genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1817164--1817205	21	2.0	21	86	9	59	35	4	2	57	1.33
1823688--1823827	61	2.3	61	81	2	147	44	11	4	40	1.60
1823733--1823849	61	1.9	60	81	5	137	47	12	2	37	1.56
1827882--1827909	4	7.0	4	100	0	56	50	25	0	25	1.50
1834442--1834486	18	2.4	19	92	3	74	62	0	13	24	1.31
1841481--1841541	31	2.0	31	87	3	88	55	6	1	36	1.36
1845046--1845094	24	2.0	24	100	0	98	63	20	8	8	1.48
1847481--1847520	9	4.4	9	90	0	62	40	25	10	25	1.86
1847481--1847520	18	2.2	18	100	0	80	40	25	10	25	1.86
1849085--1849231	37	4.0	37	91	1	235	24	23	16	36	1.94
1849237--1849598	52	7.2	52	83	8	480	29	22	13	34	1.92
1849205--1849598	98	4.0	100	90	3	484	28	22	14	34	1.93
1849193--1849598	150	2.7	150	93	2	671	28	22	14	34	1.93
1851850--1851935	26	3.3	26	90	1	118	63	1	0	34	1.02
1856861--1856897	18	2.1	18	90	5	58	35	0	0	64	0.94
1859284--1859321	15	2.5	15	87	8	51	78	7	2	10	1.04
1859917--1860111	93	2.1	93	85	1	257	44	11	31	13	1.79
1860141--1860169	14	2.1	14	100	0	58	37	13	34	13	1.85
1866594--1866618	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
1869008--1869059	26	2.0	26	92	0	86	30	11	7	50	1.67
1874773--1874806	13	2.5	14	85	9	52	23	0	0	76	0.79
1877167--1877200	18	1.9	17	94	5	59	29	0	5	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1877157--1877209	27	2.0	25	82	7	61	26	3	9	60	1.45
1886689--1886742	26	2.1	26	100	0	108	31	24	7	37	1.83
1893861--1893916	20	2.8	19	76	10	58	42	17	23	16	1.88
1899044--1899073	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
1899044--1899073	11	2.6	12	94	5	53	83	0	0	16	0.65
1910042--1910076	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
1910077--1910332	72	3.6	72	99	0	503	27	6	24	42	1.78
1914547--1914578	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
1914579--1914762	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
1917507--1917636	39	3.3	39	85	2	181	63	0	3	33	1.10
1917556--1917620	11	6.4	11	79	13	68	53	0	4	41	1.21
1917570--1917597	8	3.5	8	100	0	56	57	0	0	42	0.99
1929683--1929712	13	2.2	14	94	5	53	16	0	13	70	1.18
1940039--1940081	4	11.2	4	82	9	54	25	0	20	53	1.46
1941731--1941781	26	2.0	24	85	11	66	52	0	7	39	1.30
1944695--1944842	37	4.0	37	93	0	251	28	20	13	37	1.91
1950092--1950532	220	2.0	220	100	0	882	34	27	12	25	1.92
1953039--1953076	19	2.0	19	100	0	76	31	21	5	42	1.75
1953042--1953084	19	2.3	19	87	0	59	41	18	6	32	1.77
1957999--1958036	20	1.9	20	88	0	58	28	7	13	50	1.69
1957984--1958050	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
1961258--1961308	27	1.9	27	92	4	86	64	0	3	31	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1973302--1973337	15	2.4	15	85	0	54	58	0	8	33	1.28
1977938--1978060	39	3.1	40	92	3	214	63	0	3	33	1.11
1977947--1978060	40	2.9	40	94	1	203	62	0	3	34	1.12
1978036--1978068	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
1981987--1982065	40	2.0	39	83	11	99	43	12	17	26	1.85
1986090--1986332	105	2.3	105	89	3	382	28	20	14	36	1.92
1989217--1989288	29	2.4	30	83	4	83	38	19	4	37	1.71
1994780--1994806	11	2.5	11	100	0	54	59	0	0	40	0.98
1995532--1995634	46	2.2	48	89	5	165	29	10	17	42	1.83
1997496--1997540	18	2.3	18	85	14	54	62	4	2	31	1.27
1998792--1999181	196	2.0	197	89	1	595	26	13	19	40	1.89
2011761--2011924	46	3.4	45	83	13	145	35	14	22	27	1.92
2011716--2011924	52	4.1	51	84	9	275	35	13	22	28	1.92
2011702--2011925	98	2.3	98	92	0	367	34	14	22	28	1.93
2011888--2011996	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
2012644--2012687	24	1.9	22	86	9	61	68	0	0	31	0.90
2022942--2023008	27	2.5	27	87	0	98	22	31	29	16	1.96
2023044--2023073	12	2.6	11	90	10	51	73	0	20	6	1.05
2024481--2024541	17	3.4	17	72	12	59	34	4	0	60	1.18
2024478--2024574	37	2.5	39	90	5	153	36	4	0	59	1.16
2026542--2026568	11	2.5	11	100	0	54	40	14	7	37	1.74
2029843--2029973	44	3.0	44	89	4	149	0	32	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029856--2029973	24	5.5	21	75	16	91	0	28	0	71	0.87
2029875--2029974	10	9.2	11	75	16	84	0	30	0	70	0.88
2029892--2029971	14	5.5	14	80	12	90	0	27	0	72	0.85
2029893--2029968	4	19.5	4	75	22	56	0	27	0	72	0.85
2029858--2029973	44	2.6	44	94	2	198	0	29	0	70	0.87
2029896--2029976	34	2.5	34	79	16	91	0	30	0	69	0.89
2029855--2029990	48	3.0	47	84	10	174	0	32	0	67	0.91
2029859--2029971	14	7.8	14	72	17	79	0	28	0	71	0.86
2030525--2030585	19	3.2	20	68	17	65	44	0	0	55	0.99
2030516--2030604	38	2.3	38	88	5	124	43	1	2	52	1.20
2030658--2030743	42	2.0	42	97	0	163	51	4	0	44	1.22
2031610--2031667	25	2.3	24	79	5	62	53	0	1	44	1.10
2032515--2032558	20	2.1	21	84	12	56	34	6	6	52	1.55
2033158--2033212	25	2.4	22	84	9	74	30	0	1	67	1.01
2034601--2034643	8	5.2	8	81	13	52	37	0	0	62	0.95
2037633--2037680	4	12.0	4	93	6	80	25	0	27	47	1.52
2039704--2039741	6	6.3	6	96	0	58	36	42	0	21	1.53
2042696--2042729	15	2.3	15	90	5	52	32	2	20	44	1.67
2044203--2044292	45	2.0	45	95	0	162	45	7	16	30	1.76
2051722--2052134	23	16.2	23	80	14	358	33	0	19	46	1.57
2051724--2052134	28	16.0	26	80	15	407	33	0	19	46	1.57
2051722--2052134	52	8.0	51	78	15	422	33	0	19	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2052304--2052353	21	2.4	21	82	0	64	2	24	32	42	1.66
2053300--2053324	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
2054410--2054465	28	2.0	28	90	10	89	57	1	0	41	1.09
2054499--2054549	22	2.3	21	83	9	66	33	0	33	33	1.58
2056175--2056360	73	2.5	73	98	0	354	41	24	6	27	1.79
2056361--2056410	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
2060740--2060786	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
2077517--2077563	24	2.0	24	87	8	69	29	8	29	31	1.87
2080137--2080193	29	2.0	29	82	6	71	36	1	3	57	1.26
2080136--2080200	30	2.2	29	78	8	69	38	1	3	56	1.24
2085619--2085673	19	3.1	17	81	7	65	38	14	5	41	1.69
2088196--2088230	17	2.1	17	100	0	70	28	5	34	31	1.81
2091674--2091855	46	4.0	46	94	0	312	29	25	7	37	1.84
2093071--2093115	17	2.6	17	89	0	63	60	15	0	24	1.36
2094737--2094926	23	8.3	23	89	1	283	32	24	21	22	1.98
2094737--2094925	91	2.1	92	88	1	281	32	24	21	21	1.98
2097543--2097585	22	2.0	23	86	9	63	37	11	30	20	1.89
2100764--2100790	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2100764--2100798	18	1.9	18	88	0	52	22	0	0	77	0.78
2128546--2128606	22	2.9	21	72	15	63	59	4	0	36	1.19
2128546--2128606	21	2.9	20	74	11	59	59	4	0	36	1.19
2128940--2128964	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128962--2129004	19	2.2	20	91	4	70	37	0	0	62	0.95
2128961--2129012	20	2.7	19	82	5	52	34	0	5	59	1.21
2129395--2129419	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
2129823--2129883	23	2.6	23	75	17	63	26	3	6	63	1.34
2132272--2132322	13	3.9	13	73	0	57	35	7	21	35	1.83
2136157--2136204	25	2.0	23	84	8	60	41	29	6	22	1.78
2136648--2136700	26	2.0	26	85	7	72	45	15	7	32	1.74
2139334--2139388	19	2.8	20	83	10	69	23	0	10	65	1.24
2148818--2148894	38	2.0	38	97	0	145	37	14	12	35	1.84
2150992--2151061	31	2.2	32	80	12	83	50	7	14	28	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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