genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8696710--8696800	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
8696781--8696849	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
8696781--8696849	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
8698999--8699071	33	2.2	33	92	2	121	26	21	8	43	1.80
8702411--8702471	32	1.9	32	83	12	81	44	4	1	49	1.33
8705423--8705483	12	5.6	11	79	11	56	73	0	6	19	1.04
8705431--8705486	6	8.8	6	83	16	53	75	0	5	19	1.00
8710651--8710690	20	2.1	19	86	9	55	15	32	17	35	1.91
8713054--8713095	21	2.0	21	95	0	75	30	30	9	28	1.89
8722046--8722083	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
8722084--8722267	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
8726485--8726519	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
8726520--8726703	72	2.6	72	99	0	359	27	6	23	41	1.79
8738242--8738503	95	2.8	93	83	8	318	50	9	9	30	1.68
8748569--8748599	16	1.9	16	93	0	53	38	9	12	38	1.77
8749533--8749570	7	5.6	7	96	3	69	31	10	42	15	1.81
8758441--8758482	20	2.1	20	90	0	66	42	7	0	50	1.30
8765655--8765713	24	2.6	22	75	17	66	64	5	1	28	1.24
8765821--8765850	14	2.1	14	100	0	60	60	13	6	20	1.55
8767301--8767370	28	2.5	28	83	0	86	27	12	20	40	1.88
8776514--8776594	41	2.0	41	82	4	101	19	19	30	29	1.97
8779940--8779974	14	2.5	14	90	0	52	68	11	5	14	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8781581--8781660	17	4.4	18	73	14	67	51	3	0	45	1.19
8781590--8781667	20	4.1	19	69	12	54	51	3	0	44	1.19
8786207--8786248	20	2.1	21	86	8	61	33	4	4	57	1.41
8786337--8786373	14	2.6	14	95	0	65	21	21	5	51	1.68
8786717--8786751	15	2.3	15	100	0	70	40	20	14	25	1.90
8791791--8791839	19	2.5	20	83	12	66	38	0	6	55	1.25
8808107--8808249	48	3.0	48	90	0	223	42	18	4	34	1.70
8809725--8809762	14	2.8	13	92	8	58	34	18	7	39	1.80
8814315--8814358	6	7.3	6	100	0	88	50	15	0	34	1.45
8819448--8819486	20	2.0	20	89	0	60	28	15	28	28	1.96
8822029--8822154	66	1.9	67	90	1	200	21	26	7	45	1.77
8833200--8833228	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
8833691--8833715	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
8834410--8834476	34	1.9	35	84	3	91	34	8	10	46	1.70
8839065--8839108	21	2.0	22	91	4	72	20	38	20	20	1.94
8847391--8847436	24	1.9	25	82	8	60	50	0	2	47	1.13
8856377--8856431	27	2.0	27	100	0	110	34	14	21	29	1.93
8857223--8857311	40	2.3	39	77	11	92	32	21	26	19	1.97
8857374--8857675	41	7.4	41	86	3	403	14	22	27	35	1.93
8857374--8857758	82	4.7	82	85	4	447	15	22	25	35	1.94
8857374--8857775	41	9.8	40	75	15	313	16	23	25	34	1.95
8857374--8857776	123	3.3	122	82	7	415	16	23	25	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8859611--8859684	37	2.0	37	84	12	98	20	1	40	37	1.61
8862613--8862659	23	2.0	23	95	0	85	44	21	2	31	1.64
8862610--8862645	16	2.2	16	90	0	54	44	22	2	30	1.67
8862648--8862961	56	5.2	56	73	17	245	45	11	2	41	1.53
8862686--8863173	34	13.6	37	70	23	213	46	11	1	40	1.51
8862914--8862955	22	1.9	22	90	0	66	45	11	4	38	1.62
8862758--8863173	56	7.0	56	72	19	271	45	12	1	40	1.53
8862981--8863018	7	5.1	7	87	12	58	44	26	0	28	1.54
8862976--8863046	16	4.3	17	89	10	96	43	23	0	32	1.54
8862919--8863361	9	51.4	9	67	20	107	44	14	1	38	1.55
8862981--8863045	23	3.0	23	87	12	95	44	24	0	30	1.54
8863241--8863291	16	3.1	16	81	10	66	45	23	1	29	1.64
8863329--8863361	16	2.1	16	94	0	57	51	18	0	30	1.46
8868768--8868938	66	2.6	65	85	4	218	40	19	28	12	1.87
8868909--8868953	21	2.1	21	91	0	72	37	17	42	2	1.62
8868929--8869022	21	4.5	20	73	5	71	37	15	40	6	1.73
8869350--8869574	43	5.3	42	77	6	168	24	20	28	25	1.99
8869637--8869679	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
8870574--8870643	33	2.1	33	100	0	140	41	7	8	42	1.63
8870569--8870656	33	2.5	37	83	16	139	38	10	6	44	1.65
8870691--8870732	13	3.5	13	75	18	54	59	9	0	30	1.29
8870689--8870732	23	1.9	23	95	0	79	61	9	0	29	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8870794--8870843	23	2.2	23	85	0	64	28	4	44	24	1.72
8870801--8870848	23	2.1	23	96	0	87	25	8	41	25	1.83
8873081--8873151	31	2.1	34	85	10	94	35	12	29	22	1.91
8873338--8873507	59	2.9	59	97	0	313	44	8	5	41	1.58
8873518--8873559	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
8874662--8874713	20	2.6	20	84	0	59	36	15	13	34	1.87
8877570--8877608	20	2.0	20	94	0	69	38	10	15	35	1.81
8878416--8878646	123	1.8	125	82	7	297	33	0	41	24	1.55
8878631--8878706	30	2.5	30	93	0	125	36	1	36	25	1.64
8884213--8884254	21	2.0	21	95	0	75	35	7	19	38	1.79
8884578--8884610	15	2.1	16	88	5	50	54	6	9	30	1.56
8886121--8886165	22	2.1	22	84	8	58	55	4	6	33	1.46
8887075--8887103	7	4.1	7	100	0	58	68	0	31	0	0.89
8896250--8896304	20	2.8	20	82	0	74	27	5	20	47	1.72
8896371--8896417	20	2.3	20	85	7	60	31	6	19	42	1.76
8896268--8896528	114	2.3	113	81	4	292	28	13	19	39	1.89
8900928--8900969	21	2.1	21	86	8	61	19	21	4	54	1.62
8902992--8903068	40	1.9	40	83	0	100	29	22	19	28	1.98
8903017--8903133	42	2.9	42	70	11	109	36	21	15	26	1.93
8903257--8903282	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
8903257--8903309	15	3.6	14	77	20	54	49	13	0	37	1.42
8903258--8903307	17	3.1	16	76	21	50	48	14	0	38	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8906914--8906947	15	2.3	15	94	0	59	58	11	14	14	1.63
8907042--8907097	18	3.1	19	76	20	57	69	5	5	19	1.28
8907953--8907994	15	2.8	15	85	7	59	85	11	2	0	0.68
8907956--8907992	19	1.9	19	89	10	58	86	10	2	0	0.67
8909024--8909175	40	3.8	40	81	10	173	26	21	23	29	1.99
8909023--8909176	82	1.9	82	88	0	236	25	20	23	29	1.99
8909301--8909817	134	3.8	136	94	1	880	29	23	19	27	1.98
8909419--8909750	46	7.4	46	64	16	174	30	23	20	25	1.98
8909301--8909817	269	1.9	271	93	1	894	29	23	19	27	1.98
8909717--8910197	95	5.0	95	96	0	863	28	21	19	29	1.98
8910648--8910843	108	1.8	108	90	0	320	47	10	16	25	1.79
8911629--8911685	11	5.0	11	80	6	60	3	3	12	80	0.96
8912920--8913103	62	3.0	62	94	0	314	32	4	20	41	1.74
8915158--8915213	18	3.1	19	76	20	57	69	5	5	19	1.28
8916059--8916100	13	3.2	12	87	12	57	85	14	0	0	0.59
8916063--8916102	8	5.1	8	87	6	64	87	12	0	0	0.54
8917112--8917261	39	3.8	39	78	14	146	26	21	22	29	1.99
8917112--8917262	81	1.9	80	88	1	230	26	21	22	29	1.99
8917150--8917286	42	3.3	40	79	10	134	26	22	18	32	1.97
8917387--8917902	134	3.8	136	93	2	871	29	23	19	27	1.98
8917505--8917832	46	7.3	46	63	16	159	30	23	19	26	1.98
8917802--8918281	95	5.0	95	95	0	854	28	21	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8918732--8918927	108	1.8	108	90	0	320	47	10	16	25	1.79
8919710--8919767	11	5.1	11	81	6	62	3	3	13	79	0.99
8919710--8919768	23	2.6	23	81	10	68	3	3	15	77	1.02
8920997--8921179	61	3.0	62	92	1	305	32	4	20	41	1.74
8923237--8923292	18	3.1	19	76	20	57	69	5	5	19	1.28
8924140--8924185	16	2.8	17	83	12	60	86	13	0	0	0.56
8924140--8924183	14	3.2	13	87	9	61	86	13	0	0	0.57
8924140--8924185	9	5.1	9	86	7	67	86	13	0	0	0.56
8927732--8927856	45	2.8	45	95	0	214	37	13	34	14	1.85
8933123--8933147	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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