genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  92  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25451393--25451493	47	2.1	47	92	0	166	45	22	11	19	1.83
25461140--25461287	29	5.2	28	71	8	86	29	25	14	30	1.95
25461097--25461299	28	7.1	28	73	9	160	28	24	15	31	1.96
25461074--25461299	114	2.0	114	85	5	305	29	22	15	32	1.95
25460997--25461322	57	5.7	57	77	11	267	28	22	15	32	1.95
25461459--25461538	38	2.1	39	92	2	135	38	25	8	27	1.85
25466811--25466848	18	2.1	18	85	9	51	34	10	5	50	1.59
25480886--25480933	24	2.0	24	84	8	62	29	20	20	29	1.98
25484846--25484938	25	3.7	25	81	9	100	33	21	25	19	1.97
25484923--25484986	23	2.7	23	73	7	58	35	21	28	14	1.92
25502036--25502080	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
25507871--25507914	12	3.6	12	77	17	54	81	6	11	0	0.86
25507872--25507916	18	2.5	17	83	16	56	80	6	13	0	0.91
25512166--25512380	50	4.3	49	84	4	202	21	28	20	28	1.98
25512153--25512439	49	5.7	50	81	5	276	22	27	20	29	1.98
25522339--25522805	27	17.3	27	80	3	431	44	17	18	19	1.87
25522967--25523052	26	3.3	26	83	4	93	22	26	17	33	1.96
25522985--25523055	26	2.7	26	86	0	97	21	26	18	33	1.96
25530151--25530563	54	7.6	54	82	4	442	44	17	19	17	1.87
25530151--25530562	81	5.1	80	80	6	438	44	17	19	17	1.86
25530198--25530563	27	13.6	27	82	9	363	43	16	20	18	1.87
25530151--25530563	27	15.3	27	80	9	362	44	17	19	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25538749--25538817	27	2.6	27	81	4	86	34	17	28	18	1.94
25550134--25550318	79	2.3	81	83	9	229	25	27	21	24	1.99
25550134--25550318	40	4.6	41	82	9	231	25	27	21	24	1.99
25558027--25558211	79	2.3	81	83	9	229	25	27	21	24	1.99
25558027--25558211	40	4.6	41	82	9	231	25	27	21	24	1.99
25561492--25561523	16	2.0	16	93	0	55	43	9	6	40	1.62
25565049--25565322	42	6.5	42	79	7	270	36	26	16	20	1.94
25565090--25565327	84	2.8	84	94	0	413	36	26	16	21	1.94
25565098--25565364	41	6.4	40	78	9	241	36	26	15	22	1.93
25582567--25582690	66	1.9	66	84	3	169	25	21	22	29	1.99
25588375--25588457	40	2.1	40	95	0	148	32	16	15	34	1.91
25609296--25609742	228	2.0	226	93	2	763	35	16	20	27	1.94
25626817--25627039	39	5.7	40	85	8	266	25	22	27	24	2.00
25626817--25627039	79	2.8	81	84	9	282	25	22	27	24	2.00
25626817--25627072	79	3.3	79	81	10	217	26	21	27	24	1.99
25634695--25634956	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
25638078--25638112	15	2.3	15	90	9	54	37	11	14	37	1.82
25644103--25644204	42	2.4	42	81	0	132	22	36	21	19	1.95
25654222--25654524	41	7.4	41	81	2	340	22	20	23	33	1.97
25654222--25654518	123	2.4	122	85	4	375	22	20	23	32	1.98
25657411--25658137	137	5.3	137	92	0	1152	30	5	22	40	1.77
25657845--25658131	114	2.5	115	80	7	300	31	5	22	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25657411--25658137	23	31.8	23	73	12	417	30	5	22	40	1.77
25659065--25659352	43	6.7	43	87	4	384	21	18	30	29	1.97
25659064--25659352	129	2.2	129	88	1	436	21	18	30	29	1.97
25662686--25662715	15	2.0	15	100	0	60	20	6	33	40	1.78
25663029--25663085	27	2.1	28	87	9	82	56	12	12	19	1.67
25670400--25670444	24	1.9	24	90	4	74	8	44	6	40	1.62
25678155--25678188	16	2.1	17	94	5	61	67	5	2	23	1.26
25678181--25678261	30	2.7	30	86	3	101	33	23	4	38	1.76
25678211--25678278	30	2.3	29	82	9	84	33	20	4	41	1.72
25678950--25678988	19	2.1	19	100	0	78	25	15	25	33	1.95
25683949--25683987	17	2.2	18	86	4	53	12	15	0	71	1.14
25684029--25684070	22	2.0	21	85	4	57	19	2	11	66	1.34
25685844--25685887	22	2.0	22	81	0	52	54	9	2	34	1.44
25686572--25686605	10	3.3	10	92	8	59	0	20	0	79	0.73
25686569--25686605	11	3.2	12	85	14	51	0	24	0	75	0.80
25686574--25686606	11	3.1	11	95	4	59	0	18	0	81	0.68
25689061--25689106	19	2.4	19	92	0	74	8	21	36	32	1.84
25689454--25689496	22	2.1	19	87	12	59	51	0	2	46	1.13
25689550--25689607	29	2.0	29	83	6	73	50	10	6	32	1.63
25716959--25716987	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
25733065--25733115	25	2.0	25	100	0	102	23	15	15	45	1.85
25735446--25735501	29	1.9	29	85	0	76	25	19	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25736885--25736969	33	2.8	29	77	12	89	49	11	4	34	1.60
25741751--25741776	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25742669--25742829	80	2.0	80	93	0	277	31	13	13	42	1.82
25747044--25747122	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
25747031--25747255	49	4.7	48	97	1	391	30	8	30	29	1.88
25747031--25747255	96	2.3	95	94	3	389	30	8	30	29	1.88
25747373--25747451	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25764946--25764970	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
25765948--25766188	114	2.1	112	91	3	383	40	2	14	41	1.61
25766656--25766759	41	2.5	41	90	0	154	28	19	27	24	1.98
25772619--25772822	41	5.0	41	87	3	295	32	18	29	19	1.95
25775264--25775442	45	4.0	45	89	4	265	35	26	16	21	1.95
25796089--25796149	20	3.1	20	81	9	72	42	1	6	49	1.38
25798066--25798121	29	1.9	29	82	7	69	23	30	28	17	1.97
25802485--25802521	11	3.5	11	78	14	51	51	2	0	45	1.15
25802487--25802569	17	4.6	17	69	25	55	51	4	2	40	1.36
25802489--25802585	20	4.8	20	67	20	67	51	4	2	42	1.32
25802874--25802912	20	2.0	20	84	0	51	17	15	17	48	1.81
25805348--25805532	101	1.8	102	90	3	302	23	17	28	30	1.97
25805344--25805530	51	3.7	51	82	4	227	24	17	28	30	1.97
25805541--25805628	44	2.0	45	90	2	142	23	18	25	32	1.97
25805673--25805716	23	1.9	22	82	17	54	38	0	25	36	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25813263--25813293	8	3.9	8	95	0	53	22	41	25	9	1.84
25825995--25826122	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
25825994--25826122	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
25831649--25831760	37	3.1	38	82	12	121	22	21	26	29	1.99
25832084--25832127	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
25840553--25840713	22	7.1	22	79	8	139	25	22	17	34	1.95
25840589--25840713	44	2.8	44	86	4	153	27	22	16	34	1.95
25840887--25840964	20	3.9	19	80	6	75	38	11	12	37	1.80
25840887--25840986	40	2.5	40	80	9	116	39	11	13	37	1.79
25845492--25845521	16	1.9	16	93	6	53	50	3	6	40	1.45
25847111--25847187	29	2.7	29	97	0	145	31	31	22	15	1.95
25849716--25850083	48	7.7	48	74	6	244	27	20	27	23	1.99
25849720--25850086	144	2.5	142	79	6	353	28	20	26	23	1.99
25852437--25852486	6	8.3	6	80	8	57	52	12	16	20	1.75
25852437--25852486	18	2.8	18	84	0	64	52	12	16	20	1.75
25852648--25852761	27	4.2	27	87	5	142	36	21	21	20	1.95
25852956--25853279	81	4.0	81	90	1	472	25	21	17	35	1.95
25852957--25853286	27	12.2	27	87	0	410	26	20	17	35	1.95
25854989--25855083	27	3.5	26	77	8	84	42	21	7	29	1.80
25855088--25855337	27	9.3	27	86	0	311	31	20	7	40	1.81
25855086--25855329	81	3.0	81	88	0	362	30	20	7	40	1.81
25855326--25855485	27	5.9	27	85	2	151	40	21	7	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25855086--25855366	81	3.5	81	82	2	305	32	20	7	39	1.80
25855331--25855485	81	1.9	81	84	5	206	41	21	7	29	1.81
25855468--25855745	27	10.3	27	84	0	369	32	19	22	25	1.97
25855410--25855745	54	6.2	54	82	3	347	33	19	20	26	1.96
25856171--25856238	25	2.7	25	82	8	93	19	16	14	50	1.79
25858231--25858325	27	3.5	26	77	8	84	41	21	8	29	1.82
25858328--25858552	27	8.3	27	89	0	351	30	21	7	40	1.81
25858328--25858579	54	4.7	54	89	0	351	30	20	7	41	1.80
25858340--25858582	27	9.0	27	88	0	180	29	20	7	42	1.80
25858583--25858728	27	5.4	27	82	5	125	41	22	6	29	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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