genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  48  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13029257--13029374	57	2.0	58	83	12	150	31	19	22	26	1.98
13029287--13029399	57	2.0	57	87	3	165	31	18	23	25	1.97
13030982--13031111	9	14.0	9	73	13	95	36	0	18	45	1.50
13030982--13031192	30	7.5	30	74	21	192	37	0	17	45	1.48
13031048--13031179	54	2.6	52	88	9	184	37	0	18	44	1.50
13031221--13031309	9	9.9	9	71	4	72	38	1	16	43	1.56
13031444--13031486	19	2.2	20	83	4	52	60	0	2	37	1.10
13032151--13032195	21	2.1	21	91	0	72	48	13	26	11	1.75
13033210--13033259	24	2.0	25	84	3	66	42	4	2	52	1.31
13033241--13033279	21	1.9	21	89	5	62	43	0	0	56	0.99
13033447--13033476	14	2.1	14	93	0	51	30	50	0	20	1.49
13033696--13033744	7	6.9	7	83	4	62	42	30	0	26	1.55
13033703--13033746	15	3.0	15	83	3	54	43	31	0	25	1.55
13033771--13033815	14	3.2	14	83	0	63	48	26	0	24	1.51
13034142--13034207	21	3.1	21	73	0	60	46	30	3	19	1.65
13034142--13034214	14	5.2	14	74	0	56	46	28	4	20	1.69
13034232--13034562	152	2.1	155	84	6	424	28	21	19	30	1.98
13034450--13034574	40	3.1	39	78	6	108	25	23	20	30	1.99
13034510--13034589	40	2.0	40	90	0	124	23	21	20	35	1.96
13034352--13034756	195	2.1	192	84	4	528	26	21	20	31	1.98
13034544--13034906	156	2.3	156	81	4	403	26	22	20	30	1.98
13034652--13034735	40	2.1	40	86	0	114	21	22	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13034647--13035126	196	2.5	196	82	3	540	24	21	22	31	1.98
13034788--13034948	80	2.0	81	80	3	182	23	21	21	34	1.97
13034232--13035101	351	2.5	346	83	5	1090	26	21	20	31	1.98
13034997--13035127	40	3.3	39	73	10	122	19	19	25	35	1.96
13037370--13037440	37	1.9	37	82	5	90	40	0	2	56	1.14
13037394--13037450	29	2.0	29	86	6	80	43	0	3	52	1.18
13037509--13037578	31	2.2	32	85	12	92	41	0	7	51	1.29
13037516--13037578	33	1.9	33	87	12	94	42	0	6	50	1.27
13037664--13037699	18	1.9	19	88	5	56	41	0	5	52	1.24
13040701--13040758	29	2.0	29	80	12	66	31	1	25	41	1.66
13041201--13041237	19	2.0	19	89	5	58	43	0	18	37	1.51
13043344--13043369	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
13043515--13043880	41	8.9	41	88	0	507	19	23	29	27	1.98
13043520--13043880	165	2.2	163	87	2	524	19	23	28	27	1.98
13043992--13044042	22	2.3	20	78	18	57	47	5	3	43	1.46
13044516--13044620	7	15.0	7	79	9	90	18	1	41	38	1.61
13044552--13044634	36	2.3	35	83	6	96	24	2	33	39	1.68
13045315--13045386	29	2.5	30	71	15	69	31	0	31	36	1.58
13049979--13050194	86	2.5	86	81	4	215	24	18	28	28	1.98
13050013--13050221	43	4.9	42	81	5	195	26	19	26	27	1.99
13050292--13050334	22	2.0	22	90	0	68	41	25	20	11	1.86
13061128--13061312	43	4.3	43	85	2	244	30	27	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13061107--13061312	87	2.4	87	85	3	254	29	25	17	27	1.97
13061718--13061808	43	2.1	42	86	4	128	45	9	9	35	1.71
13062145--13062442	148	2.0	150	94	1	519	35	18	15	30	1.92
13070761--13070802	22	1.9	22	85	9	59	57	4	35	2	1.33
13076151--13076572	44	9.2	44	69	18	220	32	18	21	27	1.96
13076153--13076579	142	3.0	141	93	1	703	32	18	21	27	1.97
13076339--13076520	98	1.9	97	80	6	215	32	18	20	28	1.96
13082676--13082723	14	3.4	14	77	5	51	50	29	2	18	1.59
13082748--13082792	14	3.2	14	80	0	54	46	31	0	22	1.52
13083428--13083661	41	5.7	41	84	2	299	29	28	17	24	1.97
13083438--13083661	123	1.8	124	88	2	344	30	29	17	23	1.97
13093365--13093430	20	3.5	20	72	19	70	33	16	7	42	1.77
13099484--13099538	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
13099713--13099945	47	5.2	43	70	17	156	47	3	2	46	1.31
13099688--13099945	91	2.8	91	96	0	473	46	3	3	47	1.34
13106356--13106395	22	1.9	19	85	14	53	47	2	0	50	1.14
13106584--13106614	16	1.9	16	100	0	62	19	6	35	38	1.77
13108292--13108360	34	2.0	34	97	0	129	36	13	17	33	1.88
13109521--13109548	5	5.6	5	100	0	56	82	0	17	0	0.68
13118572--13118612	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
13125858--13125927	35	2.0	35	97	0	131	25	27	11	35	1.90
13131420--13131472	22	2.3	23	78	12	56	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13131477--13131532	16	3.7	14	83	9	58	41	1	1	55	1.21
13135792--13135818	13	2.1	13	100	0	54	14	14	14	55	1.70
13143824--13143985	46	3.6	46	91	2	249	27	24	14	32	1.95
13148332--13148426	27	3.5	27	84	2	111	33	23	15	27	1.95
13152461--13152501	19	2.1	20	86	13	59	31	19	12	36	1.89
13160170--13160209	19	2.0	20	85	4	55	65	5	2	27	1.27
13160317--13160359	21	2.0	22	86	4	61	46	2	2	48	1.27
13160318--13160361	10	4.2	10	80	8	52	43	2	2	52	1.26
13167786--13167821	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
13173771--13173812	11	3.8	11	81	12	59	23	2	21	52	1.59
13173760--13173880	22	5.4	22	74	13	102	22	8	23	46	1.78
13173713--13173907	69	2.8	69	89	1	302	22	10	22	45	1.83
13173829--13173868	11	3.6	11	79	0	53	22	10	25	42	1.84
13178168--13178221	23	2.4	22	78	3	54	25	12	24	37	1.91
13178308--13178405	38	2.6	38	93	0	160	33	20	16	29	1.94
13179675--13179699	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
13184010--13184109	52	1.9	52	85	4	139	40	19	5	36	1.73
13185917--13185957	21	2.0	20	90	4	64	41	0	2	56	1.13
13186299--13186332	17	2.0	17	88	0	50	29	0	11	58	1.33
13187264--13187312	25	2.0	24	84	4	62	53	4	2	40	1.32
13206785--13206830	21	2.2	20	80	3	56	34	13	36	15	1.86
13215825--13215896	36	2.0	37	84	13	96	37	0	1	61	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13219312--13219352	18	2.3	18	95	0	73	51	7	9	31	1.62
13219312--13219359	18	2.7	18	90	0	60	50	12	8	29	1.69
13228718--13229096	205	1.8	205	88	0	578	33	9	13	42	1.77
13229399--13229532	40	3.3	40	90	0	214	17	8	25	48	1.75
13231579--13231615	14	2.5	15	83	16	51	75	2	0	21	0.92
13231947--13232017	17	4.3	17	75	10	67	47	1	12	38	1.50
13232140--13232234	3	32.0	3	79	10	97	64	2	3	30	1.21
13232499--13232553	22	2.5	23	85	5	69	40	14	3	41	1.63
13232499--13232574	22	3.5	22	79	13	68	39	14	5	40	1.68
13232524--13232579	21	2.9	19	87	10	71	35	16	7	41	1.75
13232566--13232591	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
13233403--13233586	44	4.2	44	79	5	228	29	23	19	27	1.98
13233576--13233993	88	4.8	88	92	0	638	19	24	29	26	1.98
13233665--13233896	44	5.3	44	68	6	182	16	23	33	26	1.96
13233681--13234002	44	7.3	44	65	12	176	17	24	29	28	1.97
13233973--13234262	44	6.6	44	75	6	228	29	25	16	28	1.97
13233973--13234262	88	3.3	88	78	5	284	29	25	16	28	1.97
13233987--13234262	132	2.1	133	94	0	482	28	26	15	29	1.96
13235863--13235903	16	2.6	16	92	0	73	7	19	9	63	1.48
13239438--13239510	27	2.6	26	79	12	65	57	5	4	32	1.41
13239458--13239514	30	1.9	30	89	7	89	57	3	3	35	1.33
13239677--13239720	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13239845--13239877	3	11.3	3	93	6	59	63	0	0	36	0.95
13252886--13252922	14	2.5	15	83	16	51	75	2	0	21	0.92
13253051--13253121	28	2.4	29	81	9	74	57	5	4	32	1.41
13253061--13253131	22	3.0	22	72	23	63	61	5	2	29	1.33
13253263--13253303	17	2.4	17	87	4	55	56	0	9	34	1.32
13253429--13253523	3	33.0	3	77	14	85	64	2	3	30	1.21
13253431--13253489	14	3.7	15	79	20	59	61	1	3	33	1.23
13253787--13253828	22	1.9	22	90	0	66	38	16	4	40	1.70
13253799--13253852	19	2.9	19	91	5	85	35	16	7	40	1.77
13253839--13253864	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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