genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  67  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18056880--18056969	35	2.7	33	81	10	94	47	0	28	23	1.52
18061269--18061406	68	2.0	68	100	0	276	26	15	17	40	1.89
18062121--18062160	2	20.0	2	94	0	71	0	47	0	52	1.00
18067713--18067767	8	6.9	8	93	6	94	36	0	1	61	1.06
18070147--18070194	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
18072928--18073078	56	2.7	56	89	2	223	34	15	22	27	1.94
18072941--18073097	56	2.9	54	83	11	160	33	15	24	27	1.95
18075066--18075104	13	2.9	14	84	3	53	33	2	2	61	1.23
18076117--18076208	47	1.9	48	89	6	143	48	0	7	43	1.31
18076087--18076293	80	2.6	82	86	11	290	49	2	6	41	1.41
18076198--18076342	47	3.1	47	90	3	215	52	2	6	38	1.41
18079541--18079623	38	2.2	37	91	4	132	34	21	10	32	1.88
18079769--18079802	9	3.6	9	92	8	50	73	0	2	23	0.97
18080160--18080214	19	2.8	19	77	2	56	69	1	5	23	1.19
18080183--18080267	21	3.8	22	73	21	70	62	3	2	31	1.25
18080235--18080276	21	2.0	21	90	0	66	64	2	2	30	1.19
18080725--18080954	109	2.1	107	88	4	338	35	15	16	32	1.91
18081243--18081293	12	4.5	11	78	11	50	58	5	1	33	1.33
18081570--18081770	41	4.9	40	84	4	258	21	22	25	30	1.99
18082285--18082321	15	2.5	15	95	0	65	16	10	18	54	1.71
18084000--18084032	17	1.9	17	100	0	66	24	9	18	48	1.76
18084425--18084589	43	3.8	43	93	0	258	20	19	33	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18084632--18084674	22	2.0	22	85	0	59	44	20	18	16	1.87
18084783--18084829	25	1.9	24	91	4	76	53	8	6	31	1.57
18087404--18087633	109	2.1	107	89	1	343	33	16	17	33	1.92
18087934--18087994	12	5.2	12	77	11	56	55	4	1	37	1.31
18093151--18093241	7	12.6	7	73	21	64	67	1	1	30	1.05
18093152--18093241	28	2.8	29	77	22	92	66	1	1	31	1.06
18093152--18093241	35	2.5	37	75	25	93	66	1	1	31	1.06
18093160--18093230	19	3.7	19	83	11	65	64	1	1	32	1.11
18118527--18118604	31	2.5	31	82	0	93	52	14	3	29	1.59
18128217--18128283	33	2.0	33	94	0	116	41	20	10	26	1.85
18136337--18136390	22	2.4	23	90	3	83	50	1	1	46	1.23
18136337--18136399	22	2.8	22	80	2	63	49	3	1	46	1.27
18141785--18141821	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
18142150--18142185	6	6.0	6	100	0	72	66	0	0	33	0.92
18151726--18151815	35	2.5	35	85	5	110	38	7	2	51	1.43
18155207--18155245	20	1.9	20	85	15	53	35	0	12	51	1.40
18159761--18159830	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
18161209--18161250	14	3.0	14	82	0	57	42	16	9	30	1.80
18161174--18161240	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
18175897--18175944	24	2.1	23	92	7	80	22	29	12	35	1.91
18179573--18179623	26	1.9	27	84	11	70	1	31	1	64	1.15
18179829--18179879	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18180359--18180391	15	2.3	15	89	5	50	48	0	9	42	1.35
18184900--18185092	28	7.0	28	80	6	205	21	15	8	55	1.66
18184878--18185092	56	3.9	55	79	9	226	22	15	7	54	1.67
18184880--18185090	83	2.5	83	83	3	264	22	14	8	55	1.65
18184880--18185114	83	2.8	82	78	5	249	22	16	7	53	1.67
18185581--18185871	138	2.1	138	85	1	395	27	24	14	33	1.94
18185823--18185930	45	2.4	45	81	3	128	23	18	19	38	1.93
18186850--18187013	87	1.9	86	86	3	231	26	13	20	39	1.89
18188114--18188161	18	2.5	20	86	6	64	37	0	2	60	1.09
18188311--18188346	15	2.4	15	100	0	72	44	5	13	36	1.68
18189109--18189187	25	3.2	25	78	3	72	26	27	16	29	1.97
18189146--18189211	23	2.7	25	86	4	82	33	25	19	21	1.97
18192023--18192115	36	2.6	38	81	10	106	33	20	15	31	1.93
18197609--18197646	17	2.3	17	95	4	69	57	0	42	0	0.98
18198743--18198828	21	4.0	23	73	13	74	15	23	25	36	1.94
18206693--18207123	47	9.1	47	93	2	700	31	9	30	28	1.89
18206693--18207123	143	3.0	141	93	1	700	31	9	30	28	1.89
18206693--18207123	190	2.3	189	92	1	702	31	9	30	28	1.89
18207242--18207320	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18209065--18209167	43	2.4	43	98	0	197	22	15	36	25	1.93
18209149--18209222	29	2.6	29	91	0	112	27	16	31	25	1.96
18209533--18209887	40	8.9	40	80	6	303	24	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18213289--18213998	47	15.1	47	94	2	1142	31	9	30	28	1.88
18214117--18214195	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
18218171--18218240	33	2.2	32	85	10	90	55	5	7	31	1.50
18230910--18230944	18	1.9	18	88	11	54	5	5	34	54	1.48
18237632--18237831	109	1.8	109	97	0	382	31	18	19	31	1.95
18249587--18250599	125	8.1	125	95	0	1765	35	19	18	26	1.95
18249837--18249886	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
18250087--18250136	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
18252909--18253107	108	1.8	108	96	0	371	31	17	19	31	1.95
18257613--18257671	10	6.0	10	76	11	50	74	8	5	11	1.20
18267005--18267049	18	2.5	18	100	0	90	0	57	0	42	0.98
18268209--18268248	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
18269294--18269339	22	2.0	23	95	4	85	65	4	0	30	1.12
18276950--18276981	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
18277140--18277310	43	4.0	43	82	10	208	31	28	17	22	1.96
18277142--18277299	84	1.9	84	87	7	232	30	28	18	22	1.98
18284286--18284317	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
18284477--18284633	83	1.9	84	83	9	205	29	28	19	22	1.98
18284477--18284645	43	4.0	41	77	16	166	30	28	18	22	1.97
18291835--18292004	43	4.0	43	78	13	190	32	28	17	21	1.96
18291837--18291994	84	1.9	84	84	7	214	31	29	18	21	1.97
18303666--18304012	40	8.7	40	96	0	604	29	20	27	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18315173--18315757	89	6.6	89	91	0	839	26	23	19	30	1.98
18315978--18316075	44	2.2	46	85	8	141	30	13	27	28	1.94
18317613--18317653	21	2.0	21	95	0	73	9	0	9	80	0.91
18321664--18321719	25	2.2	25	83	0	67	57	8	5	28	1.52
18321664--18321716	20	2.7	20	84	0	70	56	7	5	30	1.50
18325222--18325489	82	3.2	81	89	3	383	47	10	10	31	1.73
18325159--18325545	82	4.6	81	81	8	375	44	11	12	30	1.78
18326174--18326217	20	2.2	20	84	8	54	54	6	4	34	1.47
18327732--18327844	27	4.2	27	85	2	147	19	16	20	43	1.88
18327718--18327834	54	2.2	54	84	3	146	22	14	22	41	1.90
18327732--18327844	54	2.1	54	88	0	163	19	16	20	43	1.88
18337742--18337827	40	2.3	36	80	13	93	32	5	9	52	1.57
18341940--18341993	28	2.0	27	82	17	67	51	1	11	35	1.48
18342025--18342091	28	2.4	27	80	7	80	56	1	4	37	1.29
18342042--18342077	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
18342859--18342887	6	5.0	6	91	8	51	68	0	31	0	0.89
18343284--18343334	26	1.9	27	92	4	86	13	3	41	41	1.63
18343705--18343830	50	2.5	50	72	3	128	26	19	23	30	1.98
18343870--18344320	46	10.2	46	67	16	191	28	19	19	33	1.96
18343905--18344475	175	3.3	175	92	0	953	28	19	18	33	1.96
18347840--18347893	28	2.0	27	82	17	67	51	1	11	35	1.48
18347941--18347976	18	2.1	16	90	10	54	61	0	5	33	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18348928--18348957	5	6.0	5	100	0	60	80	0	20	0	0.72
18349213--18349263	26	1.9	27	88	4	77	15	3	39	41	1.66
18351931--18352016	33	2.6	31	74	16	84	47	11	4	36	1.61
18352155--18352256	38	2.6	39	77	13	120	1	27	0	70	0.98
18352182--18352258	10	8.0	10	76	13	63	2	25	0	71	0.99
18352315--18352372	27	2.1	27	83	0	71	20	29	29	20	1.98
18352412--18352449	20	1.9	20	88	0	58	7	2	10	78	1.04
18358663--18358737	39	1.9	39	100	0	150	25	10	33	30	1.90
18362618--18362660	16	2.7	17	89	7	56	32	23	2	41	1.67
18363595--18363645	22	2.3	22	90	6	77	50	19	0	29	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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