378788	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
8378897--8378930	10	3.0	12	83	16	54	41	17	0	41	1.50
8388551--8388656	18	6.1	18	70	17	62	60	0	3	34	1.21
8390372--8390432	30	2.0	31	87	3	88	34	0	45	19	1.51
8390481--8390517	18	2.0	19	89	5	58	29	10	10	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8390572--8390602	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
8391046--8391089	14	2.9	15	83	6	54	27	2	0	70	0.99
8393904--8394079	41	4.3	41	90	0	271	23	27	18	29	1.98
8393910--8394079	82	2.1	82	97	0	322	24	28	18	29	1.98
8401559--8401734	41	4.3	41	91	0	280	23	27	19	29	1.98
8401565--8401734	82	2.1	82	98	0	331	23	28	18	29	1.98
8401947--8401984	19	2.0	19	89	0	58	47	15	0	36	1.46
8414102--8414141	21	1.9	21	94	0	71	20	10	12	57	1.63
8414366--8414402	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
8414550--8414606	20	3.0	20	84	7	73	38	1	1	57	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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