genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21351773--21352005	96	2.4	94	92	5	380	30	30	7	31	1.85
21351929--21352083	74	2.1	74	95	3	278	30	30	9	29	1.89
21351882--21352126	121	2.0	121	96	1	447	30	30	9	30	1.89
21352004--21352126	22	5.3	22	62	11	66	30	29	9	30	1.89
21351976--21352032	27	2.1	27	90	6	89	29	31	12	26	1.92
21351833--21352173	168	2.0	169	94	2	605	30	29	9	30	1.88
21352003--21352211	47	4.4	47	95	0	382	30	29	9	30	1.89
21355718--21356006	39	7.5	39	81	8	290	24	28	22	24	2.00
21355718--21355969	77	3.3	76	81	9	237	25	27	21	25	1.99
21356306--21356383	28	2.7	29	82	9	97	28	32	15	24	1.95
21356365--21356460	40	2.4	41	94	5	171	28	35	16	19	1.94
21367761--21367793	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
21369593--21369625	17	1.9	17	93	0	57	39	0	9	51	1.34
21369688--21370098	137	3.0	131	88	7	576	45	4	8	40	1.56
21373248--21373325	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
21373444--21373819	47	7.7	47	91	6	581	29	30	8	31	1.87
21373644--21373802	57	3.0	55	79	17	226	29	30	7	32	1.85
21373444--21373819	151	2.6	143	92	4	599	29	30	8	31	1.87
21373599--21373802	104	2.0	104	98	0	390	29	29	7	32	1.86
21377344--21377644	40	7.5	40	83	3	349	24	27	22	24	2.00
21377950--21378028	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21378010--21378112	43	2.4	43	98	0	197	26	34	15	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21379966--21380043	37	2.1	37	87	0	111	25	30	17	25	1.97
21380161--21380525	47	7.7	47	96	1	633	29	29	9	31	1.88
21389725--21389779	20	2.5	22	77	17	60	67	12	3	16	1.36
21391388--21391429	17	2.3	19	80	8	52	47	7	4	40	1.52
21394845--21395224	41	9.4	41	83	2	453	21	16	26	36	1.94
21394845--21395224	81	4.7	82	83	1	453	21	16	26	36	1.94
21394845--21395224	122	3.1	122	85	1	487	21	16	26	36	1.94
21395975--21396038	14	4.4	15	76	4	51	18	1	43	35	1.60
21395970--21396024	22	2.5	22	79	2	58	21	1	40	36	1.64
21395993--21396026	14	2.4	14	90	9	52	23	2	44	29	1.68
21395599--21396445	321	2.7	312	82	9	990	29	2	25	42	1.69
21396741--21396779	19	2.1	18	85	4	51	76	2	2	17	1.01
21396774--21396871	47	2.1	47	86	3	135	45	8	3	42	1.49
21411089--21411166	37	2.1	37	87	0	111	25	30	17	25	1.97
21411282--21411633	47	7.7	47	88	9	541	30	29	8	31	1.87
21420790--21420844	20	2.5	22	77	17	60	67	12	3	16	1.36
21422452--21422493	17	2.3	19	80	8	52	47	7	4	40	1.52
21425922--21426302	41	9.4	41	83	1	462	21	16	25	36	1.94
21425922--21426312	81	4.8	81	81	5	439	21	16	25	36	1.94
21425922--21426302	122	3.1	122	84	3	473	21	16	25	36	1.94
21427059--21427122	14	4.4	15	76	4	51	18	1	43	35	1.60
21427054--21427108	22	2.5	22	79	2	58	21	1	40	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21427077--21427110	14	2.4	14	90	9	52	23	2	44	29	1.68
21426632--21427531	322	2.8	312	83	8	1020	29	2	25	42	1.69
21427828--21427866	19	2.1	18	85	4	51	76	2	2	17	1.01
21427861--21427959	47	2.1	48	86	1	137	45	8	3	43	1.49
21429589--21429632	13	3.1	14	84	15	56	29	6	20	43	1.78
21431268--21431415	66	2.2	66	85	2	199	41	17	25	16	1.89
21431268--21431437	66	2.6	66	83	1	189	40	17	28	14	1.89
21431779--21432000	43	5.2	43	80	5	177	28	18	28	24	1.98
21431818--21431992	86	2.0	86	82	2	208	28	17	29	24	1.97
21435019--21435085	34	2.0	34	87	0	98	28	20	22	28	1.99
21435358--21435560	27	7.6	27	80	3	214	35	12	16	34	1.87
21436828--21436859	16	2.0	16	93	0	55	34	18	9	37	1.83
21439061--21439152	32	2.9	31	95	3	166	44	15	9	30	1.78
21441450--21441482	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
21441699--21441961	145	1.8	143	85	1	373	38	13	4	43	1.65
21448817--21448884	27	2.5	27	85	0	91	35	8	22	33	1.85
21455376--21455509	66	2.0	66	81	2	153	43	18	23	14	1.87
21457238--21457283	22	2.0	23	91	4	76	34	2	6	56	1.37
21462252--21462300	24	2.1	23	85	14	66	34	8	4	53	1.50
21462625--21462836	107	2.0	107	95	0	379	28	19	19	32	1.96
21470903--21471322	44	9.6	45	73	5	297	26	18	24	30	1.98
21470907--21471322	132	3.2	132	93	0	683	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21472074--21472156	42	2.0	43	92	2	141	21	15	3	59	1.52
21490510--21490643	66	2.0	66	81	2	153	43	18	23	14	1.87
21492372--21492418	23	2.0	23	88	8	69	34	2	6	57	1.36
21497779--21497990	107	2.0	107	95	0	379	28	19	19	32	1.96
21521020--21521421	44	9.1	45	73	7	270	27	17	26	29	1.97
21521016--21521427	132	3.1	132	95	0	718	27	17	25	29	1.97
21523689--21523900	107	2.0	107	95	0	379	28	19	19	32	1.96
21524962--21525051	26	3.2	26	65	24	65	40	18	4	36	1.71
21524962--21525087	59	2.1	59	97	0	234	38	19	4	37	1.73
21528691--21528890	45	4.5	45	81	1	188	25	15	26	34	1.95
21528671--21528852	90	2.0	90	84	0	238	26	16	24	32	1.96
21532934--21533055	43	2.8	43	78	9	140	31	26	19	22	1.98
21539602--21539721	41	3.0	41	92	1	197	28	18	23	30	1.98
21539607--21539750	41	3.5	41	87	2	148	27	19	23	29	1.98
21544328--21544380	24	2.1	25	89	6	81	49	24	0	26	1.51
21558750--21558961	107	2.0	107	95	0	379	28	19	19	32	1.96
21560018--21560107	26	3.2	26	65	24	65	40	18	4	36	1.71
21560018--21560143	59	2.1	59	97	0	234	38	19	4	37	1.73
21563749--21563948	45	4.5	45	81	1	188	25	15	26	34	1.95
21563729--21563910	90	2.0	90	84	0	238	26	16	24	32	1.96
21567996--21568117	43	2.8	43	78	9	140	31	26	19	22	1.98
21571427--21571477	28	1.9	28	84	11	72	37	9	17	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21574784--21574904	41	3.0	41	93	0	206	28	19	23	29	1.98
21575178--21575244	35	1.9	35	81	6	82	35	4	19	40	1.72
21579549--21579601	24	2.1	25	89	6	81	49	24	0	26	1.51
21583857--21583944	43	2.0	43	100	0	176	38	18	13	29	1.89
21588091--21588164	37	2.0	37	94	0	130	28	20	20	31	1.97
21590926--21591065	50	2.8	50	82	0	172	27	21	29	21	1.98
21594650--21594695	24	2.0	23	86	4	65	21	13	15	50	1.78
21603204--21603249	24	2.0	23	86	4	65	21	13	15	50	1.78
21606013--21606069	27	2.2	26	83	3	69	61	7	3	28	1.39
21608464--21608688	40	5.7	40	85	5	278	24	22	26	26	2.00
21608464--21608721	119	2.2	119	80	8	267	25	21	26	25	2.00
21616099--21616323	40	5.7	40	86	5	287	24	21	27	26	2.00
21616099--21616356	119	2.2	119	80	8	276	25	21	27	25	1.99
21620731--21620757	6	4.5	6	100	0	54	66	0	0	33	0.92
21627490--21627525	7	5.0	7	86	6	54	44	0	16	38	1.48
21627490--21627532	22	2.0	22	95	0	77	44	2	16	37	1.60
21628521--21628897	44	8.1	44	69	17	235	32	18	20	28	1.96
21628535--21628948	142	2.9	141	95	0	729	33	18	20	28	1.96
21631364--21631419	28	2.0	28	100	0	112	21	28	14	35	1.92
21637250--21637274	9	2.8	9	100	0	50	0	52	0	48	1.00
21642050--21642147	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
21643661--21643753	1	93.0	1	97	0	177	1	0	0	98	0.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21646971--21647218	39	6.5	39	84	4	285	25	28	22	24	1.99
21647006--21647187	76	2.3	78	92	2	296	28	27	21	23	1.99
21649209--21649384	47	3.8	46	77	8	203	28	26	21	23	1.99
21649214--21649385	93	1.8	94	92	1	292	27	27	21	22	1.99
21651392--21651447	27	2.1	27	82	0	67	41	17	14	26	1.88
21651675--21651709	17	2.0	18	94	5	63	22	37	28	11	1.89
21669244--21669359	35	3.2	35	69	11	97	23	22	21	32	1.98
21669239--21669486	75	3.3	75	84	2	302	23	22	22	31	1.98
21677209--21677240	4	7.8	4	93	6	55	46	0	0	53	1.00
21677424--21677474	26	2.0	26	88	7	77	64	0	1	33	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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