genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17006051--17006584	47	11.3	47	77	7	440	41	17	11	28	1.85
17006054--17006584	71	7.5	69	78	5	487	41	18	12	28	1.86
17006040--17006592	190	2.9	190	81	6	548	41	17	12	28	1.86
17006062--17006592	119	4.5	117	82	6	434	41	17	12	28	1.86
17007391--17007484	43	2.2	44	79	9	104	25	26	19	28	1.98
17011040--17011143	55	1.9	54	90	2	163	42	0	2	53	1.22
17014550--17014581	15	2.1	16	94	5	57	9	56	34	0	1.32
17014803--17015245	219	2.0	219	100	0	886	45	20	9	25	1.80
17023688--17023718	11	2.8	11	95	0	53	70	0	0	29	0.87
17027652--17027893	50	4.8	50	90	3	371	21	30	21	26	1.98
17027988--17028017	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
17028231--17028287	30	1.9	29	85	3	78	28	24	5	42	1.76
17035167--17035191	12	2.1	12	100	0	50	44	32	0	24	1.54
17036788--17036893	44	2.4	44	91	0	176	45	20	19	14	1.85
17037685--17037730	22	2.1	22	84	8	58	45	4	17	32	1.68
17039318--17039385	7	9.7	7	93	0	118	72	0	14	13	1.13
17039400--17039433	15	2.1	17	89	10	54	61	5	0	32	1.20
17039668--17039706	21	1.9	20	89	5	60	33	2	0	64	1.08
17043297--17043342	15	2.9	15	90	6	65	23	8	2	65	1.32
17048873--17048922	24	2.1	23	88	3	73	44	6	0	50	1.26
17048860--17048947	31	2.8	32	84	8	110	44	5	0	50	1.26
17048869--17048964	30	3.1	31	86	7	124	42	4	0	53	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17048892--17049019	30	4.5	30	80	11	119	42	3	0	53	1.22
17048970--17049029	27	2.2	29	77	17	74	51	1	0	46	1.10
17050354--17050524	94	1.8	94	100	0	342	22	13	19	45	1.85
17050523--17050551	3	9.7	3	100	0	58	31	0	34	34	1.58
17051226--17051300	23	3.4	22	75	15	75	68	2	0	29	1.04
17051226--17051298	22	3.3	22	74	14	69	68	2	0	28	1.03
17051467--17051513	21	2.2	22	88	3	69	27	2	0	70	0.99
17051811--17051856	21	2.1	21	84	11	58	63	0	2	34	1.07
17052183--17052220	10	3.9	10	80	19	53	18	0	7	73	1.06
17056231--17056277	19	2.3	20	82	10	60	55	0	0	44	0.99
17056995--17057042	14	3.5	14	78	16	64	20	8	37	33	1.83
17059975--17060017	13	3.3	13	78	9	52	13	2	41	41	1.57
17061895--17061926	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17066065--17066379	56	5.6	56	76	9	239	36	20	15	27	1.93
17066058--17066322	85	3.1	86	77	8	256	35	22	15	26	1.94
17066058--17066379	29	11.3	29	79	6	302	35	21	15	27	1.93
17067942--17068023	40	2.0	41	86	6	114	32	23	18	25	1.97
17068030--17068143	39	2.7	40	76	17	124	36	18	19	25	1.94
17068045--17068136	45	2.0	47	85	10	129	36	18	19	25	1.94
17068591--17068641	20	2.5	20	93	0	84	3	39	19	37	1.70
17068595--17068658	20	3.2	20	88	2	83	6	40	15	37	1.73
17080781--17080818	18	2.1	19	90	5	60	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17084978--17085022	17	2.3	20	82	17	60	53	0	0	46	1.00
17085738--17085785	14	3.5	14	78	16	64	20	8	37	33	1.83
17088710--17088750	13	3.1	13	85	3	55	14	2	39	43	1.59
17088713--17088756	13	3.3	13	81	12	54	13	2	40	43	1.57
17090640--17090671	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
17094561--17094865	163	1.9	164	88	0	468	27	23	19	30	1.98
17094832--17095156	29	11.3	29	80	5	329	35	21	15	27	1.93
17094828--17095156	143	2.3	143	83	5	414	36	20	15	27	1.93
17094832--17095176	57	6.0	57	77	7	281	36	21	15	26	1.93
17094810--17095176	143	2.6	141	78	7	400	35	21	15	26	1.94
17096761--17096849	41	2.2	41	89	4	144	37	20	17	24	1.94
17096761--17096868	41	2.6	41	86	2	135	37	21	18	23	1.95
17096844--17096893	25	2.0	25	96	0	91	50	20	18	12	1.78
17096802--17096933	68	2.0	66	89	3	201	40	20	18	20	1.91
17096869--17096999	42	3.0	42	81	14	165	34	19	19	25	1.96
17096885--17096981	48	2.0	48	90	4	151	37	18	18	25	1.94
17096933--17097054	43	2.9	43	86	3	140	30	21	20	27	1.98
17097463--17097555	21	4.4	21	83	0	96	5	41	15	37	1.69
17103055--17103377	9	37.0	9	71	14	248	31	1	21	45	1.61
17103131--17103169	19	2.1	19	85	9	53	30	0	17	51	1.46
17103166--17103366	88	2.3	88	95	0	357	30	0	21	46	1.58
17103485--17103522	16	2.4	16	95	0	67	31	0	21	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17103726--17103877	13	11.5	13	73	8	119	46	3	9	39	1.56
17103752--17103839	27	3.3	27	75	9	99	47	4	9	38	1.56
17103717--17103887	53	3.2	53	92	1	272	46	4	9	39	1.56
17103945--17104026	18	4.8	17	79	5	69	40	1	18	40	1.58
17103945--17104029	16	5.1	16	78	5	62	38	1	18	41	1.59
17105216--17105240	6	4.2	6	100	0	50	20	16	48	16	1.82
17107245--17108144	114	7.9	114	86	2	1047	25	23	18	32	1.97
17111808--17111841	14	2.4	14	90	0	50	41	0	5	52	1.25
17112217--17112340	59	2.1	59	80	6	133	41	16	8	33	1.79
17114369--17114431	27	2.3	27	83	0	72	4	11	4	79	1.04
17114399--17114445	21	2.2	22	85	11	62	8	10	4	76	1.13
17115278--17115367	40	2.3	39	83	12	112	38	1	5	54	1.31
17120570--17120603	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
17121313--17121708	10	40.6	10	67	16	129	59	2	1	36	1.21
17121316--17121715	19	21.2	19	66	23	97	59	2	1	36	1.21
17121346--17121642	156	1.9	156	86	6	422	57	2	1	37	1.23
17121326--17121715	29	13.5	28	68	18	137	59	2	1	36	1.20
17121570--17121714	17	7.7	18	69	22	77	63	2	0	33	1.09
17121325--17121715	156	2.5	153	78	11	420	59	2	1	36	1.21
17127996--17128241	134	1.8	134	78	3	280	31	18	13	37	1.89
17128170--17132646	572	7.9	570	80	4	4381	32	16	16	34	1.91
17132649--17134547	572	3.3	566	80	5	2034	32	16	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17135150--17135188	20	2.0	20	89	0	60	35	12	7	43	1.72
17135718--17135761	20	2.2	20	92	4	72	59	6	11	22	1.55
17136030--17136073	20	2.2	20	95	0	79	56	6	13	22	1.61
17135549--17136331	312	2.5	311	94	0	1361	34	14	18	31	1.91
17136135--17138399	571	4.0	569	79	4	2174	33	17	15	34	1.91
17142653--17142959	134	2.3	135	75	6	304	31	17	13	37	1.89
17145359--17145424	29	2.3	29	86	5	89	33	9	30	27	1.88
17145413--17145485	29	2.5	30	88	2	103	38	10	32	17	1.85
17145412--17145513	30	3.4	30	84	6	111	36	11	29	22	1.90
17145386--17145519	30	4.5	29	74	10	94	34	11	29	24	1.91
17145470--17145543	30	2.5	30	84	4	87	36	12	22	28	1.90
17145524--17145601	30	2.6	30	77	0	84	46	12	20	20	1.83
17145386--17145639	120	2.1	118	85	1	328	37	12	25	24	1.91
17146639--17146668	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
17154946--17154996	27	1.9	26	84	4	66	31	13	11	43	1.80
17160478--17160780	134	2.3	134	79	5	326	33	20	10	35	1.86
17161954--17165343	570	6.1	571	72	10	2144	33	16	16	33	1.91
17165810--17165876	27	2.5	27	77	0	71	28	13	17	40	1.88
17166567--17166633	35	1.9	36	84	6	93	32	19	11	35	1.88
17167119--17167368	134	1.9	134	84	5	335	31	17	12	38	1.88
17167927--17168228	134	2.3	133	78	3	329	33	19	9	37	1.84
17168578--17168932	134	2.6	134	83	2	428	30	20	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17167661--17169001	704	1.9	702	82	3	1665	32	18	14	34	1.91
17171304--17171342	19	2.0	21	85	10	55	35	2	2	58	1.25
17175461--17175800	134	2.5	133	77	3	342	32	18	10	37	1.85
17176779--17176862	36	2.4	36	82	6	100	34	17	8	39	1.80
17176698--17177030	134	2.5	134	77	7	361	32	18	10	38	1.85
17177402--17177677	134	2.1	133	84	2	356	30	21	11	35	1.90
17177584--17177764	97	1.9	98	89	3	285	30	22	11	35	1.89
17177441--17177897	231	2.0	231	85	3	616	30	22	12	35	1.90
17180037--17180122	8	10.8	8	71	13	52	32	1	0	66	1.00
17181712--17181779	16	4.2	16	96	0	127	26	0	35	38	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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