genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  31  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8414550--8414606	19	2.9	19	84	7	71	38	1	1	57	1.19
8415906--8415964	22	2.7	22	81	0	73	23	22	30	23	1.99
8421927--8422201	113	2.5	105	81	9	336	37	14	18	30	1.90
8421926--8422202	112	2.5	111	84	7	345	37	14	18	29	1.90
8422321--8422638	111	2.9	110	87	7	423	32	16	15	36	1.89
8423613--8423718	50	2.3	43	78	20	140	27	24	16	32	1.96
8423507--8423780	51	5.3	50	90	6	413	28	25	14	32	1.95
8430851--8430936	21	4.1	21	76	0	91	39	13	25	20	1.90
8430862--8430970	42	2.6	42	82	2	121	43	13	23	19	1.87
8436538--8436573	19	1.9	18	94	5	63	72	2	0	25	0.98
8436538--8436575	10	3.9	10	86	6	60	71	2	0	26	1.00
8439063--8439087	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8448239--8448280	19	2.2	19	86	0	57	19	2	9	69	1.28
8451526--8451590	27	2.3	29	92	5	107	24	15	26	33	1.95
8452392--8452422	16	1.9	16	93	0	53	41	16	12	29	1.85
8453164--8453193	9	3.3	9	90	0	51	56	13	0	30	1.37
8453328--8453366	21	1.9	20	94	5	69	48	0	5	46	1.24
8453328--8453369	11	3.9	11	75	6	50	52	0	4	42	1.22
8457644--8457720	21	3.5	21	68	16	66	71	1	11	15	1.21
8457646--8457738	45	2.1	45	100	0	186	69	2	15	12	1.27
8458443--8458972	178	3.0	178	95	0	961	43	15	14	26	1.85
8461931--8461998	19	3.5	19	89	4	100	38	17	29	14	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8461928--8462014	21	4.4	19	89	2	102	40	17	28	13	1.88
8461928--8462014	40	2.2	40	87	8	124	40	17	28	13	1.88
8464595--8464703	44	2.5	44	86	2	141	25	18	27	28	1.98
8466288--8466330	17	2.5	17	81	7	52	48	2	4	44	1.36
8472609--8472774	39	4.3	39	88	0	251	29	4	21	44	1.72
8474157--8474201	22	2.0	22	83	8	56	51	17	0	31	1.46
8474369--8474417	22	2.2	22	96	0	89	30	24	16	28	1.96
8479200--8479231	6	5.3	6	100	0	64	18	15	31	34	1.93
8482907--8482950	3	14.7	3	95	0	79	65	2	31	0	1.05
8486627--8486756	28	4.6	28	76	5	127	38	15	23	23	1.92
8486627--8486756	57	2.3	57	81	1	154	38	15	23	23	1.92
8488495--8488612	34	3.5	34	86	0	146	44	15	8	32	1.76
8500853--8501004	37	3.9	37	81	13	173	26	21	15	36	1.94
8500921--8501370	46	9.6	46	82	13	515	28	21	14	35	1.93
8500964--8501077	52	2.2	53	91	1	185	28	21	13	36	1.91
8500921--8501370	98	4.7	98	85	8	651	28	21	14	35	1.93
8501065--8501185	37	3.0	37	78	19	143	26	20	14	38	1.92
8500888--8501370	181	2.6	181	92	4	768	27	21	15	36	1.93
8501145--8501364	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
8504351--8504443	18	5.2	18	81	0	114	32	13	23	30	1.94
8504351--8504443	36	2.6	36	85	0	132	32	13	23	30	1.94
8514439--8514584	37	4.0	37	91	1	233	24	22	16	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8514548--8514862	46	6.6	46	83	8	378	29	21	13	34	1.92
8514656--8514848	52	3.8	52	87	8	290	30	22	13	33	1.92
8514548--8514862	98	3.3	98	91	2	471	29	21	13	34	1.92
8514547--8514862	144	2.2	138	81	9	398	29	22	13	34	1.92
8527550--8527619	29	2.5	28	74	4	68	60	0	4	35	1.17
8528367--8528422	17	3.3	17	75	7	60	41	3	1	53	1.29
8529334--8529386	17	3.2	16	80	15	56	16	0	5	77	0.96
8530138--8530188	3	17.3	3	87	4	77	29	1	0	68	1.00
8533035--8533081	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
8538561--8538633	27	2.7	26	77	12	76	56	1	1	41	1.16
8538561--8538644	27	3.2	25	75	17	73	58	1	1	39	1.14
8539268--8539301	16	2.1	17	94	5	61	14	5	17	61	1.52
8543633--8543679	16	2.9	16	83	3	58	17	4	17	61	1.49
8547515--8547570	20	2.5	22	83	11	62	58	1	0	39	1.08
8547515--8547558	22	1.9	24	86	9	65	56	2	0	40	1.11
8547562--8547614	22	2.5	20	80	14	54	49	1	7	41	1.42
8552138--8552203	9	7.6	9	81	10	66	48	18	0	33	1.48
8552319--8552343	7	3.6	7	100	0	50	32	12	16	40	1.84
8556422--8556604	33	5.7	31	71	23	114	32	27	19	20	1.97
8556281--8556607	101	3.2	102	93	1	557	31	27	18	22	1.97
8571496--8571533	20	1.9	19	85	15	51	47	0	0	52	1.00
8587448--8587545	30	3.2	30	86	13	146	35	2	0	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8587456--8587511	20	2.6	22	83	13	80	37	3	0	58	1.15
8587486--8587545	12	4.3	13	71	21	50	35	1	0	63	1.05
8587465--8587505	20	2.0	20	100	0	82	36	4	0	58	1.20
8587465--8587532	18	3.8	18	72	20	63	35	2	0	61	1.11
8587527--8587580	28	2.0	26	82	7	63	31	0	3	64	1.11
8590120--8590159	9	4.4	9	93	0	71	42	22	10	25	1.84
8590262--8590305	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8595416--8595458	3	14.3	3	85	0	59	30	2	2	65	1.18
8602113--8602145	14	2.3	15	89	5	50	27	12	33	27	1.92
8603469--8604121	88	7.4	88	89	1	959	28	26	23	21	1.99
8603933--8604067	43	3.1	43	65	8	110	25	27	26	20	1.99
8603957--8604099	44	3.2	45	65	8	123	23	25	25	24	2.00
8604134--8604255	44	2.8	43	87	5	165	27	18	25	27	1.98
8605971--8606519	107	5.1	107	89	2	807	34	18	17	30	1.94
8605971--8606507	215	2.5	215	93	1	911	34	18	17	29	1.94
8607097--8607123	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
8608808--8608864	3	19.3	3	84	10	73	35	1	0	63	1.05
8608803--8608862	29	2.1	29	84	6	77	31	1	1	65	1.13
8613132--8613156	13	1.9	13	100	0	50	88	8	0	4	0.64
8613130--8613170	22	1.9	21	85	5	55	87	4	2	4	0.72
8613128--8613170	23	1.9	22	85	4	59	86	6	2	4	0.79
8613666--8613705	7	5.7	7	85	8	55	77	0	10	12	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8613667--8613696	13	2.3	13	94	0	51	76	0	10	13	1.01
8613665--8613704	20	2.0	21	95	5	73	77	0	10	12	0.99
8615038--8616117	50	21.6	50	67	3	517	30	23	24	21	1.99
8615033--8616129	100	11.0	100	88	0	1500	29	23	24	21	1.99
8619718--8619760	3	14.3	3	85	0	59	30	2	2	65	1.18
8627250--8627281	6	5.3	6	100	0	64	0	0	50	50	1.00
8638144--8638175	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
8642607--8642638	9	3.6	9	100	0	64	12	0	9	78	0.97
8642716--8642764	23	2.1	23	96	0	89	36	14	10	38	1.80
8644585--8644611	7	3.9	7	100	0	54	59	11	0	29	1.32
8647246--8647292	20	2.3	21	85	7	62	40	12	0	46	1.42
8648867--8649206	102	3.4	101	80	7	338	27	16	26	29	1.97
8648867--8649202	51	6.7	50	73	11	203	27	16	26	29	1.97
8649024--8649202	50	3.6	49	86	8	238	28	14	27	29	1.95
8652535--8652563	9	3.3	9	90	9	51	89	0	0	10	0.48
8654389--8654437	24	2.0	25	84	7	66	67	0	0	32	0.91
8654632--8654675	22	2.0	22	100	0	88	27	18	13	40	1.88
8658129--8658251	60	2.0	60	100	0	246	37	16	17	28	1.92
8673563--8673615	21	2.5	21	87	0	70	28	37	11	22	1.89
8673996--8674200	89	2.3	91	90	1	315	44	3	3	47	1.39
8688890--8688930	22	1.9	22	90	5	66	48	26	0	24	1.51
8690169--8690228	9	6.4	9	78	12	50	66	3	3	26	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8693071--8693115	23	2.0	23	90	0	72	2	31	6	60	1.35
8693078--8693224	38	4.1	38	65	23	95	3	25	6	64	1.34
8693078--8693227	66	2.3	66	95	2	266	3	26	7	63	1.36
8693094--8693234	38	4.0	38	74	20	142	4	26	8	60	1.44
8693078--8693253	66	2.7	66	86	3	158	4	25	9	60	1.46
8696153--8696194	18	2.5	17	85	11	52	42	2	0	54	1.13
8696155--8696562	120	3.4	120	93	2	680	42	1	5	50	1.36
8696278--8696329	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
8696511--8696559	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
8696511--8696565	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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