genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  7  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2154255--2154326	31	2.4	30	81	4	81	43	12	9	34	1.76
2185383--2185409	3	9.0	3	100	0	54	66	33	0	0	0.92
2186591--2186637	21	2.1	23	88	7	71	59	4	0	36	1.17
2189010--2189052	12	3.6	11	81	12	50	34	13	16	34	1.88
2202676--2202724	19	2.5	19	80	3	53	59	2	0	38	1.09
2202744--2202840	33	2.8	35	72	20	89	45	3	1	50	1.24
2203022--2203063	13	3.2	13	82	0	57	33	28	2	35	1.70
2205540--2205605	30	2.2	31	83	2	80	25	4	6	63	1.37
2220057--2220087	13	2.5	13	94	5	55	41	0	0	58	0.98
2220179--2220258	21	3.7	22	81	9	94	17	21	22	38	1.93
2221278--2221303	7	3.7	7	100	0	52	57	26	0	15	1.38
2226250--2226310	30	2.0	30	100	0	122	16	6	22	54	1.65
2231932--2231983	26	2.0	26	92	7	88	42	19	25	13	1.87
2235954--2235978	11	2.3	11	100	0	50	40	0	24	36	1.55
2236003--2236044	14	3.1	14	77	16	52	35	4	9	50	1.56
2236535--2236562	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
2240644--2240717	38	2.0	37	94	2	130	39	1	0	59	1.06
2240691--2240728	11	3.4	11	88	3	58	42	2	0	55	1.14
2240711--2240750	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
2248007--2248041	11	3.2	11	83	0	52	60	8	11	20	1.57
2251197--2251221	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
2254362--2254395	16	2.1	16	88	0	50	8	11	20	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275210--2275268	21	2.7	22	79	10	59	55	1	1	40	1.20
2275227--2275307	12	7.5	11	72	17	62	58	1	2	38	1.20
2275242--2275316	31	2.4	31	95	0	132	61	1	2	34	1.18
2279035--2279065	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
2279035--2279069	11	3.1	11	91	4	52	65	0	0	34	0.93
2279508--2279532	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2285678--2285798	27	4.5	27	75	10	95	23	23	33	20	1.98
2289328--2289873	162	3.4	162	75	14	611	30	11	8	50	1.68
2289260--2290037	322	2.4	319	93	3	1357	30	11	8	49	1.69
2290368--2290519	43	3.5	42	82	8	128	0	30	0	69	0.88
2290399--2290548	23	6.6	23	73	15	125	0	30	0	70	0.88
2290367--2290546	38	4.7	37	76	13	132	0	30	0	70	0.88
2290402--2290556	43	3.6	43	87	7	172	0	31	0	68	0.90
2290870--2290932	32	1.9	34	84	12	87	76	3	17	3	1.05
2297643--2297684	17	2.5	17	92	3	68	64	2	0	33	1.07
2298788--2299055	43	6.3	43	90	0	385	25	20	29	24	1.99
2299500--2299563	31	2.1	31	85	2	85	39	14	10	35	1.81
2300608--2300661	20	2.7	20	80	5	56	24	53	14	7	1.66
2301632--2301666	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
2301701--2301777	27	2.9	26	79	11	86	36	6	2	54	1.40
2302019--2302057	18	2.2	17	90	4	60	12	5	7	74	1.20
2302173--2302570	109	3.7	109	90	2	638	30	15	19	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303648--2303685	13	2.8	13	92	4	58	52	13	0	34	1.40
2303829--2303862	13	2.6	13	100	0	68	44	17	0	38	1.49
2303566--2303932	182	2.0	184	94	4	652	38	19	10	32	1.85
2307482--2307522	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2313166--2313314	43	3.5	43	84	4	178	36	28	14	20	1.91
2316620--2316701	38	2.2	38	88	0	119	56	8	14	20	1.65
2317237--2317351	40	2.9	40	96	0	203	37	22	16	23	1.94
2318023--2318091	7	9.9	7	80	0	66	27	50	1	20	1.56
2317883--2318256	183	2.0	183	95	0	676	38	32	1	27	1.68
2318206--2318257	7	7.4	7	84	0	59	36	48	0	15	1.45
2318198--2318260	21	3.0	21	76	2	63	36	46	0	17	1.49
2318660--2318809	41	3.7	41	88	3	221	32	26	20	21	1.98
2318869--2318983	40	2.9	40	87	3	144	21	23	21	33	1.98
2318870--2319000	40	3.3	40	85	6	142	22	25	19	32	1.98
2319504--2319550	15	3.1	16	81	12	62	29	2	0	68	1.02
2319479--2319572	41	2.4	40	83	11	122	28	4	0	67	1.10
2320710--2320789	17	4.6	17	73	4	70	55	13	10	21	1.67
2320829--2320925	18	5.5	17	72	17	65	44	9	14	31	1.77
2320842--2320925	18	4.8	17	78	10	71	46	8	14	30	1.74
2320720--2320957	17	13.6	17	70	10	115	44	13	12	30	1.80
2320917--2320955	18	2.2	17	86	4	51	33	12	5	48	1.63
2321064--2321120	19	2.8	20	87	10	73	36	8	15	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2321086--2321127	20	2.2	19	91	4	66	35	9	14	40	1.78
2321069--2321127	19	3.1	19	83	9	68	37	8	15	38	1.78
2321069--2321168	38	2.7	36	75	6	92	35	8	17	40	1.78
2321293--2321336	5	8.6	5	87	5	61	63	0	2	34	1.07
2321292--2321337	21	2.2	21	92	0	74	65	0	2	32	1.05
2321296--2321336	16	2.6	16	92	3	66	60	0	2	36	1.10
2321512--2321556	14	2.9	15	83	12	56	4	17	0	77	0.92
2321802--2321833	11	2.8	12	90	9	50	0	21	0	78	0.76
2321804--2321845	23	2.0	23	86	13	63	0	26	0	73	0.83
2321805--2321842	19	2.0	21	85	15	55	0	26	0	73	0.83
2322138--2322184	13	3.7	13	82	5	60	0	21	2	76	0.89
2322357--2322482	30	4.2	30	82	8	150	36	3	23	37	1.71
2322335--2322482	59	2.5	58	83	4	179	37	4	22	35	1.75
2322454--2322649	96	2.0	96	97	0	365	34	17	15	32	1.92
2322783--2322960	91	1.9	92	89	3	279	32	17	18	31	1.95
2322875--2323357	75	6.1	75	74	12	344	32	20	16	29	1.95
2322757--2323362	166	3.7	167	83	8	759	32	20	17	30	1.95
2323070--2323356	75	3.8	74	86	5	369	32	22	16	28	1.96
2324227--2324273	10	4.5	10	82	15	51	0	6	6	87	0.68
2324233--2324275	8	5.6	8	83	10	54	0	4	6	88	0.63
2324227--2324275	15	3.4	14	83	10	62	0	6	6	87	0.66
2331084--2331130	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2331287--2331332	24	2.0	24	87	12	69	45	0	26	28	1.54
2332904--2332945	21	2.0	22	90	4	68	57	4	7	30	1.47
2332962--2333288	18	18.2	18	69	13	156	46	10	12	30	1.76
2333112--2333279	92	1.8	92	84	7	234	47	7	14	30	1.72
2333206--2333307	35	2.9	36	80	9	113	43	8	12	35	1.74
2333424--2333488	20	3.3	20	77	12	71	35	9	13	41	1.77
2333427--2333488	19	3.2	19	79	4	70	35	9	14	40	1.79
2333426--2333529	38	2.7	37	77	7	93	32	8	17	41	1.80
2333654--2333697	5	8.6	5	87	5	61	63	0	2	34	1.07
2333654--2333709	10	5.5	10	81	10	51	66	0	1	32	1.03
2333653--2333698	21	2.2	21	92	0	74	65	0	2	32	1.05
2333657--2333697	16	2.6	16	92	3	66	60	0	2	36	1.10
2333675--2333722	15	3.2	15	85	11	55	70	2	0	27	0.98
2333855--2333901	18	2.5	19	89	6	69	0	21	0	78	0.75
2333856--2333904	23	2.2	21	89	7	71	0	18	0	81	0.69
2334157--2334186	15	2.0	15	93	0	51	0	30	0	70	0.88
2334655--2334823	59	2.8	59	83	1	185	39	5	21	33	1.78
2334699--2334823	29	4.2	30	84	3	164	39	3	20	37	1.68
2335087--2335172	43	2.0	43	81	4	102	37	9	15	38	1.79
2340868--2340919	26	2.0	26	100	0	104	57	3	11	26	1.51
2341461--2341502	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
2342685--2342728	15	2.9	15	93	3	70	6	2	40	50	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2343547--2343671	58	2.1	58	97	1	232	42	11	17	28	1.84
2343909--2343951	21	2.0	21	100	0	86	20	27	13	37	1.91
2352675--2352716	14	3.1	14	93	3	68	28	21	11	38	1.89
2357789--2357819	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
2358728--2358800	27	2.7	27	95	4	130	21	10	43	23	1.84
2358786--2358815	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
2366029--2366084	24	2.3	23	78	9	58	23	1	7	67	1.24
2373049--2373087	21	1.9	20	84	5	51	41	10	23	25	1.86
2373358--2373396	19	2.1	19	90	4	62	38	0	5	56	1.22
2377333--2377366	16	2.1	17	88	5	52	47	2	5	44	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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