genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  101  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28553062--28553102	17	2.4	18	80	12	50	56	34	0	9	1.32
28554519--28554548	3	10.3	3	92	7	53	63	0	0	36	0.95
28558566--28558594	9	3.3	9	90	9	51	79	10	0	10	0.94
28558598--28558656	6	10.0	6	81	9	50	76	0	16	6	1.00
28558606--28558658	17	3.1	17	80	2	61	75	0	18	5	0.99
28561240--28562266	50	20.5	50	81	4	1194	32	20	19	27	1.97
28561240--28562266	100	10.3	100	92	1	1449	32	20	19	27	1.97
28561240--28562574	200	6.8	199	85	5	1549	32	20	20	27	1.97
28562232--28562300	34	2.0	34	97	0	129	37	18	26	17	1.93
28562190--28562349	84	1.9	84	94	0	284	31	19	24	25	1.98
28562369--28562548	50	3.6	50	74	8	177	33	18	21	26	1.96
28562313--28562553	100	2.5	95	78	9	261	32	21	21	24	1.98
28562359--28562574	50	4.3	50	71	8	152	34	18	19	26	1.96
28562625--28562659	18	1.9	18	94	0	61	25	37	11	25	1.90
28562643--28563274	132	4.8	132	91	0	976	31	17	22	27	1.97
28563456--28563497	17	2.4	18	80	11	52	54	35	0	9	1.33
28565589--28565625	2	18.5	2	100	0	74	0	0	51	48	1.00
28569927--28569958	6	5.3	6	100	0	64	15	53	0	31	1.43
28572689--28572745	30	1.9	30	85	3	80	42	3	24	29	1.71
28573079--28573377	50	5.9	50	86	5	402	24	22	32	21	1.98
28573079--28573378	106	2.9	104	85	8	414	24	22	32	21	1.98
28573079--28573370	156	1.9	151	87	5	426	24	22	32	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28595938--28595991	26	2.0	27	85	3	74	16	5	7	70	1.30
28602127--28602171	19	2.3	20	88	11	67	64	4	0	31	1.13
28604497--28604544	23	2.2	21	85	10	62	68	4	2	25	1.18
28605248--28605275	9	3.1	9	100	0	56	32	0	21	46	1.52
28606742--28606789	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
28606879--28606941	17	3.5	16	79	16	54	47	0	25	26	1.52
28608288--28608312	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
28608617--28608656	19	2.1	19	100	0	80	35	30	5	30	1.79
28611325--28611411	43	2.0	43	93	0	147	41	8	6	43	1.61
28612234--28612469	44	5.4	44	79	4	219	16	19	16	47	1.83
28612263--28612469	43	4.8	44	78	2	211	15	19	16	48	1.81
28617386--28617426	19	2.2	18	86	4	55	31	21	7	39	1.81
28617535--28617701	79	2.1	79	95	2	300	32	5	16	46	1.69
28619309--28619368	27	2.3	27	97	2	113	43	3	0	53	1.17
28619662--28619696	18	1.9	18	88	0	52	42	5	0	51	1.25
28619687--28619716	15	2.0	15	100	0	60	46	13	0	40	1.43
28619722--28619810	45	2.0	45	97	0	169	44	0	14	40	1.45
28620465--28620524	26	2.3	27	88	2	86	51	0	5	43	1.23
28620940--28621011	22	3.2	23	77	11	78	41	0	5	52	1.24
28620947--28621069	23	5.1	22	70	25	79	42	0	4	53	1.19
28620984--28621053	32	2.2	33	86	2	106	38	0	2	58	1.13
28620947--28621015	21	3.1	23	80	11	74	44	0	4	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28620970--28621053	33	2.5	33	84	11	107	38	0	3	58	1.16
28621007--28621083	22	3.6	21	81	10	66	42	0	2	54	1.14
28621033--28621083	23	2.3	22	83	12	68	49	0	1	49	1.12
28621128--28621176	21	2.4	21	81	15	59	36	0	0	63	0.95
28621126--28621169	9	4.4	9	81	18	52	31	0	0	68	0.90
28621133--28621176	20	2.1	21	84	12	56	36	0	0	63	0.95
28621735--28621760	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
28622637--28622661	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
28629306--28629383	7	10.9	7	73	18	54	73	0	5	21	1.03
28629305--28629383	17	4.3	20	70	25	68	73	0	5	21	1.02
28629317--28629385	16	4.6	14	76	18	59	75	0	4	20	0.97
28635240--28635312	32	2.3	32	95	0	128	17	23	21	36	1.94
28651309--28651477	86	2.0	86	95	0	302	33	7	23	34	1.84
28658062--28658137	29	2.6	29	77	8	82	39	14	18	27	1.90
28668834--28668878	19	2.3	19	88	3	63	33	20	6	40	1.78
28671181--28671217	9	4.1	9	92	0	65	35	13	10	40	1.80
28677016--28677405	44	8.6	44	75	9	354	32	19	19	28	1.97
28677016--28677453	88	4.8	88	75	10	371	32	19	19	28	1.96
28677331--28677427	44	2.2	44	81	7	126	36	19	17	26	1.94
28679337--28679403	31	2.2	31	88	0	107	31	17	7	43	1.77
28680883--28680942	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
28681155--28681191	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28693493--28694022	266	2.0	266	86	0	745	28	11	21	38	1.88
28695330--28695384	22	2.5	22	76	5	58	41	16	23	18	1.89
28695400--28695590	32	6.0	32	86	0	238	39	18	19	22	1.93
28695397--28695589	96	2.0	96	87	0	278	39	18	19	22	1.92
28695591--28695656	26	2.5	27	82	4	91	37	27	15	19	1.92
28695658--28695717	27	2.2	27	85	11	79	33	21	23	21	1.97
28695786--28695838	24	2.2	24	89	0	79	47	20	7	24	1.76
28695800--28695848	24	2.0	24	92	0	80	46	20	6	26	1.73
28695885--28695944	27	2.2	27	82	5	77	25	18	20	36	1.94
28697005--28697060	3	18.7	3	78	7	60	33	5	0	60	1.19
28697084--28697125	21	2.0	21	86	9	59	33	4	7	54	1.49
28697311--28697354	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
28697451--28697478	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28697421--28697630	68	3.1	68	97	1	388	45	9	4	40	1.57
28697519--28697546	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28697619--28697660	16	2.6	16	84	0	57	45	7	2	45	1.44
28700257--28700282	12	2.2	12	100	0	52	61	0	23	15	1.33
28701330--28701702	186	2.0	186	98	0	728	28	23	21	27	1.99
28704348--28704579	44	5.3	44	63	12	125	25	28	23	21	1.99
28704339--28704645	88	3.5	88	90	1	472	28	26	23	21	1.99
28704339--28704686	88	4.0	88	86	3	288	27	27	23	21	1.99
28704656--28704777	44	2.8	43	90	5	174	26	18	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28704831--28704943	50	2.3	51	80	6	124	27	23	21	27	1.99
28705128--28705643	217	2.4	218	87	2	698	29	20	22	26	1.99
28705269--28705643	45	8.5	45	74	10	258	29	21	22	26	1.99
28706809--28706864	3	18.7	3	74	7	51	32	7	0	60	1.24
28716815--28716872	26	2.2	26	81	6	64	27	3	5	63	1.31
28716805--28716870	27	2.5	25	75	20	62	25	4	4	65	1.31
28717180--28717226	22	2.1	22	96	0	85	25	34	0	40	1.56
28717180--28717278	52	1.9	52	93	0	171	29	31	0	39	1.57
28717231--28717281	22	2.3	22	86	6	68	31	31	0	37	1.58
28717315--28717381	31	2.2	31	91	5	109	34	1	0	64	1.03
28720154--28720363	68	3.1	68	96	1	379	45	9	5	40	1.58
28720252--28720279	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
28720342--28720404	23	2.7	23	78	7	65	44	3	3	49	1.34
28723502--28723546	19	2.4	19	85	3	65	42	8	15	33	1.78
28723607--28723648	21	2.0	21	86	9	59	45	0	0	54	0.99
28727575--28727611	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
28727664--28727694	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
28729090--28729127	4	9.5	4	94	0	67	26	0	23	50	1.50
28730766--28730810	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
28731390--28731616	42	5.5	42	85	4	282	29	19	22	27	1.98
28737403--28737535	1	133.0	1	87	0	176	3	0	3	92	0.49
28737828--28737877	16	2.9	17	82	17	59	34	0	18	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28738359--28738537	41	4.3	42	91	3	283	30	20	21	27	1.98
28738359--28738584	83	2.7	83	87	5	298	30	19	23	27	1.98
28739514--28739567	1	54.0	1	100	0	108	0	0	0	100	0.00
28745939--28747004	539	2.0	539	89	0	1623	23	22	14	38	1.92
28776889--28776933	23	2.0	23	82	8	56	33	4	11	51	1.58
28777515--28777741	84	2.7	83	87	4	298	29	19	22	27	1.98
28777515--28777694	42	4.3	42	91	2	283	30	20	21	28	1.98
28778978--28779189	25	8.5	25	78	8	180	26	14	21	37	1.92
28778951--28779183	75	3.1	75	78	9	217	29	13	20	36	1.91
28781592--28781654	27	2.3	28	86	2	83	26	28	22	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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