genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  66  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17864653--17864690	7	5.6	7	82	17	53	28	0	13	57	1.36
17864638--17864710	27	2.7	26	70	6	74	36	1	13	47	1.52
17864638--17864808	53	3.4	52	73	20	175	35	2	12	49	1.54
17864702--17864787	21	4.0	22	72	19	67	34	2	13	48	1.56
17864748--17864793	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
17864748--17864793	15	3.3	15	79	17	62	28	0	10	60	1.30
17864606--17864805	95	2.1	96	90	0	312	35	3	14	47	1.60
17864899--17864940	19	2.2	20	83	12	52	57	2	0	40	1.12
17864927--17865074	61	2.4	61	81	8	176	47	8	4	40	1.52
17865005--17865044	16	2.6	15	76	7	53	47	7	0	45	1.31
17865053--17865085	17	1.9	17	93	0	57	51	9	3	36	1.49
17866731--17866770	20	2.0	20	100	0	80	40	5	45	10	1.60
17866731--17866809	20	4.0	19	72	16	63	39	5	41	13	1.67
17866753--17866830	39	2.0	39	94	0	138	35	6	39	17	1.76
17869932--17870140	115	1.8	113	81	6	260	25	22	18	33	1.96
17872844--17872894	27	2.0	26	92	7	86	43	9	0	47	1.36
17873240--17873286	3	15.7	3	100	0	94	0	0	31	68	0.90
17873437--17873513	36	2.2	35	81	11	95	35	0	10	54	1.35
17874240--17875580	670	2.0	670	96	0	2448	29	17	25	27	1.97
17879018--17879327	152	2.0	152	96	0	566	32	21	16	28	1.95
17879474--17879505	15	2.1	15	100	0	64	40	6	0	53	1.26
17879793--17879839	23	2.0	23	95	0	85	55	0	8	36	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17880569--17880745	22	8.1	22	71	17	95	0	32	0	67	0.91
17880602--17880736	4	33.0	4	73	19	84	0	31	0	68	0.90
17880561--17880710	45	3.4	45	84	5	182	0	29	0	70	0.87
17880587--17880732	44	3.4	44	77	17	121	0	33	0	66	0.92
17880575--17880736	84	2.0	84	84	9	221	0	32	0	67	0.91
17880778--17880847	27	2.6	27	93	4	115	15	28	28	27	1.96
17880778--17880856	27	2.9	27	88	0	113	15	30	27	26	1.96
17880913--17880971	28	2.2	27	91	8	102	50	0	10	38	1.36
17880914--17880979	28	2.4	28	90	7	91	48	1	10	39	1.47
17884601--17885142	273	2.0	274	92	3	917	31	11	19	37	1.87
17888238--17888294	3	19.0	3	85	7	80	33	3	0	63	1.12
17911811--17911839	13	2.2	13	100	0	58	58	6	6	27	1.50
17916667--17916692	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
17917065--17917150	44	1.9	45	83	2	111	25	27	17	29	1.97
17917274--17917686	129	3.2	129	88	3	537	24	25	21	28	1.99
17917342--17917745	130	3.1	130	88	3	557	25	26	20	28	1.99
17917679--17918335	87	7.5	87	89	2	906	22	25	24	28	2.00
17918142--17918281	44	3.2	44	64	17	119	25	26	22	25	2.00
17922157--17922185	13	2.2	13	100	0	58	58	6	6	27	1.50
17926816--17926841	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
17927213--17927298	44	1.9	45	83	2	111	25	27	17	29	1.97
17927421--17927831	127	3.2	128	87	4	517	24	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17927489--17927890	130	3.1	130	88	3	548	25	26	20	28	1.99
17927824--17928475	87	7.5	86	87	3	846	22	25	24	27	2.00
17927824--17928475	173	3.8	174	89	2	897	22	25	24	27	2.00
17927824--17928475	257	2.5	261	88	2	929	22	25	24	27	2.00
17932303--17932331	13	2.2	13	100	0	58	58	6	6	27	1.50
17937112--17937137	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
17937510--17937595	44	1.9	45	83	2	111	25	27	17	29	1.97
17937718--17938130	129	3.2	129	88	3	537	24	25	21	28	1.99
17937786--17938189	130	3.1	130	88	3	557	25	26	20	28	1.99
17938123--17938779	87	7.5	87	89	1	879	22	25	24	28	2.00
17938585--17938724	44	3.2	44	64	17	119	25	26	22	25	2.00
17942608--17942636	13	2.2	13	100	0	58	58	6	6	27	1.50
17947140--17947165	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
17947538--17947623	44	1.9	45	83	2	111	25	27	17	29	1.97
17947747--17948158	128	3.2	128	88	3	526	24	25	20	28	1.99
17947815--17948217	130	3.1	130	88	3	557	25	26	19	28	1.99
17948151--17948806	87	7.5	86	88	2	859	22	25	24	28	2.00
17948151--17948806	260	2.5	261	88	2	951	22	25	24	28	2.00
17948612--17948751	44	3.2	44	64	17	119	25	26	22	25	2.00
17957144--17957169	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
17957540--17957624	43	1.9	45	83	4	111	25	28	16	29	1.97
17957748--17958158	128	3.2	128	88	3	533	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17957815--17958217	130	3.1	130	88	3	557	25	26	19	28	1.99
17958174--17958431	87	3.0	87	85	6	360	22	25	25	26	2.00
17971742--17971965	40	5.6	40	91	1	317	26	27	20	25	1.99
17971745--17972003	80	3.3	80	86	3	274	26	28	20	24	1.99
17971740--17972003	120	2.2	118	81	5	316	27	28	20	24	1.99
17971936--17972012	40	1.9	41	81	7	95	28	28	19	23	1.98
17973539--17973656	44	2.7	42	76	17	125	21	20	29	28	1.98
17981092--17981205	43	2.7	43	76	14	119	21	19	29	28	1.98
17986513--17986545	16	2.1	16	100	0	66	12	27	18	42	1.85
17987830--17987891	31	2.0	32	93	3	108	24	12	8	54	1.64
17987831--17987901	32	2.2	32	87	5	99	22	12	11	53	1.70
17988252--17988296	21	2.2	21	84	4	56	46	8	4	40	1.55
17989866--17989920	25	2.3	23	76	14	58	14	0	12	72	1.12
17991040--17991074	14	2.5	14	95	0	61	34	14	5	45	1.68
17991725--17991760	12	3.0	12	83	0	54	41	33	25	0	1.55
17992175--17992430	48	5.3	48	88	2	291	47	10	11	30	1.73
17996252--17996297	4	11.2	4	86	13	67	0	23	0	76	0.79
17996256--17996293	18	2.2	18	95	4	69	0	23	0	76	0.79
17996252--17996306	26	2.1	26	86	3	74	0	29	0	70	0.87
17996252--17996318	30	2.2	30	84	7	82	1	29	0	68	0.98
17998236--17998287	11	3.5	16	73	26	60	28	25	5	40	1.78
18009331--18009368	16	2.3	17	90	4	60	18	0	7	73	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18011306--18011355	3	17.3	3	75	8	50	64	4	2	30	1.23
18012530--18012604	34	2.2	34	83	4	89	54	2	6	36	1.41
18012660--18012719	20	3.0	19	85	7	66	63	3	1	31	1.20
18012661--18012719	3	20.3	3	73	13	52	64	3	1	30	1.20
18012667--18012720	29	2.0	25	86	13	72	66	3	0	29	1.09
18014356--18014547	100	1.9	100	89	0	294	23	23	22	30	1.99
18014370--18014552	50	3.7	50	71	2	134	22	25	20	31	1.98
18014411--18014561	50	3.0	49	74	5	142	23	22	23	31	1.99
18026997--18027053	3	19.3	3	78	10	64	63	1	1	33	1.15
18026996--18027053	17	3.5	17	88	2	73	62	1	1	34	1.16
18027016--18027053	14	2.9	14	85	14	55	65	0	0	34	0.93
18028426--18028467	22	1.9	22	90	0	66	59	7	0	33	1.25
18028405--18028637	19	11.7	19	65	16	98	57	3	2	36	1.29
18028405--18028585	10	18.6	9	65	20	62	58	4	1	35	1.28
18028577--18028666	30	3.3	30	64	23	88	56	2	4	36	1.32
18028572--18028688	52	2.2	52	100	0	234	58	1	3	36	1.25
18032391--18032548	84	1.9	84	87	0	235	44	12	12	31	1.78
18032603--18032801	85	2.3	84	78	10	206	41	11	13	33	1.81
18035579--18035719	33	4.2	33	66	7	86	31	13	24	31	1.93
18035492--18035722	101	2.3	101	91	1	365	31	13	24	29	1.94
18041663--18041701	19	2.0	20	85	5	53	12	5	7	74	1.20
18044446--18044695	41	6.2	41	76	5	197	22	17	29	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18044450--18044665	82	2.7	82	76	11	223	20	17	30	31	1.95
18044461--18044682	119	1.9	119	80	5	261	22	18	28	30	1.97
18044870--18044918	14	3.5	14	82	0	62	18	0	34	46	1.49
18045335--18045383	14	3.4	14	86	5	71	22	0	32	44	1.53
18045401--18045442	22	1.9	22	90	0	66	21	0	38	40	1.53
18049557--18049800	43	5.7	43	79	9	232	25	15	27	32	1.95
18049557--18049819	129	2.0	129	82	4	316	26	15	26	31	1.95
18051354--18051465	33	3.5	33	77	4	111	16	42	12	28	1.84
18051764--18052086	48	6.7	48	90	3	472	50	9	8	31	1.65
18056004--18056072	27	2.6	27	80	0	84	23	30	26	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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