genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  82  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22646178--22646368	60	3.2	59	74	11	210	34	4	48	13	1.62
22646152--22646368	118	1.8	117	91	2	355	33	4	47	14	1.63
22646326--22646370	16	2.9	16	80	12	58	33	0	53	13	1.40
22646326--22646372	14	3.3	14	82	8	51	34	0	53	12	1.39
22650261--22650313	21	2.5	21	78	0	61	33	37	5	22	1.78
22650630--22650710	31	2.7	30	84	3	117	48	16	6	29	1.70
22652394--22652549	40	3.9	40	85	3	190	48	8	17	25	1.75
22652382--22652552	80	2.1	81	83	6	222	47	7	19	25	1.76
22652696--22652729	17	1.9	18	88	5	52	38	8	20	32	1.84
22654686--22654747	22	2.7	22	87	5	79	50	1	1	46	1.20
22654721--22654762	16	2.6	16	92	0	66	50	2	4	42	1.36
22654816--22654866	16	2.8	19	67	27	56	37	0	11	50	1.39
22654816--22654968	35	4.5	35	66	14	120	39	5	9	46	1.58
22654743--22654976	102	2.3	102	91	2	371	40	5	7	46	1.56
22654918--22655002	19	4.7	19	66	21	65	40	2	10	47	1.51
22654918--22655002	37	2.4	35	84	7	100	40	2	10	47	1.51
22662846--22662918	38	1.9	37	86	8	103	32	21	0	45	1.53
22662906--22662949	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
22663048--22663100	23	2.3	23	90	0	88	32	24	20	22	1.98
22674369--22674413	15	2.9	15	86	3	63	24	11	6	57	1.57
22680000--22680054	23	2.4	23	82	8	60	56	0	41	1	1.10
22688678--22688748	6	11.7	6	83	3	52	70	4	5	19	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22696263--22696373	41	2.7	41	90	0	159	22	15	24	37	1.93
22696267--22696385	41	2.9	41	83	5	125	22	15	25	36	1.94
22697784--22698053	28	9.6	27	82	5	236	23	23	20	32	1.97
22697768--22698053	57	5.0	57	81	7	307	23	23	19	33	1.97
22697787--22698053	114	2.3	114	84	2	340	23	23	19	33	1.97
22698514--22698555	21	2.0	21	95	0	75	38	21	4	35	1.75
22702192--22702225	16	2.1	16	88	0	50	67	2	0	29	1.05
22707495--22707559	19	3.5	19	66	17	55	29	10	15	44	1.80
22707491--22707567	38	2.0	38	100	0	154	28	10	15	45	1.79
22708509--22708674	25	7.0	23	68	16	81	15	18	22	44	1.86
22708542--22708658	25	4.8	24	72	8	87	13	17	23	45	1.84
22708520--22708633	47	2.4	47	77	0	138	14	18	23	42	1.87
22710504--22710546	21	2.0	21	86	4	59	37	11	13	37	1.82
22714784--22714956	86	2.0	86	95	0	310	37	17	14	30	1.90
22718859--22718900	20	2.1	20	100	0	84	45	26	0	28	1.54
22722429--22722538	40	2.8	40	83	4	143	34	24	22	18	1.96
22722428--22722565	40	3.5	39	75	10	118	37	23	20	18	1.94
22722604--22722750	41	3.6	40	87	2	197	25	21	25	27	1.99
22723261--22723400	74	1.9	75	87	3	210	29	2	24	44	1.65
22723557--22723594	15	2.7	14	84	11	51	28	0	34	36	1.58
22723564--22723595	15	2.1	15	94	0	55	31	0	28	40	1.57
22724243--22724267	11	2.3	11	100	0	50	0	48	8	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22727318--22727361	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
22727391--22727632	43	5.6	42	83	5	202	21	17	30	30	1.96
22727391--22727599	86	2.4	86	90	0	292	21	17	31	29	1.96
22727417--22727618	86	2.3	86	91	1	316	20	17	32	29	1.95
22727682--22727723	22	1.9	22	90	0	66	42	28	19	9	1.82
22728447--22728547	44	2.3	44	86	6	134	36	25	12	24	1.91
22728851--22728939	21	4.2	21	86	0	133	3	44	15	35	1.63
22734430--22734661	9	26.0	9	73	13	142	32	0	19	47	1.56
22734434--22734539	34	3.3	34	72	22	129	32	0	18	49	1.48
22734430--22734606	61	3.0	61	85	8	235	31	1	19	48	1.56
22734432--22734688	55	4.8	56	78	15	242	33	1	18	47	1.58
22735760--22735859	53	2.0	49	84	11	130	49	1	13	37	1.48
22736138--22736202	33	2.0	33	87	0	94	69	0	6	24	1.11
22736138--22736207	27	2.5	28	82	8	74	67	1	7	24	1.24
22737526--22737638	9	12.4	9	73	9	86	36	0	15	48	1.45
22737522--22737638	18	6.4	18	73	8	103	37	0	14	47	1.44
22737792--22737951	72	2.2	73	91	3	243	51	6	6	35	1.54
22737957--22738015	3	19.3	3	89	3	91	64	0	3	32	1.10
22738046--22738083	20	1.9	20	88	0	58	63	5	0	31	1.17
22738188--22738219	15	2.1	16	94	5	57	53	0	15	31	1.43
22738237--22738281	23	2.0	23	86	0	63	62	13	0	24	1.31
22740199--22740261	33	2.0	32	84	6	83	58	7	22	11	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22740738--22740784	21	2.2	21	88	7	69	31	2	0	65	1.04
22740904--22740996	7	13.1	7	67	15	57	38	39	1	20	1.60
22741241--22741283	7	6.3	7	89	2	61	44	39	0	16	1.48
22741241--22741290	21	2.4	20	83	9	64	42	40	0	18	1.50
22741054--22741356	142	2.2	135	82	5	365	40	32	1	24	1.66
22741340--22741377	14	2.7	15	84	8	53	42	42	0	15	1.47
22741388--22741422	15	2.4	14	86	9	52	42	37	0	20	1.52
22747454--22747488	18	1.9	18	88	0	52	5	34	8	51	1.56
22750116--22750253	68	2.0	71	85	5	192	49	5	4	40	1.47
22760221--22760336	40	2.9	41	82	5	148	32	24	22	20	1.98
22760220--22760357	40	3.5	39	77	10	136	36	23	21	18	1.95
22760394--22760543	41	3.7	41	91	1	257	27	20	23	28	1.99
22760394--22760543	81	1.8	82	95	1	275	27	20	23	28	1.99
22760954--22760998	21	2.1	21	87	4	63	31	0	26	42	1.56
22761061--22761128	16	4.2	16	96	0	127	23	0	38	38	1.55
22761251--22761567	157	2.0	157	95	0	571	44	3	4	47	1.41
22761501--22761542	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22761510--22761551	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22761499--22761728	107	2.1	109	93	2	401	49	5	1	43	1.36
22761604--22761649	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
22761604--22761658	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
22761538--22761707	37	4.7	35	67	20	100	48	6	1	43	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22765690--22765829	74	1.9	75	87	3	210	29	2	25	43	1.66
22765836--22765866	14	2.2	14	100	0	62	9	0	51	38	1.35
22769710--22769753	22	1.9	22	86	9	61	56	4	0	38	1.20
22769784--22769885	43	2.4	43	81	0	114	23	16	26	33	1.96
22769824--22769921	43	2.3	43	90	0	151	19	18	32	29	1.96
22772034--22772079	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
22773108--22773184	31	2.5	31	78	6	93	27	1	6	64	1.25
22773920--22773977	29	2.0	29	82	0	71	18	27	29	24	1.98
22774005--22774072	32	2.1	32	83	10	84	20	0	23	55	1.43
22774074--22774150	29	2.7	28	85	4	91	41	5	18	35	1.73
22775743--22775825	38	2.2	36	83	8	96	33	12	12	42	1.79
22783412--22783885	157	3.0	157	93	0	777	30	14	17	37	1.90
22785126--22785163	20	1.9	20	89	10	60	63	7	5	23	1.42
22785583--22785660	30	2.7	30	80	7	90	48	34	1	15	1.53
22797252--22797290	17	2.4	16	88	12	62	20	5	17	56	1.60
22797259--22797294	17	2.1	17	100	0	72	25	8	16	50	1.73
22797322--22797376	26	2.2	24	83	6	65	27	3	5	63	1.33
22797369--22797488	58	2.1	58	96	0	222	40	10	15	33	1.81
22797591--22797638	23	2.1	23	84	7	62	75	4	2	18	1.07
22797787--22797855	16	4.2	16	92	3	120	26	0	36	37	1.57
22797787--22797855	33	2.1	32	94	2	120	26	0	36	37	1.57
22797836--22797926	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22798091--22798127	19	2.0	19	85	15	51	54	0	0	45	1.00
22798077--22798480	120	3.3	120	94	1	666	49	4	2	43	1.36
22803908--22803951	21	2.1	21	82	0	52	36	18	20	25	1.95
22804045--22804164	54	2.2	54	100	0	240	45	5	5	45	1.47
22804427--22804606	61	3.0	61	69	10	163	33	17	21	27	1.95
22804427--22804665	119	2.0	119	94	0	415	33	15	21	29	1.95
22804467--22804673	58	3.5	59	71	9	197	32	12	23	31	1.92
22806519--22806766	50	4.9	50	78	7	225	27	19	28	24	1.99
22812068--22812170	39	2.7	38	86	1	134	48	7	6	36	1.59
22819492--22819649	42	3.8	41	76	4	129	38	21	13	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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