genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.77.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  77  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21076066--21076292	91	2.5	91	87	0	310	26	26	10	37	1.88
21076220--21076292	30	2.4	31	86	2	94	26	23	8	42	1.82
21079228--21079283	29	1.9	29	89	7	87	46	3	0	50	1.19
21079307--21079381	25	3.3	22	71	14	62	50	0	0	49	1.00
21079536--21079584	21	2.3	21	82	0	53	34	26	10	28	1.89
21082548--21082599	22	2.5	19	76	14	50	28	1	15	53	1.52
21085029--21085054	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21085823--21085855	16	2.1	16	100	0	66	30	18	6	45	1.73
21089342--21089380	15	2.6	15	91	0	60	35	2	5	56	1.35
21089358--21089398	12	3.7	11	81	18	50	31	0	4	63	1.15
21091168--21091203	17	2.2	16	90	5	54	63	0	0	36	0.94
21093298--21093335	19	2.1	18	85	14	51	2	5	23	68	1.23
21098722--21099018	50	5.8	50	78	5	249	28	20	26	24	1.99
21105113--21105294	50	3.6	50	88	0	247	26	21	29	21	1.99
21105124--21105356	50	4.7	49	83	3	182	28	21	27	23	1.99
21110120--21110163	21	2.2	20	84	12	54	45	4	13	36	1.64
21113584--21113647	3	21.3	3	96	0	119	67	0	32	0	0.91
21114602--21114797	43	4.6	42	84	5	216	31	28	16	23	1.96
21119342--21119372	16	1.9	16	100	0	62	61	25	12	0	1.32
21120700--21120741	21	2.0	21	85	0	57	30	45	2	21	1.65
21121395--21121494	41	2.5	40	90	4	155	28	30	22	20	1.98
21121470--21121519	25	2.0	26	92	4	84	32	26	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21121429--21121561	66	2.0	67	91	1	214	30	29	20	19	1.97
21121495--21121574	41	2.0	41	92	0	133	30	32	20	17	1.95
21129398--21129449	17	3.1	17	82	0	68	36	5	21	36	1.77
21138609--21138652	9	5.1	9	78	10	56	52	4	0	43	1.22
21138670--21138705	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
21143371--21143427	22	2.6	22	86	2	80	14	29	26	29	1.95
21145145--21145195	14	3.6	14	71	10	50	47	0	5	47	1.26
21151246--21151292	23	2.0	23	100	0	94	29	12	17	40	1.86
21153131--21153164	13	2.6	13	85	0	50	0	14	2	82	0.79
21155004--21155039	17	2.1	17	100	0	72	27	13	5	52	1.63
21155709--21155751	18	2.4	18	80	7	52	34	2	2	60	1.22
21160828--21160879	27	2.0	28	85	11	74	57	3	0	38	1.17
21164821--21164875	27	2.0	27	86	10	76	67	1	1	29	1.11
21164824--21164883	18	3.2	18	79	13	59	68	1	1	28	1.09
21164821--21164876	28	2.0	28	83	13	71	67	1	1	28	1.10
21164849--21164894	19	2.3	20	81	3	58	63	2	4	30	1.26
21164816--21164959	10	14.7	10	67	16	54	62	2	4	30	1.27
21164844--21164959	49	2.4	48	74	11	119	62	2	6	28	1.32
21165169--21165235	29	2.3	29	82	5	82	38	1	1	58	1.17
21165171--21165237	10	7.0	10	71	10	50	37	1	1	59	1.16
21165350--21165588	93	2.6	90	75	6	212	33	11	17	36	1.86
21166042--21166109	16	4.2	16	92	0	109	27	0	35	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21166090--21166184	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
21166346--21166380	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21166304--21166376	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
21166493--21166527	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21166265--21166539	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
21166513--21166691	55	3.1	54	64	22	128	49	7	2	41	1.43
21166613--21166647	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
21166723--21166754	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
21166476--21166768	120	2.4	120	92	2	482	50	5	2	42	1.36
21169405--21169439	14	2.4	14	95	4	61	65	0	25	8	1.21
21169415--21169459	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
21174717--21174819	43	2.4	43	86	3	154	29	7	15	47	1.73
21190301--21190331	16	1.9	16	100	0	62	22	12	0	64	1.27
21196292--21196329	7	5.4	7	93	0	58	44	31	0	23	1.54
21196292--21196334	14	3.1	14	86	0	59	39	34	0	25	1.56
21196292--21196334	21	2.0	21	90	0	68	39	34	0	25	1.56
21196359--21196404	22	2.1	22	84	4	58	47	36	2	13	1.54
21196799--21196838	18	2.2	18	91	8	64	22	2	0	75	0.93
21198283--21198381	33	3.1	32	70	8	85	59	3	1	36	1.20
21198366--21198497	59	2.3	58	87	8	182	46	2	0	50	1.19
21200183--21200226	22	1.9	24	86	9	65	43	2	13	40	1.57
21200253--21200304	19	2.7	19	72	21	54	40	7	11	40	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21200440--21200496	21	2.7	21	94	0	96	47	12	10	29	1.74
21200440--21200515	21	3.7	21	89	5	93	44	15	9	30	1.78
21201428--21201529	52	2.0	52	86	7	145	15	34	21	28	1.94
21201822--21201900	23	3.3	23	91	3	113	44	25	6	24	1.77
21215442--21215475	17	2.0	17	94	0	59	26	0	5	67	1.13
21217799--21217856	23	2.4	25	88	5	84	46	25	5	22	1.72
21222367--21222432	33	2.0	33	94	5	116	39	3	24	33	1.71
21222517--21222560	22	1.9	24	86	9	65	45	2	11	40	1.53
21223246--21223320	38	2.0	38	81	0	87	36	4	26	33	1.75
21225113--21225177	20	3.1	21	88	4	87	69	0	1	29	0.98
21227680--21227706	12	2.2	12	100	0	54	55	0	44	0	0.99
21228334--21228377	15	2.9	17	71	28	53	36	9	0	54	1.32
21230764--21231007	49	5.0	47	87	2	274	46	11	9	32	1.71
21230772--21231007	48	4.9	48	87	2	262	46	11	9	32	1.72
21239017--21239049	16	2.1	16	94	0	57	42	3	33	21	1.68
21239027--21239123	44	2.2	44	85	5	124	34	4	28	32	1.76
21239280--21239320	18	2.4	17	84	11	57	53	2	2	41	1.27
21249403--21249471	22	3.2	22	64	12	61	31	10	2	55	1.48
21249392--21249479	43	2.0	43	100	0	176	36	9	2	52	1.46
21254769--21254810	20	2.1	20	86	0	57	19	30	30	19	1.96
21267132--21267168	18	2.0	19	89	5	58	51	0	43	5	1.24
21267549--21267593	22	2.0	22	83	8	56	53	2	4	40	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21268825--21268935	51	2.2	52	80	1	125	28	20	8	42	1.81
21273296--21273365	32	2.2	32	81	0	77	20	22	35	21	1.96
21289264--21289302	19	2.0	20	85	5	53	12	38	2	46	1.56
21289482--21289517	18	2.0	18	88	0	54	13	5	8	72	1.27
21291531--21291558	10	2.8	10	100	0	56	17	17	0	64	1.30
21293549--21293710	23	7.0	23	73	8	91	22	14	20	42	1.88
21293582--21293684	46	2.2	46	82	3	118	20	16	20	42	1.89
21293617--21293707	46	2.0	46	80	4	103	24	15	18	41	1.89
21300196--21300447	24	10.8	24	71	15	161	55	4	5	34	1.44
21300193--21300481	69	4.1	67	74	10	199	54	4	6	34	1.47
21300311--21300441	23	5.7	22	79	11	97	56	3	6	34	1.40
21300285--21300490	47	4.4	46	75	9	152	55	4	6	33	1.45
21300285--21300465	70	2.6	69	75	7	177	56	4	6	33	1.44
21301574--21301732	41	3.9	41	94	0	273	20	23	27	28	1.99
21302503--21302534	15	2.1	16	94	5	57	21	0	31	46	1.52
21302652--21302692	21	1.9	22	90	5	66	29	0	34	36	1.58
21302656--21302723	30	2.3	30	80	10	77	29	0	36	33	1.58
21303011--21303065	23	2.4	23	80	14	69	23	0	45	30	1.53
21308445--21308665	43	5.2	43	88	2	293	23	18	27	30	1.97
21308459--21308665	86	2.4	86	91	0	326	24	18	26	29	1.98
21311839--21311879	21	2.0	21	95	0	73	12	26	4	56	1.56
21315352--21315405	24	2.2	24	93	0	90	64	0	20	14	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21316884--21317004	35	3.4	35	68	15	113	47	5	7	39	1.56
21321957--21321999	14	3.0	14	79	3	50	34	6	37	20	1.80
21327388--21327459	35	2.1	35	86	5	101	29	8	31	30	1.87
21327395--21327470	35	2.2	35	83	4	91	28	7	32	30	1.86
21342961--21343013	17	3.1	17	86	0	79	50	3	22	22	1.64
21346069--21346101	17	1.9	17	100	0	66	42	6	27	24	1.78
21347901--21347933	17	1.9	17	93	0	57	39	0	9	51	1.34
21347996--21348410	138	3.0	134	90	4	627	45	4	8	40	1.56
21351578--21351656	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
21351773--21352005	47	4.8	49	95	4	388	30	30	7	31	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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