genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  69  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18549955--18549998	14	3.4	14	70	23	51	29	11	22	36	1.89
18549955--18550002	24	2.0	24	100	0	96	33	12	20	33	1.90
18553804--18553845	20	2.2	19	91	4	66	33	7	0	59	1.25
18557692--18557775	44	1.9	44	92	0	141	26	16	25	32	1.96
18559519--18559563	11	4.4	11	78	13	51	31	6	0	62	1.21
18561883--18561934	26	1.9	28	84	7	72	50	5	1	42	1.37
18562198--18562263	18	3.7	17	77	20	64	33	0	1	65	1.02
18562224--18562269	16	2.7	17	86	10	67	30	2	0	67	1.03
18562209--18562263	16	3.2	16	82	12	65	32	0	0	67	0.91
18562224--18562270	8	5.6	8	78	16	51	29	2	0	68	1.02
18563948--18563982	18	2.0	17	94	5	61	45	22	0	31	1.53
18565248--18565456	80	2.6	80	82	10	214	23	16	20	39	1.91
18565248--18565456	27	7.8	26	80	11	167	23	16	20	39	1.91
18565263--18565456	54	3.6	53	82	6	187	23	15	20	39	1.91
18565316--18565466	81	1.9	80	87	1	221	23	17	20	39	1.92
18569678--18569761	37	2.3	37	82	0	105	28	23	23	23	2.00
18576247--18576319	4	17.8	4	76	20	64	23	2	0	73	0.95
18576247--18576314	12	5.6	12	81	13	77	23	2	0	73	0.97
18576248--18576321	25	3.0	25	90	9	109	24	2	0	72	0.97
18578000--18578024	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
18586814--18586908	46	2.1	46	97	0	181	41	22	2	34	1.66
18590205--18590294	34	2.7	34	87	1	128	32	34	15	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18590206--18590306	34	3.0	33	85	4	114	33	33	14	17	1.91
18609251--18609282	14	2.1	16	88	11	50	46	0	25	28	1.53
18611064--18611089	12	2.2	12	100	0	52	26	42	15	15	1.87
18616792--18617070	30	9.4	29	74	7	134	22	24	13	39	1.90
18616852--18617013	60	2.7	60	78	6	168	19	25	14	40	1.89
18616822--18617071	90	2.8	88	81	3	288	21	25	14	39	1.90
18616822--18617013	30	6.4	30	76	4	147	20	25	14	39	1.90
18617001--18617070	29	2.4	30	80	7	90	24	27	10	38	1.87
18620124--18620167	23	1.9	23	90	9	72	38	0	2	59	1.10
18627932--18627964	17	2.0	17	88	5	50	18	3	27	51	1.60
18642003--18642046	23	2.0	22	86	4	61	54	2	9	34	1.44
18642779--18642833	21	2.7	21	88	5	87	36	12	10	40	1.79
18643467--18643849	44	8.7	45	69	12	179	26	25	18	30	1.98
18643512--18643893	175	2.2	175	89	3	590	26	25	18	29	1.98
18643818--18644279	44	10.7	44	86	6	626	30	27	17	25	1.97
18643954--18644018	34	1.9	34	93	0	112	29	24	23	23	1.99
18645593--18645636	21	2.2	19	88	8	61	0	0	20	79	0.73
18650793--18650836	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
18651511--18651568	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
18663978--18664033	28	2.0	28	96	0	103	46	0	16	37	1.47
18665790--18665837	21	2.2	21	96	3	87	25	4	37	33	1.75
18679768--18680821	132	8.0	132	89	1	1508	30	23	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18680845--18680959	55	2.3	46	73	23	117	30	20	19	29	1.97
18680710--18680919	112	1.9	112	96	0	393	30	24	15	29	1.95
18680863--18680974	55	2.0	55	100	0	224	31	21	14	33	1.93
18682389--18682438	7	6.6	8	80	15	54	12	14	0	74	1.09
18682389--18682438	15	3.3	15	83	13	59	12	14	0	74	1.09
18682390--18682432	21	2.0	21	95	0	77	11	16	0	72	1.13
18683294--18683342	13	3.8	12	84	12	62	10	4	0	85	0.71
18683296--18683381	27	3.1	27	80	12	88	10	6	4	77	1.10
18683325--18683390	27	2.5	26	85	4	96	9	7	7	75	1.18
18693511--18693535	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
18704275--18704316	23	1.9	23	85	9	61	50	19	2	28	1.60
18707009--18707043	18	1.9	18	88	11	54	42	2	0	54	1.15
18711381--18711447	25	2.6	26	83	9	84	29	17	23	28	1.97
18717691--18717725	16	2.2	16	90	5	54	45	11	20	22	1.82
18717914--18717982	28	2.4	28	85	2	93	27	7	5	59	1.47
18717968--18718052	19	4.7	18	68	22	54	35	0	4	60	1.18
18717979--18718042	25	2.5	25	82	10	76	35	0	3	60	1.12
18735084--18735135	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
18735033--18735251	120	1.8	120	97	0	420	42	1	6	48	1.39
18735033--18735219	61	3.1	60	71	14	195	42	2	6	48	1.42
18735213--18735254	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
18735204--18735245	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18735468--18735527	16	3.8	16	93	0	102	26	36	1	35	1.67
18735468--18735529	32	1.9	32	96	0	115	27	35	1	35	1.67
18737696--18737738	19	2.2	20	83	8	52	53	2	4	39	1.34
18739538--18739585	3	16.0	3	82	0	60	33	4	2	60	1.27
18748625--18748669	22	2.0	21	87	8	63	42	0	0	57	0.98
18748833--18748913	21	4.0	20	80	12	76	39	1	0	59	1.05
18759214--18759285	20	3.6	19	77	9	72	40	22	27	9	1.85
18760659--18760843	50	3.6	50	82	4	190	23	28	20	27	1.99
18765038--18765600	278	2.0	278	95	0	1000	36	22	12	28	1.91
18768588--18768834	50	4.8	51	78	4	214	23	27	20	28	1.99
18770042--18770087	20	2.3	20	96	0	83	39	19	32	8	1.82
18784014--18784087	6	13.2	6	76	21	72	47	17	1	33	1.56
18784011--18784072	5	12.0	5	76	17	56	46	17	1	33	1.58
18784010--18784086	11	7.5	11	79	15	94	46	18	1	33	1.57
18784010--18784086	20	3.8	21	83	16	108	46	18	1	33	1.57
18784084--18784110	13	2.1	13	100	0	54	70	0	14	14	1.17
18784078--18784127	18	3.1	18	75	21	56	64	4	10	22	1.41
18792357--18792450	18	5.4	18	92	3	131	36	25	9	28	1.87
18792357--18792437	9	9.0	9	70	0	54	34	27	9	28	1.89
18813370--18813399	2	15.0	2	92	0	51	0	3	50	46	1.18
18817099--18817150	27	1.9	27	88	7	79	71	9	13	5	1.30
18817099--18817147	13	3.7	14	78	10	59	71	10	12	6	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18817810--18817870	19	3.3	19	70	11	54	62	0	4	32	1.17
18822847--18822889	20	2.2	20	88	8	63	46	2	0	51	1.13
18823200--18823261	28	2.1	29	82	11	74	58	0	3	38	1.15
18827958--18828055	23	4.3	23	89	2	153	21	21	25	31	1.98
18827960--18828048	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
18833438--18833535	23	4.3	23	89	2	153	21	21	25	31	1.98
18833440--18833528	45	2.0	45	93	0	151	20	22	25	31	1.98
18840488--18840520	14	2.4	14	100	0	66	81	0	0	18	0.68
18841284--18841323	15	2.7	15	84	7	55	85	0	15	0	0.61
18841284--18841320	11	3.5	11	92	3	58	83	0	16	0	0.64
18847793--18848667	291	3.0	291	95	0	1534	33	15	22	28	1.95
18856092--18856279	41	4.6	41	91	0	286	28	23	19	28	1.98
18858810--18859337	76	6.9	76	88	0	745	26	19	21	33	1.97
18859895--18859973	28	2.7	29	86	7	108	26	24	5	44	1.74
18859895--18859982	28	3.0	28	83	9	106	26	21	6	45	1.76
18860635--18860678	20	2.2	20	88	4	63	81	0	15	2	0.78
18860650--18860693	10	4.5	10	80	5	54	84	0	11	4	0.77
18868570--18868601	14	2.3	14	94	0	55	37	0	15	46	1.46
18868842--18868890	20	2.5	19	80	9	62	12	2	6	79	0.99
18874262--18874355	9	10.8	8	72	20	55	23	5	3	68	1.25
18875984--18876021	6	6.5	6	90	3	60	15	0	2	81	0.80
18875984--18876021	18	2.2	17	95	4	67	15	0	2	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18878741--18878772	14	2.3	14	94	0	55	37	0	15	46	1.46
18900461--18900485	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18923331--18923364	18	1.9	18	88	5	52	38	5	17	38	1.74
18924984--18925026	18	2.2	18	84	12	50	27	4	13	53	1.60
18931735--18931768	16	2.1	16	88	0	50	52	11	17	17	1.73
18934707--18934747	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
18936653--18936686	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
18938843--18938956	44	2.6	42	82	14	142	23	21	29	25	1.99
18949291--18949346	20	2.9	19	82	10	60	58	1	8	30	1.39
18949300--18949346	20	2.3	20	89	7	69	59	2	6	31	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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