genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  62  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16796191--16796236	22	2.1	22	100	0	92	39	0	4	56	1.19
16804365--16804449	26	3.3	25	75	6	80	49	3	2	44	1.32
16804454--16804537	39	2.2	38	81	10	98	53	4	2	39	1.35
16812513--16812612	42	2.4	42	89	3	148	21	29	12	38	1.89
16830581--16830630	19	2.7	18	81	6	55	46	4	12	38	1.60
16831337--16831480	72	2.0	72	100	0	288	43	11	26	19	1.84
16833663--16833930	43	6.2	43	85	5	335	21	20	27	30	1.98
16833663--16833930	129	2.1	129	89	0	401	21	20	27	30	1.98
16833883--16834002	43	2.8	42	76	13	136	30	30	19	20	1.97
16834156--16834185	9	3.2	9	90	9	51	66	3	0	30	1.07
16834349--16834460	21	5.3	21	80	0	89	8	42	14	34	1.75
16834349--16834441	42	2.2	42	82	0	114	7	44	13	34	1.73
16834471--16834601	66	2.0	66	89	3	201	15	25	19	39	1.90
16840037--16840080	16	2.8	16	82	0	52	34	0	15	50	1.45
16840105--16840404	9	35.3	9	65	20	69	39	2	15	43	1.58
16840107--16840238	16	7.8	16	72	11	70	37	1	18	42	1.59
16840141--16840370	69	3.2	68	72	19	184	41	2	13	42	1.56
16840283--16840648	31	11.8	31	72	19	252	38	2	11	48	1.52
16840353--16840404	16	3.1	16	88	5	77	32	0	21	46	1.52
16840460--16840638	53	3.3	54	77	10	179	37	2	9	49	1.50
16840430--16840638	84	2.5	82	89	6	316	37	2	10	49	1.51
16840430--16840625	22	9.3	22	68	19	82	37	2	9	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16840692--16840762	29	2.4	29	95	0	133	38	7	12	42	1.70
16843288--16843339	27	1.9	27	88	0	77	50	9	0	40	1.35
16843407--16843443	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
16844342--16844518	82	2.2	82	96	0	327	35	19	15	29	1.93
16844658--16844851	41	4.7	41	77	5	178	38	22	21	17	1.93
16844662--16844853	82	2.3	82	93	1	323	39	22	21	16	1.92
16846126--16846292	89	1.9	86	85	6	228	31	13	12	42	1.82
16846356--16846512	86	1.8	85	91	4	262	36	10	12	40	1.77
16846471--16846682	84	2.7	74	74	13	217	32	12	10	43	1.77
16846522--16846703	84	2.2	84	84	4	233	32	12	10	45	1.75
16853424--16853461	19	2.0	19	90	10	60	34	0	0	65	0.93
16853443--16853477	12	2.8	12	95	4	61	37	0	0	62	0.95
16853430--16853491	17	3.8	17	72	25	53	40	0	0	59	0.97
16853435--16853494	30	2.0	31	83	9	79	38	0	0	61	0.96
16853571--16853627	9	6.7	9	75	18	59	38	0	0	61	0.96
16853571--16853622	16	3.2	16	94	2	86	36	0	0	63	0.95
16853780--16853813	16	2.1	17	88	5	52	44	0	0	55	0.99
16853769--16853815	23	2.0	23	84	12	60	46	0	0	53	1.00
16865605--16865771	89	1.9	86	85	6	228	31	13	12	42	1.82
16865835--16865991	86	1.8	85	91	4	262	36	10	12	40	1.77
16865950--16866161	84	2.7	74	74	13	217	32	12	10	43	1.77
16866001--16866182	84	2.2	84	84	4	233	32	12	10	45	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16872993--16873057	32	2.0	33	87	6	96	36	0	0	63	0.95
16873018--16873056	19	2.1	19	90	4	62	41	0	0	58	0.98
16873001--16873038	13	2.7	14	88	12	60	36	0	0	63	0.95
16873138--16873191	17	3.2	16	80	12	63	35	0	0	64	0.94
16873142--16873196	9	6.2	9	79	10	60	36	0	0	63	0.95
16873138--16873193	19	3.2	18	90	7	80	33	0	0	66	0.92
16873141--16873201	20	3.3	19	84	8	74	39	0	0	60	0.97
16873250--16873313	29	2.2	30	82	2	76	35	0	0	64	0.94
16873341--16873381	21	1.9	22	90	5	66	46	0	0	53	1.00
16875976--16876024	24	2.0	25	84	4	64	32	18	24	24	1.97
16880693--16880753	22	2.9	22	83	16	85	60	0	0	39	0.97
16880696--16880789	19	4.8	20	73	21	76	59	0	0	40	0.97
16880744--16880789	22	2.1	23	88	8	69	56	0	0	43	0.99
16880826--16880889	8	8.0	8	76	10	51	76	1	4	17	1.03
16880831--16880889	23	2.5	23	86	10	75	76	1	5	16	1.05
16880894--16880918	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
16890438--16890497	20	2.9	21	78	16	72	40	1	3	55	1.27
16893960--16894459	113	4.5	111	91	5	816	44	15	17	23	1.86
16895722--16896531	113	7.2	113	85	7	974	29	16	14	39	1.88
16902603--16902646	21	2.1	21	100	0	88	25	27	13	34	1.93
16907356--16907404	23	2.1	23	81	7	55	57	16	12	14	1.66
16921535--16921579	17	2.8	17	83	12	51	51	6	6	35	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16923425--16923676	43	5.9	43	82	1	290	26	28	19	25	1.99
16923425--16923656	85	2.7	85	83	2	295	27	28	19	25	1.99
16923765--16923798	16	2.1	16	88	0	50	55	8	0	35	1.31
16924039--16924068	15	2.0	15	93	0	51	16	33	0	50	1.46
16924029--16924064	18	2.0	18	88	0	54	16	33	0	50	1.46
16924029--16924055	6	4.5	6	100	0	54	18	33	0	48	1.49
16928380--16928481	47	2.1	47	89	5	152	46	0	7	46	1.32
16928476--16928516	15	2.6	17	77	18	52	14	7	0	78	0.96
16928981--16929007	14	1.9	14	100	0	54	37	37	0	25	1.57
16929216--16929281	22	3.1	21	74	8	55	31	45	3	19	1.66
16929285--16929327	17	2.6	17	89	7	63	41	27	0	30	1.56
16929318--16929354	19	1.9	19	94	0	65	40	27	0	32	1.57
16929707--16930244	114	4.7	114	93	0	889	26	24	20	28	1.99
16929707--16930239	227	2.3	227	93	0	904	27	24	20	27	1.99
16930495--16930568	35	2.0	35	87	7	103	28	13	8	50	1.70
16930648--16930711	27	2.4	27	92	2	103	51	4	3	40	1.38
16935939--16935967	15	1.9	15	100	0	58	6	34	0	58	1.25
16941274--16941369	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
16941916--16941995	21	3.9	21	79	7	85	68	13	16	1	1.27
16945026--16945121	31	3.1	31	95	3	174	31	9	13	45	1.75
16945423--16945453	4	8.0	4	92	7	55	25	0	0	74	0.82
16955424--16955460	14	2.5	16	83	16	53	72	0	5	21	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16956145--16956187	20	2.2	19	83	8	50	67	6	0	25	1.15
16956280--16956327	9	5.3	9	84	0	60	22	8	29	39	1.83
16956640--16956703	32	2.0	32	93	6	112	53	4	12	29	1.59
16957496--16957534	20	2.0	21	90	10	64	43	0	0	56	0.99
16957402--16957676	110	2.6	108	80	6	283	33	10	10	46	1.72
16959372--16959501	42	3.1	42	83	4	129	42	16	22	19	1.89
16959402--16959469	21	3.2	21	68	0	64	41	13	25	20	1.88
16966982--16967090	3	36.3	3	83	3	139	61	0	7	31	1.23
16967317--16967354	20	1.9	19	89	5	58	68	0	7	23	1.16
16967286--16967355	24	2.9	25	70	18	67	67	0	8	24	1.19
16968051--16968087	5	7.6	5	88	11	51	81	0	0	18	0.70
16968662--16968991	50	6.7	49	74	12	221	27	17	20	35	1.94
16968717--16968891	92	1.9	92	83	4	228	26	16	22	34	1.95
16969092--16969270	46	3.9	46	85	2	243	29	24	17	27	1.98
16969065--16969290	92	2.4	92	75	8	231	28	26	16	27	1.97
16971839--16971874	8	4.6	8	86	6	56	86	0	2	11	0.68
16971839--16971874	15	2.3	16	95	4	65	86	0	2	11	0.68
16971837--16971879	14	3.1	14	78	21	54	83	0	4	11	0.78
16972472--16972516	20	2.3	20	85	7	58	11	11	31	46	1.74
16973229--16973810	99	5.9	99	95	0	961	24	24	21	29	1.99
16978858--16978953	50	1.9	50	100	0	192	26	28	21	23	1.99
16982770--16982813	8	5.6	8	89	5	72	88	0	0	11	0.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16983403--16983447	20	2.3	20	85	7	58	11	11	31	46	1.74
16983662--16983686	12	2.1	12	100	0	50	36	8	32	24	1.84
16993833--16993866	16	2.1	16	88	0	50	44	20	14	20	1.87
16995353--16995428	3	25.3	3	73	5	64	59	1	9	30	1.37
16998247--16998787	47	11.5	47	76	5	425	40	17	12	29	1.87
16998247--16998787	70	7.7	70	78	2	499	40	17	12	29	1.87
16998293--16998790	141	3.5	141	90	2	727	40	17	12	29	1.86
16999573--16999685	43	2.6	44	78	12	110	25	30	18	25	1.98
17000487--17000563	38	2.0	38	100	0	154	33	12	10	42	1.77
17006040--17006592	24	23.3	24	75	8	447	41	17	12	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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