genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17181996--17182037	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
17182005--17182046	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
17182212--17182272	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
17196049--17196085	15	2.5	15	90	0	56	37	0	2	59	1.12
17216113--17216262	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	37	1.94
17216304--17216359	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
17216749--17217568	120	6.8	120	96	0	1410	43	2	5	48	1.39
17217517--17217551	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
17217787--17217839	16	3.2	16	97	2	97	37	37	0	24	1.56
17219072--17219108	13	2.8	14	88	8	51	45	0	0	54	1.00
17219223--17219338	52	2.2	53	81	6	130	49	6	5	38	1.52
17219589--17219631	22	2.0	22	95	0	77	55	11	2	30	1.48
17220321--17220411	28	3.2	28	71	22	73	34	0	6	59	1.23
17220278--17220532	9	27.0	9	69	17	110	35	2	3	58	1.29
17220434--17220494	29	2.1	29	84	6	79	27	1	6	63	1.28
17220430--17220521	10	9.8	9	73	10	51	30	2	4	63	1.26
17220443--17220516	29	2.6	29	82	4	87	31	1	4	63	1.21
17220500--17220556	16	3.1	18	83	14	64	36	1	5	56	1.32
17220891--17220937	16	2.9	16	84	9	60	44	2	21	31	1.64
17224688--17224715	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
17227776--17227816	17	2.3	18	83	8	57	75	2	19	2	1.03
17228704--17228749	15	2.9	16	78	9	51	65	2	19	13	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17229986--17230124	44	3.2	44	68	11	115	28	22	23	25	1.99
17229974--17230387	87	4.7	87	88	0	567	30	22	22	24	1.99
17230550--17230888	44	7.8	43	73	7	256	27	18	24	28	1.98
17233455--17233587	40	3.3	40	79	5	135	31	21	24	23	1.98
17233472--17233607	40	3.4	40	79	5	143	36	21	21	20	1.95
17233685--17233748	31	2.0	32	90	3	103	25	20	23	31	1.98
17233716--17233968	41	6.2	41	92	0	400	24	20	23	30	1.99
17234324--17234355	14	2.2	15	94	5	57	31	0	31	37	1.58
17234417--17234592	82	2.1	81	84	4	226	26	1	25	46	1.60
17234442--17234603	82	2.0	82	90	2	254	25	1	27	45	1.61
17234594--17234618	7	3.6	7	100	0	50	0	0	56	44	0.99
17234986--17235019	16	2.1	16	88	5	50	70	2	2	23	1.15
17240022--17240119	49	2.0	49	86	4	135	20	19	26	33	1.96
17239987--17240154	92	1.8	92	83	7	225	21	18	29	30	1.97
17239964--17240154	43	4.3	43	75	7	166	21	17	29	31	1.96
17241442--17241481	19	2.2	19	86	4	55	30	30	0	40	1.57
17248222--17248270	24	2.0	24	100	0	98	36	0	18	44	1.50
17251338--17251449	38	2.9	38	97	0	215	43	8	19	28	1.79
17256462--17256495	16	2.2	16	89	5	52	0	14	2	82	0.79
17257694--17257740	23	2.1	22	84	4	58	76	0	2	21	0.89
17268615--17268729	9	12.0	9	68	17	54	33	0	4	62	1.15
17268597--17268731	49	2.8	49	82	8	168	35	0	3	60	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17269539--17269618	31	2.6	32	88	11	121	37	7	16	38	1.77
17272435--17272472	18	2.1	18	90	0	58	47	15	18	18	1.83
17276122--17276207	36	2.4	35	86	3	109	22	11	18	47	1.80
17276515--17276567	25	2.1	25	82	6	63	20	3	3	71	1.17
17290993--17291051	23	2.6	23	83	0	73	32	20	27	20	1.97
17298199--17298252	23	2.3	23	83	0	63	27	18	29	24	1.98
17304763--17304886	32	4.1	32	74	22	122	27	18	10	43	1.83
17304763--17304945	92	2.0	89	83	8	226	26	19	12	42	1.86
17305335--17305530	61	3.2	61	81	6	225	46	11	19	22	1.82
17305577--17305623	20	2.3	20	88	3	67	65	4	0	29	1.11
17305577--17305631	20	2.7	20	82	2	65	61	7	0	30	1.23
17305656--17305695	18	2.2	18	86	4	53	72	5	2	20	1.15
17308702--17308757	27	2.1	27	83	6	69	39	10	7	42	1.67
17310530--17310561	15	2.0	17	88	11	50	50	6	6	37	1.53
17317981--17318061	31	2.6	31	94	0	144	43	6	25	24	1.77
17346482--17346516	12	2.8	12	91	4	52	60	0	8	31	1.27
17357825--17357867	17	2.5	18	77	11	54	23	0	6	69	1.12
17358892--17358920	12	2.3	13	94	5	51	10	0	0	89	0.48
17358893--17358923	16	1.9	16	100	0	62	9	0	0	90	0.46
17360926--17361049	32	4.1	31	75	17	116	27	17	10	44	1.82
17360926--17361107	91	2.0	88	82	9	215	26	18	12	42	1.86
17361258--17361299	21	2.0	22	90	4	68	38	2	4	54	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17361493--17361689	62	3.2	62	80	6	211	46	11	19	22	1.82
17361737--17361782	19	2.3	20	88	3	67	63	4	0	32	1.14
17361737--17361789	20	2.7	19	82	5	61	60	7	0	32	1.25
17361805--17361851	8	5.8	8	80	12	51	72	4	0	23	1.02
17361805--17361853	17	3.1	16	78	18	57	71	4	0	24	1.03
17366646--17366677	15	2.0	17	88	11	50	50	6	6	37	1.53
17373747--17373827	31	2.6	31	94	0	144	43	6	25	24	1.77
17378394--17378439	20	2.4	19	82	7	56	39	4	6	50	1.48
17385058--17385113	30	1.9	30	89	7	89	35	8	3	51	1.51
17392715--17392774	27	2.3	25	77	13	68	41	0	1	56	1.09
17392737--17392789	7	7.3	7	83	10	63	43	0	1	54	1.11
17392738--17392789	20	2.4	22	84	12	63	44	0	1	53	1.11
17393203--17393255	25	2.1	26	85	3	72	30	7	16	45	1.75
17400330--17400445	61	2.0	60	84	8	157	50	7	4	37	1.51
17407679--17407740	30	2.1	30	96	0	115	58	14	3	24	1.51
17407770--17407812	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
17413005--17413094	43	2.1	43	87	0	126	26	14	16	42	1.87
17413159--17413192	14	2.4	14	100	0	68	55	23	8	11	1.63
17413409--17413466	21	2.8	21	89	0	80	3	48	18	29	1.65
17413413--17413479	21	3.2	21	79	8	73	2	46	19	31	1.65
17416078--17416158	25	3.2	25	74	22	87	37	1	18	43	1.58
17416089--17416483	9	45.4	9	67	23	181	33	0	21	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17416078--17416222	25	6.3	24	69	21	82	36	0	19	43	1.56
17416207--17416419	25	8.3	25	90	4	327	33	0	19	46	1.50
17416207--17416419	51	4.1	50	93	3	327	33	0	19	46	1.50
17416748--17416802	27	2.0	27	86	6	76	32	10	1	54	1.46
17418932--17419098	83	2.0	83	92	0	280	29	18	12	39	1.88
17419480--17419568	39	2.3	40	80	3	110	38	38	2	21	1.66
17420478--17420509	15	2.1	16	94	5	57	50	3	0	46	1.17
17420596--17420637	7	5.6	8	83	11	54	38	47	0	14	1.44
17420899--17421342	228	2.0	224	83	8	569	28	25	21	23	1.99
17420897--17421328	114	3.8	109	77	14	385	28	25	21	24	1.99
17426326--17426408	42	2.0	42	87	0	121	42	12	32	13	1.81
17428169--17428208	17	2.4	17	91	0	62	27	5	10	57	1.52
17428181--17428293	23	4.8	23	82	2	127	31	6	4	57	1.43
17428782--17428808	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
17434585--17434646	18	3.4	18	68	18	56	59	4	24	11	1.51
17434591--17434654	20	3.3	20	69	20	55	57	6	25	10	1.56
17436743--17436790	16	3.0	16	84	0	60	39	6	31	22	1.79
17436746--17436798	16	3.3	15	79	10	52	39	5	30	24	1.78
17437004--17437242	120	2.0	118	95	1	433	51	5	0	42	1.29
17436996--17437178	59	3.0	60	71	11	194	53	3	0	42	1.23
17438627--17438730	49	2.1	49	90	0	163	50	9	8	31	1.66
17440976--17441013	16	2.4	16	100	0	76	71	0	0	28	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17442002--17442031	12	2.5	12	94	0	51	43	20	3	33	1.68
17447755--17447845	30	3.0	31	85	3	130	42	7	20	28	1.80
17451428--17451475	24	2.0	25	83	4	62	33	2	20	43	1.64
17451734--17451778	19	2.4	20	82	14	60	37	0	4	57	1.19
17451738--17451777	18	2.2	18	86	8	55	37	0	2	60	1.11
17455477--17455501	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
17457859--17457905	11	4.2	11	76	15	51	65	21	2	10	1.33
17465146--17465193	25	2.0	24	88	8	71	16	6	33	43	1.73
17470076--17470104	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
17490315--17490399	41	2.1	41	100	0	170	38	30	9	21	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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