genome.fa.s14.2.7.7.80.10.50.1000.55.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  64473564

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
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This is table  55  of  213  ( 25468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14835603--14835684	31	2.6	32	94	5	150	60	0	2	36	1.10
14835630--14835667	20	1.9	19	94	5	67	65	0	2	31	1.06
14835659--14835703	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
14837224--14837541	107	3.0	107	89	0	483	33	17	18	31	1.94
14838315--14838345	13	2.3	14	94	5	55	70	12	0	16	1.16
14842323--14842348	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
14844282--14844322	20	2.0	20	95	0	73	48	14	17	19	1.81
14844923--14845043	65	1.9	64	94	1	215	38	12	18	30	1.87
14847295--14847379	14	6.1	14	71	5	55	37	15	15	31	1.88
14847279--14847378	28	3.6	28	77	10	80	41	15	13	31	1.84
14847278--14847385	42	2.6	42	80	0	117	41	13	13	30	1.84
14847960--14848087	54	2.4	54	81	0	139	21	26	27	25	1.99
14849418--14849538	54	2.2	54	82	0	143	20	23	26	29	1.99
14854945--14855080	49	2.8	49	81	0	155	27	27	16	27	1.97
14858420--14858502	33	2.5	33	84	3	96	49	14	4	31	1.64
14859145--14859701	275	2.0	277	90	2	870	41	7	5	45	1.56
14859145--14859701	138	4.0	137	88	1	810	41	7	5	45	1.56
14861549--14861676	45	2.9	44	81	8	159	22	21	14	41	1.89
14863840--14863914	20	3.7	20	75	10	64	25	12	10	52	1.70
14872224--14872310	44	2.0	44	88	6	133	21	8	14	55	1.66
14889776--14889960	101	1.8	101	83	3	246	26	18	24	30	1.98
14905982--14906022	19	2.1	20	82	13	50	41	17	0	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14906051--14906250	82	2.4	82	83	9	241	24	27	18	29	1.98
14906052--14906201	41	3.7	41	94	1	248	23	28	19	28	1.98
14911536--14911564	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
14916325--14916367	18	2.3	19	80	4	52	41	2	48	6	1.43
14919219--14919269	26	2.0	26	84	0	66	29	29	17	23	1.97
14922311--14922342	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
14922503--14922673	43	4.0	42	74	11	127	32	26	18	22	1.97
14927787--14927859	34	2.1	35	97	2	139	41	5	17	35	1.73
14928577--14928650	22	3.4	22	82	0	85	17	16	24	41	1.89
14928896--14929058	43	3.8	43	82	4	195	29	25	19	25	1.99
14930303--14930415	7	15.7	7	67	12	50	40	37	0	21	1.59
14930366--14930410	15	3.0	15	93	0	72	44	37	0	17	1.49
14930434--14930478	14	3.2	14	80	0	54	51	31	0	17	1.46
14930633--14930666	15	2.3	15	89	0	50	41	44	0	14	1.45
14930681--14930715	14	2.5	14	85	0	52	37	40	0	22	1.55
14931064--14931208	41	3.5	41	89	1	202	31	30	15	22	1.95
14948653--14948860	91	2.3	91	91	0	326	45	2	3	48	1.35
14948653--14948791	47	3.0	44	68	18	122	45	2	5	46	1.39
14948764--14948835	26	2.6	28	84	8	85	41	0	4	54	1.20
14948685--14948828	47	3.1	47	69	16	138	43	1	4	51	1.29
14948693--14948835	44	3.2	43	68	16	119	44	1	3	50	1.27
14948864--14949058	59	3.4	55	69	18	146	42	2	3	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14948876--14949168	120	2.4	120	90	3	448	42	3	5	49	1.40
14949001--14949052	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
14949136--14949171	15	2.3	16	90	4	56	41	0	5	52	1.24
14949105--14949419	155	2.0	157	93	1	535	47	5	3	44	1.41
14949272--14949306	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14949468--14949562	45	2.1	44	88	1	136	33	27	6	32	1.82
14949541--14949578	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
14952870--14952906	6	6.5	6	84	9	51	10	0	16	72	1.10
14952868--14952907	18	2.3	17	91	4	62	10	0	17	72	1.11
14962119--14962167	20	2.6	19	81	12	57	65	0	2	32	1.04
14967053--14967148	49	2.0	47	84	7	124	29	10	9	51	1.67
14973638--14973703	13	5.1	13	85	7	89	37	28	6	27	1.80
14974634--14974685	25	2.1	25	96	0	95	36	11	11	40	1.78
14975837--14975954	30	3.9	30	88	0	128	28	16	21	33	1.94
14988015--14988069	28	2.0	28	89	7	85	21	7	12	58	1.59
14994430--14994502	28	2.6	28	86	4	94	34	16	23	26	1.95
15001515--15001589	11	6.7	11	77	7	62	21	26	4	48	1.68
15001647--15001683	19	1.9	19	88	0	56	45	0	0	54	1.00
15002802--15002827	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
15004067--15004110	8	5.2	8	80	20	54	52	0	0	47	1.00
15004074--15004127	19	2.8	19	97	0	99	48	0	0	51	1.00
15004071--15004124	12	4.2	13	80	20	60	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15004158--15004243	22	4.0	21	88	8	120	44	32	0	23	1.54
15004158--15004243	43	2.0	44	88	6	131	44	32	0	23	1.54
15007341--15007773	124	3.5	124	91	0	688	30	21	17	30	1.96
15007896--15007938	22	2.0	22	90	0	68	48	34	0	16	1.46
15010937--15010992	6	9.3	6	81	14	62	35	1	28	33	1.68
15011070--15011095	10	2.6	10	100	0	52	26	19	0	53	1.45
15020730--15020803	30	2.6	30	76	6	91	52	0	0	47	1.00
15033047--15033150	49	2.1	49	90	0	163	29	8	11	50	1.69
15034529--15034581	26	2.0	26	85	7	72	49	0	1	49	1.12
15034588--15034778	61	3.2	61	72	11	212	43	1	4	50	1.32
15034544--15034813	120	2.2	120	98	0	513	43	1	4	51	1.28
15034958--15035051	46	2.1	46	90	4	147	35	29	5	29	1.80
15035033--15035070	16	2.4	16	90	0	58	26	31	2	39	1.70
15035528--15035619	27	3.3	26	75	22	80	38	0	5	56	1.22
15036892--15036920	8	3.8	8	95	4	51	65	0	0	34	0.93
15037322--15037388	30	2.2	30	79	12	75	37	1	5	55	1.34
15069130--15069196	16	4.2	16	84	0	98	58	1	11	28	1.43
15069339--15069371	17	1.9	17	88	11	50	57	0	3	39	1.14
15071727--15071801	20	3.8	19	75	8	71	44	13	9	33	1.76
15075298--15075333	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
15075546--15075600	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
15075731--15075891	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15077695--15077750	22	2.5	22	94	2	94	35	17	12	33	1.88
15102166--15102870	355	2.0	355	92	0	1187	34	13	23	28	1.93
15104107--15104139	17	1.9	17	93	0	57	42	9	24	24	1.83
15121833--15121877	22	2.0	24	91	8	76	53	0	22	24	1.46
15131266--15131297	16	2.0	17	88	11	50	31	3	0	65	1.08
15141471--15141516	4	11.5	4	100	0	92	50	26	0	23	1.50
15145377--15145449	25	2.9	24	76	15	76	21	21	20	35	1.96
15147475--15147529	24	2.3	24	93	0	92	29	16	5	49	1.68
15169001--15169027	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
15169826--15169854	15	1.9	15	100	0	58	55	0	20	24	1.44
15172886--15172981	50	1.9	50	86	0	138	36	14	20	28	1.92
15177977--15178020	18	2.3	19	84	7	63	50	0	6	43	1.29
15179290--15179335	15	2.9	17	78	15	55	41	0	13	45	1.43
15188963--15188996	6	5.7	6	100	0	68	70	0	0	29	0.87
15193708--15193772	17	3.8	17	83	2	67	33	4	13	47	1.64
15193938--15194225	124	2.3	126	82	3	321	28	14	23	32	1.95
15198181--15198225	10	4.5	10	80	0	54	48	20	2	28	1.61
15206191--15206562	196	1.9	196	90	0	591	34	26	14	23	1.94
15207523--15207575	20	2.5	22	81	6	65	22	16	18	41	1.90
15208333--15208377	10	4.5	10	80	0	54	48	20	2	28	1.61
15208846--15208870	8	3.1	8	100	0	50	48	24	0	28	1.52
15213179--15213227	18	3.1	15	76	18	55	55	2	0	42	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15213181--15213223	18	2.4	18	88	0	68	48	2	0	48	1.14
15213763--15213800	20	1.9	20	84	10	51	47	2	13	36	1.56
15222707--15222851	41	3.5	40	87	1	200	26	20	28	24	1.99
15223633--15223732	39	2.6	39	90	0	146	34	3	20	43	1.67
15223698--15223746	16	2.9	17	82	8	57	38	4	20	36	1.72
15225955--15226004	22	2.3	22	80	12	59	14	2	16	68	1.31
15229116--15229280	28	5.9	28	85	2	181	33	18	22	26	1.96
15230975--15231044	22	3.3	20	71	21	70	30	22	12	34	1.92
15230987--15231051	22	2.9	23	68	25	66	27	23	10	38	1.88
15238892--15238918	3	9.0	3	100	0	54	33	33	33	0	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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