genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  100  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28116416--28116471	20	2.8	20	86	0	67	58	12	16	12	1.62
28117319--28117415	42	2.3	42	79	13	110	16	39	21	22	1.92
28127533--28127577	7	6.1	7	87	5	63	40	0	42	17	1.50
28128247--28128313	33	2.1	33	94	2	118	19	20	13	46	1.83
28134182--28134224	18	2.3	19	84	4	52	41	2	2	53	1.26
28134191--28134231	18	2.3	19	87	8	59	43	0	0	56	0.99
28134910--28135007	41	2.5	39	78	6	110	24	16	27	31	1.96
28159140--28159318	90	2.0	91	97	1	342	48	13	10	28	1.75
28161242--28161488	50	4.8	51	79	5	216	23	27	20	29	1.99
28161291--28161476	100	1.8	103	84	6	261	23	27	20	27	1.99
28162329--28162557	43	5.3	43	92	2	327	25	33	20	20	1.97
28166068--28166208	70	2.0	70	97	0	264	46	20	2	30	1.62
28167043--28167117	2	37.5	2	100	0	150	49	0	50	0	1.00
28172336--28172489	28	5.5	28	96	0	265	33	27	11	26	1.91
28183578--28183638	29	2.1	29	81	9	70	47	11	9	31	1.72
28190355--28190390	3	12.0	3	100	0	72	66	0	33	0	0.92
28195578--28195682	28	3.8	28	80	7	124	29	20	23	25	1.99
28195795--28195849	26	2.1	26	89	0	83	38	23	18	20	1.93
28196081--28196275	27	7.3	27	86	4	238	21	19	20	39	1.93
28196057--28196276	81	2.8	79	83	8	277	21	19	19	39	1.92
28200665--28200694	13	2.4	13	94	5	53	73	0	10	16	1.09
28201350--28201430	40	2.0	40	97	0	153	48	13	12	25	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28202976--28203037	27	2.3	28	81	10	76	30	19	9	40	1.84
28216550--28216602	27	1.9	27	84	3	70	35	9	22	32	1.86
28216558--28216649	27	3.4	26	80	12	96	36	9	22	30	1.87
28223228--28223334	27	4.0	26	67	15	65	29	17	26	26	1.98
28223212--28223389	81	2.2	80	82	5	205	30	16	26	25	1.97
28224626--28224667	18	2.3	18	100	0	84	38	19	7	35	1.79
28230207--28230262	26	2.2	25	81	6	67	67	1	1	28	1.10
28231966--28231999	15	2.3	15	89	0	50	20	0	5	73	1.04
28247693--28247802	40	2.8	39	81	4	132	39	20	20	20	1.93
28247871--28248061	41	4.7	41	85	1	249	22	20	24	32	1.97
28247897--28248056	81	2.0	82	94	1	286	23	18	23	33	1.97
28248385--28248421	14	2.6	14	95	0	65	21	0	29	48	1.50
28249472--28249542	7	10.0	7	83	13	83	2	45	0	52	1.15
28251581--28251759	28	6.4	28	94	1	288	34	27	11	26	1.91
28259796--28260001	28	7.4	28	92	2	326	34	26	11	27	1.91
28269809--28269986	27	6.6	27	83	6	198	26	15	28	29	1.96
28269806--28269986	82	2.2	81	82	4	222	27	16	27	29	1.97
28272685--28272736	14	3.6	14	82	10	68	51	5	1	40	1.37
28277821--28277929	40	2.6	41	81	8	132	29	22	19	29	1.98
28278245--28278679	175	2.5	175	90	3	696	22	26	23	26	2.00
28278245--28278679	88	5.0	88	91	3	682	22	26	23	26	2.00
28287054--28287120	9	7.4	9	83	6	91	41	19	10	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28287223--28287266	18	2.4	18	92	0	70	15	2	40	40	1.60
28287822--28287869	24	2.0	24	91	0	78	43	18	2	35	1.62
28291514--28291754	50	4.9	49	79	5	225	23	27	20	27	1.99
28299436--28299522	25	3.4	25	80	10	86	33	22	21	21	1.97
28299484--28299550	25	2.7	25	81	4	82	34	19	20	25	1.96
28310984--28311008	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
28312628--28312927	46	6.6	47	87	8	417	32	8	30	29	1.87
28312628--28312927	94	3.3	92	86	9	427	32	8	30	29	1.87
28313049--28313120	37	1.9	37	88	0	108	19	18	34	27	1.95
28314936--28315285	40	8.8	40	90	2	497	24	19	28	27	1.99
28317315--28317339	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
28319024--28319387	49	7.6	49	89	3	528	32	8	29	29	1.87
28319024--28319387	96	3.8	96	90	2	561	32	8	29	29	1.87
28319506--28319584	37	2.1	37	86	4	106	25	17	31	25	1.97
28325890--28325958	25	2.8	25	77	0	75	21	23	21	33	1.97
28327592--28328181	47	12.5	47	93	1	964	29	29	8	32	1.87
28327592--28328181	143	4.2	143	93	1	1003	29	29	8	32	1.87
28339912--28339966	28	2.0	27	82	6	67	43	1	1	52	1.22
28340780--28340804	12	2.1	12	100	0	50	56	0	16	28	1.41
28346641--28346947	40	7.7	40	94	0	542	22	27	20	29	1.98
28357053--28357168	20	5.8	20	73	9	92	13	27	18	40	1.88
28357053--28357161	40	2.7	40	84	0	146	12	28	18	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28358407--28358436	11	2.7	11	89	0	51	10	6	26	56	1.57
28372922--28373017	27	3.4	27	73	24	83	66	1	19	12	1.30
28372885--28373001	45	2.8	41	79	15	118	68	1	18	11	1.28
28372935--28373023	18	4.7	18	70	21	58	66	1	19	13	1.31
28372922--28373016	13	7.8	12	70	26	67	66	1	20	12	1.30
28372921--28373025	45	2.3	46	83	6	144	66	0	20	12	1.29
28382626--28382665	20	2.0	20	85	5	53	30	25	22	22	1.99
28393258--28393292	18	1.9	18	100	0	70	40	8	28	22	1.84
28404333--28404440	56	2.0	55	87	3	155	30	15	26	26	1.96
28404792--28404840	20	2.5	20	83	3	64	59	6	22	12	1.55
28408538--28408687	72	2.1	72	92	0	255	44	10	5	40	1.62
28416080--28416409	166	2.0	167	95	0	590	30	20	17	32	1.95
28418731--28418776	23	2.0	24	86	4	67	17	17	0	65	1.28
28423971--28424082	53	2.1	53	91	0	188	25	11	16	46	1.81
28425780--28425819	19	2.2	18	90	4	62	42	15	5	37	1.68
28438255--28438301	24	2.0	23	87	4	67	65	2	2	29	1.15
28439438--28439470	14	2.3	15	89	5	50	60	6	0	33	1.21
28440591--28440671	28	2.9	27	80	5	90	56	6	16	20	1.61
28441937--28442275	51	6.7	51	77	10	322	28	15	26	30	1.96
28441937--28442278	102	3.4	101	81	8	394	28	15	26	30	1.96
28444631--28444707	32	2.4	32	79	10	86	35	5	5	54	1.45
28444736--28444788	11	5.2	11	78	13	51	69	0	3	26	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28446346--28446391	24	1.9	24	81	0	56	28	8	2	60	1.38
28448005--28448051	15	3.1	15	84	6	58	57	0	2	40	1.11
28448037--28448073	11	3.4	11	96	0	65	54	0	5	40	1.24
28447972--28448083	43	2.6	45	75	15	126	61	0	2	35	1.10
28448771--28449129	197	1.8	197	84	2	488	45	10	13	30	1.76
28449008--28449641	164	3.9	163	76	15	637	46	8	13	32	1.73
28451384--28451882	35	14.1	35	76	6	385	32	3	30	33	1.74
28466210--28466260	21	2.5	20	81	9	66	19	15	25	39	1.91
28466225--28466268	21	2.1	21	83	8	54	18	15	27	38	1.91
28468933--28468975	22	2.0	22	85	0	59	20	20	18	39	1.93
28472854--28472909	27	2.1	27	96	0	103	30	7	3	58	1.42
28473006--28473031	12	2.2	12	100	0	52	61	0	7	30	1.24
28474459--28475564	228	4.9	228	82	3	1080	31	22	23	23	1.99
28474459--28475598	456	2.5	455	81	2	1264	30	22	23	23	1.99
28483348--28483422	25	3.2	25	60	21	61	41	4	17	37	1.68
28483344--28483437	46	2.0	46	100	0	188	42	4	17	36	1.68
28488204--28488308	40	2.7	40	83	4	115	34	20	27	18	1.95
28492342--28492535	62	3.1	59	76	18	185	50	4	4	40	1.42
28493645--28493712	34	2.0	34	82	5	84	22	26	22	29	1.99
28494574--28494598	12	2.1	12	100	0	50	44	0	16	40	1.47
28502127--28502188	26	2.4	26	91	0	97	38	12	12	35	1.82
28508647--28510486	466	4.0	464	88	3	2720	20	34	6	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28510879--28510957	20	4.0	20	75	9	72	46	17	6	29	1.73
28510873--28510955	39	2.1	40	82	6	98	45	15	7	31	1.73
28519243--28519327	20	4.2	20	72	10	66	49	15	7	28	1.70
28519238--28519328	40	2.3	40	83	7	114	48	14	7	29	1.71
28519734--28519779	23	2.0	23	91	0	74	32	15	8	43	1.77
28532225--28532256	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
28544994--28545034	21	2.0	21	95	0	73	24	7	24	43	1.79
28548279--28548431	27	5.7	27	87	0	162	28	22	12	36	1.90
28548271--28548431	54	3.0	54	82	0	196	28	21	13	36	1.92
28548770--28548813	22	2.0	22	82	8	54	34	34	2	29	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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