genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  74  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20094219--20094268	20	2.5	20	87	3	66	26	6	4	64	1.35
20094322--20094362	19	2.2	19	100	0	82	29	9	9	51	1.67
20094753--20094806	18	3.1	18	82	15	60	14	1	35	48	1.55
20102230--20102274	20	2.2	20	84	11	56	15	13	8	62	1.54
20102287--20102387	40	2.5	40	82	6	114	17	21	8	51	1.73
20102287--20102387	20	4.9	20	75	12	89	17	21	8	51	1.73
20102332--20102386	21	2.6	22	83	11	71	18	21	5	54	1.63
20102855--20102910	22	2.7	21	74	17	55	16	14	5	64	1.46
20102855--20102902	22	2.2	22	85	7	62	16	12	4	66	1.39
20102817--20103097	20	14.1	19	68	18	110	19	15	6	58	1.59
20102994--20103025	11	2.9	11	90	0	55	18	3	0	78	0.89
20102985--20103061	21	3.7	21	75	13	70	19	12	1	66	1.32
20103047--20103104	20	3.0	20	89	2	82	20	20	10	48	1.79
20103271--20103312	18	2.4	18	80	15	52	66	0	0	33	0.92
20103517--20103617	20	5.1	20	79	4	98	26	19	5	47	1.72
20103461--20103624	39	4.2	38	74	9	134	21	17	7	53	1.69
20103461--20103629	20	8.6	20	72	11	68	21	17	8	52	1.71
20103683--20103745	20	3.2	20	78	14	58	25	19	6	49	1.71
20103688--20103743	20	2.8	20	79	15	62	26	19	7	46	1.76
20103979--20104032	20	2.7	19	83	8	72	24	5	11	59	1.53
20104683--20104753	37	1.9	37	94	0	124	16	21	21	40	1.91
20111131--20111288	67	2.3	67	83	1	208	29	24	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20111495--20111635	73	1.9	73	85	2	194	33	23	16	26	1.96
20111497--20111668	73	2.4	73	82	2	193	32	24	16	26	1.96
20114370--20114423	28	1.9	28	81	7	65	38	12	12	35	1.82
20116058--20116105	15	3.0	15	75	24	53	72	0	27	0	0.84
20116998--20117106	41	2.8	40	80	5	116	28	15	20	35	1.93
20117027--20117104	41	1.9	41	91	0	129	26	14	19	39	1.89
20120160--20120224	9	6.8	9	75	10	58	70	15	12	1	1.23
20120170--20120224	10	5.8	10	74	18	55	70	16	12	0	1.16
20120160--20120224	29	2.2	30	94	2	114	70	15	12	1	1.23
20120160--20120213	20	2.7	19	80	5	63	72	14	11	1	1.21
20130436--20130479	5	8.6	5	80	5	52	15	4	2	77	1.04
20131462--20131507	18	2.5	20	76	20	55	36	4	0	58	1.18
20144006--20144109	44	2.4	44	86	3	138	26	22	24	26	2.00
20149297--20149539	96	2.5	96	93	0	405	35	32	18	12	1.89
20149460--20149617	78	2.0	78	93	0	271	34	32	20	12	1.90
20149661--20149707	24	2.0	24	100	0	94	21	59	4	14	1.52
20149660--20149731	24	3.0	24	85	0	72	25	55	2	16	1.55
20149727--20149770	21	2.1	21	82	0	52	15	52	9	22	1.71
20152054--20152094	20	2.0	21	86	13	59	63	0	9	26	1.25
20152108--20152154	22	2.1	22	84	7	60	76	4	0	19	0.95
20152062--20152239	13	13.3	13	67	26	56	66	2	4	26	1.25
20153268--20153308	21	1.9	22	90	5	66	7	14	36	41	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20153700--20154290	45	13.0	44	75	10	393	28	20	18	32	1.96
20153712--20154290	94	6.4	90	71	13	317	28	20	18	32	1.96
20153749--20154108	137	2.6	137	77	4	386	27	21	18	32	1.97
20153632--20154293	320	2.1	315	82	5	821	28	19	18	32	1.96
20155884--20155916	13	2.5	13	95	0	57	0	18	0	81	0.68
20155928--20155969	21	2.0	21	86	4	59	23	0	9	66	1.21
20155921--20155960	19	2.1	19	85	0	53	25	2	7	65	1.32
20161344--20161384	20	2.0	21	86	13	59	63	0	9	26	1.25
20161383--20161479	41	2.4	41	81	13	103	67	3	1	28	1.13
20161352--20161530	13	13.3	13	66	26	56	65	2	4	27	1.23
20164499--20164601	54	1.9	54	82	4	127	14	27	30	28	1.95
20173829--20173854	13	2.0	13	100	0	52	84	0	15	0	0.62
20174335--20174416	43	1.9	43	89	0	128	32	20	14	31	1.93
20176308--20176334	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
20181514--20181546	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
20194660--20194700	18	2.2	19	95	4	75	21	17	0	60	1.35
20195929--20195971	11	3.8	11	87	6	59	27	0	2	69	1.00
20201417--20201530	58	2.0	58	87	0	165	45	13	13	28	1.80
20216171--20216243	35	2.1	35	100	0	146	27	13	19	39	1.89
20222762--20222812	18	2.9	18	72	13	52	64	1	0	33	1.05
20222841--20222889	17	2.8	18	90	9	75	38	0	2	59	1.09
20223018--20223058	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20225354--20225447	23	4.1	23	85	0	125	22	26	4	46	1.70
20229860--20229953	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
20231308--20231354	10	4.6	10	79	12	51	25	0	2	72	0.96
20240826--20240879	26	2.1	25	83	13	65	33	5	0	61	1.19
20255835--20255866	9	3.8	9	88	12	50	46	9	0	43	1.35
20256015--20256105	44	2.1	44	89	0	137	29	12	10	47	1.75
20257961--20258051	44	2.1	44	95	0	164	27	9	14	48	1.75
20261094--20261393	78	3.9	79	84	5	335	29	13	12	44	1.81
20264215--20264424	98	2.1	98	94	0	366	20	32	27	20	1.97
20265436--20265547	39	2.9	39	90	0	161	36	28	16	18	1.92
20265517--20265576	29	2.1	29	87	0	84	35	28	16	20	1.94
20265478--20265615	68	2.0	68	88	2	206	34	28	18	18	1.94
20269583--20269800	113	1.9	113	86	1	312	29	24	18	27	1.98
20272271--20272315	18	2.4	20	78	17	60	37	4	6	51	1.49
20272723--20272784	27	2.3	27	91	0	97	20	32	30	16	1.95
20272841--20272964	3	42.3	3	70	18	59	70	0	29	0	0.93
20272839--20272962	10	12.3	10	70	25	77	70	0	29	0	0.93
20272842--20272959	24	5.5	20	73	19	87	70	0	28	0	0.93
20272842--20272957	44	2.6	44	91	5	182	69	0	29	0	0.94
20273255--20273288	15	2.3	15	89	0	50	76	8	11	2	1.12
20273376--20274330	287	3.3	287	93	1	1625	50	6	12	30	1.65
20278808--20278849	18	2.3	18	87	0	57	21	52	2	23	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20279780--20279816	10	3.6	10	88	3	56	0	29	0	70	0.88
20285169--20285213	9	4.9	9	91	2	63	75	0	24	0	0.80
20285176--20285213	3	12.7	3	88	0	58	73	0	26	0	0.83
20286564--20287157	131	4.5	131	89	1	861	29	20	24	25	1.99
20287026--20287278	86	2.9	85	84	6	226	30	18	24	26	1.98
20286586--20287251	44	15.2	44	65	12	165	28	19	24	26	1.99
20287108--20287278	86	2.0	87	96	1	317	28	18	25	28	1.98
20289014--20289041	10	2.8	10	100	0	56	21	0	0	78	0.75
20289123--20289220	3	33.0	3	76	10	85	34	1	4	60	1.23
20289193--20289261	25	2.9	23	79	10	75	34	5	2	56	1.38
20296726--20296758	17	1.9	17	93	0	57	27	24	24	24	2.00
20296746--20296886	29	4.9	28	78	3	138	20	21	23	34	1.97
20304530--20304573	16	2.6	17	85	7	54	68	4	0	27	1.09
20315003--20315035	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
20315039--20315085	21	2.3	20	82	10	60	74	2	2	21	1.03
20315391--20315434	22	2.0	22	90	0	70	56	4	9	29	1.50
20315734--20315777	23	2.0	23	86	13	65	50	2	6	40	1.42
20315849--20315886	15	2.5	15	91	0	58	60	7	0	31	1.25
20316490--20316553	4	15.8	4	75	15	51	73	0	4	21	1.01
20318466--20318521	27	2.1	27	83	9	71	23	7	10	58	1.56
20318481--20318532	27	1.9	27	84	7	70	21	7	15	55	1.64
20320611--20320761	45	3.4	45	78	3	178	43	14	20	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20320929--20320990	27	2.3	27	83	5	81	37	20	24	17	1.94
20330230--20330276	19	2.5	19	89	0	67	25	4	0	70	1.05
20331300--20331407	48	2.3	47	79	12	114	29	4	2	62	1.29
20331366--20331420	21	2.7	22	75	16	64	27	1	3	67	1.17
20332651--20332692	19	2.2	19	86	0	57	66	2	0	30	1.04
20332954--20332985	16	1.9	17	93	6	57	34	3	6	56	1.40
20333382--20333462	37	2.2	37	88	2	117	17	20	30	30	1.96
20337554--20337617	29	2.2	30	83	8	78	45	0	4	50	1.22
20337721--20337810	39	2.2	40	84	3	119	35	0	8	55	1.31
20340300--20340450	42	3.6	42	78	1	124	37	20	19	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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