genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  4  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1036477--1036745	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1036520--1036739	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1036477--1036745	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1039869--1040072	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
1039953--1040071	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
1039962--1040052	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
1041341--1041506	37	4.5	37	98	0	314	25	19	17	37	1.93
1041470--1041738	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
1041513--1041732	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
1041470--1041738	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
1052924--1052974	24	2.3	21	76	10	57	35	3	0	60	1.15
1052929--1052972	24	1.9	24	86	9	65	34	4	0	61	1.16
1058780--1058821	20	2.1	20	100	0	84	42	9	4	42	1.58
1059176--1059214	18	2.2	18	85	0	51	69	0	5	25	1.09
1061893--1061917	12	2.1	12	100	0	50	24	24	24	28	2.00
1065457--1065798	184	1.9	182	90	1	549	40	16	14	29	1.87
1068569--1068671	51	2.0	52	83	12	133	24	27	8	39	1.84
1068578--1068682	51	2.1	51	81	13	119	22	31	8	37	1.85
1074607--1074658	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
1074922--1075012	45	2.0	44	83	6	112	36	27	4	31	1.77
1074991--1075044	16	3.4	16	86	0	81	31	35	1	31	1.69
1076101--1076142	19	2.3	18	80	16	50	52	4	16	26	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1077040--1077103	26	2.5	26	92	0	110	35	9	26	28	1.87
1084991--1085020	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1092158--1092218	31	2.0	31	83	6	79	37	4	0	57	1.20
1096389--1096625	118	2.0	118	97	0	447	30	18	22	28	1.97
1096773--1096817	19	2.4	17	80	20	54	35	0	4	60	1.17
1100321--1100370	20	2.5	18	79	20	55	58	18	2	22	1.49
1101056--1101116	24	2.4	26	78	10	65	59	8	4	27	1.47
1103460--1103493	17	2.0	17	88	0	50	52	0	29	17	1.45
1104841--1104888	23	2.0	24	84	4	62	66	4	6	22	1.32
1105702--1105761	19	3.2	19	77	13	70	65	0	5	30	1.14
1105708--1105773	27	2.3	29	85	12	84	62	0	6	31	1.20
1105729--1105797	20	3.5	19	73	9	57	62	0	7	30	1.22
1106043--1106076	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
1106621--1106647	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
1107592--1107619	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
1111930--1112038	55	2.0	55	94	0	191	31	14	19	34	1.92
1113685--1113717	16	2.1	16	94	0	57	36	15	6	42	1.71
1122013--1122105	38	2.4	39	81	7	107	43	9	6	40	1.63
1122013--1122191	41	4.5	41	68	12	120	42	11	7	38	1.69
1128598--1128668	32	2.2	32	97	0	133	59	26	0	14	1.36
1129458--1129501	18	2.4	18	88	0	61	63	2	0	34	1.07
1129458--1129501	9	4.9	9	78	10	54	63	2	0	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1130792--1130843	9	5.7	9	75	20	54	46	0	0	53	1.00
1130792--1130838	20	2.5	19	83	12	62	44	0	0	55	0.99
1133941--1134006	29	2.4	27	78	9	78	37	1	9	51	1.43
1133949--1134048	29	3.4	29	73	4	76	43	2	10	45	1.49
1133949--1134013	29	2.2	30	83	2	78	40	1	7	50	1.40
1135881--1135910	10	3.0	10	95	0	51	0	13	0	86	0.57
1136226--1136324	51	1.9	52	82	10	123	49	15	12	23	1.77
1141038--1141093	20	2.7	21	88	8	87	53	0	0	46	1.00
1141068--1141154	40	2.1	41	87	2	122	67	0	3	28	1.06
1159109--1159139	14	2.2	14	94	0	53	16	6	16	61	1.54
1171776--1171821	23	2.0	23	95	0	83	36	13	17	32	1.88
1180699--1180751	21	2.5	22	81	6	65	66	1	1	30	1.13
1187377--1187404	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
1190773--1190825	26	2.0	28	85	7	74	52	3	0	43	1.19
1191276--1191300	3	8.3	3	100	0	50	32	36	32	0	1.58
1195520--1195583	31	2.1	31	94	2	112	37	9	6	46	1.61
1197302--1197331	3	10.0	3	92	0	51	36	0	33	30	1.58
1197816--1197882	25	2.6	25	79	6	73	41	5	5	46	1.53
1211477--1211513	13	2.9	13	88	4	58	29	0	2	67	1.04
1215007--1215060	27	1.9	28	88	7	83	48	1	5	44	1.37
1215008--1215069	29	2.2	27	82	5	70	48	3	6	41	1.45
1232921--1232951	15	2.0	16	93	6	55	25	0	12	61	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1243804--1244084	142	2.0	141	90	2	447	35	21	12	30	1.90
1244853--1244902	26	1.9	26	84	8	66	36	4	2	58	1.29
1244850--1244910	26	2.5	24	77	15	61	34	3	1	60	1.23
1247607--1247653	6	7.8	6	100	0	94	48	17	0	34	1.47
1250394--1250453	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
1250714--1250760	17	2.8	17	79	20	62	36	2	6	55	1.37
1253321--1253372	26	2.0	26	85	7	70	55	11	9	23	1.64
1258144--1258181	15	2.6	16	84	16	55	65	5	0	28	1.14
1262732--1262772	21	2.0	21	86	9	59	31	4	2	60	1.30
1274068--1274329	122	2.1	123	80	3	314	38	14	11	35	1.82
1279012--1279042	16	1.9	16	93	0	53	25	12	12	48	1.77
1279011--1279049	16	2.4	16	82	0	51	28	10	10	51	1.68
1280028--1280088	31	2.0	31	90	0	95	42	4	11	40	1.62
1288630--1288668	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
1288895--1288969	23	3.3	23	80	10	91	24	18	25	32	1.97
1293289--1293333	13	3.5	13	81	6	65	64	0	4	31	1.13
1293285--1293333	25	2.0	25	100	0	98	65	0	4	30	1.11
1294431--1294459	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
1294985--1295117	31	4.4	31	73	11	112	44	14	19	21	1.86
1295383--1295494	51	2.2	51	82	7	131	41	5	15	38	1.70
1299160--1299251	41	2.2	41	100	0	184	46	18	10	23	1.80
1318084--1318128	23	1.9	24	86	4	65	2	44	0	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1325477--1325516	21	1.9	21	85	10	55	37	2	0	60	1.11
1326633--1326698	16	4.3	15	74	9	53	54	22	6	16	1.64
1331952--1331978	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
1352305--1352337	15	2.2	15	89	10	50	54	0	3	42	1.15
1356252--1356285	11	3.0	11	91	4	50	82	2	14	0	0.79
1356251--1356285	15	2.3	15	90	5	52	80	2	17	0	0.84
1359199--1359259	31	1.9	32	86	3	88	22	14	18	44	1.86
1361550--1361619	11	6.2	11	75	9	61	24	30	2	42	1.69
1361550--1361627	22	3.5	22	84	8	79	25	29	2	42	1.68
1361569--1361627	11	5.3	11	73	17	50	28	28	1	40	1.66
1361587--1361686	51	2.0	51	86	4	139	26	26	3	45	1.68
1363440--1363478	18	2.2	18	85	0	51	15	28	10	46	1.78
1364021--1364069	14	3.6	13	78	15	55	38	34	2	24	1.67
1364055--1364181	21	6.0	21	79	1	146	45	25	2	25	1.65
1364055--1364181	43	3.0	42	81	6	166	45	25	2	25	1.65
1367066--1367123	28	2.0	29	90	3	91	63	1	0	34	1.04
1367073--1367170	29	3.5	28	81	8	110	59	1	7	32	1.31
1367480--1367535	3	18.7	3	78	7	51	58	0	7	33	1.25
1367471--1367527	9	6.3	9	78	8	53	57	1	8	31	1.39
1367459--1367534	27	2.6	30	82	12	88	56	2	6	34	1.39
1378519--1378579	31	1.9	32	86	3	88	24	16	14	44	1.85
1383239--1383265	8	3.4	8	100	0	54	11	0	0	88	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1388574--1388655	39	2.1	39	90	0	128	34	29	13	23	1.93
1415205--1415246	12	3.5	12	78	12	50	69	0	7	23	1.13
1425429--1425503	18	4.2	18	82	0	78	30	18	14	36	1.91
1425429--1425503	36	2.1	36	84	0	96	30	18	14	36	1.91
1432294--1432367	25	3.0	23	75	18	69	59	5	9	25	1.50
1441175--1441200	13	2.0	13	100	0	52	30	23	23	23	1.99
1445398--1445743	141	2.5	141	98	0	660	32	18	18	29	1.95
1446079--1446147	34	2.0	36	83	11	90	43	4	2	49	1.37
1447332--1447590	73	3.5	73	99	0	500	27	6	25	41	1.79
1451806--1451831	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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