genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  91  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25165194--25165324	16	7.8	16	71	16	79	43	18	0	37	1.56
25165122--25165297	75	2.3	76	86	7	243	42	15	1	41	1.54
25165362--25165394	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
25166411--25166582	66	2.6	65	83	4	211	41	18	26	12	1.87
25166553--25166665	21	5.4	21	85	0	82	34	16	43	5	1.71
25166573--25166665	42	2.2	42	88	0	132	33	17	45	4	1.68
25166972--25167240	43	6.2	43	77	6	233	23	18	30	27	1.98
25166991--25167240	129	1.9	130	79	5	283	25	19	30	25	1.98
25166972--25167240	86	3.1	84	76	7	272	23	18	30	27	1.98
25171645--25171718	17	4.3	18	72	16	68	47	2	10	39	1.53
25172663--25172689	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
25172680--25172800	9	13.2	9	70	11	50	59	3	1	35	1.24
25172649--25172761	10	10.8	10	72	15	52	60	1	1	36	1.18
25172703--25172787	19	4.6	17	71	22	57	58	3	2	35	1.28
25173273--25173299	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
25173418--25173460	19	2.3	19	92	4	70	34	2	0	62	1.08
25174739--25174791	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
25174772--25174862	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
25175027--25175061	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25174921--25175229	157	2.0	156	96	0	573	44	2	4	47	1.39
25175164--25175205	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25175173--25175211	15	2.7	15	88	7	55	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25175282--25175333	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25175167--25175560	120	3.3	120	96	2	706	50	5	2	42	1.37
25175402--25175453	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
25178700--25178755	5	11.2	5	77	7	51	25	0	3	71	1.02
25179539--25179575	7	5.3	7	86	0	56	32	13	0	54	1.40
25179539--25179582	14	3.1	14	86	0	61	31	18	0	50	1.47
25179539--25179582	21	2.1	21	82	0	52	31	18	0	50	1.47
25185084--25185148	19	3.3	19	70	21	53	18	20	4	56	1.58
25185092--25185149	19	3.0	19	70	22	57	18	20	3	56	1.56
25187482--25187651	84	2.0	86	82	4	211	40	14	16	28	1.88
25187998--25188050	3	17.7	3	76	7	54	62	3	28	5	1.35
25188005--25188047	18	2.4	18	88	7	61	62	2	27	6	1.33
25189043--25189088	19	2.5	18	83	13	58	50	15	8	26	1.73
25189108--25189154	22	2.1	23	84	4	60	51	17	8	23	1.72
25191358--25191451	42	2.2	42	86	3	127	28	20	25	25	1.99
25200379--25200732	177	2.0	177	100	0	708	40	16	12	30	1.85
25209185--25209320	68	2.0	68	92	0	227	44	12	12	30	1.79
25210681--25210713	11	2.8	12	86	13	50	6	12	9	72	1.26
25212455--25212486	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25212717--25212904	51	3.7	51	77	9	222	30	27	17	25	1.97
25212712--25212896	101	1.8	102	90	3	302	31	26	17	24	1.97
25212708--25212934	101	2.2	102	80	9	268	30	27	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25215680--25215761	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
25215721--25215813	47	2.0	48	82	2	116	33	27	15	23	1.95
25218546--25218577	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25218808--25218993	51	3.7	51	77	10	213	29	26	17	25	1.98
25223201--25223376	90	2.0	90	96	0	325	39	6	15	38	1.72
25225974--25226033	30	2.0	31	86	3	86	41	0	38	20	1.52
25229355--25229390	18	2.0	18	100	0	72	38	22	5	33	1.77
25240036--25240089	25	2.1	26	83	10	67	61	3	3	31	1.31
25240828--25240861	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
25247812--25247867	16	3.6	15	83	7	58	66	1	0	32	1.03
25247808--25247872	15	4.0	16	78	9	78	67	1	0	30	1.00
25251843--25251872	11	2.7	11	94	0	51	16	23	0	60	1.36
25251997--25252096	18	5.7	18	67	23	54	60	2	1	37	1.15
25251997--25252063	36	1.9	34	81	6	80	59	1	1	37	1.16
25253074--25253126	18	2.9	18	83	8	54	62	3	1	32	1.24
25253439--25253493	27	2.0	27	92	0	92	23	27	16	32	1.96
25254205--25254248	17	2.7	16	82	6	61	25	0	2	72	0.96
25264638--25264747	55	2.0	55	98	0	211	25	19	9	46	1.79
25264914--25264945	8	4.0	8	100	0	64	12	25	12	50	1.75
25277061--25277085	13	1.9	13	100	0	50	8	8	24	60	1.52
25277255--25277303	19	2.6	19	80	0	71	12	4	28	55	1.55
25287343--25287394	25	2.1	25	92	0	86	42	7	19	30	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25287320--25287448	69	1.9	69	90	0	204	49	11	11	27	1.73
25289887--25289956	29	2.3	29	78	4	77	48	10	4	37	1.56
25290626--25290676	25	2.0	25	100	0	102	35	3	15	45	1.65
25293000--25293043	21	2.1	21	91	8	72	52	0	4	43	1.22
25294889--25295012	45	2.8	44	82	2	158	30	24	16	29	1.96
25294867--25295013	44	3.3	44	80	1	168	30	22	17	29	1.96
25295230--25295720	45	11.0	44	70	6	335	26	24	17	30	1.97
25295231--25295719	89	5.5	89	88	5	600	26	24	17	30	1.97
25295230--25295719	44	11.0	43	68	11	215	26	24	17	30	1.97
25295235--25295780	89	6.1	91	86	4	487	26	25	18	30	1.98
25299910--25299949	19	2.0	20	85	4	55	47	10	20	22	1.79
25302341--25302384	21	2.1	21	91	8	72	52	0	4	43	1.22
25305207--25305237	14	2.2	14	94	0	53	61	0	9	29	1.28
25309633--25309788	80	1.9	81	97	2	296	29	6	33	30	1.82
25312499--25312542	22	2.0	22	95	0	79	31	15	18	34	1.92
25317436--25317497	20	3.1	20	92	0	106	50	25	4	19	1.67
25318214--25318413	85	2.3	86	81	7	228	31	26	14	28	1.95
25318204--25318413	43	4.9	43	78	6	205	32	26	13	27	1.94
25318214--25318464	43	5.8	45	75	10	195	32	25	13	27	1.94
25321833--25321862	15	1.9	16	93	6	53	56	20	6	16	1.62
25323323--25323368	6	7.7	6	90	0	56	43	0	41	15	1.46
25323327--25323368	12	3.5	12	93	0	75	40	0	42	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25323327--25323368	18	2.3	18	87	0	66	40	0	42	16	1.48
25324885--25324939	24	2.3	24	83	0	65	1	50	18	29	1.57
25324899--25324954	12	4.7	12	97	0	94	0	48	23	28	1.51
25324885--25324954	36	1.9	36	85	5	97	1	50	20	28	1.57
25326134--25326192	28	2.1	28	100	0	118	38	18	0	42	1.51
25335487--25335535	25	2.0	25	87	0	71	36	12	16	34	1.86
25339942--25339995	22	2.5	22	87	0	81	11	27	5	55	1.57
25342423--25342448	9	2.9	9	100	0	52	53	0	23	23	1.46
25353109--25353159	23	2.3	23	79	3	59	5	21	1	70	1.18
25356748--25356822	37	2.0	37	89	0	114	37	22	9	30	1.86
25358106--25358260	27	5.7	27	86	3	222	43	20	18	18	1.89
25367032--25367260	84	2.6	88	83	6	288	39	24	13	22	1.90
25378375--25378411	17	2.1	18	95	5	67	24	16	21	37	1.93
25384139--25384240	50	2.0	50	88	7	154	32	17	9	40	1.83
25386168--25386224	15	3.9	15	86	4	80	49	0	17	33	1.47
25386168--25386217	14	3.4	14	86	8	64	52	0	18	30	1.46
25389218--25389245	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
25402150--25402280	66	2.0	66	92	0	217	30	26	22	20	1.98
25403265--25403312	17	2.9	17	78	3	53	47	12	16	22	1.80
25403763--25403797	18	1.9	18	88	0	52	25	34	5	34	1.80
25410154--25410198	19	2.4	19	96	0	81	22	15	26	35	1.94
25422650--25422679	6	5.0	6	91	0	51	13	0	36	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25423780--25423900	25	4.6	26	79	10	129	35	12	23	28	1.91
25423780--25423915	51	2.5	54	80	13	156	38	12	22	25	1.90
25423780--25423920	27	5.3	26	72	20	105	38	13	22	25	1.91
25424204--25424234	12	2.6	12	94	0	53	22	9	9	58	1.59
25424542--25424603	32	1.9	32	90	0	97	35	9	19	35	1.85
25429935--25429959	13	1.9	13	100	0	50	32	28	8	32	1.86
25431738--25431780	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
25431789--25431860	38	1.9	37	86	8	101	48	0	5	45	1.25
25431996--25432085	44	2.0	46	89	4	139	36	24	6	32	1.81
25437097--25437132	3	12.0	3	93	0	63	30	33	2	33	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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