genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  36  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9545898--9546460	9	63.0	9	77	7	551	47	17	2	31	1.62
9545881--9546446	155	3.7	151	81	6	467	48	17	2	31	1.61
9551814--9551949	66	2.1	66	90	0	209	41	17	26	14	1.88
9552297--9552472	43	4.1	43	92	0	289	26	18	28	27	1.98
9552626--9552785	41	3.9	41	88	3	225	33	22	21	22	1.98
9552626--9552785	81	2.0	82	87	3	234	33	22	21	22	1.98
9556606--9556640	15	2.4	14	90	9	52	42	0	11	45	1.40
9562469--9562784	125	2.5	125	85	4	431	27	16	24	31	1.96
9565972--9566053	15	5.6	15	67	11	62	20	1	30	47	1.58
9565968--9566031	29	2.2	29	86	2	85	21	1	34	42	1.63
9566021--9566205	22	8.5	22	81	3	212	18	0	29	51	1.50
9566035--9566248	22	9.9	21	75	14	143	19	1	28	50	1.58
9566035--9566248	43	5.0	43	81	8	229	19	1	28	50	1.58
9566035--9566248	21	9.9	21	76	11	173	19	1	28	50	1.58
9566530--9566573	21	2.1	21	83	8	54	6	22	38	31	1.81
9568770--9568824	11	4.8	12	88	6	80	45	0	30	23	1.53
9569861--9569896	15	2.4	15	90	0	54	5	36	5	52	1.48
9574410--9574450	17	2.6	16	82	17	50	60	4	0	34	1.18
9574410--9574452	14	3.0	14	86	3	59	62	4	0	32	1.15
9574872--9574935	32	2.0	32	96	0	119	45	9	17	28	1.79
9576645--9576781	43	3.2	42	64	13	98	24	22	24	28	1.99
9576574--9577187	87	7.1	87	87	1	903	25	25	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9576574--9577187	173	3.5	173	90	0	944	25	25	21	27	1.99
9576576--9577187	260	2.4	259	88	1	904	25	25	21	27	1.99
9578837--9578958	24	4.8	25	84	8	86	13	6	13	66	1.43
9578898--9578966	6	11.5	6	100	0	138	15	0	15	68	1.22
9587843--9587889	13	3.5	13	83	11	58	25	40	23	10	1.87
9587958--9588008	20	2.5	21	90	3	77	25	31	31	11	1.92
9591554--9591613	5	11.2	5	77	13	57	31	21	3	43	1.69
9591542--9591598	17	3.4	17	85	0	69	35	21	1	42	1.63
9591542--9591612	22	3.5	21	72	18	69	33	19	2	43	1.66
9591554--9591603	17	2.9	17	87	0	73	32	22	4	42	1.72
9594126--9594395	137	2.0	137	91	1	434	25	14	13	46	1.81
9594496--9594547	25	2.1	25	100	0	104	15	26	15	42	1.87
9596089--9596276	61	3.1	61	65	17	156	42	2	6	48	1.41
9596137--9596171	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9596090--9596273	64	3.1	58	66	22	146	41	2	7	48	1.42
9596069--9596313	120	2.0	121	94	0	429	42	2	6	49	1.39
9596270--9596311	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
9596261--9596302	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
9596245--9596561	157	2.0	157	96	0	589	47	5	3	44	1.42
9596414--9596448	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9596246--9596484	75	3.1	75	63	18	182	46	3	3	46	1.37
9596596--9596700	44	2.5	40	76	15	113	31	29	4	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9596594--9596703	45	2.6	44	81	8	131	31	29	5	33	1.80
9596682--9596719	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
9599845--9599897	22	2.4	22	84	6	72	33	32	0	33	1.58
9599931--9599984	27	2.0	27	89	7	83	42	0	1	55	1.10
9600076--9600109	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
9601069--9601098	7	4.3	7	100	0	60	26	0	13	60	1.34
9601750--9601784	18	1.9	18	88	0	52	28	34	8	28	1.87
9601950--9602006	24	2.4	24	93	0	96	26	35	15	22	1.94
9602379--9603667	28	45.1	29	78	10	1098	43	23	0	32	1.60
9602727--9602778	7	7.1	7	79	16	61	40	38	0	21	1.53
9602696--9602793	37	2.7	36	81	9	119	41	28	1	28	1.63
9603018--9603061	23	2.0	23	95	4	81	31	38	2	27	1.69
9603490--9603536	23	2.3	19	82	17	51	46	21	0	31	1.51
9603522--9603645	29	4.2	33	72	23	114	42	26	0	30	1.56
9602379--9603667	57	22.6	56	78	11	941	43	23	0	32	1.60
9606861--9607141	124	2.3	124	89	4	424	32	21	16	29	1.95
9607980--9608294	123	2.5	124	93	0	533	30	15	20	33	1.94
9611597--9612238	44	14.4	43	79	13	210	26	0	27	45	1.55
9611565--9613383	90	20.3	90	82	9	1738	27	0	25	47	1.55
9611683--9613383	113	15.0	113	80	10	1740	27	0	25	47	1.54
9612491--9612519	13	2.2	13	100	0	58	17	0	34	48	1.47
9612468--9612539	34	2.1	36	94	5	130	23	0	27	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9612376--9613387	67	15.2	59	72	18	359	27	0	24	47	1.54
9611704--9613383	23	73.8	23	77	13	1220	27	0	25	47	1.54
9613414--9613450	9	4.2	9	93	3	58	59	8	0	32	1.27
9613453--9613569	25	4.9	25	73	16	122	45	12	0	41	1.42
9613431--9613580	69	2.2	70	90	4	243	48	11	0	40	1.39
9613992--9614028	17	2.1	18	95	5	67	40	10	27	21	1.86
9614679--9614703	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
9615842--9615967	51	2.4	51	84	2	162	43	1	26	28	1.64
9615948--9615982	11	3.1	11	87	4	52	42	0	37	20	1.52
9616412--9616449	16	2.2	18	90	9	62	42	0	13	44	1.43
9616425--9616458	16	2.1	16	88	0	50	50	2	8	38	1.49
9623798--9623858	27	2.3	27	100	0	122	40	3	13	42	1.60
9629738--9629791	20	2.8	19	81	10	65	55	0	1	42	1.10
9629749--9629800	21	2.5	20	84	15	70	53	0	1	44	1.11
9629821--9629856	18	2.1	18	89	5	56	25	0	0	75	0.81
9631132--9631200	31	2.2	33	84	5	88	43	14	14	27	1.84
9637325--9637367	22	2.0	22	90	0	68	48	2	0	48	1.14
9638648--9638722	10	7.7	9	77	21	64	42	6	2	48	1.43
9659789--9659828	21	1.9	21	84	0	53	57	5	2	35	1.34
9661086--9661135	24	2.1	23	82	10	57	36	2	4	58	1.29
9661093--9661176	40	2.1	39	80	12	91	40	2	3	53	1.31
9662551--9662705	73	2.1	73	100	0	310	16	9	22	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9671611--9671652	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
9675449--9675576	43	3.0	42	78	15	145	22	18	28	29	1.98
9676491--9676610	23	5.1	23	75	4	123	24	18	17	40	1.91
9676477--9676598	24	5.2	24	76	4	140	24	18	16	40	1.91
9676477--9676616	47	3.0	47	94	0	244	23	17	17	41	1.90
9676477--9676658	94	1.9	94	84	2	240	24	16	18	40	1.90
9679933--9680054	42	2.9	43	81	13	146	18	21	30	29	1.97
9685868--9685931	30	2.2	30	97	2	121	26	3	12	57	1.50
9699823--9700049	116	2.0	116	91	1	366	35	22	14	28	1.92
9704973--9705019	19	2.5	20	80	19	57	61	0	0	38	0.96
9705807--9705852	18	2.6	18	77	19	51	41	6	0	52	1.27
9708239--9708271	9	3.6	9	95	4	57	66	0	0	33	0.92
9708364--9708389	12	2.2	12	100	0	52	76	0	0	23	0.78
9709257--9709467	92	2.3	90	82	6	250	32	16	22	27	1.96
9711721--9711772	25	2.2	23	86	6	68	36	0	0	63	0.95
9713496--9713542	26	1.9	23	87	12	67	34	0	2	63	1.06
9713501--9713554	18	3.1	17	76	17	58	33	0	1	64	1.04
9714053--9714080	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
9721624--9721667	6	7.3	6	100	0	88	34	15	0	50	1.45
9727116--9727208	43	2.1	43	88	2	132	45	22	9	22	1.81
9731084--9731115	10	3.4	10	83	16	50	34	25	6	34	1.81
9736544--9736579	9	4.0	9	88	0	54	41	0	33	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9737687--9737881	82	2.4	84	91	3	308	17	21	20	40	1.92
9737677--9737885	41	5.1	41	73	8	167	17	21	20	40	1.92
9739006--9739038	10	3.3	10	91	0	57	42	0	15	42	1.46
9739112--9739163	27	1.9	27	88	0	77	40	0	9	50	1.35
9741693--9741763	29	2.4	29	95	0	133	42	12	7	38	1.70
9742011--9742794	9	92.1	9	67	22	106	46	13	2	37	1.58
9742041--9742095	25	2.2	25	86	0	74	47	20	1	30	1.60
9742158--9742487	31	11.4	31	82	12	375	47	10	3	38	1.54
9742102--9742450	142	2.5	142	88	6	443	48	11	3	37	1.55
9742251--9742405	22	7.0	23	69	25	86	47	9	3	38	1.55

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