genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11479869--11479905	18	2.1	18	94	0	65	45	13	10	29	1.77
11481391--11481447	2	29.5	2	78	7	55	49	5	0	45	1.24
11481374--11481447	36	2.1	36	100	0	148	47	5	0	47	1.25
11482905--11482998	43	2.2	44	88	5	147	28	22	20	28	1.98
11486866--11486899	16	2.1	16	94	0	59	41	2	5	50	1.42
11486970--11487017	25	1.9	25	95	0	87	45	8	4	41	1.53
11487083--11487107	8	3.1	8	100	0	50	24	12	0	64	1.27
11488028--11488077	22	2.3	22	86	6	66	20	10	46	24	1.81
11493968--11493993	13	2.0	13	100	0	52	23	0	23	53	1.46
11501443--11501537	27	3.6	26	84	4	118	43	20	20	16	1.88
11501876--11501965	28	3.2	28	85	0	126	24	27	18	28	1.98
11503952--11503995	20	2.2	20	100	0	88	31	13	29	25	1.94
11505647--11505690	17	2.6	18	79	13	58	43	6	2	47	1.42
11506053--11506107	26	2.1	26	100	0	110	32	18	10	38	1.85
11506748--11506803	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
11506779--11506818	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
11506891--11506934	9	5.1	9	81	10	56	36	0	11	52	1.38
11506921--11507066	68	2.1	69	94	2	267	36	6	9	47	1.61
11507045--11507076	14	2.3	14	100	0	64	25	0	0	75	0.81
11507271--11507420	65	2.6	54	71	22	151	57	5	10	26	1.54
11514716--11514786	28	2.5	30	79	9	76	46	1	2	49	1.25
11520376--11520550	41	4.3	41	81	2	172	24	20	24	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11520376--11520550	82	2.1	82	82	0	206	24	20	24	30	1.99
11520724--11520769	7	6.4	7	82	2	56	19	0	36	43	1.51
11520787--11520816	15	2.0	15	93	0	51	20	0	36	43	1.52
11520833--11520913	15	5.6	14	71	16	67	22	0	30	46	1.52
11521116--11521158	15	3.1	14	83	6	52	23	0	30	46	1.52
11521137--11521206	21	3.3	21	82	4	79	24	0	40	35	1.56
11521158--11521188	7	4.4	7	91	0	53	19	0	48	32	1.49
11522037--11522071	6	5.8	6	100	0	70	0	68	0	31	0.90
11525607--11526019	120	3.4	120	96	1	740	41	3	5	49	1.40
11525732--11525773	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
11525852--11525893	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
11525981--11526022	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
11525972--11526013	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
11525956--11526272	157	2.0	157	93	1	546	47	5	3	43	1.43
11526324--11526414	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
11526395--11526463	16	4.2	16	96	3	129	37	36	0	26	1.57
11526395--11526463	33	2.1	32	97	2	129	37	36	0	26	1.57
11537610--11537662	21	2.5	21	93	0	88	30	39	9	20	1.84
11543449--11543633	41	4.5	42	84	4	191	28	23	19	28	1.98
11547558--11547653	43	2.3	43	85	1	131	23	16	27	32	1.96
11550108--11550176	29	2.3	30	80	5	86	43	1	1	53	1.18
11550115--11550171	29	2.0	29	89	0	87	47	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11554429--11554486	28	2.1	28	100	0	116	39	15	13	31	1.86
11554630--11554698	31	2.2	31	82	7	77	37	11	8	42	1.72
11556561--11556619	31	1.9	30	86	3	82	28	13	6	50	1.67
11556905--11556932	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
11575031--11575104	38	1.9	38	100	0	148	36	13	12	37	1.82
11576885--11576926	21	2.0	22	85	4	59	33	9	23	33	1.87
11577305--11577344	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
11579903--11579945	20	2.1	21	86	4	61	62	4	4	27	1.35
11579903--11579959	22	2.8	20	86	5	69	59	3	3	33	1.31
11580384--11580424	20	2.0	20	85	0	55	56	2	9	31	1.45
11580389--11580456	30	2.3	30	94	0	118	60	5	8	25	1.49
11580412--11580454	20	2.2	20	82	0	50	65	4	6	23	1.37
11587320--11587385	32	2.1	32	100	0	132	33	9	21	36	1.85
11603144--11603168	11	2.3	11	100	0	50	16	16	16	52	1.76
11615218--11615254	13	2.6	14	91	8	58	24	0	0	75	0.80
11615218--11615255	14	2.7	14	84	12	51	23	0	0	76	0.79
11616366--11616415	23	2.2	23	85	0	64	54	6	4	36	1.44
11623898--11623952	21	2.6	21	75	11	58	29	34	9	27	1.87
11625035--11625067	3	11.0	3	100	0	66	0	33	66	0	0.92
11625840--11625864	13	1.9	13	100	0	50	64	4	24	8	1.38
11632602--11632630	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
11633166--11633216	25	2.0	25	96	0	93	19	11	21	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11635560--11635584	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11635693--11635731	21	2.0	18	85	14	51	71	17	0	10	1.12
11637019--11637052	16	2.1	16	88	0	50	29	0	0	70	0.87
11636997--11637365	26	14.6	26	71	10	194	27	5	4	62	1.34
11637073--11637322	50	4.8	52	73	8	179	27	6	4	61	1.40
11637099--11637322	101	2.2	104	80	7	253	27	5	4	62	1.36
11637299--11637362	21	2.9	21	86	6	83	26	1	1	70	1.05
11639638--11639688	23	2.4	21	81	12	59	58	3	9	27	1.47
11640079--11640114	16	2.2	16	90	0	54	30	19	2	47	1.64
11642345--11642396	21	2.6	19	82	11	77	36	15	9	38	1.80
11646543--11646638	44	2.2	45	86	3	133	34	9	20	35	1.85
11649587--11649616	15	2.0	15	93	0	51	40	6	10	43	1.64
11655279--11656302	511	2.0	511	97	0	1913	29	20	17	33	1.95
11676273--11676314	6	7.0	6	81	10	50	61	0	0	38	0.96
11687115--11687181	35	1.9	35	100	0	134	64	7	11	16	1.48
11691075--11691099	6	4.2	6	100	0	50	16	20	32	32	1.94
11691527--11691581	23	2.4	23	96	0	101	23	23	12	40	1.89
11703005--11703051	21	2.3	21	82	10	53	31	17	4	46	1.67
11716859--11716888	13	2.3	13	94	0	51	66	6	3	23	1.30
11717277--11717315	12	3.0	13	85	7	53	51	0	0	48	1.00
11719400--11719436	17	2.1	18	90	5	58	32	0	0	67	0.91
11719418--11719468	21	2.5	22	81	12	72	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11723074--11723118	3	15.0	3	90	0	72	64	2	0	33	1.06
11727982--11728021	17	2.3	17	86	4	53	57	7	0	35	1.27
11729171--11729201	6	5.3	6	96	3	55	48	0	0	51	1.00
11732925--11732988	27	2.4	27	84	5	85	21	28	32	17	1.96
11733051--11733156	20	5.2	20	75	10	90	66	0	31	1	1.02
11733053--11733134	15	5.7	15	72	22	52	64	0	32	2	1.07
11733089--11733161	3	24.0	3	72	18	53	68	0	31	0	0.90
11733074--11733153	34	2.4	33	82	14	92	68	0	30	1	0.97
11733083--11733189	40	2.7	40	79	16	125	66	0	32	0	0.98
11733519--11734614	320	3.4	320	95	0	1901	49	8	11	29	1.69
11737282--11737331	3	16.7	3	91	0	82	64	4	0	32	1.12
11737566--11737656	27	3.4	27	87	3	130	21	32	24	20	1.98
11737910--11737947	15	2.4	17	91	8	62	13	15	2	68	1.32
11748070--11748133	30	2.3	27	89	8	92	40	4	0	54	1.21
11748279--11748403	4	31.0	4	74	20	77	68	0	30	0	0.95
11748268--11748403	35	4.0	33	76	20	129	66	0	33	0	0.97
11748318--11748407	10	8.5	10	72	18	58	71	1	27	0	0.94
11748278--11748374	22	4.6	22	79	13	89	68	0	31	0	0.90
11748280--11748486	78	2.7	75	79	14	208	68	0	30	0	0.97
11749202--11749257	27	2.1	27	93	0	94	48	14	28	8	1.74
11754185--11754229	18	2.5	18	88	0	72	15	48	6	28	1.70
11755005--11755043	19	2.2	18	90	9	62	48	17	0	33	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11755051--11755099	3	16.3	3	100	0	98	65	0	0	34	0.93
11756023--11756048	11	2.4	11	100	0	52	53	0	7	38	1.30
11756151--11756198	24	2.0	24	84	8	62	58	0	6	35	1.23
11756212--11756295	39	2.1	40	82	2	98	51	0	10	38	1.37
11756372--11756428	25	2.4	22	78	21	62	52	0	7	40	1.28
11757075--11757101	6	4.5	6	100	0	54	85	0	0	14	0.61
11757700--11757724	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
11757962--11758027	27	2.4	27	89	0	105	15	25	28	30	1.96
11757977--11758035	27	2.2	27	81	0	64	15	27	27	30	1.96
11758091--11758163	30	2.6	28	83	10	103	46	0	8	45	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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