genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
407552--407582	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
413592--413646	29	1.9	29	85	10	78	58	0	25	16	1.38
414525--414567	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
417569--417633	30	2.2	29	86	2	85	50	7	7	33	1.59
420445--420478	18	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
421957--422008	4	13.0	4	100	0	104	50	25	0	25	1.50
429186--429236	21	2.5	20	78	12	59	27	3	3	64	1.28
432081--432132	24	2.2	24	86	6	70	32	1	1	63	1.16
434391--434433	22	2.0	22	85	0	59	27	4	6	60	1.43
437399--437467	16	4.2	16	88	3	111	26	1	36	36	1.66
437399--437467	33	2.1	32	91	2	111	26	1	36	36	1.66
437448--437538	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
437703--437737	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
437686--438428	120	6.2	120	97	0	1405	47	5	2	44	1.40
441457--441566	33	3.3	33	80	11	127	31	9	17	41	1.80
441513--441666	51	3.0	51	97	1	283	28	8	18	44	1.78
441741--441921	86	2.1	86	98	1	355	47	7	4	40	1.52
465537--465605	32	2.2	32	94	0	120	21	10	20	47	1.79
470043--470101	31	1.9	31	96	0	109	37	11	8	42	1.72
476107--476131	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
477300--477354	9	5.5	10	77	14	51	27	1	5	65	1.25
477290--477358	29	2.3	31	82	9	90	27	2	4	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
477303--477375	29	2.5	28	82	8	83	31	2	4	61	1.29
479402--479471	30	2.3	30	80	9	72	34	18	7	40	1.78
481796--481820	9	2.8	9	100	0	50	36	12	12	40	1.79
488719--488777	31	1.9	31	89	0	91	50	10	13	25	1.72
489410--489448	19	2.1	19	100	0	78	30	23	5	41	1.76
489849--489882	16	2.1	17	94	5	61	38	0	0	61	0.96
489870--489907	6	6.3	6	82	11	51	18	0	0	81	0.69
489870--489898	11	2.6	11	100	0	58	17	0	0	82	0.66
497030--497076	25	2.0	24	83	8	60	27	12	2	57	1.47
505379--505460	37	2.2	37	91	0	128	31	6	24	37	1.80
505533--505574	19	2.0	22	86	13	63	33	4	2	59	1.31
516045--517552	146	10.8	137	77	10	1258	28	7	17	46	1.76
516279--516649	137	2.9	122	86	10	473	28	6	19	45	1.74
516171--516931	257	2.8	268	82	10	884	28	6	18	45	1.74
516711--517394	144	4.9	133	73	13	385	28	8	16	46	1.76
516428--517416	424	2.3	423	82	6	1187	27	8	17	46	1.76
516428--516827	137	2.8	144	85	7	453	29	7	17	45	1.75
516868--517583	144	5.0	141	74	12	471	26	8	17	46	1.77
523039--523063	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
523571--523611	15	2.7	15	88	3	55	46	19	0	34	1.50
523877--523901	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
524164--524222	29	2.0	29	87	6	84	25	16	37	20	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
528006--528068	31	2.0	31	100	0	126	47	15	22	14	1.81
533780--533877	31	3.2	31	67	17	78	32	11	8	47	1.68
533780--533913	61	2.2	59	83	7	162	31	10	5	52	1.60
534255--534299	23	2.0	23	82	8	56	37	13	8	40	1.76
536948--536990	22	2.0	22	85	0	59	20	6	11	60	1.54
536999--537033	17	1.9	17	88	11	52	20	2	11	65	1.37
544377--544436	28	2.1	28	100	0	120	35	20	11	33	1.88
547549--547665	31	3.9	31	72	17	93	29	8	12	48	1.71
548565--548590	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
549014--549067	27	2.1	25	86	6	72	53	1	20	24	1.55
549099--549158	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
555760--556028	46	5.6	46	76	17	244	35	14	21	28	1.93
555826--556028	46	4.3	48	87	7	256	36	14	21	28	1.92
555760--556028	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
555992--556137	37	4.0	37	92	5	235	36	16	21	25	1.94
557392--557535	49	2.9	49	91	1	216	22	14	30	31	1.94
560658--560926	46	5.6	46	76	17	244	35	14	21	28	1.93
560724--560926	46	4.3	48	87	7	256	36	14	21	28	1.92
560658--560926	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
560890--561035	37	4.0	37	92	5	235	36	16	21	25	1.94
562289--562432	49	2.9	49	91	1	216	22	14	30	31	1.94
565553--565821	46	5.6	46	76	17	244	35	14	21	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
565619--565821	46	4.3	48	87	7	256	36	14	21	28	1.92
565553--565821	98	2.7	98	92	0	448	35	14	21	28	1.93
565785--565930	37	4.0	37	92	5	235	36	16	21	25	1.94
576823--576864	16	2.6	17	78	21	54	30	23	14	30	1.94
577140--577301	80	2.0	80	100	0	324	29	8	24	37	1.85
581943--582017	31	2.5	30	81	10	84	46	0	12	41	1.41
582055--582087	15	2.1	16	94	5	59	51	0	0	48	1.00
582870--582914	8	5.0	9	85	15	58	44	0	0	55	0.99
585409--585962	239	2.3	239	85	2	740	35	17	18	28	1.94
586759--586834	30	2.4	32	84	8	102	46	9	9	35	1.68
587142--587184	8	5.4	8	85	0	50	27	34	9	27	1.88
589113--589138	12	2.2	12	100	0	52	46	0	15	38	1.46
600468--600674	96	2.2	95	86	3	281	30	20	20	28	1.98
601414--601464	20	2.5	20	81	9	59	45	0	0	54	0.99
601414--601481	19	3.3	20	80	10	57	44	1	0	54	1.09
601419--601476	21	2.7	22	84	10	75	46	0	0	53	1.00
601520--601599	43	1.9	41	94	0	124	32	11	17	38	1.85
604253--604300	12	4.0	12	91	0	69	0	8	47	43	1.33
604280--604334	12	4.6	12	97	0	101	0	0	34	65	0.93
604280--604334	18	3.1	18	97	0	101	0	0	34	65	0.93
604342--604381	3	13.3	3	100	0	80	0	0	67	32	0.91
605093--605139	19	2.4	19	80	19	53	55	6	6	31	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
608030--608101	27	2.7	27	89	4	110	41	6	0	51	1.29
608356--608394	19	2.0	21	85	10	55	23	0	10	66	1.22
608467--608495	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
608684--608736	26	2.0	26	96	0	97	43	0	7	49	1.31
609965--610056	11	8.9	11	73	15	63	40	2	0	57	1.11
609974--610056	31	2.8	30	83	12	109	39	2	0	57	1.12
614226--614674	160	2.8	160	72	12	393	30	12	8	48	1.70
615423--615480	17	3.5	17	73	15	50	63	6	0	29	1.20
615512--615630	29	4.1	28	72	19	102	0	31	0	68	0.89
615520--615651	44	3.1	43	77	14	150	0	31	0	68	0.90
615556--615705	4	37.0	4	74	16	105	0	32	0	67	0.91
615516--615714	82	2.5	80	84	9	237	0	33	0	66	0.92
615567--615716	70	2.1	69	81	10	171	0	34	0	66	0.92
615484--615661	40	4.3	42	75	19	146	0	31	0	68	0.90
615502--615661	44	3.5	47	73	18	110	0	33	0	66	0.92
615802--615870	25	2.6	27	93	6	115	49	0	10	40	1.37
617014--617042	6	4.8	6	100	0	58	65	17	0	17	1.27
617090--617139	18	2.8	18	81	0	64	24	6	24	46	1.75
617090--617138	9	5.4	9	77	0	53	24	6	24	44	1.76
617200--617279	29	2.8	29	88	0	124	32	7	15	45	1.74
619752--619937	100	1.9	100	83	2	248	34	10	16	38	1.83
619492--619964	237	2.0	239	88	2	700	32	10	17	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620590--620620	15	2.1	15	100	0	62	22	19	6	51	1.69
629151--629287	69	2.0	69	88	0	202	37	11	18	32	1.87
630292--630371	21	3.8	21	86	0	106	15	52	7	25	1.68
634869--634896	13	2.2	13	100	0	56	7	39	39	14	1.73
643789--643848	21	3.0	20	81	11	61	61	3	1	33	1.22
643788--643835	18	2.3	20	80	20	55	60	2	0	37	1.09
645360--645403	19	2.5	17	82	10	54	70	4	2	22	1.17
652217--652257	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
662208--662391	46	4.0	46	91	0	287	36	8	25	28	1.86
664416--664476	30	2.1	30	87	3	88	40	0	39	19	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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