genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  192  of  213  ( 25468 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57764078--57764148	6	12.3	6	78	11	51	76	0	22	1	0.87
57764311--57764370	17	3.5	17	68	8	50	31	38	25	5	1.77
57764461--57764496	20	1.9	20	88	11	58	83	0	16	0	0.65
57764619--57764681	32	1.9	34	87	6	94	19	6	9	65	1.43
57765510--57765556	25	1.9	25	82	4	60	46	6	4	42	1.48
57765611--57765644	12	2.8	12	90	0	59	44	0	0	55	0.99
57773936--57773969	6	5.7	6	92	0	50	0	17	8	73	1.08
57773936--57773969	12	2.8	12	90	0	59	0	17	8	73	1.08
57777419--57777475	15	3.6	15	74	19	53	43	0	1	54	1.10
57777672--57777725	19	2.8	19	86	5	74	37	9	12	40	1.76
57777704--57777751	22	2.2	22	88	7	71	39	4	16	39	1.68
57777672--57777751	19	3.9	21	79	14	71	37	7	13	41	1.73
57777704--57777761	22	2.7	23	81	7	68	37	3	15	43	1.64
57778179--57778218	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
57778163--57778217	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
57778165--57778216	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
57779019--57779088	35	2.0	35	100	0	140	25	11	22	40	1.88
57784810--57784945	44	3.1	44	62	8	105	25	31	23	19	1.98
57784713--57785205	88	5.6	88	86	0	655	27	28	23	20	1.99
57785206--57785580	44	8.7	44	82	6	444	28	16	26	29	1.97
57785207--57785580	126	2.9	128	86	7	495	28	16	26	29	1.96
57785206--57785542	170	2.0	170	88	1	496	29	15	25	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57785887--57786002	44	2.7	44	78	4	110	29	18	22	29	1.98
57786422--57786517	21	4.8	19	91	5	138	38	9	14	37	1.79
57786423--57786506	21	4.1	21	93	3	145	39	9	13	38	1.77
57786435--57786540	19	5.0	22	76	19	75	38	7	15	38	1.75
57786429--57786540	42	2.7	40	85	10	138	38	8	14	39	1.75
57786506--57786550	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
57786709--57786747	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
57786968--57787010	3	14.3	3	85	9	61	32	0	0	67	0.91
57786952--57787009	15	3.7	15	76	13	55	31	0	1	67	1.01
57791176--57791220	24	1.9	24	90	4	74	31	4	13	51	1.61
57793609--57793640	12	2.7	12	90	0	55	50	0	0	50	1.00
57795493--57795533	19	2.1	20	86	4	57	56	12	9	21	1.65
57796440--57796519	21	3.8	21	81	5	90	46	12	28	12	1.78
57799452--57799497	24	1.9	24	86	0	65	56	21	10	10	1.64
57811465--57811554	44	2.0	44	89	4	137	37	8	4	48	1.55
57817215--57817253	18	2.2	19	86	9	55	35	2	0	61	1.10
57821983--57822038	7	8.8	6	75	16	51	42	0	10	46	1.38
57821979--57822038	13	4.8	13	71	20	56	45	0	11	43	1.40
57822498--57822847	123	2.8	124	90	2	569	29	16	21	33	1.95
57825971--57826039	17	3.9	17	71	15	59	49	1	5	43	1.35
57825965--57826045	37	2.2	36	76	8	85	48	1	7	43	1.39
57825857--57826100	116	2.1	116	90	1	382	45	6	7	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57826094--57828786	23	120.0	23	72	16	1394	25	0	25	48	1.55
57826151--57826281	38	3.2	38	72	15	127	22	0	27	48	1.56
57826174--57826205	15	2.2	15	94	5	57	21	0	21	56	1.43
57826095--57828846	45	61.5	43	76	16	1638	25	0	25	48	1.55
57826215--57828896	68	39.9	67	74	16	1704	25	0	25	48	1.55
57826289--57826402	60	1.9	59	90	1	183	30	0	21	47	1.57
57827485--57827509	7	3.6	7	100	0	50	12	0	40	48	1.40
57827964--57828031	29	2.3	30	89	2	102	25	0	26	48	1.51
57828069--57828098	15	2.0	15	100	0	60	20	0	26	53	1.46
57828046--57828130	38	2.2	38	93	0	143	22	0	28	49	1.50
57828443--57828473	15	2.1	15	100	0	62	19	0	25	54	1.44
57828412--57828547	38	3.3	38	78	17	148	26	0	26	46	1.58
57828789--57828894	23	4.7	22	69	21	85	24	0	27	47	1.58
57828705--57828832	38	3.2	38	80	14	150	25	0	25	48	1.57
57828940--57828987	25	1.9	25	100	0	96	39	14	0	45	1.45
57828931--57828987	25	2.3	26	90	3	82	45	12	0	42	1.41
57831279--57831309	11	2.8	11	90	0	53	51	6	22	19	1.69
57831313--57831352	11	3.6	11	90	6	55	45	0	32	22	1.53
57831468--57831567	51	2.0	51	100	0	200	23	30	31	16	1.96
57832717--57832766	19	2.6	19	81	6	57	74	8	6	12	1.22
57833394--57833476	3	27.7	3	97	0	157	67	0	32	0	0.91
57835366--57835390	12	2.1	12	100	0	50	32	24	28	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57840265--57840349	3	28.3	3	100	0	170	67	0	32	0	0.91
57841434--57841502	21	3.5	20	77	13	72	11	13	39	36	1.80
57842145--57842196	9	5.6	9	91	8	86	38	28	9	23	1.86
57842145--57842193	20	2.5	20	93	6	84	38	30	10	20	1.86
57842391--57842419	14	2.1	14	100	0	58	41	20	6	31	1.79
57844152--57844206	28	2.0	28	92	0	92	45	16	7	30	1.74
57844152--57844213	28	2.3	27	86	8	83	50	14	6	29	1.68
57846475--57846646	6	27.7	6	68	6	65	55	11	9	23	1.64
57846481--57846658	18	9.6	18	71	11	81	54	11	10	23	1.67
57846477--57846533	30	1.9	30	85	0	78	56	14	5	24	1.59
57846481--57846569	36	2.5	36	84	0	124	57	12	6	23	1.59
57846589--57846640	24	2.2	24	96	0	95	59	9	9	21	1.57
57855165--57855189	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
57855469--57855509	13	3.2	13	80	13	57	60	7	0	31	1.24
57856078--57856164	21	4.1	21	75	7	86	37	22	19	19	1.94
57856437--57856468	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
57859250--57859329	41	2.0	40	87	2	115	31	27	17	23	1.97
57859450--57859840	31	12.7	31	87	2	513	43	16	9	30	1.80
57859450--57859840	123	3.2	122	84	3	523	43	16	9	30	1.80
57859474--57859850	185	2.0	185	90	1	585	43	16	9	30	1.80
57869445--57869521	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
57869461--57869500	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57869449--57869515	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
57869498--57869529	15	2.1	16	88	11	50	43	9	12	34	1.75
57869843--57869903	31	1.9	32	83	3	79	32	4	16	45	1.68
57870963--57871022	31	1.9	31	86	6	86	45	10	8	36	1.68
57880421--57880740	114	2.8	114	86	3	450	24	23	26	25	2.00
57880537--57880936	187	2.1	187	89	0	602	26	23	24	26	2.00
57880652--57880811	73	2.2	73	88	0	230	27	21	22	28	1.99
57880724--57881310	114	5.1	114	87	3	795	25	22	24	28	1.99
57880474--57881039	301	1.9	302	87	2	843	24	22	25	27	2.00
57882530--57882610	24	3.2	24	78	13	99	44	0	9	45	1.37
57882527--57882610	28	3.1	28	70	13	86	46	0	9	44	1.36
57882662--57883374	365	2.0	366	93	0	1230	30	14	20	34	1.92
57884036--57884073	18	2.1	18	100	0	76	26	10	15	47	1.78
57884875--57884908	17	2.1	17	94	5	61	44	11	0	44	1.40
57884910--57885048	13	10.5	13	70	9	75	41	10	2	46	1.52
57884900--57885048	53	2.8	52	88	2	217	41	10	2	45	1.52
57884980--57885057	40	2.0	40	94	0	138	41	10	2	46	1.51
57885252--57885295	23	1.9	23	95	0	79	43	18	0	38	1.50
57886931--57887041	21	5.3	21	87	0	123	35	18	43	3	1.67
57887425--57887652	42	5.3	43	80	8	234	25	19	21	32	1.97
57887487--57887651	85	2.0	85	90	1	260	26	21	21	30	1.98
57887487--57887653	42	4.0	42	88	3	246	25	20	21	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57889291--57889332	19	2.3	19	88	8	61	35	9	21	33	1.86
57891981--57892025	19	2.4	19	85	7	56	26	24	11	37	1.89
57894429--57894530	41	2.5	41	88	3	143	28	19	24	27	1.99
57899307--57899716	44	9.2	44	76	8	339	31	19	22	26	1.98
57899305--57899716	177	2.3	178	90	2	648	31	19	22	26	1.98
57900093--57900217	44	2.9	45	78	8	143	30	20	20	28	1.98
57899723--57900207	225	2.2	223	80	5	557	32	18	20	28	1.96
57900289--57900566	89	3.1	88	83	2	342	29	24	22	24	1.99
57900345--57900481	44	3.1	44	68	17	120	29	26	21	22	1.99
57902782--57903165	131	2.9	132	88	1	592	28	20	25	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213