genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  88  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24221587--24221642	29	2.0	28	86	10	78	41	0	1	57	1.09
24221739--24221772	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
24223906--24224129	29	7.7	29	94	0	376	45	25	1	27	1.64
24228450--24228517	23	3.2	23	64	23	67	50	13	7	29	1.68
24228442--24228523	40	2.0	40	100	0	164	50	12	8	29	1.69
24231978--24232523	276	2.0	272	94	1	966	24	32	9	32	1.87
24234362--24234427	20	3.2	20	79	16	71	50	0	1	48	1.10
24236639--24236672	15	2.2	16	94	5	61	29	0	8	61	1.26
24239196--24239225	15	2.0	15	93	0	51	36	13	26	23	1.92
24248430--24248468	14	2.9	14	88	3	53	79	0	12	7	0.93
24249338--24249388	7	7.3	7	85	14	70	68	0	15	15	1.21
24250670--24250803	44	3.0	45	77	2	171	28	17	24	29	1.97
24251014--24251308	50	5.9	50	77	0	302	32	23	20	24	1.98
24250988--24251298	100	3.1	100	89	0	442	31	23	21	24	1.98
24252072--24252096	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
24254951--24254988	4	9.5	4	94	0	67	26	0	21	52	1.47
24255114--24255148	14	2.5	14	90	0	52	31	25	20	22	1.98
24263952--24264159	52	4.0	52	71	14	160	39	5	10	44	1.61
24264119--24264180	31	2.0	31	81	3	72	30	3	11	54	1.51
24266983--24267101	59	2.0	59	91	0	193	31	15	23	29	1.95
24269779--24269849	33	2.2	33	100	0	142	28	19	28	23	1.99
24283034--24283455	42	10.1	42	85	1	526	22	18	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24284299--24284406	51	2.1	52	83	10	132	42	4	10	42	1.59
24284284--24284600	149	2.1	150	80	6	367	41	4	11	42	1.60
24285554--24285578	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
24285556--24285589	16	2.2	15	89	5	50	0	17	0	82	0.67
24289346--24289408	32	2.0	32	81	3	74	31	4	9	53	1.54
24289119--24289436	153	2.1	151	83	6	387	43	3	10	42	1.55
24292210--24292279	35	2.0	35	100	0	140	42	17	17	22	1.88
24293127--24293163	19	1.9	19	100	0	74	13	5	0	81	0.86
24293125--24293154	13	2.3	13	94	0	51	16	3	0	80	0.85
24295726--24295759	6	5.8	6	96	3	61	47	17	0	35	1.48
24295712--24295759	18	2.6	17	84	12	60	50	16	0	33	1.46
24295798--24295839	22	1.9	22	85	9	59	69	4	0	26	1.08
24304450--24304550	50	2.0	50	100	0	202	38	23	15	21	1.92
24305007--24305250	119	2.1	119	96	0	452	32	25	10	31	1.89
24320012--24320145	66	2.0	66	94	1	234	29	13	11	46	1.78
24322290--24322329	19	2.0	20	85	4	55	42	0	5	52	1.23
24323995--24324210	47	4.6	47	70	11	131	33	19	23	24	1.97
24324808--24324866	31	1.9	31	83	13	77	54	6	1	37	1.37
24328409--24328477	13	5.3	13	82	0	84	31	23	15	28	1.95
24333087--24333126	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
24333110--24333149	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24333095--24333161	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24333089--24333165	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
24341158--24341200	20	2.2	20	82	0	50	34	11	23	30	1.90
24343302--24343731	109	4.0	107	84	4	549	35	17	15	30	1.92
24343324--24343731	218	1.9	218	89	2	640	36	18	15	30	1.92
24343863--24343915	12	4.3	12	78	2	52	67	7	3	20	1.31
24344002--24344101	39	2.6	39	96	3	184	53	2	3	42	1.28
24344002--24344098	13	7.7	12	70	21	65	53	2	2	42	1.24
24344372--24344426	3	18.3	3	96	0	101	67	1	0	30	1.01
24346041--24346155	45	2.6	45	80	5	117	26	26	20	26	1.99
24346143--24347049	88	10.3	88	93	1	1428	24	25	22	27	2.00
24348068--24348114	21	2.2	21	85	7	60	21	38	12	27	1.90
24349067--24349109	9	4.7	9	88	2	59	6	0	6	86	0.72
24353145--24353564	107	3.9	107	84	5	542	36	18	16	29	1.92
24353165--24353564	216	1.9	215	88	2	615	36	18	16	29	1.92
24353701--24353753	12	4.3	12	78	2	52	67	7	3	20	1.31
24353756--24353789	9	3.8	9	88	11	52	64	0	2	32	1.08
24353840--24353897	13	4.6	13	71	16	59	55	1	1	41	1.20
24354171--24354219	3	16.3	3	95	0	89	67	2	0	30	1.02
24356192--24356351	43	3.7	43	87	5	216	41	18	18	21	1.90
24356192--24356351	87	1.8	86	84	6	216	41	18	18	21	1.90
24356353--24356446	43	2.2	43	90	0	143	41	22	14	21	1.89
24359607--24359684	38	2.1	37	92	2	129	34	29	21	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24378119--24378296	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	27	1.96
24378140--24378295	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
24378119--24378308	82	2.3	83	78	12	221	30	27	14	27	1.95
24382059--24382084	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
24382768--24382799	14	2.2	15	94	5	57	0	31	0	68	0.90
24383104--24383154	21	2.4	21	90	6	77	25	37	5	31	1.80
24383104--24383165	21	3.1	21	84	11	60	29	37	4	29	1.78
24387017--24387206	34	5.6	34	73	6	152	32	12	12	43	1.79
24387007--24387206	68	2.9	68	82	2	222	31	12	12	44	1.79
24396847--24397045	104	1.9	104	96	0	371	39	17	12	30	1.87
24399045--24399084	19	2.2	18	86	4	53	45	2	12	40	1.56
24399045--24399091	19	2.5	19	79	3	51	40	2	12	44	1.54
24399115--24399198	42	2.0	42	95	0	150	32	8	11	47	1.70
24409505--24409542	17	2.3	17	86	4	51	39	10	2	47	1.52
24416515--24416551	17	2.1	17	90	5	56	35	10	18	35	1.86
24417212--24417268	29	2.0	28	83	12	73	8	36	7	47	1.62
24417292--24417360	30	2.3	31	85	7	88	11	20	5	62	1.49
24420027--24420060	17	1.9	18	88	5	52	26	11	20	41	1.87
24420287--24420319	17	1.9	17	93	0	57	15	9	27	48	1.74
24423251--24423301	26	2.0	26	84	7	68	35	25	5	33	1.80
24444512--24444563	25	2.1	25	85	7	70	19	25	13	42	1.87
24446069--24446222	18	8.9	18	66	18	76	42	0	2	54	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24446004--24446491	120	4.1	120	96	0	859	43	1	4	50	1.30
24446428--24446462	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24446621--24446760	45	3.1	45	90	3	212	35	27	5	31	1.80
24446740--24446775	16	2.2	16	95	0	63	25	33	5	36	1.79
24449197--24449233	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
24457471--24457501	13	2.4	13	94	0	53	35	19	3	41	1.67
24458068--24458148	21	4.0	21	82	3	85	43	17	22	17	1.88
24458087--24458150	21	3.0	21	83	0	92	43	15	21	18	1.87
24463882--24463965	35	2.4	35	86	4	116	15	15	28	40	1.88
24472184--24472224	9	4.2	10	82	14	50	36	12	0	51	1.40
24477984--24478024	14	2.8	16	89	10	61	17	0	31	51	1.46
24478231--24478613	125	3.1	124	84	3	491	38	15	17	28	1.90
24482145--24482180	18	2.0	18	88	0	54	41	8	25	25	1.83
24483687--24483751	32	2.0	32	96	0	121	44	18	20	16	1.87
24488574--24488725	61	2.5	61	82	3	164	21	16	26	35	1.94
24488784--24488862	29	2.7	29	80	5	88	20	18	25	35	1.95
24490989--24491019	10	3.1	10	95	0	53	19	0	6	74	1.03
24490983--24491019	15	2.6	14	87	8	56	21	0	5	72	1.04
24491415--24491485	36	2.0	36	100	0	142	29	19	25	25	1.99
24493198--24493695	248	2.0	248	98	0	960	34	16	17	31	1.93
24507518--24507568	24	2.1	24	85	0	66	21	29	17	31	1.96
24507631--24507697	25	2.7	25	73	13	66	22	25	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24512809--24513117	27	11.4	27	82	0	330	38	19	22	18	1.93
24512809--24513192	27	14.2	26	76	11	276	39	19	22	19	1.93
24512809--24513192	81	4.7	80	77	9	309	39	19	22	19	1.93
24513492--24513547	23	2.5	22	85	5	69	7	5	53	33	1.51
24513509--24513557	23	2.1	23	100	0	98	6	4	57	32	1.42
24513584--24513774	28	6.9	28	92	1	303	24	20	23	31	1.98
24513584--24513770	83	2.2	83	91	2	295	23	20	24	32	1.98
24513594--24513797	83	2.4	81	84	8	203	24	20	24	31	1.98
24513585--24513811	111	2.0	108	84	8	287	23	21	24	30	1.99
24514934--24514976	19	2.2	20	80	12	54	32	20	0	46	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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