genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   

This is table  49  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13254663--13254844	44	4.2	44	78	8	219	29	24	18	27	1.98
13254857--13255120	85	3.1	85	89	4	392	17	26	28	27	1.98
13254947--13255085	41	3.3	42	66	13	97	15	26	28	29	1.96
13257004--13257037	14	2.4	14	95	0	59	8	23	8	58	1.56
13260587--13260664	30	2.8	28	82	9	79	57	5	3	33	1.39
13260831--13260874	17	2.6	17	85	3	63	47	0	11	40	1.39
13261001--13261040	3	13.3	3	94	0	71	62	0	2	35	1.09
13263553--13263621	22	3.2	22	80	15	81	37	15	7	39	1.76
13263579--13263626	21	2.4	20	93	6	80	37	14	10	37	1.81
13263613--13263638	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
13270136--13270187	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13272106--13272157	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
13278052--13278121	11	6.6	11	73	20	60	34	2	1	61	1.20
13278048--13278131	40	2.2	39	93	4	143	30	2	1	65	1.13
13278063--13278128	29	2.2	29	81	7	80	30	3	1	65	1.17
13282244--13282333	29	3.0	30	76	15	80	22	40	0	37	1.54
13283932--13284025	12	7.8	12	69	16	52	59	3	6	30	1.38
13284291--13284355	3	21.7	3	93	0	103	61	0	3	35	1.12
13286058--13286093	4	9.0	4	100	0	72	75	0	0	25	0.81
13286304--13286346	16	2.6	17	82	10	54	44	0	9	46	1.35
13286527--13286568	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
13287645--13287686	20	2.0	21	82	13	52	7	4	35	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13288982--13289047	21	3.2	21	62	12	55	36	18	24	21	1.95
13288982--13289064	41	2.0	41	100	0	166	37	16	28	16	1.91
13290110--13290364	88	2.8	89	85	7	313	36	21	9	32	1.86
13290425--13290507	28	3.0	28	80	7	89	66	1	2	30	1.12
13290427--13290527	29	3.7	27	78	8	89	65	0	2	30	1.14
13290517--13290587	19	3.8	19	79	5	74	66	4	5	23	1.31
13290509--13290589	37	2.2	36	82	6	99	64	3	4	27	1.31
13290539--13290616	28	2.8	29	81	11	92	61	2	5	30	1.31
13290848--13290959	19	5.8	19	75	14	86	32	2	2	62	1.23
13290847--13290973	9	13.6	9	69	17	71	30	2	2	64	1.19
13291073--13291269	91	2.1	95	84	9	255	36	11	18	33	1.87
13298004--13298049	20	2.2	21	84	7	58	43	6	8	41	1.61
13304054--13304079	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
13315688--13315718	8	3.8	8	95	4	53	48	16	0	35	1.46
13324449--13324502	28	1.9	28	88	0	81	29	25	24	20	1.99
13324855--13325071	27	8.1	27	83	7	282	23	16	19	41	1.90
13324855--13325071	53	4.1	53	84	7	262	23	16	19	41	1.90
13354355--13354379	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
13361384--13361422	19	2.1	19	100	0	78	48	15	10	25	1.76
13362729--13362918	103	1.8	103	82	6	242	22	14	28	35	1.93
13375679--13375712	2	17.0	2	87	0	50	50	0	0	50	1.00
13379475--13379537	28	2.3	28	80	2	74	20	6	7	65	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13380363--13380387	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13390111--13390151	20	2.0	20	90	9	66	14	14	4	65	1.42
13392319--13392454	45	3.1	45	69	4	123	30	25	24	19	1.98
13392441--13392905	132	3.5	132	92	0	743	29	20	23	27	1.98
13392775--13392871	44	2.2	44	81	3	115	27	21	25	24	1.99
13397409--13397437	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
13398762--13398803	21	2.0	21	86	4	59	16	28	14	40	1.88
13401440--13401487	14	3.6	14	72	11	55	54	0	16	29	1.43
13401739--13401864	41	3.1	41	82	2	119	30	17	23	28	1.97
13402077--13402157	34	2.4	34	84	8	96	34	9	16	39	1.81
13402069--13402157	32	2.7	35	81	10	100	35	8	14	40	1.78
13402291--13402319	14	2.1	14	100	0	58	31	13	13	41	1.84
13408792--13408917	41	3.1	41	84	0	144	30	16	24	28	1.97
13410829--13411065	113	2.1	112	79	7	257	32	19	21	26	1.97
13411187--13411633	114	3.9	111	72	12	302	30	19	23	26	1.98
13411227--13411719	229	2.2	227	79	8	527	30	20	23	26	1.98
13411785--13411823	21	1.9	20	89	5	60	20	0	35	43	1.52
13412657--13412691	14	2.4	15	90	4	54	20	0	37	42	1.52
13415720--13415970	36	7.5	36	77	17	288	50	13	1	34	1.53
13415720--13415970	63	3.8	63	86	9	367	50	13	1	34	1.53
13415706--13416071	9	41.4	9	74	10	231	47	14	3	33	1.62
13416032--13416078	7	6.1	7	90	9	58	53	17	0	29	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13421580--13421619	21	1.9	21	89	0	62	30	22	45	2	1.66
13421612--13421651	12	3.3	12	82	0	53	45	17	35	2	1.62
13422057--13422149	42	2.2	43	82	1	107	27	19	22	30	1.98
13422070--13422339	42	6.4	42	83	5	287	27	21	20	30	1.98
13422074--13422320	127	2.0	127	83	7	315	26	22	19	31	1.97
13422411--13422453	22	2.0	22	90	0	68	48	27	13	9	1.73
13426120--13426157	9	4.2	9	96	0	67	13	10	10	65	1.47
13430301--13430330	16	1.9	15	93	6	51	40	0	10	50	1.36
13431127--13431160	13	2.5	14	85	9	52	32	8	20	38	1.84
13435556--13435593	9	4.2	9	89	0	58	28	7	13	50	1.69
13437172--13437225	21	2.5	20	85	11	72	51	0	14	33	1.43
13441166--13441222	26	2.2	26	87	3	80	40	17	14	28	1.88
13453467--13453515	11	4.2	12	75	19	50	59	2	0	38	1.09
13459782--13459813	15	2.1	15	94	0	55	28	0	3	68	1.04
13460615--13460653	16	2.4	16	83	8	53	53	5	0	41	1.23
13468957--13469011	26	2.1	26	100	0	110	34	10	21	32	1.89
13475076--13475106	16	2.0	16	93	6	55	64	0	0	35	0.94
13482314--13482408	44	2.1	45	86	5	131	32	5	27	34	1.79
13482565--13482599	18	2.0	18	88	5	54	54	0	0	45	0.99
13482593--13482780	61	3.1	61	70	13	172	48	4	4	42	1.43
13482545--13482860	120	2.6	119	92	3	510	48	3	3	44	1.35
13482683--13482719	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13482803--13482839	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
13482777--13482872	28	3.5	28	72	14	92	52	1	2	44	1.19
13482551--13482975	226	1.8	238	82	9	556	47	3	3	45	1.36
13482851--13483027	44	3.8	44	71	18	128	47	2	3	46	1.31
13482861--13483066	91	2.3	89	87	5	286	47	3	3	45	1.36
13482937--13483078	46	3.1	45	67	12	110	47	5	3	42	1.44
13490782--13490839	21	2.8	21	70	15	57	51	10	3	34	1.53
13495582--13495890	153	2.0	153	100	0	618	29	20	22	27	1.98
13496182--13496328	72	2.0	72	97	0	276	20	17	19	43	1.88
13496756--13496810	25	2.3	24	87	9	78	18	1	3	76	1.02
13496859--13496959	21	4.9	21	75	18	97	40	2	0	56	1.14
13496859--13496946	39	2.4	37	82	14	103	40	2	0	56	1.11
13496859--13496946	38	2.4	38	82	14	105	40	2	0	56	1.11
13497019--13497097	22	3.5	22	78	11	81	41	0	1	56	1.07
13497086--13497114	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
13497075--13497157	12	6.8	12	74	16	55	39	2	3	54	1.31
13497261--13497312	21	2.5	21	87	0	77	59	0	1	38	1.08
13504830--13504859	7	4.1	7	91	8	51	46	0	0	53	1.00
13504830--13504859	15	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
13504939--13504982	20	2.2	19	84	8	52	50	2	4	43	1.35
13504940--13504992	21	2.5	22	72	12	56	49	1	3	45	1.31
13505110--13505179	20	3.4	22	83	15	87	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13505108--13505251	21	7.2	20	72	21	88	54	2	0	43	1.11
13505089--13505213	55	2.2	57	81	14	154	55	0	0	44	0.99
13505161--13505198	14	2.7	14	88	8	51	60	0	0	39	0.97
13505141--13505220	36	2.3	37	89	8	123	58	0	0	41	0.98
13505175--13505251	22	3.5	22	75	18	79	53	3	0	42	1.19
13505248--13505295	11	4.4	11	75	0	51	75	8	4	12	1.18
13505257--13505319	15	4.1	15	72	8	54	74	4	4	15	1.16
13508653--13508779	40	3.2	39	81	8	123	32	22	25	20	1.98
13508670--13508804	40	3.4	40	79	6	141	35	21	22	20	1.96
13509337--13509375	14	2.8	14	84	0	51	20	0	43	35	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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